p********n
发帖数: 82 | 1 sren triung myo laux hox, ghu cix chjing dad yang... |
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y****e
发帖数: 71 | 2 各位好。
我试图研读那篇letter to nature，但是发现那并不是很严肃的科学
论文，我相信也许作者有更深刻的了解，但篇幅所限，抑或那本来就
是扯淡。
首先，统计的选样就不明不白。"In an anomymous servey, 720 adults
who were attending public street fairs in the San Francisco area
were asked their ... "。不知各位有没有仔细想过这个地方。假想：
我试图分离“使筷子基因”，找了同上720人，其中有中国人（中国人
血统），有欧洲人，早期移民美洲的人的后裔，印第安土著，等等。
结果发现“使筷子”和黑头发有统计联系。结论：黑头发和“使筷子”
由同一组（maybe HOX）基因控制，how about that?
也许俺是小人之心，可惜如此的采样，起统计结果大概是很缺乏说服力
的。虽然，此结论可能是正确的，但仅仅凭借这样的东西，俺持保留
意见。 |
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S*********g
发帖数: 24893 | 3 一个新的神创论流派的某些成员暂时放弃了太阳系、银河系、和宇宙是否有
几十亿年还是只有几千年历史的问题。但这些神创论者异口同声地主张，自然界
的宇宙和生物显示出“智能设计”的证据。他们争辩说，有些生物学结构太过复
杂，它们不可能通过随机突变和自然选择的过程进化出来，并把此现象称之为
“不可简化的复杂性”。根据进化论之前早已存在的神学论点，他们宣称生物必
须像设计捕鼠器或时钟一样被设计出来，也就是说，为了使设备正常地工作，所
有零件都必须同时存在。如果有一个零件缺失或者改变，设备则无法正常地工作。
支持智能设计的神创论者认为，由于“简单的”生物学结构如细菌鞭毛都如此复
杂，通过随机突变同时产生鞭毛的所有成分的几率无穷小。根据这种看法，更为
复杂的生物学结构（例如脊椎动物的眼睛）或功能（例如免疫系统）不可能通过
自然过程来产生，因此必须是由超自然的智能设计师创造的。
然而，现代生物学的发现驳斥了智能设计神创论者的观点。生物学家研究了
所有被断言为设计产物的生物学系统，证明它们如何能够通过自然过程产生。以
细菌的鞭毛为例，没有一种鞭毛普遍存在于所有的鞭毛细菌里。鞭毛的种类精彩
纷呈，有些简单，... 阅读全帖 |
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B*******l
发帖数: 144 | 4 理论上是一样的，
但是类似红细胞里面是没有染色体的。
配子，需要通过减数分裂产生，这个过程中，会有染色体的重组，所以每个精子和卵子
的DNA不是完全一样的。
至于如何控制不同细胞的分化，现在基本不知道具体机制。
几类基因是一定在这个过程当中有决定性的作用。
Hox gene, Polycomb group, Trithorax group. |
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l******u
发帖数: 936 | 5 1 是ISREC, A 来自Tylar Jack 组. Douglas 前年从UCSF被挖到日内瓦当所长,去年狂招
人,来面试的好几个人出生都挺好. ISREC 有很老做HOX的大牛, 可惜不活跃了, 之前十来
年发展的一直很一般,培养出一个新星还被海德堡的DKFZ挖走. Douglas 来领头后, 应
该希望会有起色吧. 其实在欧洲做cancer现在最有活力的地方在CNIO, 上周五Harvard 的
3P 同学还来面试所长来着.瑞士的研究机构比较国际化一些, ETH 之类的很多都直接从美国
挖大牛过来,都懒得自己培养.
德国国际化程度比瑞士差,但也看研究机构, Max Plank 系统最国际化, 不过他们的Junior
Group Leader 都不是 Tenure Track的. 大学的W1, W2, W3 三级professor也不是Tenure
Track的, W2,W3是终生位置, 不过要从W1 到W2 超级难.
艳阳天说英国那边有个junior group leader 的位置不是Tenure Track的, 其实这个在
欧洲太常见了. 有些研究所本来就不是Tenure... 阅读全帖 |
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c********r
发帖数: 1125 | 6 哇，厉害厉害。你在德国还是瑞士？情况好熟啊。。。
你说的没错，ISREC这几年青黄不接，做得最好的年轻PI去了DKFZ，剩下的都是老的老
小的小，好文章不多。而且最讽刺的是发好文章的组偏偏都不是做老鼠肿瘤方向的。
HOX大牛你说的是DOUBULE么？他是老了些，但是影响力犹在，好文章这些年不少吧。而
且他们实验室今年有两篇ＣＮＳ在投。。。
doug 来了ISREC开始招兵买马，但是DOUG个人的风格呢在ISREC大家议论比较多。。。
我真不看好DOUG能在ISREC呆上很久。。但是总之来了是好事，会议和SEMINAR的档次提
高了很多。。。
CNIO啊。。。唉唉，我当时很想去那里来着，但是听周围人说MARIA BLASCO和ERWIN
WAGNER的为人都非常糟糕（尤其后者），再加上它国经济危机中。。所以慎重了下。。
。确实CNIO的资源和条件是一流的。。3p同学。。哈哈，我还听说他跑到其他地方面试
了耶：） 他要真在CNIO的话。。一山容得下那么多虎么。。.
EMBL是有合同年限的，FMI和MPI可能也是？不过一般年轻的PI从这些地方出来都能在欧
洲找到很好的终身位置。。。所以也不愁... 阅读全帖 |
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n***g
发帖数: 5027 | 7 这个总结不错：
申请精华帖：我了解的Epigenetics牛人一览
我是从C.D.Allis，Danny Reinberg，Tony Kouzarides，Yi Zhang， Yang Shi这几个
人发的文章看起的，这几个人基本上就是目前做表观遗传最牛的一批人了。然后你看看
他们文章citation里面出现频率比较高的人名，那往往就是大牛了，然后一点一点扩展
。个人感觉看CNS及其子刊还是王道。另外推荐一个很好的网站，http://www.epidna.com/ 可以查这个领域最top的lab，也可以查该领域最新的论文。
# ^2 P/ }, _0 h" U8 m) P6 b
; l* o$ y- |- V5 g0 I0 T然后在申请选校的过程中，我也逐渐了解到一些
epigenetics领域的big names和rising stars。所以我感觉看各个牛校的faculty也是
了解一个领域的好学校好lab的方法。我的做法是每看一个学校，就把相关领域做
epigenetics的faculty留下来，然后以后看CNS时或者Journal club上看到熟悉的名字
，就重点关注下。$ ... 阅读全帖 |
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b****n
发帖数: 311 | 8 我觉得未来生物学最激动人心的是bioengineering.我的bioengineering指的是广义的
生物学原理的应用。现在比较流行的复杂化合物的生物合成之类的只能算很简单的。复
杂的如组织器官再生。
对这些很庞大，目前看起来很遥远的目标来说，我们目前最大的障碍来自对机体发育和
工作的基本原理还很不够。举个具体的例子，肢体（手或腿）的再生。泛泛一看，我们
对肢体发育知到很多，从Hox gene决定位置，到不同类型的stem cell及其关键转录因
子，还有神经和肌肉的发育和各种各样细胞联系的形成。哪个人都能举出无数的具体知
识，但哪个人都无法了解全部。即使这样，面对再造肢体这样一个问题的时候，我们仍
然无从下手。我们需要多少种起始细胞？数量？如何启动各自的发育程序？如何协调他
们？如何终止？更进一步，我们能不能做出具有更强大神经和肌肉的肢体？
来看个具体的人物的研究，UC Berkeley的 Mike Levine和他lab出来的一些postdoc做
果蝇早期发育的转录研究，他们从简单的研究某些有明显表型的关键基因发展到全基因
组的转录研究。放本版绝大多数的人要嘲笑浪费钱去研究fl... 阅读全帖 |
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d****7
发帖数: 109 | 9 这个有TAAT，像是Hox TF的consensus
我不会贴附件，这样吧，你去STAMP: http://www.benoslab.pitt.edu/stamp/index.php
然后把下面这个matrix贴到input框里，然后submit看结果，top hit的结果是PHA2，一
个Homeodomain，和你这个序列挺像的。
>CTGTAATC
0 1 0 0
0 0 0 1
0 0 1 0
0 0 0 1
1 0 0 0
1 0 0 0
0 0 0 1
0 1 0 0 |
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z*t
发帖数: 863 | 10 我觉得这个junk的定义就在变。以前只能把EST找出来，作为鉴定基因的办法。从ncRNA
发现后越来越多的以前认为junk的区域被找到harbor ncRNA。
另外我记得去年一篇cell瑞士人发现intragenic gene desert对早期发育hox的表达有
调控作用。
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867411012
如果你考虑3d structure对gene regulation的影响的话就不能完全否定一部分“junk
”的作用。
但因为在脊椎动物的产生中多次发生病毒的integration，搞得俺们genome里很多Alu..
很多parasite sequence这个角度对于我们host确实是junk，关键是junk多少的问题 |
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z*******6
发帖数: 679 | 13 OK... sorry about my confusion...
应该说替换promoter... 应该属于study regulatory element... 我的老鼠是把人的基
因的promoter region，1.5 kb左右knockin到老鼠的promoter的地方... 然后看有没有
什么生理病理意义...
我昨天我们这新来的PI聊了会天，他给我了片关于Hox gene的cell paper，也是study
regulatory element，看着貌似挺好玩的... |
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s***a
发帖数: 43 | 14 【 以下文字转载自 Faculty 讨论区 】
发信人: SWJSJ (BC), 信区: Faculty
标 题: 调研了一下清华最近回去的PI
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Dec 15 16:27:25 2014, 美东)
云老师发了个贴说清华目前的找人标准，很多人不相信。特地调研了一下清华生命学院
最近回去的人的情况，如云老师所说，绝大多数都有2cns，如果只有一篇cns，那基本
上还有>2的子刊。这个不仅仅局限于胖老师经常说的结构生物学，而是所有方向都基本
如此。
当然这些新回去的绝大部分都是千青（有些不是的是因为回去那一年千青还没开始）。
网页上的Title有的是教授，有的是研究员，估计当时还没有统一。但校内一律都是副
教授，也就是相当于这边的AP。我还特地打听了一下，国内的TT制度好像没有Tenured
Associate这一档，清华5年考核通过了就是正经的full professor。
有些老师看不上国内的科研，我就仅列出两位回国后的publication，咱就不说颜宁等
这种Early T的个例了。说两个没太有名气的，还没有评上T的，各位老师可以参考一下
，... 阅读全帖 |
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v********a
发帖数: 646 | 15
哪篇文章啊，谢谢
Rinn JL, M. Kertesz, J. Wang, S. Brunghman, H. Goodnough, B. Wong, M. Cleary
, J.A. Helms, E. Segal, H.Y. Chang. (2007) Functional Demarcation of Active
and Silent Chromatin Domains in Human HOX Loci by Non-Coding RNAs. Cell. Jun
29;129(7):1311-23.
F. Lan, P.E. Bayliss, J.L. Rinn, J.R. Whetstine, J.K. Wang, S. Chen, S.
Iwase, T.M. Roberts, H.Y. Chang, and Y. Shi (2007). A histone H3 lysine 27
demethylase regulates animal posterior development. Nature Oct 11;449(7163):
689-94 (online 9... 阅读全帖 |
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a*****y
发帖数: 361 | 16 这个应该没有任何问题。实际上那头羊的故事里，连受精卵的核都不是，
是乳腺细胞的核放进一个去核的细胞里，都活得很开心。对于泥的第一个
问题，偶想虽然分裂结果敏感地依赖于初始条件，但是肯定可以允许有一定
的波动范围。波动得小，还是正常，波动一大，不是怪胎就是死胎了。
一个很有趣的例子还是hox gene. 根据这个基因的产物的微妙变化以及浓度的微妙变化，
导致了各种动物比如老虎啊猫啊兔子啊为什么形态上有如此大的差别。
广义地说，以某个动物为参照物，其他的都是怪胎了，hehe. |
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c*****g
发帖数: 1856 | 17 我决定还是影响很大的， 比如在早期分裂是， microinject something 到
本来不应该在的地方， 就会使发育收到严重影响， 比如什么双头拉
这个hox gene 是一类基因， 不是一个吧， 而且也非限定在不同动物种的
表型差异。 比如眼睛变成脚的fly， 等等。
细胞分裂早期， 在哺乳动物， 好象一直到至少8细胞阶段的差异都不大
不象其他如两栖类， 从一开始就有了cell fate的差异， 就是动物极植物极的
差异。
太复杂， 说不清。 反正早期发育事件很重要， 尤其是越高等越重要。 |
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l****n
发帖数: 157 | 18 哈哈，偶上站十周年也要到啦。3k应该把以look milanda为首的波士顿汉奸团lucent,
yuhj, bob, ingrid, 和whisper关税帮danielf, bluebird, beb, hox, greenfir,
manatee, maybe, kittywang, socks, russlel, far, space, bababen, spicegirl之
流统统抓来写回忆录！！！！ |
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c***u
发帖数: 5501 | 19 可以
哈哈，偶上站十周年也要到啦。3k应该把以look milanda为首的波士顿汉奸团lucent,
yuhj, bob, ingrid, 和whisper关税帮danielf, bluebird, beb, hox, greenfir,
manatee, maybe, kittywang, socks, russlel, far, space, bababen, spicegirl之
流统统抓来写回忆录！！！！ |
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l****n
发帖数: 157 | 20 难道是feidai?
又想起博士吞汉奸团后进汉奸leeward一名, whisper灌水党党徒oncer一只。
bababen不是whisper帮的，是THU版写手一枚。hox是smth oversea 教主，beb是他姐。 |
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d**w
发帖数: 14889 | 21 hox有一姐是beb,还有一妹知道是谁嘛？
再踩一脚!(看nick！）
p.s., 再提醒你一个，我还是你师弟妹呢，嘿嘿。 |
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p****r
发帖数: 112 | 22 MITBBS润物无声的微小变化日积月累到今天猛一回头我们就不由得会强烈感到物是人非。
MITBBS刚开始的时候热点跟一塌糊涂水木清华没有什么差别。一群在校的穷学生能干什
么？当年清华北大的校友版可是天天上十大版面榜的。几个著名的月经贴不是
清华哪个食堂美女多就是北大哪个系美女如何如何。还有北大清华的口水战。如果没有跟
hox掐几架都不好意思说自己是北大的。呵呵。
学生虽穷“脱光”问题还是要解决的。蒙面校友们通常还是最好的聆听者和参谋。于是
就有了在清华版上彻夜不眠征询建议的fool，北大版上酸水直冒的hanzo。太多了，太
多了。
解决“脱光”问题，love版当仁不让是这里flagship，常年有成百上千的XDJM在吐酸水
苦水。qqj是love版早期的版主吧。好像qqj也算是我的同门远房师妹就说几句好话吧。
qqj的风格拿部队基层领导的说法是比较泼辣的。泼辣翻译过来是直爽的意思。有好一
阵子，只要qqj在网上love版上就跟被刷了屏似的。 |
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l*******r
发帖数: 39279 | 23 前辈写得还挺有意思的
那个时候我还很少上买卖提，顶多就是看一下，的确看见很多北大清华口水战坑。很纳
闷hox这个id怎么这样痛恨北大。
我真正开始灌水是从张栋杀顾妍事件开始，那时候的买卖提已经跟早期的风格很不一样
，是群魔乱舞时代的开始吧。
非。
有跟 |
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d**w
发帖数: 14889 | 24 为啥那么多不了解hox的在背后说他啊。明儿我打电话给他跟他唠唠。：） |
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