由买买提看人间百态

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全部话题 - 话题: myc
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i*d
发帖数: 2640
1
Thanks a lot!

myc
i*d
发帖数: 2640
2
Thanks a lot!

myc
t*****a
发帖数: 308
3
来自主题: Biology版 - Gateway 克隆问题
需要无tag表达。但我的destination载体有N端myc tag. 如果在基因atg前加上Kozak
序列,表达的蛋白应该不带tag? 谢了。
w*e
发帖数: 740
4
来自主题: Biology版 - Gateway 克隆问题
no
因为翻译已经从N-MYC哪里开始了,你这么做只是加了几个氨基酸,弄不好你还弄得阅
读框错位
r**a
发帖数: 121
5
谢谢各位的建议。
目前,我们还不准备做RNA-seq,觉得耗费是不是太大了
我们第一步,只是想证明这个是RNA binding的蛋白
我们目前有一个myc tag的蛋白,在转在果蝇里面(我们是做果蝇的),而且是
functional的,所以可以用这个抗体,但是在果蝇里面好象没有好的办法标记RNA (我
不知道能不能尝试,用oligo dT的beads,pulldown,能不能拉下我的蛋白?)
还有一个,我们已经在那个HTH motif做了点突变,有几个突变体有很好的现象,
所以我们还想进一步证明,这个作用是通过这个区域进行的。
所以,只要是一个体外的实验,证明上面两点就可以了。
midwestPhD大哥的方法不错,就是我个人对这个EMSA有点怵(听说挺麻烦的),以前硕
士的时候帮一个师兄一起搞过,没有做出来。
H**O
发帖数: 89
6
来自主题: Biology版 - 孔老千 zz
理砖科的论文,是和别处不同的。多是第一作者为主要的砖工,后边几个帮忙的
,再后边几个打酱油的,最后挂上老板的名字是为通讯作者。做工的人,PhD毕业之后
,往往先做一两轮postdoc,攒几篇paper,然后去找教职——这是二十年前的事,现在
要做到四五轮——有了大paper,后面找postdoc便有底气;倘若有了CNS,便可从AP做
起谋个PI当了,如果有几篇CNS,或者已经当上AP,A/P,那兴许就能评千人锦衣还乡了
。但多数的砖工,智商情商拙计,大抵没有这么顺利。只有牛人,才能当上老板push别
人干活。

我从大二起,便在村口的文理学院砖厂里打杂。老板说,too young naïve,
怕做不了独立的项目,就跟着别人做点事提提质粒蛋白做做克隆吧。做克隆虽然事小,
但唠唠叨叨缠夹不清的也很不少。哪一步出个小bug,便P不出来后面的也做不了。所以
过了几天,老板又说我干不了这事。幸亏砖厂是劳动密集型产业,总... 阅读全帖
r*****m
发帖数: 3619
7
最难的是无中生有的去提理论,头破血流的去探索,你们这些洗碗的猴子怎么看得懂?
你们的视野就是几个信号分子,Myc,p53
晶体和信号的诺贝尔奖真的发完了,你去问问任何懂行的就知道。一群包工头在中国炒
作几个永远不会得诺贝尔奖的领域。
y***i
发帖数: 11639
8
现在在讨论是不是假的,尤其是是不是故意造假。证据强度不够这个太常见了。我在
Journal club读过一篇Nature长文章,段落标题声称对expression有影响,数据居然只
有对Myc的表达有影响的证据。但整个文章其他结论都比较solid,实验已经做了很多,
所以只是作为弱点点了一下。

文章
s******s
发帖数: 13035
9
我一般都用针筒,然后hood里放一个装大口瓶子,所有接触
virus的东西都扔里面,泡在bleach里面。
实验室有些老美直接往垃圾袋扔,虽然说现在的lenti不扩增,
最多感染表皮;不过做ips的都是myc这类东西,就算只感染表皮
也不是啥好事,一般说服教育又忘了的,只能躲着
s*********7
发帖数: 1180
10
来自主题: Biology版 - Santa Cruz的抗体好用吗?
不会吧,刚买了mouse anti-myc,有经验的人说说这个可以用吗?
Z******5
发帖数: 435
11
我之前用U87和U251转myc之类的蛋白,基本不会死。
多用几种质粒同时转看看。如果你对照也都死一大堆,就果断换转染试剂。
我一直用Fugene HD
O********4
发帖数: 113
12
来自主题: Biology版 - 2014中国生化年会八卦
其实那个帖子的观点很扯淡,典型的半瓶醋愤青学生评价科研的方式。别误会,我不是
说你认同这个观点。
楼主如果暗示林,说的就是他和韩家淮合作的12年的science 和以前的NCB 吧,这两个
文章出来后林才有了评院士的条件。看了一下那个science, 我这外行看来还很不错,
不过没看出方法或概念好到上science 的程度,也许autophagy 最近比较时髦影响大的
缘故。不过最amazing的是他们最开始是用普通gel 上把一个单Ser phosphorylation
和很近的double phosphorylation 分开并用质谱鉴定出来(p-S86 和 p-S86/p-S-90)
,最初用的还是Myc 抗体。这个要么是运气好,要么有其他 clues 他们没说。后来也
有些小矛盾的地方,比如后来的anti-TIP60 只识别一条带。但我只大概看了fig1。
不过既然是科学不端,就大大方方说好了。在年会上吞吞吐吐地爆料传小道消息,不是
scientist 该做的。说出来要么净化科研环境,要么还人清白。
和林有过一面之缘,不觉得他是相貌不凡的帅哥,所以楼主也许在说别人,要么就是我
... 阅读全帖
g****0
发帖数: 425
13
搭车问一下,myc (9E10)antibody crosslink后能pull down吗?
求protocol。
z*t
发帖数: 863
14
大牛那myc tag呢?
要过表达protein比较大(150kd)左右,一般要不要加?
i*********0
发帖数: 915
m*****r
发帖数: 1164
16
去CCLE 和 Cosmic上搜搜吧
f******g
发帖数: 1003
17
recently, a paper in cell shows that myc heterogenerous KO mice have longer
lifespan
l****y
发帖数: 486
18
而cancer metabolism的热跟这两点都关系没那么大,就第一点来说,整个cancer
metabolism里能抱的唯一大腿就是IDH(在癌症里有大量mutation的core component).
其实在发现IDH mutation前,这也是这个领域被人criticize的地方,就是:既然如此
重要,怎么没什么突变。IDH的出现让领域里的人如获至宝,但既变如此,这样的例子
还是太少了。
要说明的是,cancer metabolism是一个比较新(但其实也有上十年了)的领域,它里
面的leaders不是以前做传统metabolism的人,而是做 cancer signaling的人,所以这
些人把自己做的targets像PI3K, mTOR, Myc, P53什么的都说成是cancer metabolism里
的。这些targets在癌症里毫无疑问是非常重要的,但玩的太久了就不容易继续做了,
所以大家在这里换个角度可以继续研究。但这些不仅调控metabolism,也调控很多其他
东西(cell cycle, migration, genomic integrity, DNA ... 阅读全帖
l****y
发帖数: 486
19
而cancer metabolism的热跟这两点都关系没那么大,就第一点来说,整个cancer
metabolism里能抱的唯一大腿就是IDH(在癌症里有大量mutation的core component).
其实在发现IDH mutation前,这也是这个领域被人criticize的地方,就是:既然如此
重要,怎么没什么突变。IDH的出现让领域里的人如获至宝,但既变如此,这样的例子
还是太少了。
要说明的是,cancer metabolism是一个比较新(但其实也有上十年了)的领域,它里
面的leaders不是以前做传统metabolism的人,而是做 cancer signaling的人,所以这
些人把自己做的targets像PI3K, mTOR, Myc, P53什么的都说成是cancer metabolism里
的。这些targets在癌症里毫无疑问是非常重要的,但玩的太久了就不容易继续做了,
所以大家在这里换个角度可以继续研究。但这些不仅调控metabolism,也调控很多其他
东西(cell cycle, migration, genomic integrity, DNA ... 阅读全帖
X******n
发帖数: 914
20
Abcam ChIP grade HA ab9110.
B*****e
发帖数: 1005
21
多谢谢楼上的二位。
B*****e
发帖数: 1005
22
多谢,这类Trap哪家的比较强, 有人说Trap做ChIP的效果不太好,和抗体比哪个强些?
k*****n
发帖数: 323
23
ha的话,roche的rat mono clone很好用,不过最好是加上一个bridge antibody
B*****e
发帖数: 1005
24
大牛,bridge antibody是指啥东东?
B*****e
发帖数: 1005
25
santa的能提供一个货号吗?
H****s
发帖数: 301
26
不懂。进来学习一下。CHIP用的抗体和普通的做免疫荧光的抗体有什么不同?亲和力更
强?特异性更好?谢谢指点,
k*****n
发帖数: 323
27

e, just another antibody against Rat IgG, like rabbit @ Rat, or Goat @ Rat,
you can use Protein G bead incubate with either one bridge antibody for 1h @
4C first, wash once, then add Rat @ HA antibody, incubate for another 2h @
4C.
k*****n
发帖数: 323
28

e, just another antibody against Rat IgG, like rabbit @ Rat, or Goat @ Rat,
you can use Protein G bead incubate with either one bridge antibody for 1h @
4C first, wash once, then add Rat @ HA antibody, incubate for another 2h @
4C.
B*****e
发帖数: 1005
29
多谢耐心细致地讲解。

,
@
@
r**a
发帖数: 121
30
来自主题: Biology版 - Myc tag antibody 求推荐!
谢谢啦:-)
B****n
发帖数: 70
31
来自主题: Biology版 - 冯新华实验室的千老崩溃了
抛开他博后工作,他独立后主要贡献是smad phosphatase 这一系列工作,加上TGF
beta的一些信号传导,比如这篇smad myc interaction的MC都是比较经典的,但这几篇
主要的早年文章都是夫妻俩一人第一,一人通迅(他们也得自己先Survive, 前面分析
过),这样客观上dilute他们trainee的first author paper,但既使如此,也还是有发
得不错的手下,但这些人跟老板关系如何又是另外一回事了。
他们为了找smad phosphatase, 建了一个可能包括大多数phosphatase的库,这样除了
研究 smad phosphatase外,还可以展开研究其他phosphatase, 但这个方向目前还没什
么大的建树(不排除将来会有)原因之一是phosphatase不好做,整个领域都不景气,
别的做phasphotase的也没发什么好文章。我觉得他们在这个方向的一大贡献是为大家
提供了一个resource, 所以时不时有些coauthor paper.

出来
y***n
发帖数: 109
32
来自主题: Biology版 - 最小的 affinity tag pairs
我需要一个很小的affinity tag pair,不知道有没有比下面这些还小的呢?
FLAG/MYC/HA/HIS & antibody, 120+ kDa
biotin & Streptavidin, 52 kDa
HaloTag & ligand, 34 kDa
SNAP tag & ligand, 20 kDa
S****B
发帖数: 17
33
来自主题: Biology版 - 最小的 affinity tag pairs
Nanobody……10-15KDa
[在 yuban (java) 的大作中提到:]
:我需要一个很小的affinity tag pair,不知道有没有比下面这些还小的呢?
:FLAG/MYC/HA/HIS & antibody, 120+ kDa
:biotin & Streptavidin, 52 kDa
:HaloTag & ligand, 34 kDa
:SNAP tag & ligand, 20 kDa
y***n
发帖数: 109
34
来自主题: Biology版 - 最小的 affinity tag pairs
有FLAG/MYC的nanobody吗?光见过GFP的。
s******y
发帖数: 28562
35
来自主题: Biology版 - 最小的 affinity tag pairs
MYC 的好像有了,FLAG 的还没有。
不过,你的问题的答案难道不是NTA-Ni + 6xHis 么?这个还不够小?

发帖数: 1
36
来自主题: Biology版 - 生物大牛们粗略估算一下
实际上我们对cancer甚至整个信号传导的理解还远远不够。我们的知识是碎片化和模糊
的(等我们真正理解之后甚至会发现是错的)。比如一个简单的问题,像Myc, Rb和p53
在基因调控网络中的真正角色是什么我们并不清楚,这不是简简单单一个术语,像
oncogene或者tumor suppressor能概括的。就像组装一个飞机,手下有一大堆零件,但
是只有它们是正调控或者负调控原件的信息,这个飞机拼起来之后肯定要摔下来。
解决这个问题, 一个就是要用更精细的测量方法,和更基于物理事实(有关生物的就
是热动力学,化学反应动力学和统计力学了)的精确数学描述来定量化研究这些问题。
统计学其实是数学中的麦丹劳,是用来寻找相关性的。而只有基于物理定律的数学表达
才有预测的能力。可惜大部分学生物的人数学训练都不够。

mutation
gene
m******u
发帖数: 12400
37
你们问这种问题,真是学生物的?
m******u
发帖数: 12400
38
只要能暴露在表面,为什么不能被抗体识别?融合蛋白放在头上(两端),蛋白本身能
折叠成自身结构,那么tag就很可能会被暴露在外表。但这也不是一定的,tag影响蛋白
折叠,融合蛋白不能自然折叠,没有活性,tag不能被抗体识别也有报道。
最后,tag放在目的蛋白内部的例子也有,而且还能保留蛋白自身活性。这种成功例子
不能保证你的蛋白能够成功。
我这里回答,是觉得你这个问题问得不对。
g*****n
发帖数: 241
39
谢谢大家的回复
j*****n
发帖数: 217
40
他是western,不存在表面不表面的问题,早都变性、暴露了
f*****e
发帖数: 34
41
转自 知乎:
(如何看待武汉大学「千人」专家举报同校「长江学者」李红良涉嫌学术造假,以及当
事人回应不存在造假?)
作者:匿名用户
来源:知乎
Li的Nat. Med文章Biochemistry问题很多,尤其是Western Blot和IP data,不是正常
实验做法。以li最新的2018年Nat Med paper关于CYLD为例: Fig2中外源过表达FLAG-
TRIM47和HA-CYLD验证TRIM47和CYLD相互作用,按照paper中method里面的抗体,FLAG、
HA、Myc和His抗体都是MBL公司mouse来源的抗体,IP完后抗体本身重链和轻链哪去了?
??这样的例子在li的Nature子刊paper中一大堆。
CYLD和TRIM47内源相互作用:CYLD抗体是CST #8462 或ab153698(abcam),rabbit抗体
。而TRIM47是ab155549抗体(abcam), rabbit抗体。用CYLD进行IP,IP完抗体重链、轻
链哪去了???
z******n
发帖数: 97
42
来自主题: Chemistry版 - 孔老千 zz (转载)
【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: HFNO (H5N1 禽流感), 信区: Biology
标 题: 孔老千 zz
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Feb 3 16:30:35 2014, 美东)
理砖科的论文,是和别处不同的。多是第一作者为主要的砖工,后边几个帮忙的
,再后边几个打酱油的,最后挂上老板的名字是为通讯作者。做工的人,PhD毕业之后
,往往先做一两轮postdoc,攒几篇paper,然后去找教职——这是二十年前的事,现在
要做到四五轮——有了大paper,后面找postdoc便有底气;倘若有了CNS,便可从AP做
起谋个PI当了,如果有几篇CNS,或者已经当上AP,A/P,那兴许就能评千人锦衣还乡了
。但多数的砖工,智商情商拙计,大抵没有这么顺利。只有牛人,才能当上老板push别
人干活。

我从大二起,便在村口的文理学院砖厂里打杂。老板说,too young na... 阅读全帖
r******g
发帖数: 8
43
来自主题: Law版 - wrong decision?
yes the location was a big factor. I desperately wanna flee away from NYC
after
living in MYC metro for six years :P

the
a
w********h
发帖数: 12367
44
【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: toptip (土翁), 信区: Biology
标 题: 从整型医生到诺贝尔奖-山中伸弥的研究历程
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Oct 17 00:04:30 2012, 美东)
引言
山中伸弥(Shinya Yamanaka)获得诺奖已经有几天了,虽然两年前在听完他的讲座后
我兴致很高地写了两篇文章,这些天我却没有多少动力再写一篇完整的文章来介绍他的
工作。
我一直对中国现在还盛行的规划性科研,应用导向型科研耿耿于怀。这些所谓的重大项
目在立项的当初对目标/前景写得宏大无比,之后却通常草草收场。如果那些重大项目
真的能实现立项当初的用意,那诺贝尔奖早就在中国遍地开花了。广大科研人员都觉得
这种运行模式是一个笑话,饶毅、施一公等大牛也重炮轰击,但是分钱游戏还在进行着
。而公众,包括相当一部分科研人员也并不了解科研的自身规律,总是一再地问做基础
研究有什么用。
Shinya Yamanaka的成功是典型的小实验室自由探索的成功。他的成功再一次提示,有
相当多的科学突破是不可预测的。如果中国有大批优质的小实验室得到稳... 阅读全帖
d****y
发帖数: 2180
45
How to contact you?
Are you in MYC?
p*******g
发帖数: 2976
46
【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: albertsmwk (.)(.), 信区: Biology
标 题: 第一批“青年千人计划”生物类@publication列表@
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Aug 18 15:04:16 2011, 美东)
花了一个小时,深深的鄙视一下自己的无聊行径!!
125 蔡亮 男 1980年11月 复旦大学 生命
科学 2007年12月毕业于[美国]北卡大学 [美国]加州大学旧金山分校 博士后
Cai L, Mostov K. Polarity is destiny. Cell. 2009 Nov 13;139(4):660-2. PubMed
PMID: 19914162; PubMed Central PMCID: PMC2900917.
Cai L, Makhov AM, Schafer DA, Bear JE. Coronin 1B antagonizes cortactin and
remodels Arp2/3-containing actin branche... 阅读全帖
y***i
发帖数: 11639
47
【 以下文字转载自 Prose 讨论区 】
【 原文由 myc 所发表 】
黑洞
传说茫茫宇宙中有你
掩埋在星云的深处
时间在你脚下止步
沧海桑田,在记忆中凝结
空间在你身边弯曲
方寸之间,有三千世界
我愿投身向你
象飞蛾追逐火光
因我知, 春秋苦短
流水年长
因我的心已疲于流浪
不管那刹那的永恒
是生是灭?

发帖数: 1
48
来自主题: Statistics版 - 有人想给杂志review paper吗?
您好,我的朋友是生物统计方向的master,她有很多publication和审稿的经验。她在
德州西南医学中心做computation biologist。以下是她的信息
name: Uthra Balaji
email: [email protected]/* */
如果有合适的审稿机会可以发给她吗?多谢您!!
Publication:
1. Metabolic Reprogramming of Pancreatic Cancer Mediated by CDK4/6
Inhibition Elicits Unique Vulnerabilities. Jorge Franco, Uthra Balaji,
Elizabeth Freinkman, Agnieszka K. Witkiewicz, Erik S. Knudsen, Cell Reports
2016.
2. Whole-exome sequencing of pancreatic cancer defines genetic diversity and
therapeutic targets. Agnie... 阅读全帖

发帖数: 1
49
来自主题: Statistics版 - 有人想给杂志review paper吗?
您好,我的朋友是生物统计方向的master,她有很多publication和审稿的经验。她在
德州西南医学中心做computation biologist。以下是她的信息
name: Uthra Balaji
email: [email protected]/* */
如果有合适的审稿机会可以发给她吗?多谢您!!
Publication:
1. Metabolic Reprogramming of Pancreatic Cancer Mediated by CDK4/6
Inhibition Elicits Unique Vulnerabilities. Jorge Franco, Uthra Balaji,
Elizabeth Freinkman, Agnieszka K. Witkiewicz, Erik S. Knudsen, Cell Reports
2016.
2. Whole-exome sequencing of pancreatic cancer defines genetic diversity and
therapeutic targets. Agnie... 阅读全帖
w*******y
发帖数: 60932
50
Go below for link, normally $49.00 now on sale for $41.00 until end of July.
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found since I just ordered some for work.
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