S*******y
发帖数: 575 | 1 有人用过GeneWIZ 吗？
正在经历很难过的经历。 |
l***s
发帖数: 841 | 2 有什么问题吗？ 好像我们实验室的Sanger Sequencing都送到它那里，一般结果还可以
，也挺便宜。
【在 S*******y 的大作中提到】
: 有人用过GeneWIZ 吗？
: 正在经历很难过的经历。
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S*******y
发帖数: 575 | 3 他们好像把合同里那个“....we are unable to guarantee the results...”当成护
身法宝了，扯起皮来还狠强势。故事有点长了，内容加时间！！
去年10月中跟他们测DNA 文库，和序列分析（各quote了一个order），我送之前做了很
多前期工作，选取那些有共同序列（PCR并sanger测序确认），并且是overlap的（酶切
验证，互不相同）的fosmid，结果送测序的8个fosmid中，只有半个是我想要的序列，
即便这个测到共同序列的fosmid也只assemble到了一半的插入序列（fosmid应该插入
40kb左右）。11月底拿到序列，12月初拿到assemble的序列，turn around time还是正
常。但是，序列里至少一半左右的data是大肠的genome，更重要的是，对于8个formid
，花费了$10K左右，只有半个是有用序列，确实太让我失望了，所以12月开始基本就跟
他们反馈这个事情（这里我也要承认一点，第一次搞fosmid没经验，确实有E coli
genome污染，也贪心，除了8个fosmid外，还一起测了3个细菌的genome）。
如果没有大肠的污染，根据交订单时候的计算，测序量是够的，发现污染，且废数据占
比比较大的时候我一开始就认为是测序的量不够。那会儿他们还不承认，所以进一步的
序列分析，讨论，来来回回，中间几乎每次开会的时候都会提到那个“....we are
unable to guarantee the results...”的合同，我说也可以理解，但是总的
reasonable吧，时间已经到了3月了。中间我决定重送新的fosmid，除大肠染色体的污
染，quote了第三个order，在我的强烈要求下，号称他们内部好好讨论过后，在信息分
析这一块打了些折扣，这样这个order是$6k，就只有8个formid。首先我们自己除大肠
的genome污染，花了几个星期时间吧，最后基本PCR只看到弱弱的16S rRNA的扩增带了
，4月初新样品送去了。在我的强烈要求下，promise 4月底-5月中交回分析好的序列。
我原本一直是寄希望于这些结果来写6月的R01的。
虽然对结果失望，但是大家街头巷尾碰到，还是热情打招呼的。这中间还有个平行发生
的事情是催款，就是前面2个order的invoice发了几次了，我都觉得这样的测序以及分
析结果没法认为项目该结束了吧，所以确实也没同意我们所里管财务的人去交那个
quote的费用。直到4月中旬左右吧，有天， 他们那个NGS的director给我发email说第
三个order被hold了，（其实他们已经behind schedule了）必须先付完前两个order的
钱，才可以继续。我心想已经耽误我那么长时间了，居然还hold。当然要跟那个
director打电话了，各执己见，director也是强调无法promise结果，没什么好结果，
关键是人家说如果XXX之前不同意先付钱的话，就是他们公司的律师和我们学校律师谈
了。本来是在咽不下这口气，不说要花那么多钱了，我失去的时间呢，没结果如何写
R01？，但是真心没时间跟他们扯皮，所以来这里发发牢骚吧。现在应该还在hold中。
。。
以后有这种护身法宝的公司，一定要避免。
【在 l***s 的大作中提到】
: 有什么问题吗？ 好像我们实验室的Sanger Sequencing都送到它那里，一般结果还可以
: ，也挺便宜。
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l***s
发帖数: 841 | 4 不大懂fosmid。是HiSeq shortgun sequencing吗? 我一般是是在自己学校里做。
genome assembly是个问题，commercial services容易做不好，尤其不是常见genome的
话。
formid
【在 S*******y 的大作中提到】
: 他们好像把合同里那个“....we are unable to guarantee the results...”当成护
: 身法宝了，扯起皮来还狠强势。故事有点长了，内容加时间！！
: 去年10月中跟他们测DNA 文库，和序列分析（各quote了一个order），我送之前做了很
: 多前期工作，选取那些有共同序列（PCR并sanger测序确认），并且是overlap的（酶切
: 验证，互不相同）的fosmid，结果送测序的8个fosmid中，只有半个是我想要的序列，
: 即便这个测到共同序列的fosmid也只assemble到了一半的插入序列（fosmid应该插入
: 40kb左右）。11月底拿到序列，12月初拿到assemble的序列，turn around time还是正
: 常。但是，序列里至少一半左右的data是大肠的genome，更重要的是，对于8个formid
: ，花费了$10K左右，只有半个是有用序列，确实太让我失望了，所以12月开始基本就跟
: 他们反馈这个事情（这里我也要承认一点，第一次搞fosmid没经验，确实有E coli
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H****N
发帖数: 997 | 5 第一个order花了10k没作出来为啥还找他们？ |
S*******y
发帖数: 575 | 6 俺们没有啊！没准可以试试你们学校的，推荐下？fosmid基本跟cosmid一样，copy数低
，第一次用的是mySeq平台2x250 bp。
【在 l***s 的大作中提到】
: 不大懂fosmid。是HiSeq shortgun sequencing吗? 我一般是是在自己学校里做。
: genome assembly是个问题，commercial services容易做不好，尤其不是常见genome的
: 话。
:
: formid
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S*******y
发帖数: 575 | 7 很奇怪，cosmid的NGS测序很难找到公司做（genome就很平常）我之前好像也发过帖子
问的，已经找了很长时间了，才找到这家公司的。确实，按理说应该换公司了，但是一
来他们熟悉情况了，没准trouble-shooting可以简约点时间，二来我确实苦于找到别的
好的地方。联系过几家core facility，反馈也不是很positive。
仁兄，有推荐的吗？我还会有很多这样的测序。
【在 H****N 的大作中提到】
: 第一个order花了10k没作出来为啥还找他们？
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