t**k
发帖数: 16 | 1 最近发现一个promoter上有一个CpG的G突变到T(我不确定这个CGCG就是transcription
factor的binding site,但是这个CpG的位置就在转录起始点上游大概250bp左右,看chip
-sequencing结果,位置比较像)
我想证明一下,这个可能和甲基化有关,并且有可能影响蛋白表达水平的提高. qPCR显示
表达水平提高了,但是不知道是不是就是这个突变造成的.
哪位老师帮忙设计个可行的办法,我是新手,请大家多多帮忙! | s******s
发帖数: 13035 | 2 你先测一下到底有没有甲基化再说吧
transcription
chip
【在 t**k 的大作中提到】
: 最近发现一个promoter上有一个CpG的G突变到T(我不确定这个CGCG就是transcription
: factor的binding site,但是这个CpG的位置就在转录起始点上游大概250bp左右,看chip
: -sequencing结果,位置比较像)
: 我想证明一下,这个可能和甲基化有关,并且有可能影响蛋白表达水平的提高. qPCR显示
: 表达水平提高了,但是不知道是不是就是这个突变造成的.
: 哪位老师帮忙设计个可行的办法,我是新手,请大家多多帮忙!
| c*********t
发帖数: 340 | 3 先做一下bisulfite conversion + pyrosequencing看一下原来的序列是不是甲基化的
，如果本来就没甲基化突变成T不能甲基化也没有影响的，那就是TF Sequence-
specific binding的问题。。如果原来是甲基化的那有可能因为去甲基化导致表达升高 | t**k
发帖数: 16 | 4 哈哈,多谢高人指点,看来先知道是否是CpG island 是第一步,如果没有甲基化,就白撤
了,如果原来有甲基化,就还有点希望.
我现在就是觉得甲基化如果在C上,G突变了,好像意思不大吧. | t**k
发帖数: 16 | | s******s
发帖数: 13035 | 6 1.另一条链是C
2.不是CpG, DNMT1没法maintain甲级化
【在 t**k 的大作中提到】
: 哈哈,多谢高人指点,看来先知道是否是CpG island 是第一步,如果没有甲基化,就白撤
: 了,如果原来有甲基化,就还有点希望.
: 我现在就是觉得甲基化如果在C上,G突变了,好像意思不大吧.
| b****r
发帖数: 17995 | 7 楼主不要过于激动，promoter啥多态都没有的基因不多
先去网上查查这个是不是人家已经发现的多态吧 |
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