i*****i 发帖数: 154 | 1 最近在做基于CRISPR的knockout,感觉很强大啊。
而且效率也非常高,不知道以后会不会完全取代siRNA和shRNA啊?
大牛们讲讲。 |
j******i 发帖数: 939 | 2 各有所长吧。zfn, talen, 出来也没有取代shRNA啊。CRISPR目前至少要解决两个问题
,一个是太大,难deliver, 一个是off-targeting. |
w*****r 发帖数: 2061 | 3 CRISPR比TALEN简单多了
都是RNA guide,off-targeting跟shRNA差不多吧,不知道Cas9 nuclease没有guide的
话,活性怎么样
【在 j******i 的大作中提到】 : 各有所长吧。zfn, talen, 出来也没有取代shRNA啊。CRISPR目前至少要解决两个问题 : ,一个是太大,难deliver, 一个是off-targeting.
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z*******a 发帖数: 175 | 4 RNAi在organism level 有用吗? |
s******s 发帖数: 13035 | 5 听上去比talen啥强的多,尤其效率巨高。
据说还可以突变失活,放一排tiling RNA上去标记基因。
【在 w*****r 的大作中提到】 : CRISPR比TALEN简单多了 : 都是RNA guide,off-targeting跟shRNA差不多吧,不知道Cas9 nuclease没有guide的 : 话,活性怎么样
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s******s 发帖数: 13035 | 6 不过取代不容易。siRNA有点像hemizygous,
CRISPR现阶段只能homozygous。
【在 i*****i 的大作中提到】 : 最近在做基于CRISPR的knockout,感觉很强大啊。 : 而且效率也非常高,不知道以后会不会完全取代siRNA和shRNA啊? : 大牛们讲讲。
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x********e 发帖数: 35261 | 7 这个的好处主要是genome editing吧 RNAi都差不了多少
【在 i*****i 的大作中提到】 : 最近在做基于CRISPR的knockout,感觉很强大啊。 : 而且效率也非常高,不知道以后会不会完全取代siRNA和shRNA啊? : 大牛们讲讲。
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j****n 发帖数: 3370 | 8 Knock out 和 knock down的区别吧
不知道crispr用于knock down容易实现不?貌似用于gene activation已经实现了
★ 发自iPhone App: ChineseWeb 8.6
【在 i*****i 的大作中提到】 : 最近在做基于CRISPR的knockout,感觉很强大啊。 : 而且效率也非常高,不知道以后会不会完全取代siRNA和shRNA啊? : 大牛们讲讲。
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r******g 发帖数: 600 | 9 Crispr can definitely knockdown as well.
https://www.cell.com/abstract/S0092-8674(13)00826-X?switch=standard
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3664290/
The designing is not too complicated.
【在 j****n 的大作中提到】 : Knock out 和 knock down的区别吧 : 不知道crispr用于knock down容易实现不?貌似用于gene activation已经实现了 : : ★ 发自iPhone App: ChineseWeb 8.6
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s******s 发帖数: 13035 | 10 没看这两片。不过理论上可以用polymorphysm只target一个allele,或者两个都
KO,然后加一个低表达的载体进去?
【在 r******g 的大作中提到】 : Crispr can definitely knockdown as well. : https://www.cell.com/abstract/S0092-8674(13)00826-X?switch=standard : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3664290/ : The designing is not too complicated.
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a******a 发帖数: 283 | 11 Genome editing The Berkeley and San Francisco campuses of the University of
California have announced a US$12-million project focused on the CRISPR/Cas9
gene-editing technology, the powerful technique that allows targeted
rewriting of genomes (see Nature http://doi.org/rz6; 2014). The Innovative Genomics Initiative will receive $10 million from the Li Ka Shing Foundation in Hong Kong, with the rest made up by the two universities. Jennifer Doudna, the Berkeley-based executive director of the initiative, says that it will focus on developing the technology for human-health applications and creating a library of research resources so that others can use the technique.
【在 s******s 的大作中提到】 : 没看这两片。不过理论上可以用polymorphysm只target一个allele,或者两个都 : KO,然后加一个低表达的载体进去?
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d****i 发帖数: 2346 | 12 很想用CRISPR,但是担心设计,合成,连接克隆,转染进去以后发现没作用,有off
target,折腾了好长时间拿不到phenotype。
问一下楼主,你做KO有没有筛单克隆?那个过程我感觉蛮复杂的。 |
j******i 发帖数: 939 | 13 克隆狠容易拿到。gRNA成功率很高,但是不同的loci效率有不同,一般设计三个gRNA,
挑其中效率最高的用。off-target是没办法的,或者用double nickase吧, 不过效率会
降低。筛选克隆的过程是麻烦了点,费时费力,一般用gfp, puro,来enrich, 不过都不
是最好的方法,各显神通吧。
【在 d****i 的大作中提到】 : 很想用CRISPR,但是担心设计,合成,连接克隆,转染进去以后发现没作用,有off : target,折腾了好长时间拿不到phenotype。 : 问一下楼主,你做KO有没有筛单克隆?那个过程我感觉蛮复杂的。
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j******i 发帖数: 939 | 14 ZFN, TALEN, CRISPR我都在用。挑最喜欢的,还是ZFN,因为他小,很容易放到viral
vector里边。但是它贵啊,自己合成的话,成功率又不高。TALEN克隆费力了一点,不
过熟练的话,一周就能拿到了。CRISPR定oligo, 克隆,怎么也要一周了吧。TALEN的专
一性很好,CRISPR的潜在off-targets一搜能搜出一大堆,吓死人。
shRNA是RNA识别RNA, CRISPR是RNA识别DNA+cas9识别DNA, 所以你不能简单的说都是RNA
guide. Cas9没有gRNA就没有办法cut on target了。当然,不知道cas9本身有没有细
胞毒性。
【在 w*****r 的大作中提到】 : CRISPR比TALEN简单多了 : 都是RNA guide,off-targeting跟shRNA差不多吧,不知道Cas9 nuclease没有guide的 : 话,活性怎么样
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d****i 发帖数: 2346 | 15 请教楼上高人,
1)利用几个大实验室的在线设计工具,设计三个gRNA,构成三个载体,转染细胞。假定
转染效率不是瓶颈,这个一般是不是直接做realtime或者western挑一个效果最好的就
用了?还要不要做off target检测?我担心的是三个里面还没一个效果满意的。
2)如果我跳过筛单克隆这一步,转染后加药稍微筛一下,然后直接进入下游实验。这个
情况下效率会比siRNA更好吗?
谢谢! |
y***y 发帖数: 709 | 16 也准备上CRISPR的人搭车问一下
怎么从设计的三个sgRNA里面筛选到效率高呢?
把gblock合成好之后,分别和cas9质粒共转染然后做RFLP吗?
还是收蛋白看目的基因的表达情况?
我要做的是成纤维细胞,转染效率很低,不知道在低转染效率的情况下如何筛选到效率
高的sgRNA,希望得到有经验人的指点。
【在 j******i 的大作中提到】 : 克隆狠容易拿到。gRNA成功率很高,但是不同的loci效率有不同,一般设计三个gRNA, : 挑其中效率最高的用。off-target是没办法的,或者用double nickase吧, 不过效率会 : 降低。筛选克隆的过程是麻烦了点,费时费力,一般用gfp, puro,来enrich, 不过都不 : 是最好的方法,各显神通吧。
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a*****n 发帖数: 2835 | 17 有lenti virus系统了
【在 y***y 的大作中提到】 : 也准备上CRISPR的人搭车问一下 : 怎么从设计的三个sgRNA里面筛选到效率高呢? : 把gblock合成好之后,分别和cas9质粒共转染然后做RFLP吗? : 还是收蛋白看目的基因的表达情况? : 我要做的是成纤维细胞,转染效率很低,不知道在低转染效率的情况下如何筛选到效率 : 高的sgRNA,希望得到有经验人的指点。
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y***y 发帖数: 709 | 18 也有看到这个系统了
可是我担心cas9留在基因组中可能会对细胞有影响吧
【在 a*****n 的大作中提到】 : 有lenti virus系统了
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s******r 发帖数: 1245 | 19 先找个转染效率高的细胞系测一下挑个最好的,人的细胞可以用293,转完收DNA做RFLP
或者surveryor或者测序
fibroblast转染也没那么差啦,有条件做二代测序的可以直接在fibroblast里做,很
sensitive,不差钱的话去找公司做测序也就百十来块一个sample,省很多事
【在 y***y 的大作中提到】 : 也准备上CRISPR的人搭车问一下 : 怎么从设计的三个sgRNA里面筛选到效率高呢? : 把gblock合成好之后,分别和cas9质粒共转染然后做RFLP吗? : 还是收蛋白看目的基因的表达情况? : 我要做的是成纤维细胞,转染效率很低,不知道在低转染效率的情况下如何筛选到效率 : 高的sgRNA,希望得到有经验人的指点。
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b***2 发帖数: 348 | 20 把crispr的蛋白想办法直接弄进细胞有没有可行性和优势? |
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d****i 发帖数: 2346 | 21
你是不是说用TAT一类肽引导进去?发一篇文章没问题。但是我个人觉得没多大优势,
因为现在已经把cas9和gRNA做到一个载体里面了,即使你把蛋白直接弄进细胞,还是要
转染gRNA的plasmid。
【在 b***2 的大作中提到】 : 把crispr的蛋白想办法直接弄进细胞有没有可行性和优势?
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b***2 发帖数: 348 | 22 gRNA本身不大,现在的技术手段可以把两个东西一起弄进去。
【在 d****i 的大作中提到】 : : 你是不是说用TAT一类肽引导进去?发一篇文章没问题。但是我个人觉得没多大优势, : 因为现在已经把cas9和gRNA做到一个载体里面了,即使你把蛋白直接弄进细胞,还是要 : 转染gRNA的plasmid。
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d****i 发帖数: 2346 | 23 http://www.nature.com/nmeth/journal/v11/n4/full/nmeth.2857.html
Efficient genome modification by CRISPR-Cas9 nickase with minimal off-target
effects |
l***y 发帖数: 638 | 24 cas9挺大的蛋白
效率是关键
这么折腾有啥优势?
【在 b***2 的大作中提到】 : gRNA本身不大,现在的技术手段可以把两个东西一起弄进去。
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i*****i 发帖数: 154 | 25 可不可以先做一个Cas9稳定表达的细胞,然后把gRNA像siRNA那样transfection进去?
理论上差不多,gRNA是单链,siRNA是双链。 |
j******i 发帖数: 939 | 26 1. off-target 和细胞毒性 跟cas9 浓度有关。
2. 涉及dna的vector有插入到基因组的风险。是一种insertional mutagenesis.
3. 从dna表达的cas9存在时间长,筛选得到的克隆其实并非纯克隆,而是很多克隆的混
合,因为CRISPR会一直在cut.
4. Overexpression cas9 可能引起免疫反应。
5. Transfection或nucleofection在很多原代细胞效率很低,而且有毒性。
6. 蛋白不用表达,受精卵注射的时候用mRNA, 可能跟dna难表达有关。
7. 能想到的暂时只有这些了。
【在 l***y 的大作中提到】 : cas9挺大的蛋白 : 效率是关键 : 这么折腾有啥优势?
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