s********2
发帖数: 138 | 1 我最近调一个基因的基因组序列，根据cDNA序列的5'和3’UTR区域设计了一对引物，在
基因组里扩增，结果发现了能扩增出来三条带。经测序，发现外显子的序列是一致的，
但是内含子的序列差异很大。这三种情况，内含子的插入位置是一致的，并且是都只有
两个内含子。第一种和第二种相似，但是第二种比第一种在内含子上多了250bp的序列
。而第三种的内含子和这两种就完全不同了。我不知道大家遇到过类似的基因么？如果
遇到这种情况，接着往下做的思路是怎么样的呢？这个基因可能是和抗病相关，我本来
是打算做这个基因外显子部分的SNP和抗病的相关性分析的。但是出来这样的结果，觉
得可以往下做点东西，但是又没有什么思路。希望大家能够给予指导。谢谢! |
j****x
发帖数: 1704 | 2 这个gene编码的蛋白大致是什么功能？
你得先证实，确实存在这三个独立的pre-mRNA，来自不同的locus，尽管编码产物相同
的。
【在 s********2 的大作中提到】
: 我最近调一个基因的基因组序列，根据cDNA序列的5'和3’UTR区域设计了一对引物，在
: 基因组里扩增，结果发现了能扩增出来三条带。经测序，发现外显子的序列是一致的，
: 但是内含子的序列差异很大。这三种情况，内含子的插入位置是一致的，并且是都只有
: 两个内含子。第一种和第二种相似，但是第二种比第一种在内含子上多了250bp的序列
: 。而第三种的内含子和这两种就完全不同了。我不知道大家遇到过类似的基因么？如果
: 遇到这种情况，接着往下做的思路是怎么样的呢？这个基因可能是和抗病相关，我本来
: 是打算做这个基因外显子部分的SNP和抗病的相关性分析的。但是出来这样的结果，觉
: 得可以往下做点东西，但是又没有什么思路。希望大家能够给予指导。谢谢!
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s********2
发帖数: 138 | 3 这个蛋白主要作用就是能够抑制生物体内寄生虫的繁殖。
可是我怎么来证实存在3个独立的pre-mRNA呢？
【在 j****x 的大作中提到】
: 这个gene编码的蛋白大致是什么功能？
: 你得先证实，确实存在这三个独立的pre-mRNA，来自不同的locus，尽管编码产物相同
: 的。
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Z******5
发帖数: 435 | 4 啥生物啊？没有基因组序列？
从第一个外显子或最后一个外显子向两端再扩几kb,测序看看一样不。 |
M*****n
发帖数: 16729 | 5 pseudo genes
duplicate genes |
s********2
发帖数: 138 | 6 是一种牡蛎，还没有基因组的序列。是我经过PCR扩增，自己测序得到的序列。嗯，要
不我就做个genome-walking，拿到启动子看看。
【在 Z******5 的大作中提到】
: 啥生物啊？没有基因组序列？
: 从第一个外显子或最后一个外显子向两端再扩几kb,测序看看一样不。
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s********2
发帖数: 138 | 7 如果是pseudo genes，那研究起来就没啥意思了。如果是duplicate gene，那还有点意
思。
【在 M*****n 的大作中提到】
: pseudo genes
: duplicate genes
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j****x
发帖数: 1704 | 8 pseudogene一般不会出现外显子序列及剪接位点完全一致，只是内含子序列不一致的情
况。
找找ortholog以及paralog,看看在其他物种尤其是近缘物种里有什么特点
【在 s********2 的大作中提到】
: 如果是pseudo genes，那研究起来就没啥意思了。如果是duplicate gene，那还有点意
: 思。
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s********2
发帖数: 138 | 9 嗯，可是我们研究的物种太低等了，近缘物种都没有序列呢。如果想要研究，只能自己
去那个种里调序
列。
【在 j****x 的大作中提到】
: pseudogene一般不会出现外显子序列及剪接位点完全一致，只是内含子序列不一致的情
: 况。
: 找找ortholog以及paralog,看看在其他物种尤其是近缘物种里有什么特点
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M*****n
发帖数: 16729 | 10 可能是very recently arised pseudogene or duplicates.
如果exon完全一致，那么恐怕不能叫做paralog了。
anyhow, 不管是那种情况，都没啥大意思。
象oyster这类的，恐怕duplicate gene不少吧。
【在 j****x 的大作中提到】
: pseudogene一般不会出现外显子序列及剪接位点完全一致，只是内含子序列不一致的情
: 况。
: 找找ortholog以及paralog,看看在其他物种尤其是近缘物种里有什么特点
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s********2
发帖数: 138 | 11 嗯,oyster 的基因组变异性非常大，所以duplicate gene肯定很多。主要是这个基因是
抗病相关
的，我的课题就是关于这方面的。既然无意中发现这个想象，所以我想如果能接着研究
这个基因也不
错，我还发现这个基因的不同类型在不同地理群体的分布不一样。但是既然Morphin战
友说没啥大意
思，我心里刚燃烧起来的火焰就被浇灭了。
【在 M*****n 的大作中提到】
: 可能是very recently arised pseudogene or duplicates.
: 如果exon完全一致，那么恐怕不能叫做paralog了。
: anyhow, 不管是那种情况，都没啥大意思。
: 象oyster这类的，恐怕duplicate gene不少吧。
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l********n
发帖数: 62 | 12 俺在做植物，也遇到这种情况。ｅｘｏｎ可能会有一个点突变，但是各自ｉｎｔｒｏｎ的都不一样。ｃ
ＤＮＡ有了，但是一直拿不出最后一段ｉｎｔｒｏｎ的序列。郁闷啊。。
现在在用RNA sequencing的办法，看看cDNA是不是只是一种。 |
M*****n
发帖数: 16729 | 13 very likely to be duplicates.
why don't you use the intron sequences to map it? If it maps to two different loci then must be two duplicate genes.
ｎ的都不一样。ｃ
【在 l********n 的大作中提到】
: 俺在做植物，也遇到这种情况。ｅｘｏｎ可能会有一个点突变，但是各自ｉｎｔｒｏｎ的都不一样。ｃ
: ＤＮＡ有了，但是一直拿不出最后一段ｉｎｔｒｏｎ的序列。郁闷啊。。
: 现在在用RNA sequencing的办法，看看cDNA是不是只是一种。
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