w*******y
发帖数: 60932 | 1 BulkTix.com:
http://www.bulktix.com
just released summer movie coupons for movie tickets at a lot of different
movie theater chains, including AMC/Loews/Kroesite, Regal/United Artists,
Cinemark/Century, Landmark, National Amusements/Showcase/Mutliplex, Bowtie
and Pacific theaters.
This is a huge money saver if you don't have an office program that carries
the passes you want, want tickets from a few theaters or don't want to buy
50. With movie costs at 11 and 11.50 in Boston, this has been a s |
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j*p
发帖数: 411 | 2 本人在wet lab里面做纯数据分析，for NGS data analysis, 简单介绍一些自己接触过
，并且觉得挺有用的工具，说的有点杂，权作抛砖引玉，还请不吝赐教。
Next-Gen sequencing(NGS)和现在正在发展的3rd-gen sequencing将会在生物学研究中
被越来越广泛应用。不管你信不信，反正我信了。一是基于实验成本的降低（$1k
whole-genome sequencing is coming），越来越多的实验室可以操作；二是可以提供
相对low throughput experiment多的多的数据和信息，可以看到很多从前看不到的东
西；三是sequencer本身对测序的准确性正在逐渐提高，所以实验固有错误率降低；四
是各种算法的成熟应用，这使得很多由于实验产生的误差在出数据后通过对数据的分析
得以过滤。按照library preparation来分，NGS主要有DNA-seq和RNA-seq
DNA-seq is usually used as ChIP-seq to study transcription factor(TF)-DNA
bi... 阅读全帖 |
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j*p
发帖数: 411 | 3 本人在wet lab里面做纯数据分析，for NGS data analysis, 简单介绍一些自己接触过
，并且觉得挺有用的工具，说的有点杂，权作抛砖引玉，还请不吝赐教。
Next-Gen sequencing(NGS)和现在正在发展的3rd-gen sequencing将会在生物学研究中
被越来越广泛应用。不管你信不信，反正我信了。一是基于实验成本的降低（$1k
whole-genome sequencing is coming），越来越多的实验室可以操作；二是可以提供
相对low throughput experiment多的多的数据和信息，可以看到很多从前看不到的东
西；三是sequencer本身对测序的准确性正在逐渐提高，所以实验固有错误率降低；四
是各种算法的成熟应用，这使得很多由于实验产生的误差在出数据后通过对数据的分析
得以过滤。按照library preparation来分，NGS主要有DNA-seq和RNA-seq
DNA-seq is usually used as ChIP-seq to study transcription factor(TF)-DNA
bi... 阅读全帖 |
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w****i
发帖数: 964 | 4
的）
I think bwa and bowtie were developed about the same time. bowtie was not
the first sequence alignment software to implemented bw transformation. The
first one was by a cs group from hku(or hkust), and BWA is based on that
software.(also soap2) bowtie also uses bw transformation but not directly
based on hk guys' work.
IMO bowtie over-advertised in their paper, it uses some aggressive
optimizations to achieve better speed and less memory usage, but at the
price of mapping sensitivity. |
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u*********1
发帖数: 2518 | 5 作为一个曾经0基础的菜鸟，我还是蛮有体会的。
想想一年前我连linux里的grep都不晓得是啥。老板说“grep”，我说gre。。啥？greb
吗？老板摇摇头说you really have a lot to learn...不过老板超好，想办法给我把
各种基础的东西讲清楚。。。包括RAM是啥。。汗。。。
做NGS/bioinformatics的，我觉得核心思想还是：如何利用计算机手段解决生物问题。
说起来简单但未必每个人都深刻体会的到。什么python/bash/perl啥啥的，要入门很快
，但也绝对不是什么两个星期就搞定。我现在和python打交道也一年了，但也完全就是
个皮毛，主要是你自己的project决定的。。如果你永远只需要简单的process下你的
text，而且text如果不大比如100MB，你可以永远for line in text。。或者readlines
（），但如果碰到很大的text，就不能readlines（）了因为cluster可能没有那么大的
memory to load the whole text.
所以我觉得就是现学现用，除非你是CS系科班搞计算出身... 阅读全帖 |
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u*********1
发帖数: 2518 | 7 我的印象中是最早有MAQ，但速度很慢（好像还是和BLAST一样属于hash table-based的）
然后Bowtie使用了一种很独特的algorithm（Burrow-Wheeler algorithm?)，大大的提
高了运算速度。
然后Heng Li就把Bowtie的这个algorithm移植到了MAQ上成为了BWA
但其实上面这所有的alignment tool，当query sequence可以map到不同locations的时
候，是randomly pick up one的；纵然BWA可以设置report不同的location，其实回复
出来的信息还是很少的。尤其因为genome有很多的repetitive sequence和segmental
duplication，所以这些alignment tool报告的信息是不全面的。而貌似现在就只有一
家UW的写出mrFAST这个alignment可以report所有的locations，不晓得这里有没有人尝
试过。 |
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B*M
发帖数: 1418 | 8 很喜欢这个帖子,希望可以继续热烈讨论,别把楼盖歪~~
我想提的是,如果自己是wet lab出身的,想开始学linux 编程,至少可以run bowtie,
tophat 之类的,有什么好的入门教材推荐吗?
还是就是bowtie, tophat只能在linux or mac 系统跑. windows我们在课上试过,中间
stuck,因为一个什么package 找不到... |
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B*M
发帖数: 1418 | 9 很喜欢这个帖子,希望可以继续热烈讨论,别把楼盖歪~~
我想提的是,如果自己是wet lab出身的,想开始学linux 编程,至少可以run bowtie,
tophat 之类的,有什么好的入门教材推荐吗?
还是就是bowtie, tophat只能在linux or mac 系统跑. windows我们在课上试过,中间
stuck,因为一个什么package 找不到... |
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l**********1
发帖数: 5204 | 10 try free gsMapper and gsAssembler
cited:
>Installation
Where can I get a copy of the GS-FLX Mapping and Assembly software
I wrote to Roche to ask if we could give copies to people, and they wrote
back to say it is license free for non-commercial usage, so if you need a
copy please go to web link:
//genepool.bio.ed.ac.uk/nextgenbug/faq/roche_454_gs_flx
and
for Bowtie and gsMapper
please refer:
cited
>The 454 reads may be a bit long for Bowtie. You would be better off using
the gsMapper software t... 阅读全帖 |
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d****7
发帖数: 109 | 13 Non-strand specific就不用说了，最简单了，照着protocol来，没啥问题，问题在于
strand specific:
1. strand-specific or not 不影响mapping，因为不管用什么protocol，出来的reads
map到哪条strand都算。再算gene expression的时候才会用到strand information，
具体怎么count reads to gene, 这个要取决于你的strand specific library prep
protocol
2. 拿tophat/bowtie来说，mapping的时候有一个选项--library-type，这个怎么选都
不影响mapping，但是一定要注意，接下来用cuffilink/cuffdiff和htseq-count之类的
，这个--library-type一定要添对了，这个影响gene expression的counting
3. 如何选--library-type？总的来说，如果先测序的reads(R1 reads)是从first-
strand (first st... 阅读全帖 |
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x******m
发帖数: 736 | 14 你自己写aligner？不是的话，你的软件用bowtie，bwa？
你觉得写bowtie，bwa的人会让你这么干么，如果你拿来赚钱？ |
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c*********r
发帖数: 1312 | 15 多谢大牛给建议！
因为要用到一个软件HyLiTEhttps://hylite.sourceforge.io/做杂合体中的Allele-
specific expression，类似相当于人里边检查小孩基因组里来自父亲和来自母亲的等
位基因分别的表达水平，只不过我的实验里是用的来自两个不同物种的父亲和母亲以及
他们的杂交后代，在杂交后代里检查来自两个物种的基因的各自表达水平，从而研究基
因调控。这两个物种种内的突变就有4-5% (Coding sequence低一些，Stampy map结果
显示整体平均在1.7%-3.4%之间，个别基因肯定会超出这个范围)，种间的突变更高，用
stampy map结果显示整体平均的variation比例在7%左右。第一步怎么mapping是个很头
疼的问题。
HyLiTE可以使用一个亲本的genome/transcriptome做reference，自动分析allele-
specific expression，比较省心。默认的是用bowtie，但是bowtie最大的突变率好像
是5%(1 mismatch per 20 bp seed?)。所以我... 阅读全帖 |
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l******6
发帖数: 5698 | 16 前两天BARCLYS一个第二年IBD ANALYST给新来的INTERN写信,结果这SB没想到信被各大
媒体报道了。了解IBD的都知道这是个P大的事，无非就是个无伤大雅的玩笑。但也反映
出来者人吧真是贱，自己已开始被各种不合理的规则虐着，慢慢的习惯了，还特么
respect them, love them, live them...最后还变成了规则的捍卫者，强制别人遵守
。。。
From: [redacted at Barclays]
Sent: Tuesday, June 02, 2015 11:16
To: [redacted summer interns]
Cc: Power NY Analysts
Subject: Welcome to the Jungle
Incoming Intern Class of 2015,
Welcome to Power! I am sure you are all busy at training, but in the
interest of helping your transition into the summer, and hopef... 阅读全帖 |
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b**********r
发帖数: 2530 | 17
你在911里怎么动？
前排动后排动？
玩儿stick吗？
玩儿belt吗？
玩儿air blow吗？
玩儿cincinnati bowtie吗？
玩儿cigarecke吗？
玩儿tangled吗？
你甭google，你找不出来的。 |
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发帖数: 1 | 18 http://www.bbc.com/zhongwen/simp/chinese-news-38493813
香港前特首曾荫权涉贪案开审社会高度关注
51分钟前
曾荫权提早一个多小时抵达高等法院。
香港前特首曾荫权涉贪案周二（1月3日）在高等法院开审，预计审讯20日。曾荫权是香
港史上被刑事起诉的最高级别官员，更是第一位被起诉的特首，案件因此备受关注。
曾荫权面对两项“公职人员行为失当”罪，一项防止贿赂条例中“行政长官接受利益”
罪，共三项控罪。若罪名成立，曾荫权将可能面临监禁。
BBC驻香港记者张英华现场报道，曾荫权在被告席上神情凝重。他在法庭上否认全部三
项控罪。香港一向以政治廉洁自豪，但曾荫权涉贪案为政府要员与富豪之间的关系打上
问号。
曾荫权在庭审前一个多小时就与妻子曾鲍笑薇抵达法庭。据网媒《香港01》报道，身为
虔诚罗马天主教徒的曾荫权出家门后先至教堂祷告，停留约30分钟后前往高等法院。他
出庭时依然结上他让他得到“煲呔曾”绰号的标志──蝶型领带（BowTie）。
检控罪名
2015年10月5日，香港廉政公署宣布，曾荫权的首项控罪为涉嫌于2010年11月2日至2012
年1月... 阅读全帖 |
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c****o
发帖数: 4716 | 19 周末想去电影院看美人鱼和三打白骨精，查了一下周围的影院，包括AMC， bowtie都没
有引
进。唯一一个上映这两部的是要开车40多mile的纽约华人聚居地法拉盛旁边的showcase
。远也就罢了，可是来回还要交15块的过桥费，算下来看一场电影要花将近40块的费用
和额外两个小时的commute。看来还是这两部片子在美国的影响力远不及功夫熊猫3，只
有等dvd出来了。 |
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e*****s
发帖数: 273 | 20 这眼神，人还多一bowtie呢，三板斧，砍翻虎将军哪。 |
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p***y
发帖数: 18037 | 21 看一下周日纽约地铁的大餐。看到那个menu就很饿呀，caviar, foie gras, filet mignon, 和 panna cotta， 都是我爱的。
======================================================================
http://www.nytimes.com/2011/05/04/dining/04train.html?_r=1&ref=
Aboard the L Train, Luncheon Is Served
By MELENA RYZIK
Published: May 3, 2011
The maître d'hôtel, who identified himself as C. K., steadied
diners' tables.
Yana Paskova for The New York Times
IN the era of pop-up restaurants and speakeasies, flash mobs and social
stunts, it... 阅读全帖 |
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c*****y
发帖数: 542 | 22 而且这个貌似是个八木天线
据说UHF频段bowtie更好
这个有没有大牛来讲解一下 |
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d*g
发帖数: 16592 | 23 我觉得最简单的就是肚皮妈介绍的,现在还在精华区里,
买意大利通心粉,买那种短的,我家喜欢吃bowtie,还有Fusilili,谷底Ditalini也不错.
用鸡汤,懒的做就直接买罐头的,煮面.
煮到烂,汤的味道都进去了.
软但是不坨,口感好,孩子牙还不太好,牙床一样咬,吞也没有问题.
亲妈可以加sauce,煮番茄烂糊啥的.
另外一个就是油煎豆腐,豆腐切小块,油煎一下,然后加些菜炒炒进味,或者加些sauce也
成. |
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M******e
发帖数: 1437 | 24 今天去娃班做了science project - life cycle of a butterfly. 三四岁小孩。
Circle time 先读了本书，cat in the hat oh my oh butterfly!
指着poster重复四个阶段：egg, caterpillar, chryslas, butterfly 小家伙们发音很
准确而且都记住了，very impressive.
坐下一人发一张四阶段的coloring sheet,涂色。
Snack time：娃早上烤的小菠萝味cupcake蛋糕，最小size, 每个上装饰一种形状的
pasta （Bowtie 作为蝴蝶，shell 作为茧，另一种是毛毛虫）；另外一起烤的cheese
raisin tortilla, 叠起切成小块，raisin当作虫卵。
效果还行，操作简单，皆大欢喜。
觉得家长还是要力所能及多参与这些班级活动，娃特别自豪。
多谢各位美妈的ideas！ |
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t********n
发帖数: 1524 | 25 也是三岁女宝
吃饭睡觉和你们差不多，不同的是 现在还和我们一起睡大床
中英文处于同一水平，看电视看多了就会说些搞笑的，今天我把S4的屏幕摔破了，小家
伙就开始教训
“爸爸，上次我在学校你就把你另外一个手机(Atrix 4)摔破了,今天你又把新手机摔破
了，下次你不能再摔破手机了”
“爸爸，开慢一点，你开快了就会撞到别人，砰的一下撞车了”
“爸爸，不要吃多了，吃多了你的肚子就会变得很大，最后像个气球一样砰的一下爆炸
了”
“爸爸，停，这里有一个趴车位”
都在笑的时候，就故意一本正经的看着我们“不要笑，有什么好笑的呢？”
中英文歌曲会不少，但是唐诗就只教过 鹅鹅鹅 和 静夜思
在美国玩过不少地方，美东南的园子大部分都去过了，最喜欢动物园了
中英文都只能数到二十，不会加法，认识二十来个汉字，和26个大写字母
会游泳，换气是蛙泳式的，手是蛙泳式的可是脚是自由泳，目前在尝试仰泳，能够连续
游个六七十米吧。
不会看电子钟和电子秤，只会抢Ipad过去上youtube看动画片
目前刚刚进入 why 时代
晚上游泳回家之后九点多了，小家伙说肚子饿了于是我拿出下午做的烤鸭撕下一条鸭腿
， 递给坐在hig... 阅读全帖 |
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b*******m
发帖数: 3 | 26 Hiring unit:
Garmire Group (PI starting 09/01/2012, the postdoc position available 09/01
or later) )
University of Hawaii Cancer Research Center
Job description:
Located on the beautiful sea shore of Honolulu, Hawaii, overlooking the
Pacific Ocean, the University of Hawaii Cancer Center (UHCC) is one of only
66 research organizations in the country designated by the National Cancer
Institute. Its mission is to focus on key cancers that impact the multi-
ethic population of Hawaii, as well as wor... 阅读全帖 |
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b*****y
发帖数: 229 | 27 对已有genome的模型生物，Illumina 的方法是把未知当已知（不明白的去查查bowtie
这个软件）。对没有genome的物种，可以说是瞎蒙，数据一塌糊涂。
微生物病原体这个不是我瞎说。我再贴一遍我回帖的内容。
http://www.homolog.us/blogs/blog/2013/12/30/six-emerging-themes
few keywords “Researchers essentially gave up on PacBio technology by the
end of 2012” ， “Fast forward by one year. The experts present at the #
UCDAssemble workshop made the following forecast: by Dec 31, 2015, PacBio
will be the only thing used to sequence bacterial genomes"
前面有人说有个点TA看可上可下，FA要是上，那么你就有信心了，不对吗？ |
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w*******i
发帖数: 987 | 29 一个感觉最近人民币会升，除了近期大家都能想到的原因，我还注意到两点
（上次回帖已经说了bowtie的态度是不变联系汇率，中央也想继续让香港当
白老鼠）
一是李嘉诚表态挺联系汇率，原因很简单，港元贬值地产升值
二是这次李克强宣布这么多挺港政策，背后应该是想香港保留联系
汇率，然后隔段时间好让人民币升值，有可能会一次性。表面现在是拿好处，
但老百姓接下来还是会吃亏。
纯探讨贴。 |
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p***y
发帖数: 18037 | 30 那一个幸运的同学星期日吃了这顿L Train大餐？看到那个menu就很饿呀，caviar,
foie gras, filet mignon, 和 panna cotta， 都是我爱的。
======================================================================
http://www.nytimes.com/2011/05/04/dining/04train.html?_r=1&ref=
Aboard the L Train, Luncheon Is Served
By MELENA RYZIK
Published: May 3, 2011
The maître d'hôtel, who identified himself as C. K., steadied
diners' tables.
Yana Paskova for The New York Times
IN the era of pop-up restaurants and speakeasies, flash mobs and socia... 阅读全帖 |
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s**********o
发帖数: 14359 | 31 其实老美知道你们A神各个都是学习能手，默认都是尖子生了
常春藤都被你们包办了，开个会让人风光一下不好吗？对啊，
学校其实看谁家有钱，谁家慷慨捐赠，其它的就是走个过场
以后孩子去这种场合，一定穿金装，20辆保时捷开道，10个
保镖围着，你们这些做父母也得穿得豪华点，BOWTIE DRESS
法国香水熏千里，别让人小看了。 |
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M******3
发帖数: 78 | 32 Ristorante Paradiso
虽然不懂意大利语，不过大家猜也能猜到餐馆名字的意思
个人觉得比Olive Garden好。我跟一般是合点一个appetizer合点一个dessert，然后各
自点一个entrée. 我们都喜欢white sauce的pasta, 我点的bowtie pasta with
salmon in cream sauce, LD点的seafood linguine,味道都不错，我的稍微咸了一点点
淡还是能打8分的。听人推荐这家小馆子的提拉米苏，虽然面条后来打包了一小半，还
是点了提拉米苏，非常好。时间有点久了，不记得appetizer点了什么，餐前配得面包
就是sour dough吧，没有特别的印象，只是餐馆里的面包都是热热的新鲜面包，吃起来
还不错
餐馆店面很小，据说老板就是大厨。如果要打分的话，我可以给至少4分，肯定会再去
的那种 |
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G***G
发帖数: 16778 | 33 谢谢!很有道理！
不知道物种，怎么下载reference library，用bowtie去对齐呢？
你说的alignment不需要reference library吗？
怎么找这个house keeping gene呢？
distance。 |
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g*********r
发帖数: 1443 | 34 对你的问题的细节不清楚。
如果你有一个genome的sequence，想知道这个genome和哪个species最接近，你需要的是几个fish的sequence，和reptile，bird， mamal的sequence。可以做whole
genome alignment。Bowtie似乎更适合multiple sequence向已知reference的mapping。
如果你有的是一段sequence，直接blast就是了。 |
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C**C
发帖数: 1553 | 35 9/18 Weight in this morning,144, lost 6 pounds
Breakfast: a bowl of pork bone soup with mellon - 200
Snack: two slices of bread + 1 banana - 200
Lunch: 1 cup of rice + 1/2 cup of veggie + 1/2 cup of mellon - 600
Snack: 3 small pieces of biscuits - 100
Dinner: 1/4 cup of bowtie pasta + 1/2 cup of mellon - 400
Snack: 2 cups of baby carrots + several peanuts - 100
Total: 1600
Over-eat a little bit. Need to watch out tomorrow. |
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发帖数: 1 | 36 I just came back from Utah grand circle trip and it was a lot of driving and
hiking. Bryce and Zion are very close to Vegas, so you can visit them in
future trip to Vegas. You are better of to only visit Moab on this trip.
Moab has 3 parks near by: Arched NP / Canyonlands NP / dead horse state park
. Hiking Arches trail such as devils garden, fiery furnace, and delicate
arch will each take few hours and they are strenuous, so not a good idea to
drive alone afterwards. My family actually like tra... 阅读全帖 |
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b*****t
发帖数: 1422 | 37 love the color! but the bow tie make the dress looks cheap. mm if take off
the big bowtie it will looks more expensive and hot |
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G***a
发帖数: 27294 | 38 可以去youtube搜： how to tie bowtie |
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x*****u
发帖数: 4750 | 39 曲度太大的墨镜不能够做成有度数的墨镜 co this:-)
i picked my chanel bowtie one for有度数的墨镜 n love it |
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c****o
发帖数: 4716 | 40 像去电影院看美人鱼和三打白骨精，查了一下周围的影院，包括AMC， bowtie都没有引
进。唯一一个上映这两部的是要开车40多mile的纽约华人聚居地法拉盛旁边的showcase
。远也就罢了，可是来回还要交15块的过桥费，算下来看一场电影要花将近40块的费用
和额外两个小时的commute。看来还是这两部片子在美国的影响力远不及功夫熊猫3。 |
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S*******1
发帖数: 1860 | 41 粉丝带是乳腺癌，黄bowtie是前列腺癌。
两者组合吧。 |
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j****e
发帖数: 12067 | 42 【 以下文字转载自 Food 讨论区 】
发信人: patsy (patsy), 信区: Food
标 题: 地铁大餐 Aboard the L Train, Luncheon Is Se
发信站: BBS 未名空间站 (Wed May 4 21:07:17 2011, 美东)
看一下周日纽约地铁的大餐。看到那个menu就很饿呀，caviar, foie gras, filet mignon, 和 panna cotta， 都是我爱的。
======================================================================
http://www.nytimes.com/2011/05/04/dining/04train.html?_r=1&ref=
Aboard the L Train, Luncheon Is Served
By MELENA RYZIK
Published: May 3, 2011
The maître d'hôtel, who identified himself as C. K., s... 阅读全帖 |
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c******y
发帖数: 1938 | 43 bowtie太小啦。。。确实像蝴蝶结
介都没揣起来。。。
★ 发自iPhone App: ChineseWeb 7.8 |
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m******t
发帖数: 2416 | 44 I don't like (it's probably just me) the red bowtie and red dots - kind of
makes it look more like a hen than a penguine. 8-) |
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o*****m
发帖数: 981 | 45 我最近做了个数据库，数据的产生用到了R和一种序列比对的软件bowtie
数据产生后，用HTML和coldfusion和SQL做了一个数据库。
在申请一个数据库的copyright中涉及到是否使用了open source的软件。
请问到底什么是open source的软件或语言啊？
比如想HTML这个语言，谁都能用，就是open source了吗？coldfusion和sql都是收费的
吧，是open source吗？
另外，我只是用这些语言产生数据，制作数据库，并没有发布任何code，这样应该不涉
及到open source的问题吧？？？？？？？？？？？？？
请各位大侠多多指点，十分感谢。 |
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e*****t
发帖数: 642 | 46 这个。。。
RNA seq，你送样品去测序不就行了，也不用你自己做。
重要的是随后的bioinfo，一般用bowtie做seq alignment分析。 |
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n******7
发帖数: 12463 | 47 假设你是solexa，拿到fastq，有时候可能要预处理，trim一下，然后用bowtie/BWA
align到reference genome，然后找个工具call SNP/indel什么的，据说现在最好的
caller是dindel |
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w*****i
发帖数: 54 | 48 不好意思，bowtie/BWA 是啥意思？ call是啥意思啊？ |
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