g*********d
发帖数: 233 | 1 夏荣辉，李江
上海交通大学医学院，上海（200011）
E-mail：e******[email protected]
摘 要：基因的表观遗传学修饰正越来越受到人们的重视，它包括DNA甲基化和组蛋白修
饰，组蛋白修
饰又包括组蛋白乙酰化和组蛋白甲基化。基因的表观遗传学改变在基因转录调节方面有
重要作用。最
近研究较多的是多种组蛋白修饰方式和DNA甲基化在基因转录调节方面的共同作用，本
文详述组蛋白
修饰和DNA甲基化的发生机制，并且总结了组蛋白乙酰化和组蛋白甲基化与DNA甲基化之
间的相互作
用，提示不同位点的组蛋白甲基化与DNA甲基化共同作用于基因转录，并且发挥不同的
作用，具体体
现在组蛋白乙酰化、组蛋白H3K9、H3K27和H4K20甲基化与DNA甲基化协同作用，使基因
发生转录抑
制，而组蛋白H3K4甲基化与基因转录激活有关。
关键词：组蛋白修饰；DNA甲基化；关系
1. 引 言
目前，在研究肿瘤发生发展的过程中，基因的表观遗传学修饰所起的作用日益得到人们
的重视。组蛋
白修饰和DNA甲基化是两种最重要的表观遗传学修饰方式。研究表明，人类几乎所有类
型的肿瘤都存
在组蛋白及DNA甲基化的异常... 阅读全帖 |
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g*********d
发帖数: 233 | 2 目前表观遗传学(Epigenetics)通常被定义为基因表达通过有丝分裂或减数分裂发生了
可遗传的改变, 而DNA 序列不发生改变[1, 2]。表观遗传学的机
制主要包括DNA 甲基化、组蛋白修饰及非编码RNA。DNA 甲基化(DNA methylation)是指
在DNA甲基转移酶(DNA-methyltransferases, DNMTs)的催化下, CpG 二核苷酸中的胞嘧
啶被选择性地添加甲基, 形成5-甲基胞嘧啶[3, 4]。DNA 甲基转移酶有两种, 其中
DNMT1 主要起维持甲基化的作用, 能使半甲基化的DNA 双链分子上与甲基胞嘧啶相对应
的胞嘧啶甲基化, 可参与DNA 复制双链中新合成链的甲基化[5]; 而DNMT3a 和DNMT3b
主要起形成甲基化的作用, 能在未发生甲基化的DNA 双链上进
行甲基化[6]。DNA 甲基化一般与基因的沉默相关,DNA 去甲基化则与基因的活化相关[7
~9]。
组蛋白修饰(Histone modifications) 是指组蛋白的基础氨基末端尾部突出于核小体,
常在转录后发生变化, 包括甲基化、乙酰化、磷酸化和泛素化等翻译后的修饰... 阅读全帖 |
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r****o
发帖数: 1950 | 3 关于const和volatile，我们知道他们可以修饰变量，也可以修饰指针，如下所述。
int a;
const int *p = a;
volatile int *p = a;
//结论：这里const或volatile修饰a,
int * const p = a;
int * volatile p = a;
//结论：这里const或volatile修饰指针p
我想问的是如果这里是pointer-to-pointer，例如
const int **p = a;
volatile int **p = a;
或
int ** const p = a;
int ** volatile p = a;
上面的结论是否还成立？另外，如果const或volatile修饰指针，这里是修饰的第几级
指针呢？还是一级指针和二级指针都被修饰？ |
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J********n
发帖数: 534 | 4 如果你表达的是kinase，很容易自己修饰自己。
如果你表达的非kinase, 有少许可能被修饰，可能在Serine, Threonine, Tyrosine,
Histidine, Aspartate被修饰。
一旦被修饰而你又很介意的话，可以co express一些phosphatase, 或者invitro
dephosphorylation. |
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S**I
发帖数: 15689 | 5
还是修饰a
还是修饰p
当然只修饰指针的指针了 |
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z********i
发帖数: 610 | 6 做了一个蛋白的修饰，发现一个修饰使得蛋白的分子量增加100(tyrosine)，请问这是
什么修饰？有没有遇到过这种情况的。
谢了先。 |
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r*******6
发帖数: 545 | 7 新手要用aptamer，有几个问题不清楚，求问专家：
1）RNA aptamer中A，C和G三个碱基中都含有NH2基。看的文献中都用EDC/NHS和基地的
COOH反应，COOH岂不是除了和3'和5'修饰的NH2反应还要和aptamer上的NH2反应？这不
就破坏aptamer的功能了？
2）如果把基地的功能团是NH2,没找到有公司可以在aptamer的3'和5'修饰COOH。这是什
么原因，不好修饰？ |
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r*******6
发帖数: 545 | 8 新手要用aptamer，有几个问题不清楚，求问专家：
1）RNA aptamer中A，C和G三个碱基中都含有NH2基。看的文献中都用EDC/NHS和基地的
COOH反应，COOH岂不是除了和3'和5'修饰的NH2反应还要和aptamer上的NH2反应？这不
就破坏aptamer的功能了？
2）如果把基地的功能团是NH2,没找到有公司可以在aptamer的3'和5'修饰COOH。这是什
么原因，不好修饰？ |
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a**o
发帖数: 53 | 9 看到一片paper,在操作流程中需要保护DNA，体外甲基化后，又通过退火一小段DNA上去
保留了一个特定位点的Acu I 位点没有修饰，再用Acu I去酶切。目的是只切没有甲基
化保护的位点。
我的问题是， Acu I 对甲基化修饰是不敏感的。这是为什么？谢谢。 |
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s*********t
发帖数: 600 | 10 我需要合成一些5mC甲基化修饰的长DNA oligos。
长度在至少50 mer，甚至更长，定点的Cytosine被修饰成5mC。大概需要50－100 ug。
能否给推荐一家公司，价格便宜质量又好的。
非常感谢！ |
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b*******0
发帖数: 125 | 11 处理细胞，想看是否影响蛋白Sumo修饰（已知该蛋白存在SUMO修饰），当然最直接的方
式是 IP WB了，但是实验室没做过，没经验。于是想先通过mRNA 水平看看，比如说
SUMO 相关酶 以及 去SUMO酶 是否发生了变化。 请问是否可行呢？ 请做过SUMO的指点
下。 |
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w***b
发帖数: 89 | 12 最近发现一个蛋白
可以修饰ubiquitin
形成一种混合的chain从而attach到ubiquitin修饰的蛋白上面
这种chain并不导致蛋白的降解
细胞内似乎没有检测到游离的混合chain
但是往下去的功能研究就进入了死胡同
请大家各抒己见 指点一下可能值得继续研究的方向
万分感谢！！！ |
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K****e
发帖数: 32 | 13 请教各位：
最近在Ecoli中表达真核细胞蛋白后跑胶用质谱检测，以外发现多种翻译后修饰，包括
甲基化、乙酰化和泛素化，从图谱上分析这些位点的鉴定可信度都还不错。按照以往的
知识Ecoli缺乏对真核蛋白翻译后修饰系统，不知大家之前是否观察到过同样现象或看
到过类似报道？谢谢 |
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u***n
发帖数: 1263 | 14 中科院长春应用化学研究所稀土资源利用国家重点实验室廖伍平、张洪杰等在制得系列
稀土－杯芳烃核簇化合物的基础上，采用溶剂热法成功地制得了杯芳烃修饰的Co32核簇
，并观察到了该核簇的三种不同堆积方式。同时，他们与北京大学高松院士课题组合作
，对该核簇的磁性进行了研究，相关工作发表在《美国化学会志》(J. Am. Chem. Soc.
2009, 131, 11650-11651)上。
近年来，杯芳烃在超分子化学及晶体工程方面的研究受到了极大关注，但大多数工
作都集中在对杯芳烃及其衍生物空腔的填充、杯芳烃分子自身的排列方式等的研究上，
如杯芳烃的双层式结构、分子胶囊、“俄罗斯套娃”式、“弗累斯大转轮”、纳米球状
、纳米管状等结构都已有报导。然而，杯芳烃及其衍生物除下沿的酚羟基外，还可在上
沿或下沿拥有功能化官能团，甚至桥连亚甲基也能被修饰或取代，是一种理想的多齿配
体。尽管也有利用杯芳烃为配体构造金属核簇的报道，但其中最大的核簇也只含有12个
金属原子。
长春应化所研究人员以硫杂杯四芳烃为配体，在氯仿和甲醇混合溶剂中经溶剂热处
理成功制得了Co32核簇，这是迄今为止，已制得的含钴数 |
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p*****r
发帖数: 805 | 15 就象3-Aminopropyltriethoxysilane可以修饰氧化物表面然后同时另一段是amine
group一样。有没有用于修饰金的表面的类似的分子？希望在金表面利用NH-来接COO-的大分子。在哪里可以买到？谢谢~ |
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C*******b
发帖数: 174 | 16 【 以下文字转载自 Chemistry 讨论区 】
发信人: Careerjob (career), 信区: Chemistry
标 题: 二氧化钛微球的表面化学反应（化学修饰），谢谢了。
发信站: BBS 未名空间站 (Tue May 29 22:06:08 2012, 美东)
现在想做二氧化钛微球的表面化学反应（修饰）。已有购买的10nm尺寸的微球，希望在
利用微球表面的羟基连上一些有机化合物，诸如己二醛之类的，然后做进一步的反应。
但是对二氧化钛的这类型的反应毫无经验。所以请求帮助。希望高手指点一二：
1. 二氧化钛微球如果要做此类反应，一般溶于或悬浮于哪种溶剂中进行？
2. 如何测量二氧化钛微球的羟基数量？
十分感谢！ |
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i***s
发帖数: 39120 | 17 近日人大裸模苏紫紫登上内地《VISION青年视觉》五月刊。摄影大师梅远贵亲自掌镜还原了一个不加修饰的真实的苏紫紫。
5月VISION GRILS《谁是谁》----学生和人体模特两个身份让苏紫紫一夜之间成为了舆论的焦点，然而所有发生的一切并没有改变这个女孩给自己设定的轨迹。她不在乎谁是谁，她只要做自己。 |
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发帖数: 1 | 18 更加没有任何修饰
直接就是看钱和活儿
嫁汉嫁汉，穿衣吃饭
文明起来了，还是一种进步，尽管多了虚伪
哈哈哈
索南肯定吃不消的，看看小说和影视里一些北方絮叨的老娘们就知道啦
女人需要被压住，所谓征服，索南没有这个“势”去压住别人
星光认为的美德，是中国传统儒家文化里的服从，夫为妻纲，现代穆斯林身上也能看到
，难怪她那么喜欢穆斯林，有m倾向 |
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a****t
发帖数: 1056 | 19 那种沾在窗帘上起修饰和隔夜光的叫什么？
一般放在窗帘的下半部分， 也看到有人放在上半部分， 也同时可以晚上开灯后隔夜光
， |
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j******3
发帖数: 18319 | 20 【 以下文字转载自 Joke 讨论区 】
发信人: renaissance (ole), 信区: Joke
标 题: 布兰切特的奥斯卡红地毯着装---稍加修饰
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Mar 4 14:09:03 2011, 美东)
画龙点睛 |
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l*******a
发帖数: 28 | 21 Biotherm 光感修饰防护隔离霜 美国哪里有卖阿？？ |
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l*******a
发帖数: 28 | 22 Biotherm 光感修饰防护隔离霜 美国哪里有卖阿？？ |
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f******n
发帖数: 33 | 23 修饰了一季的夏
褪去了它的晚妆
秋拾起片片落叶
将思念暗暗珍藏
不舍地守望渐逝的背影
雨丝柔洗着浅浅的忧伤
回忆，仍弥留在余晖里彷徨
揉碎的片段沉入欲坠的夕阳
寂寞的野蒿无视风在曼舞
已倦的秋虫还在浅吟低唱
远行的舟又带走一个愿望
空虚的我孤立于秋水苍茫
藏着心事依然犹疑在路上
絮语喃喃还是悬念着远方
波动的情愫在朦胧中切换
宁静时常渴望明媚的幻想
囚禁的心随云霞慢慢舒卷
劝慰又纠结那冷艳的月光
秋在愉悦的收获旁徜徉
疲惫卸载了掩饰的苍凉
一路抛下恬淡的寂谧
律动的心轻轻地吟唱
转过身走向暮色烟霭
看菊黄簇簇今又重阳 |
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i*i
发帖数: 4739 | 24 【 以下文字转载自 Joke 讨论区 】
发信人: renaissance (ole), 信区: Joke
标 题: 布兰切特的奥斯卡红地毯着装---稍加修饰
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Mar 4 14:09:03 2011, 美东)
画龙点睛 |
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i*i
发帖数: 4739 | 25 【 以下文字转载自 Joke 讨论区 】
发信人: renaissance (ole), 信区: Joke
标 题: 布兰切特的奥斯卡红地毯着装---稍加修饰
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Mar 4 14:09:03 2011, 美东)
画龙点睛 |
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f******n
发帖数: 33 | 27 修饰了一季的夏
褪去了它的晚妆
秋拾起片片落叶
将思念暗暗珍藏
不舍地守望渐逝的背影
雨丝柔洗着浅浅的忧伤
回忆，仍弥留在余晖里彷徨
揉碎的片段沉入欲坠的夕阳
寂寞的野蒿无视风在曼舞
已倦的秋虫还在浅吟低唱
远行的舟又带走一个愿望
空虚的我孤立于秋水苍茫
藏着心事依然犹疑在路上
絮语喃喃还是悬念着远方
波动的情愫在朦胧中切换
宁静时常渴望明媚的幻想
囚禁的心随云霞慢慢舒卷
劝慰又纠结那冷艳的月光
秋在愉悦的收获旁徜徉
疲惫卸载了掩饰的苍凉
一路抛下恬淡的寂谧
律动的心轻轻地吟唱
转过身走向暮色烟霭
看菊黄簇簇今又重阳 |
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v*********i
发帖数: 40 | 28 几个转录因子就能把分化细胞扭转为干细胞，那组蛋白修饰、染色体的高级结构在基因
转录中发挥什么作用？是不是微乎其微？
和转录因子是什么关系呢？ |
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s*******7
发帖数: 160 | 29 如题，已排除N-糖基化，因为用了Endo H和PNGase F两个糖基化酶分子量只减少了几个
kD。不知磷酸化一般可增加多少，还有其他什么修饰可增加多一些呢？
谢谢！ |
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J********n
发帖数: 534 | 30 "因为用了Endo H和PNGase F两个糖基化酶分子量只减少了几个kD"
Endo H对糖的种类和修饰敏感，PNGase跟蛋白结构有关。
要看用什么系统表达的，几个N糖基化位点。如果4个位点以上，很轻易就上10kD。 |
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z******5
发帖数: 30 | 31 植物染色体开放状态的组蛋白修饰标志是什么?
做植物表观遗传学的牛人有谁? |
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s******e
发帖数: 1073 | 32 大肠杆菌表达异体蛋白，想知道蛋白是否可能被磷酸化修饰？谢谢！ |
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m******5
发帖数: 1383 | 33 可能有些unspecific修饰，但pattern肯定和真核不一样 |
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s******e
发帖数: 1073 | 34 I got the following from the web, does these mean no specific
phosphorylation or no phosphorylation at all?
"在大肠杆菌中表达的蛋白由于缺少修饰和糖基化、磷酸化等翻译后加工，常形成包涵
体而影响表达蛋白的生物学活性及构象。" |
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g*********d
发帖数: 233 | 35 RNA干扰及其在动物繁殖中的应用
2009-12-28
RNA 干扰(RNA interference, RNAi)是生物进化过程中遗留下来的一种在转录后通
过 RNA 调控基因表达的机制, 它是指在真核细胞中引入双链 RNA分子从而导致具有序
列同源性的基因产生特异性基因沉默 (gene silencing)的现象 。由于 RNA干扰可以阻
断特定的基因表达, 具有超越疫苗和抗病毒药物的诸多优点, 因此在阐述基因功能以及
蛋白质相互作用等方面, 表现出诱人的前景。近年来随着分子生物学的发展, RNAi 的
机制也不断被阐明, 同时国内外研究也证实 RNAi 技术可以为动物繁殖过程中所涉及的
基因功能提供一条新的思路, 这在科研和生产实践上都具有重要的意义。
1 RNAi的发现
Matzke 等于 1989 年报道了启动子介导的序列同源性基因共转染烟草可引起转
基因表达发生沉默。 1990 年, Napoli 和 Van der Krol 等为了让矮牵牛花的颜色更
加鲜艳, 把与紫色相关的查尔酮(chalcone)基因转染到牵牛花内, 结果意外发现, 植物
体的颜色... 阅读全帖 |
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a*******a
发帖数: 4233 | 36 K几？
我觉得你染一下组蛋白的甲基化酶和去甲基化酶
用他们的启动子做gfp reporter去分细胞可能还容易点。
直接做组蛋白的话， K9-3， K27，可能还能设计一下reporter
其他的修饰。。 很难。 |
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f*****f
发帖数: 195 | 37 目前正在做一个蛋白H。见附件GFP-H在293中表达：blot anti-GFP，H理论大小130kd，
GFP-H 150kd上面总有很深的背景。flag-H blot flag也类似：在130kd上有类似很深条
带。
蛋白可能有修饰么？泛素化？但好像一般泛素化检测需要转染Ub后才比较明显（不太清
楚），有类似例子么。
或是293 over-expression 有时会出现这种情况。
重复过多次不同的cell lysates，所以上面的背景应该不是实验操作原因。
谢谢 |
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C********4
发帖数: 308 | 38 谢谢
ucsc的那个怎么选要看的修饰啊？能看一些常见蛋白的chip seq吗 比如suz12 |
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C********4
发帖数: 308 | 40 谢谢。我不是要看这个具体的基因啊，只是举了个例子 。。想问个通用的办法，随便
看哪个基因哪个修饰哪个binding 蛋白
作为matrix，你怎么读不懂我的内心 。。＝＝
hematopoietic |
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l****j
发帖数: 70 | 41 我用一种抗体检测出了两条带，一般都认为目的条带在25KDa左右，但是我发现在50KDa
上面还有另外一条，left line是对照组，right line是过表达另外一种蛋白质后，
25KDa的表达减少，50KDa上面的条带表达增多而且分子量更高了，
这是什么情况？是蛋白质修饰 or 两种蛋白质binding or self-dimer?怎样能检测出来
？
哪位有经验的前辈帮忙分析一下吧，先谢过 |
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y***y
发帖数: 709 | 42 这个非直接的方法太不靠谱了，我觉得。
有时候酶的活性跟mRNA水平没啥关系，翻译后修饰的成分太大了，比如磷酸化，泛素化
之类的
没有做过没关系，找到protocol跟着做就是了
对于没做过的实验，不要怵，要胆大心细，把人家protocol好好研究，每一步的所以然
都弄明白，然后硬着头皮就去试。几次不成够之后再想他法。
您现在都还没试呢，就琢磨着用非直接的方法。即便是运气好，被您找到了一些证据，
回来发文章的时候，reviewer一句话说，没有IP的证据结果不可信，您还不得一样回来
重新来过？ |
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g********k
发帖数: 6 | 43 PTM和RNA没必然联系啊。最简单的方法，IP下来，直接用sumo的抗体检测。不过有些蛋
白的PTM比例不大，western一般看不到。建议sumo1/2/3和蛋白共转，后面的检测相当
于co-ip。Lysis的时候记得加NEM，保护sumo修饰。 |
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K****e
发帖数: 32 | 44 ubiquitin是没有，但是又没有发挥类似UPS作用的体系呢？
细菌中乙酰化的报道较多，提示细菌中有成套的乙酰化修饰体系，是不是可以认为外源
性蛋白在进行质粒表达后也可能会被Ecoli中的乙酰化酶作用，从而产生乙酰化位点。
不知道这方面有没有报导？ |
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D***a
发帖数: 516 | 45 一个nucleosome上有两个H3，那这两个H3 N端tail上的修饰是否一样？ |
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f*****n
发帖数: 93 | 47 小分子 cysteamine， 高分子 HS-PEG-NH2 都可以吧， 但是这两种分子都会在某种程
度上导致颗粒聚集。
你要是用 -COOH 和 -NH2 的coupling反应，只能是在颗粒上修饰 -COOH， 然后再连 -
NH2 group 的分子， 研究一下反应机理你就知道怎么回事了。
的大分子。在哪里可以买到？谢谢~ |
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C*******b
发帖数: 174 | 48 现在想做二氧化钛微球的表面化学反应（修饰）。已有购买的10nm尺寸的微球，希望在
利用微球表面的羟基连上一些有机化合物，诸如己二醛之类的，然后做进一步的反应。
但是对二氧化钛的这类型的反应毫无经验。所以请求帮助。希望高手指点一二：
1. 二氧化钛微球如果要做此类反应，一般溶于或悬浮于哪种溶剂中进行？
2. 如何测量二氧化钛微球的羟基数量？
十分感谢！ |
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g*****x
发帖数: 3283 | 49 1)当然会反应，ACG在oligo合成时候分别用Bz, Ac和ib保护。除此之外，每一个ribose
的2'上的－OH也会反应。
2)这个修饰很显然得在rna oligo synth完成、脱保护/从CPG切割之前做，但很显然-
COOH的ester在随后用高浓度nucleophile脱保护/切除时就会被干掉。
3)综合以上两点，只在3'/5'做－COOH的ester基本上不可能。 |
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