k****n
发帖数: 158 | 1 导师要看合作者的一批基因芯片数据，把和我们相关的通路做了go分析，然后想转换到
affymetrix ID看看芯片数据的情况。请教有没有什么方法可以批量把go 的基因转换到
affymetrix ID的？
谢谢 |
m***T
发帖数: 11058 | 2 去Affy的NetAffx查查看，它有batch查询的功能。将你需要的所有基因ID存到一个Text
文件中（follow它所需要的格式），然后用batch query的功能去试试。 |
k****n
发帖数: 158 | 3 刚开始就 试过了，没有试出来怎样用，呵呵？？
谢谢，再去看看
Text
【在 m***T 的大作中提到】
: 去Affy的NetAffx查查看，它有batch查询的功能。将你需要的所有基因ID存到一个Text
: 文件中（follow它所需要的格式），然后用batch query的功能去试试。
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g**********t
发帖数: 475 | |
k****n
发帖数: 158 | 5 thanks, will try it.
【在 g**********t 的大作中提到】
: bioconductor肯定可以做，不过我没怎么用过，你可以研究一下。
: http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/ann
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k****n
发帖数: 158 | 6 太复杂了，有没有简单的啊？
【在 k****n 的大作中提到】
: thanks, will try it.
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c*******s
发帖数: 28 | 7 不很清楚你说的“go的基因”指什么，如果指基因名称、并且你的芯片是比较常见的芯
片，ensembl的biomart应该可以转换。在www.ensembl.org点上面的BioMart，Database
选Ensembl Genes 63，然后选物种，然后（可选）建立filter，选你要输出的
Attributes就行了，microarray在External->Microarray里面，如果里面有你的
platform的话。
或者去affymetrix的网站下载你的platform的相关文件里面应该能找到对应关系。matlab里面
也有可以处理affymetrix data的包，也许比R的更容易使用一点，至少文档更清楚……
【在 k****n 的大作中提到】
: 导师要看合作者的一批基因芯片数据，把和我们相关的通路做了go分析，然后想转换到
: affymetrix ID看看芯片数据的情况。请教有没有什么方法可以批量把go 的基因转换到
: affymetrix ID的？
: 谢谢
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o*****h
发帖数: 293 | 8 library(hgu95av2.db) or library(hgu133a.db), sth like that.
toTable(revmap(hgu95av2GO)[c("GO:0080146")]), ........
【在 g**********t 的大作中提到】
: bioconductor肯定可以做，不过我没怎么用过，你可以研究一下。
: http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/ann
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