l********k
发帖数: 14844 | 1 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: xydotcom (xydotcom), 信区: Biology
标 题: Re: 有谁觉得做bioinformatics 的数据分析 python比R好的？
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Jun 26 16:00:30 2014, 美东)
你可以用java c++ 代替python做任何东西。但是在统计分析时，没有什么可以代替R， |
N******K
发帖数: 10202 | 2 R有些别人写好的公式算法而已
【在 l********k 的大作中提到】
: 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
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: 标 题: Re: 有谁觉得做bioinformatics 的数据分析 python比R好的？
: 发信站: BBS 未名空间站 (Thu Jun 26 16:00:30 2014, 美东)
: 你可以用java c++ 代替python做任何东西。但是在统计分析时，没有什么可以代替R，
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l*****t
发帖数: 2019 | 3 做bioinformatics如果不是Python，R双修的话，就过时了。
【在 l********k 的大作中提到】
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: 标 题: Re: 有谁觉得做bioinformatics 的数据分析 python比R好的？
: 发信站: BBS 未名空间站 (Thu Jun 26 16:00:30 2014, 美东)
: 你可以用java c++ 代替python做任何东西。但是在统计分析时，没有什么可以代替R，
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n******7
发帖数: 12463 | 4 而已。。。
不服你也写个
【在 N******K 的大作中提到】
: R有些别人写好的公式算法而已
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n******7
发帖数: 12463 | 5 前段时间认真研究了一下 scipy代替R，及时悬崖勒马了
【在 l*****t 的大作中提到】
: 做bioinformatics如果不是Python，R双修的话，就过时了。
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T*****u
发帖数: 7103 | 6 同意，没必要啊，以scipy之短，博R之长。
【在 n******7 的大作中提到】
: 前段时间认真研究了一下 scipy代替R，及时悬崖勒马了
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W***o
发帖数: 6519 | 7 学术界用R多些
【在 n******7 的大作中提到】
: 前段时间认真研究了一下 scipy代替R，及时悬崖勒马了
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N******K
发帖数: 10202 | 8 我天天在写新算法
【在 n******7 的大作中提到】
: 而已。。。
: 不服你也写个
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n******7
发帖数: 12463 | 9 so what??
所以你可以写个R出来？
所以你自己啥都要自己写？
所以不会写算法的才用R？
自我中心的太厉害了
【在 N******K 的大作中提到】
: 我天天在写新算法
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n******7
发帖数: 12463 | 10 我一般用python做data processing,R做analysis
我想试试用python搞定全套东西
numpy+scipy+matplotlib+pandas
似乎很好很强大
另外一点是我对ggplot2有点不爽
文档太简陋了，稍微特别点的图就要google stackoverflow上看别人答案
而且还老在变，比如theme什么的
隔壁组的一人一直用matplotlib画图，感觉也还不错
不过他也觉得scipy不如R，准备跳过来了了
【在 T*****u 的大作中提到】
: 同意，没必要啊，以scipy之短，博R之长。
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V*********r
发帖数: 666 | 11 哪些不如？具体说说？
【在 n******7 的大作中提到】
: 我一般用python做data processing,R做analysis
: 我想试试用python搞定全套东西
: numpy+scipy+matplotlib+pandas
: 似乎很好很强大
: 另外一点是我对ggplot2有点不爽
: 文档太简陋了，稍微特别点的图就要google stackoverflow上看别人答案
: 而且还老在变，比如theme什么的
: 隔壁组的一人一直用matplotlib画图，感觉也还不错
: 不过他也觉得scipy不如R，准备跳过来了了
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n******7
发帖数: 12463 | 12 都是一些琐碎的问题
http://www.mitbbs.com/article/Programming/31349753_3.html
反正我是没信心了，还是用最主流的工具省心
另外对于做bioinfo来说，bioconductor太有用了
【在 V*********r 的大作中提到】
: 哪些不如？具体说说？
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d*******r
发帖数: 3299 | 13 忍不住问一下，你们统计的画图，要是在不同软件间来回传数据，
也是用的 csv 这种通用格式吧？有没有人转成JSON扔到 JavaScript 里画？
比如用 D3.js 这种，不比 Python/R 爽多了？还可以动态调改
http://d3js.org/
【在 n******7 的大作中提到】
: 我一般用python做data processing,R做analysis
: 我想试试用python搞定全套东西
: numpy+scipy+matplotlib+pandas
: 似乎很好很强大
: 另外一点是我对ggplot2有点不爽
: 文档太简陋了，稍微特别点的图就要google stackoverflow上看别人答案
: 而且还老在变，比如theme什么的
: 隔壁组的一人一直用matplotlib画图，感觉也还不错
: 不过他也觉得scipy不如R，准备跳过来了了
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T*****u
发帖数: 7103 | 14 我用python做data management，用R做data analysis，感觉比较舒服；这个应该跟你
的思路是一样的。以前是什么东西都自己做做，现在觉着还是站在别人的肩膀上舒服一
些。
【在 n******7 的大作中提到】
: 我一般用python做data processing,R做analysis
: 我想试试用python搞定全套东西
: numpy+scipy+matplotlib+pandas
: 似乎很好很强大
: 另外一点是我对ggplot2有点不爽
: 文档太简陋了，稍微特别点的图就要google stackoverflow上看别人答案
: 而且还老在变，比如theme什么的
: 隔壁组的一人一直用matplotlib画图，感觉也还不错
: 不过他也觉得scipy不如R，准备跳过来了了
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W***o
发帖数: 6519 | 15 我用java处理数据，然后用python或者R 做分析，画图
最近在琢磨用D3，不过发现这个library支持的model太少了
【在 T*****u 的大作中提到】
: 我用python做data management，用R做data analysis，感觉比较舒服；这个应该跟你
: 的思路是一样的。以前是什么东西都自己做做，现在觉着还是站在别人的肩膀上舒服一
: 些。
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t********e
发帖数: 1169 | |
w***g
发帖数: 5958 | 17 有点杀鸡用牛刀的感觉。我们以前发paper都用gnuplot画的图。
【在 t********e 的大作中提到】
: 画图上node.js, 大杀器啊
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t********e
发帖数: 1169 | 18 现在的不少paper, 图已经不够了， 很多要源代码，还有demo
node.js正合适
【在 w***g 的大作中提到】
: 有点杀鸡用牛刀的感觉。我们以前发paper都用gnuplot画的图。
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W***o
发帖数: 6519 | 19 能否介绍几个用node.js作图的example？ 需要用啥library 吗？
【在 t********e 的大作中提到】
: 现在的不少paper, 图已经不够了， 很多要源代码，还有demo
: node.js正合适
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t********e
发帖数: 1169 | 20 d3.js
【在 W***o 的大作中提到】
: 能否介绍几个用node.js作图的example？ 需要用啥library 吗？
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n******7
发帖数: 12463 | 21 D3我琢磨过，还怂恿我同事用过
但是感觉这个不是专门为统计设计的，高级点的统计作图估计搞不定
不过好处是可以做dynamic,interactive的图表，我一直觉得这种效果用来忽悠外人很
好，以后推广我们的东西的时候我是准备用用这个
【在 d*******r 的大作中提到】
: 忍不住问一下，你们统计的画图，要是在不同软件间来回传数据，
: 也是用的 csv 这种通用格式吧？有没有人转成JSON扔到 JavaScript 里画？
: 比如用 D3.js 这种，不比 Python/R 爽多了？还可以动态调改
: http://d3js.org/
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n******7
发帖数: 12463 | 22 统计里面水很深，对大部分人来说，能自己倒腾的一般涉及的统计背景很少
如果自己能搞定，用的比较多，还希望有些自由度的功能，还是自己写好
开源的东西文档烂，有bug，有时候干半天发现被坑了
【在 T*****u 的大作中提到】
: 我用python做data management，用R做data analysis，感觉比较舒服；这个应该跟你
: 的思路是一样的。以前是什么东西都自己做做，现在觉着还是站在别人的肩膀上舒服一
: 些。
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n******7
发帖数: 12463 | 23 这个是用来画图的？我一直以为是做server段服务的
【在 t********e 的大作中提到】
: 画图上node.js, 大杀器啊
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n*****3
发帖数: 1584 | 24 same question: node.js 画图?
link please . thanks.
【在 n******7 的大作中提到】
: 这个是用来画图的？我一直以为是做server段服务的
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