l**********t
发帖数: 5754 | 1 Not aware of any scientific literature that document the spontaneous generation
of functional nucleotides or peptides polymers from the monomers solutions
w/o the involvement of functional enzymes (as in pcr or in vitro replication
machinery that I once worked on) |
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a**********e
发帖数: 418 | 2 No lab can make any of the DNA, RNA, or protein, by similuating the earth
primitive conditions, or even monomers of them.
that is a hypothesis.
，所以生命是进化出来的已经是科学结论了，而不是信仰。
论和生物进化论。不了解自己先看看进化思想史方面的书。 |
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t*******d
发帖数: 2570 | 3 Several labs have made DNA, RNA, polypeptide and their monomers by
simulating the earth primitive conditions. Papers are already published. |
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a**********e
发帖数: 418 | 4 Have you read the paper? If so, the monomers they made are the same as what
are in our body? Are they similuting the earch primitive conditions? I hope
your definition of earch primitive condition, and mine are the same. |
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O**********0
发帖数: 61 | 5 ☆─────────────────────────────────────☆
BHistory (往者的影子) 于 (Fri Sep 9 00:20:11 2011, 美东) 提到:
俺曾认为生命是进化起源的，后来越找越发现进化论像是信仰而非科学结论。可是每有
飞机网友觉着俺如此看待进化论是反科学了。
所以俺本着科学的精神，问个问题，求各位飞机进化论牛人给个科学的答案。
大家知道达尔文进化论是以遗传机制为基础的，第一个有遗传机制的生命怎么来的，当
时根本没有提及。
后人发现这一问题后，就又提出了化学进化论，就是无机分子在某种机制下，自动组合
出了第一个有遗传的生命。此后达尔文进化论似乎可以take care（其实未必，今后再
讨论）。
今天我们先看比第一个有遗传生命的出现简单万亿倍的问题，第一个蛋白质如何化学进化出
现？
先亮亮俺一个愚昧基督徒的愚见：
已知最简单的具有遗传机制的单细胞生命的复杂度已经远远超出人们最初的想象，大概
有400种蛋白质几十万个组成。其中较小的蛋白质大概100个氨基酸，如果在随机热运动
中组成，因为自然界对称的氨基酸不少于40种（20多种氨基酸及... 阅读全帖 |
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O**********0
发帖数: 61 | 6 ☆─────────────────────────────────────☆
BHistory (往者的影子) 于 (Fri Sep 9 15:00:23 2011, 美东) 提到:
本帖是热运动组装第一个蛋白质的副贴。原帖：http://www.mitbbs.com/article_t1/TrustInJesus/676133_0_1.html
因为靠热运动组装第一个蛋白质是困难的，所以有观点认为第一个蛋白质是根据某个自
然产生的遗传基因密码(DNA/RNA)组装出来的。这便是热运动组装第一个遗传密码/基因
的理论。
在俺看来，这是先有蛋还是先有鸡的问题。蛋白质好比蛋，基因好比下蛋的鸡。如果自
然界糊出一个蛋很困难，那糊出一个下那个蛋的鸡就更困难。
事实上，每三个DNA碱基对决定一个氨基酸，加上基因的头码三个，尾码三个，对应一
个100个氨基酸长链的遗传密码（306个碱基对），其自然产生的困难程度和自然排列该
特定氨基酸长链的困难程度基本一样（遗传密码更难一点）。且遗传密码翻译为第一个
蛋白质还可能需要翻译和连接氨基酸的机制（类似一些细胞器的功能）。所以自然产生
第一个... 阅读全帖 |
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P***a
发帖数: 4213 | 7 ☆─────────────────────────────────────☆
monomer (单体) 于 (Wed Apr 18 21:14:37 2007) 提到:
想联系回国的事宜。谢谢。
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zhangpower (Final Thesis and Visa) 于 (Wed Apr 18 21:31:49 2007) 提到:
这个应该找系主任什么的吧
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TechniColor (坚决服从rourou的领导) 于 (Wed Apr 18 21:31:55 2007) 提到:
联系相关的系啊
一般主页上都有
校长怎么可能有空管召不召一JUNIOR FACULTY
这在美国也就是SEARCHING COMMITTEE的事情
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OpenSee (Phantom of Columbia) 于 (Wed Apr 18 2 |
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P***a
发帖数: 4213 | 8 可以找monomer，他或者他学生应该有88和98账号 |
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d********r
发帖数: 303 | 9 http://www.hhmi.org/news/images/mackinnon5.gif
Now comes the chloride channel.
What is the differnce.
Potassium channel transports potassium, which is a cation, with positive
charge on it.
chlordie channel transports chloride, which is an anion, with negative charge
on it.
This is the difference.
Look at its structure, you will find each monomer of the chloride channel is
an independent channel. The native form is dimer. So you have two channels
within the dimer. This is not the case for potassi |
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n****e
发帖数: 1677 | 10 I used to make different constructs for 1 protein, they are all soluble, but
behave different, some are monomer, inactive, some are dimer inactive, some
are dimer active can't crystallize, some are dimer active can
crystallize......
And the difference between these constructs are just around 10 residues.
所不
另一
而不
来就 |
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s********n
发帖数: 2939 | 11 理论上可以这样：
构建两个带有不同purification tags而且可以相容的载体，如6xHis tag on pET和
Strep tag on p15A or dual vector。让这两个monomer coexpress，用Ni-NTA和Strep
tag的亲和柱顺序纯化即可。 |
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H*g
发帖数: 2333 | 12 Will this change the monomer structure or affect protein folding? |
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W*********e
发帖数: 247 | 13 If the residue only mediates intermolecular interaction, and changing it to
Ala doesn't not affect monomer structure/folding, I don't see why mutating
it to an acidic residue would affect these aspects. |
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l**n
发帖数: 109 | 14 0.1mg可以试跑自然胶再切胶回收
用1ml的mono S或者mono Q也有可能分开monomer和oligomer，应该比gel filtration的
回收率高些 |
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l**n
发帖数: 109 | 15 确实不保证work，但如果work会比gel filtration更好。如果lz用DLS检测的话，是能
区分aggregate和monomer的 |
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g*********r
发帖数: 9366 | 16 monomer and aggragate might elute out together
they might have very similiar pi |
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a*****y
发帖数: 269 | 17 I think it is not a monomer. |
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c********o
发帖数: 139 | 18 这些抗体真的是能够只识别oligomer，而不识别monomer吗？另外用Th-S不能作为淀粉
样多肽识别的分子探针吗？是否可以取代免疫识别？ |
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T**********t
发帖数: 1604 | 19 Analytical Ultracentrifugation可以判断monomer/oligomer状态，但是需要的蛋白量
比较大。一个样品体积要大概400ul，absorbance最好在1左右，而且做完基本就废了，
拿不回来了。 |
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a****k
发帖数: 1130 | 20 你不是有抗体的吗，gel filtration之后做western就好了啊。最近帮别人做了一些这
方面的实验，是可行的。550Kda在superose 6还有superdex 200上都是不会从void
position出来的，monomer和tetramer肯定是可以分开的 |
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m**z
发帖数: 787 | 21 Gel filtration also worth a try. It may be easier if you have the right
column and can separate the monomer/tetramer. |
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w*****3
发帖数: 1582 | 22 cross-link, or native gel |
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h****k
发帖数: 182 | 23 谢ls,cross-link的具体思路是怎样的? |
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y******8
发帖数: 1764 | 25 内源的膜蛋白可能很难做。比较常见的是做FRET或者Co-IP，都是过量表达。 |
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C*******e
发帖数: 4348 | 26 对，cross linking做的本身的意义就在于把两个东西（大多数时候是两个肽链，或者
是一个肽链一
个marker）用共价键相连，所以一条肽链内的cross linking其实是要避免的。在研究
两个肽链（可
以相同也可能不同）的相对空间位置的时候可以用cross linking提供一些有用的信息
。所以如果你
的蛋白本身是dimer，或者trimer，理论上说可以用cross linking的方式“固定”下来。 |
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h****k
发帖数: 182 | 27 谢ls，如果蛋白本身是单体，使用crosslinking后会不会造成假象，检测结果为dimer
或者multimer??
另外co-IP的时候使用该receptor的抗体，如果是单体，该抗体会不会聚集这些
receptor,而成为dimer或者multimer?? |
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S****r
发帖数: 982 | 28 Cysteine-trap is a regular approach to confirm dimer of membrane proteins.
dimer
No. SDS-PAGE, reducing or non-reducing environment, depending on the linkers
you chosen.
No, SDS-PAGE |
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m*********7
发帖数: 5207 | 29 Bingo! I like this answer. |
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h********r
发帖数: 519 | 30 现在最重点的是soluble ab oligomers, rather than ab fibrils or monomers, are the most toxic species. The origin of ab toxicity may come from the membrane-disruption. Ca overload may be consequence of membrane disruption due to the formation of ion channel. |
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z***q
发帖数: 907 | 31 一个小的hairpin loop(27nt),用核磁做其结构。在水中看base pair(imino-imino,
imino-amino),folding correctly, connectivity也很多，但是5-8ppm的peaks are
totally
messed up, very broad and not well resolved.换到D2O中也是一样，即使2D
expperiemnts, 也不能很好的区分各个峰。1D上就像一个大的馒头峰，上面插着若干个
小叉子
（小尖峰）一样，无法分开各个峰。
像请问各位大侠，有人遇到过这种情况么？这个RNA 到底有没有正确折叠呢？从非变性
胶上只
看到一条清晰的条带，确定是monomer而不是dimer.如果结构不对的话，有什么方法可
以使其
正确折叠呢？我已经试过了加热快速冷却，缓慢冷却，改变盐离子浓度（50mM,100mM),
pH值
（试过4.5，6.0）都不管用，而且每次得到的谱图（1D）都不一样，都快被它搞崩溃了
。是不
是接下去只能考虑换序列了？老板也完全不能理解这种情况，只是反复和我强调我的操
作有错
误，他这么多... 阅读全帖 |
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m*******y
发帖数: 13 | 32 已经try了ITC,但是出来的数据不好，不可用。
不知道还有什么方法可行，fluorescence可行么？
谢谢！ |
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m*******y
发帖数: 13 | 34 也用了analytical gel filtration,但是homodimer太大，bing的蛋白太小，所以无法
区别是bind一个还是两个都bind. |
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T**********t
发帖数: 1604 | 35 试试analytical ultracentrifugation? |
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y******8
发帖数: 1764 | 39 If you can measure the complex formation in real-time, then very easy.
If not, too many artifacts could compromise your conclusion. |
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S*****s
发帖数: 287 | 40 Proc Natl Acad Sci U S A. 2009 Apr 14;106(15):6369-74. Epub 2009 Apr 1.
Structural rearrangement of CaMKIIalpha catalytic domains encodes activation.
Thaler C, Koushik SV, Puhl HL 3rd, Blank PS, Vogel SS.
看看这篇文章吧。作者用 two photon imagine 做 homoFRET 看 CaMKII 单体怎么样组
合成一个 enzyme complex。我觉得这个技术应该能解决你的问题。 |
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C*******e
发帖数: 4348 | 41 感慨一下
师傅好不好很重要！
虽说师傅领进门
修行在个人
不过如果师傅水平一般的话
徒弟想出众也不容易啊
二月底搜集到的一组X光衍射数据
组里发过Nature一作的jj教我怎么做
从indexing到scaling到integrating到molecular replacement
折腾了N久
每一步都很艰难
当然这组数据本身有点麻烦就是了
计算显示一个unit cell有大概12个copy的monomer
我们有同源蛋白，hexamer做模型
可是怎么找都找不到所有12个copy
要不就是互相overlap
上周我们组来了个新人
也是搞结构的
前天说他来看看我的原始数据
然后今天MP的结果就出来了
看着更加接近正解
我欢天喜地接着做auto build
由此非常感慨！ |
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s******s
发帖数: 13035 | 42 所以我觉得有运气的因素。
做ChIP类得，sonicate成monomer, 基本上两头有个一二十bp的free dna
顶多了吧，不太会有几百。感觉上可能是因为telomere那里可能是一堆
蛋白+DNA团在一起，sonicate不开。如果是这样的话，这个PiCH可能不容
易在其他普通的chromatin上做 |
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s********n
发帖数: 2939 | 43 根据DoE的能源报告，全世界生物质的产生量是全球能源消耗的10倍，可用来产生能源
而且不与食物冲突的生物质（主要是lignocellulose）大概与全球能源消耗量持平，当
然不同的model得到的结果有出入。
对于高价值的化工产品，对原材料的价格并不sensitive，用一般的glucose或者是生物
质产生的sugar并不是关键；但是对于biofuel而言cheap sugar是关键，只有利用所有
生物质产生的sugar甚至lignin monomers才有可能实现。 |
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b******y
发帖数: 627 | 44 No, MBP is largely a monomer.
He said "主带总是在25kd". I am guessing that there are minor bands and one
of them is the full length product. If no full length product at all due to
degradation, it is hard to help out here. |
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s********r
发帖数: 13 | 45 文献一般用六氟异丙醇溶解A beta，然后晾干再溶解到PHS里面，但是A beta一般都是
聚集态，很难得到单个的A beta
哪家公司的A beta质量比较可靠啊？
多谢了 |
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f***l
发帖数: 1157 | 46 比如溶液里一种蛋白可以形成monomer，dimer，trimer等等，如何从分子量（或大小）
的角度测量各个聚集体的比例
谢谢~~~ |
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C*******e
发帖数: 4348 | 47 对polymer和小鼠都不算熟
不过大胆的猜测一下
就当提供个思路？
有没有可能是残留的未聚合的monomer有毒性引发的死亡？ |
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p****e
发帖数: 105 | 48 好问题，monomer毒性不大，单独注射没什么反应。 |
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b******n
发帖数: 4225 | 49 对于荧光蛋白来说，如果要做fusion，最值得考虑的是三点
1）颜色
2）发光形式是多聚还是单体。最好是单体，比如EGFP，AcGFP, mCherry，mStrawberry。
DsRed，ZsGreen等等都是臭名昭著的tetramer，做了fusion之后经常一个皿中没几个发
光的，这种发光的细胞往往对于研究是无效的（这种定位不可靠）
3）relative brightness。如果以EGFP为100，那么GFP(48)，AcGFP(82),mCherry(47)
mStrawberry(78), DsRed(176),DsRed-Express T1(58)，DsRed-Monomer(10),Zsgreen(
117)
相对而言，别的参数大部分都是浮云
如果不做fusion，尽可以选择那些相对发光强度大的比如DsRed,Zsgreen |
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e****s
发帖数: 1125 | 50 高浓度形成inactive 的oligomers?
可以跑个Gel filtration看看，如果有Oligomers形成，分别收集Oligomers和Monomer
，测活。 |
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