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全部话题 - 话题: spectra
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k*h
发帖数: 3668
1
来自主题: Hardware版 - 有没有用过x1c 2015的啊
看你咋用了。你把亮度调到最高,一直跑高强度的程序,没有哪一个高分屏的laptop可
以撑过5小时。
不过x1c的续航的确算是比较弱的那一部分。同样的亮度跑同样的程序,估计比MacBook
pro retina少用30%的时间。不过这也正常,毕竟电池小了30%。
要续航能力,还是得买dell xps,hp spectra X360或者mac。最新的xps13,video
play back已经到17个小时了。
s******o
发帖数: 298
2
来自主题: Astronomy版 - Comet Borrelly: Dry and Hot[zz]
April 22, 2002 | Scientific intuition tells us that a comet's nucleus should
be a frozen mountain of ice and dust. But that's not what Deep Space 1
discovered when it flew past Comet 19P/Borrelly last year. A recently released
analysis of spacecraft spectra finds that Borrelly's "icy heart" exhibits no
trace of water ice or any water-bearing minerals. Moreover, the nucleus is
actually quite hot — ranging from 300° to 345° Kelvin (80° to 160° F).
What this means, according to Laurence Soderblom (
P*V
发帖数: 1145
3
来自主题: Biology版 - paper help
Ultraviolet Absorption Spectra of Proteins and Amino Acids
BEAVEN GH, HOLIDAY ER
Advances in Protein Chemistry

1952 7 319-386
http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleListURL&_method=list&_ArticleListID=1276823823&_sort=r&view=c&_acct=C000019958&_version=1&_urlVersion=0&_userid=422010&md5=6ef6efa9b67d5b4e1da543b1f18d0655
多谢多谢!
K******S
发帖数: 10109
4
这现在很常见,很多的CORE都是在经历SUNRISE/SUNSET,很多CORE几年后就消失了.但这
并不能代表CORE没有存在的必要,其实CORE最大的优势就是在CAMPUS上,CONSULT,
EDUCATION和数据分析合作.外包这些方面要慢很多,比如公司里的人不可能花时间去给
一个GRADUATE STUDENT/POSTDOC解释MASS SPEC的SPECTRA.
K******S
发帖数: 10109
5
花时间,你一个样品才收你多少钱?你有10几个不确定的SPECTRA,他要一个一个给你解释
?

``
s******y
发帖数: 28562
6
来自主题: Biology版 - YFP为啥是green的
1. the color of YFP: it is green-yellow, so if you don't have a control
color (like the real green), it will looks green. Plus, part of its spectra
will go through the green filter.
2. RFP is activated by green light, which is abundant in natural light.
YFP is activated by blue light, which is NOT abundant in natural light.
In order to see bright fluorescent of YFP you will need to use special
activation light source.
3. Conservation of the fluorescent light: it is important to keep the
structur
h****g
发帖数: 439
7
来自主题: Biology版 - YFP为啥是green的
sunnyday真是《十万个为什么》啊
还有个问题,我们实验室的荧光显微镜上,有一个蓝光channel,一个绿光channel,这
两个channel都能看YFP信号和FITC信号。 这两个channel有啥区别

spectra
s******y
发帖数: 28562
8
来自主题: Biology版 - YFP为啥是green的
In most microscopes, the "color" label of the channel means the excitation
light permitted by the filter cube (or other spectra dividing instrument)
inside. Therefore, the "blue" channel should be used to visualize GFP, YFP
or FITC, and the "green" channel should be used for TRITC or RFP.
Most likely you guys put in two filters with similar cutting ranges,
and arbitrarily label them as "blue" and "green" but it is not really "blue"
and "green". So don't take these label too serious. If you reall
s*****j
发帖数: 6435
9
来自主题: Biology版 - YFP为啥是green的
excitation max of YFP is 514nm, which is not blue.

spectra
i*o
发帖数: 202
10
【 以下文字转载自 Physics 讨论区 】
发信人: ito (恩恩), 信区: Physics
标 题: 请教 2photon absorption and emission wavelengths
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Aug 26 13:39:40 2010, 美东)
请教一下有没有人有以下各种dye 的2photon absorption and emission spectra 的资料
PE
PE Texas Red
PE cy7
PerCp-Cy5.5
APC
APC-cy7
Alexa Fluo 430
任何信息都可以 谢谢!!
f***8
发帖数: 571
11
Last week's high-profile announcement about a bacterium that thrives on
arsenic is drawing criticism from scientists in multiple fields, including
chemists. The study claims that the microbe can swap phosphorus for arsenic
in its biomolecules, including DNA (C&EN, Dec. 6, page 36; Science, DOI: 10.
1126/science.1197258). But outside experts say the data presented don't back
this claim.
NASA astrobiologist Felisa Wolfe-Simon and her colleagues have been the
subject of worldwide media attention si... 阅读全帖
o****d
发帖数: 5454
12
来自主题: Biology版 - 我与生物科研缘分已尽
that's much different radiation, p32 is β-ray, there is no β-ray in sun's
spectra.
Radiation damage depend on dose and what kind of radiation it is.
β-ray,x-ray and gamma ray are much more dangerous than ultraviolet, etc.
Even low power laser which wavelength is on the visible region like we get
from sun every day also hurt.
some scientist get skin cancer even by their low energy laser in the lab,
and originally when they get the weak laser beam on skin they didn't feel
hurt at all, but after ma... 阅读全帖
g*****e
发帖数: 209
13
来自主题: Biology版 - 问一下版上的Two-photon高手
一般来说都是excitation x 2 吧,看上去很玄
试过google invitrogen spectra viewer了嘛?

this.
e**r
发帖数: 1144
14
文献上看到的
测的是蛋白的荧光光谱
Emission and excitation spectra of reduced and oxidized cpYFP in the
presence
of designated reagents were obtained with a spectrofluorimeter (Model:
CM1T10I,
HORIBA Jobin Yvon, Inc.) continuously purged with nitrogen gas
他这个光谱测得到底是气相还是液相的?
y****6
发帖数: 196
15
I am not an expert. But I guess autofluorescence depends on the ex/em
spectra, lower wavelength (blue/green) has higher autofluorescence.
f******9
发帖数: 22
16
来自主题: Biology版 - three color confocal?
Thanks. Which specific spectra do you think work best? since it is 3 colors?
n*****k
发帖数: 69
17
来自主题: Biology版 - Paper help
"Mutant spectra in virus behavior
Celia Perales, Ramón Lorenzo-Redondo, Cecilio López-Galíndez, Miguel
Angel Martínez, and Esteban Domingo
Future Virology, November 2010, Vol. 5, No. 6 , Pages 679-698"
Thanks a lot!
n*****k
发帖数: 69
18
来自主题: Biology版 - 帮忙查文献,多谢!
"Mutant spectra in virus behavior
Celia Perales, Ramón Lorenzo-Redondo, Cecilio López-Galíndez, Miguel
Angel Martínez, and Esteban Domingo
Future Virology, November 2010, Vol. 5, No. 6 , Pages 679-698"
请发到 t*********[email protected]
多谢多谢!
y*****x
发帖数: 14
19
MRM is mutiple reaction monitoring, is arguably most sensitive mass spec
analysis to monitor a known target through triple quadropole type mass
analizer
MS/MS usually means product ion scan, in protein/peptide mass spec, MS/MS
spectra were acquired to figure out the amino acid sequence in peptides,
that in most cases means to identify proteins in the sample
a****k
发帖数: 1130
20
btw, you also need to order Spectra/Por Closures
http://www.spectrumlabs.com/dialysis/RegClose.html
f*******e
发帖数: 628
21
DsRed 的 spectra 看上去 excitation 的确很 broad, 具体取决于你用的显微镜的
blue 和 green 的波段定义,但 DsRed 在一般蓝光绿光 490nm, 515nm 的地方都有不
是太弱的激发,是最大的 40% 和 70%,信号强的话完全可以引起足够观察到的信号。
然后你们那里的荧光显微镜 emission filter 可能用的是 long pass filter, 就是说
,只要 emission 比允许的 wavelength 更长就都能通过。通俗的说就是 DsRed 的红
光 emission 可以通过为了蓝光或者绿光设立的 emission filter (如果是 long pass
而不是 band pass 的话),从而被检测到。如果不是有多个 color 看 correlation
的话,问题不大。
l**********1
发帖数: 5204
22
庄只是徐福炼丹 给秦始皇炼那个长生不老丹吧?
Xiaoliang Sunney Xie
Raman Scattering is King Route to 单分子Raman scattering 光 (possible)
1)
Single DNA molecule detection in an optical trap using surface-enhanced Raman scattering
//apl.aip.org/resource/1/applab/v96/i21/p213701_s1
Abstract:
Raman spectra from single DNA molecules in their natural aqueous environment are presented. A DNA molecule that is anchored between two optically trapped dielectric beads is suspended in a solution with nanosized silver colloid particl... 阅读全帖
i*****i
发帖数: 154
23
没有仔细研究过荧光蛋白。
但是绝大部分的荧光蛋白和荧光染料如Alexa 488,594之类的都会有Excitation 和
Emission spectra,这个光谱是连续的概念。如附件一样,都是一个钟形的peak。当然
用峰值波长激发是最有效的,但是附近波长的光也会有一定程度的激发。也有一些荧光
蛋白或者染料的Excitation光谱不是非常的光滑,会形成一个类似的次要峰。 但是目
前我看到的荧光染料而言,还没有看到有两个等高的Excitation波长的。
一般来讲Excitation 和Emission的波长相距不远,488已经是标准的绿色范围了,如果
这样讲就是dsgreen,而不是dsred了。
我觉得看波普是最靠谱的,Invitrogen的molecular probe是很值得一看的。
个人愚见。
K*C
发帖数: 2825
24
来自主题: Biology版 - 土问fluorescent protein tag的linker
GGGGS linker很好,还可以重复以增加长度。
Ke, D. and Tu, S.-C. (2011) Activities, kinetics and emission spectra of
bacterial luciferase-fluorescent Protein fusion enzymes. Photochemistry and
Photobiology
87: 1346–1353.
l**********1
发帖数: 5204
25
En
温习一下 其十一年前的豪言 啊
中国科学:显著的发展和严峻的挑战
——历史演变和现状比较
于2001年12月4日 1st version
饶毅
本文在简要回顾中国科学史的基础上,介绍一些近年研究的内容,肯定中国
科学令人乐观的进步,并讨论可能的意义。同时也指出,中国优秀论文总量仍不
到世界的百分之一,低于中国经济在世界所占的百分比、也不能适应中国持续发
展的要求。中国科学的规模需要相当程度的扩大、质量有待进一步提高。中国科
技还存在面临许多问题和挑战。
中国科学历史上的优秀例子
一个国家科学研究状况可以近似地由发表论文的情况所反映。以下,本文主
要从生命科学的研究来讨论中国科学的情况,一方面这是我有一定判断力的领域,
另一方面生命科学是科学技术最重要的组成部分之一,可以反映科学主流。讨论
中国论文发表情况前,先谈两个背景:中国科学的历史情况,优秀科学和著名杂
志的关系。
奠定中国生命科学研究是二、三十年代协和医学院生理系林可胜和生化系吴
宪。他们不仅自己研究出色,而且培养和带领了其他研究者。林可胜在胃肠道生
理和神经生理有优秀工作。1942年,他在中国当选为美国科学院外籍院士,是... 阅读全帖
l****y
发帖数: 398
26
来自主题: Biology版 - 请问做质谱的牛人
"not quantitative" means:
1. different peptides have different ionization efficiency. Can't be
compared directly.
2. MALDI. Matrix crystallization is still unpredictable.
3. In old days, spray and homebuilt MS were not stable enough.
if you have silac samples, you should have them analyzed.
push for it after the label free results come out, since there will likely
be some proteins borderline and you want to look at them once again.
tri-state silac has complicated spectra and overlaps among pea... 阅读全帖
l**********1
发帖数: 5204
27
来自主题: Biology版 - GFP, RFP,BFP共表达
LZ 换位思考下 如何?
即使五颜六色
用LSM510 Meta (Zeiss) 可以试下 分开各色 signal 吧
哪怕 z 轴上的 overlapping
Inverted LSM 510 laser scanning confocal microscope (Zeiss) - "Rocky"
META detector for spectral unmixing of fluorochromes with overlapping
spectra
http://www.rockefeller.edu/bioimaging/equipment
http://dbc.bio.uci.edu/pdf_documents/LSM510META_Zeiss.pdf
T****O
发帖数: 407
28
来自主题: Biology版 - 求助!蛋白质核磁怎么做?
I suppose you are to do 1H? Protein 1H-NMR spectra are messy anyway.
I doubt tube size should be your concern here.
The two methods are not really comparable. You'll have try them out.
K******S
发帖数: 10109
29
来自主题: Biology版 - high resolution protome data 有包子
TIC is meaningless. You can probably ignore your 1st figure.
2nd figure (sounds like MS1), you need to zoom in the area where you detect
the intact peptides, for high resolution data, you need to show all the
isotopic peaks and at least 4 decimals of m/z, such as 1000.0000 (assuming
you use high resolution instrument)
3rd figure you mentioned sounds like MS2 spectra, did you label the
fragments?
o*******a
发帖数: 242
30
抗青蒿素的虫子出现了。
--------------------
Nat Genet. 2013 Apr 28. doi: 10.1038/ng.2624. [Epub ahead of print]
Multiple populations of artemisinin-resistant Plasmodium falciparum in
Cambodia.
Miotto O, Almagro-Garcia J, Manske M, Macinnis B, Campino S, Rockett KA,
Amaratunga C, Lim P, Suon S, Sreng S, Anderson JM, Duong S, Nguon C, Chuor
CM, Saunders D, Se Y, Lon C, Fukuda MM, Amenga-Etego L, Hodgson AV, Asoala V
, Imwong M, Takala-Harrison S, Nosten F, Su XZ, Ringwald P, Ariey F, Dolecek
C, Hien TT, Boni... 阅读全帖
s******y
发帖数: 28562
31
如果你打算用CD spectra的话,直接化学合成那一小段肽链即可。最好不要看看整个的
蛋白。而且你这个蛋白如果是过膜蛋白的话提纯起来可不是一般的麻烦。
s*****5
发帖数: 52
32
percolator我有一个问题,就是如何控制protein level的FDR呢?PD是自己search了
decoy database,但是decoy spectra输出都没有,没法从结果直接控制protein FDR。
还有就是我比较过mascot+percolator和MSGF+的结果,用一个spike in的sample(就是
知道真值的),percolator的结果不太可靠。不知道你们是不是有相关的测试呢?可以
交流交流。我觉得identification非常重要,但是都没有一个统一去control和
evaluate的标准。
R包干的事情说起来有点长,简单来讲就是把peak AUC的data 和quantifiable
spectrum associate起来,然后再normalization, clean-up, aggregtation等等。。。

的R
K******S
发帖数: 10109
33
我个人越来越觉得FDR没太大用处了,现在的仪器都是HR/AM,测量精确度一般都是1,2
个ppm以内的偏差,ID的FDR是2%或者5%会对结果有很大的区别?
而且ID后面还有好多事情要做,biologist也不care,只要他们能用生化或者细胞试验验
证,mass spectromist也不care,因为我们会inspect raw spectra,真正重要的东西会
合成peptide来验证。

。。
s*****5
发帖数: 52
34
测量精确到1,2ppm?这个是啥仪器?我们orbitrap搜库mass tolerance 20ppm,如果用
10ppm的话spectra就会少很多,从分布上来看median也要5ppm呢。
真正重要的东西的确biologist和做MS的不care,做MRM做targeted 验证才是王道。
但是2%和5%对precision/accuracy真的有很明显的影响。。。至少我做出的结果是这样
。。。所以我觉得publication的严谨性是个问题吧。很多paper都号称找到5000+的蛋
白,但是到底是怎么样得到的,是不是严谨,这可能会造成误导吧。不过可能我的思维
还是太钻牛角尖了

,2
s*****5
发帖数: 52
35
percolator我有一个问题,就是如何控制protein level的FDR呢?PD是自己search了
decoy database,但是decoy spectra输出都没有,没法从结果直接控制protein FDR。
还有就是我比较过mascot+percolator和MSGF+的结果,用一个spike in的sample(就是
知道真值的),percolator的结果不太可靠。不知道你们是不是有相关的测试呢?可以
交流交流。我觉得identification非常重要,但是都没有一个统一去control和
evaluate的标准。
R包干的事情说起来有点长,简单来讲就是把peak AUC的data 和quantifiable
spectrum associate起来,然后再normalization, clean-up, aggregtation等等。。。

的R
K******S
发帖数: 10109
36
我个人越来越觉得FDR没太大用处了,现在的仪器都是HR/AM,测量精确度一般都是1,2
个ppm以内的偏差,ID的FDR是2%或者5%会对结果有很大的区别?
而且ID后面还有好多事情要做,biologist也不care,只要他们能用生化或者细胞试验验
证,mass spectromist也不care,因为我们会inspect raw spectra,真正重要的东西会
合成peptide来验证。

。。
s*****5
发帖数: 52
37
测量精确到1,2ppm?这个是啥仪器?我们orbitrap搜库mass tolerance 20ppm,如果用
10ppm的话spectra就会少很多,从分布上来看median也要5ppm呢。
真正重要的东西的确biologist和做MS的不care,做MRM做targeted 验证才是王道。
但是2%和5%对precision/accuracy真的有很明显的影响。。。至少我做出的结果是这样
。。。所以我觉得publication的严谨性是个问题吧。很多paper都号称找到5000+的蛋
白,但是到底是怎么样得到的,是不是严谨,这可能会造成误导吧。不过可能我的思维
还是太钻牛角尖了

,2
b****r
发帖数: 309
38
来自主题: Biology版 - 包子求两篇论文
1. http://journals.aps.org/prd/abstract/10.1103/PhysRevD.90.085013
Title: Dirac Spectra of 2-dimensional QCD-like theories,
2. http://link.springer.com/article/10.1007/s00023-014-0385-6
Title: Spectral Properties of Non-Unitary Band Matrices
Send to: [email protected]
/* */
一个包子一篇,信里写明mitbbs ID。谢谢!
s****T
发帖数: 100
39
来自主题: Biology版 - 求文献,非常感谢
Journal of Magnetic Resonance
Volume 84, Issue 1, August 1989, Pages 9-13
Measurement of vicinal couplings from cross peaks in COSY spectra
Yangmee Kim, J.H Prestegard
上传或者发至[email protected]
/* */
非常感谢
f*******K
发帖数: 34
40
来自主题: Biology版 - mass spec 的误差
是有点低,但这个取决于它上样量的多少等很多其他因素,不好评价。
你的coverage有55%,我觉得问题不大。
你要是有精力,自己找几个unannotated spectra做de novo sequencing 看看有没有什
么特异性的peptide由于数据库等原因没有坚定到的
简单来说,找另外一不同MS在鉴定一下呗
r**********e
发帖数: 587
41
来自主题: Biology版 - 请教Circular dichroism
请教有人熟悉Circular dichroism吗?
我打算用Circular dichroism来研究DNA G-quadruplexes
我看paper很多人都是对比如(ATATAT)n 这样的probe进行研究
我现在是想对一段900bp的DNA进行研究,用CD Spectra可行吗?
另外不知道这个CD难不难做?有没有啥公司或者core帮着做?
谢谢
g*****x
发帖数: 3283
42
来自主题: Biology版 - 高大上实验室装备
做proteomics的话,仪器基本得靠买thermo的service pack,自己只能做一些简单的日
常维护。
实验本身都是比较routine的东西,基本上是个人就能做。
难点在于大量数据分析。基本上一个样品重复几分可能就有上百万张spectra,找到一
个可靠的workflow产生有意义的结论还是需要有经验的人的。


: 你推荐的这个Orbitrap非常好,这个需要有专人负责吗?还是操作数据处理很简
单,一

: 般的做试验的Ph.D都可以操作?

: CyTOF也是非常好的推荐,有具体的型号推荐吗?比如这个?

: http://cn.fluidigm.com/products/helios

: 同样的问题:需要雇佣专人操作机器和处理数据吗?

: 我说的高大上就是这些买了可以扩大研究手段节省时间,价格$5000 - $1 M

: tag.

g*****x
发帖数: 3283
43
来自主题: Biology版 - 高大上实验室装备
做proteomics的话,仪器基本得靠买thermo的service pack,自己只能做一些简单的日
常维护。
实验本身都是比较routine的东西,基本上是个人就能做。
难点在于大量数据分析。基本上一个样品重复几分可能就有上百万张spectra,找到一
个可靠的workflow产生有意义的结论还是需要有经验的人的。


: 你推荐的这个Orbitrap非常好,这个需要有专人负责吗?还是操作数据处理很简
单,一

: 般的做试验的Ph.D都可以操作?

: CyTOF也是非常好的推荐,有具体的型号推荐吗?比如这个?

: http://cn.fluidigm.com/products/helios

: 同样的问题:需要雇佣专人操作机器和处理数据吗?

: 我说的高大上就是这些买了可以扩大研究手段节省时间,价格$5000 - $1 M

: tag.

d****2
发帖数: 26
44
来自主题: Chemistry版 - Questionable Data in one JACS paper.
I scrutinized this paper. The data are fictionalized by authors. If you can
repeat their results, I will fight against LZ. The images and UV spectra are
very much the behavior of as prepared nanoparticles using the provided
method by adding inorganic salts, let's say sodium iodide (127 m/e) with
broad and single peak.
p*f
发帖数: 739
45
check the papers by Gerwert K from Germany.

original
Thanks
y***e
发帖数: 6082
46
来自主题: Chemistry版 - 最全的化学数据库(zz)
【 以下文字转载自 NanoST 讨论区 】
发信人: maodouzi (毛豆子), 信区: NanoST
标 题: 最全的化学数据库(zz)
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Mar 26 11:27:29 2007), 转信
1. 化合物毒性相关数据库
Toxnet http://toxnet.nlm.nih.gov/
2毒性物质与健康和环境数据库 http://esc.syrres.com/efdb/TSCATS.htm
3. 急性毒性数据库 http://www.cerc.usgs.gov/data/acute/acute.html
4. SpectraOnline,Galact http://spectra.galactic.com/SpectraOnline/Default_ie
.htm
5. 药物使用指南,USP DI http://www.nlm.nih.gov/medlineplus/druginformation.ht
ml
6。美国常用药物索引库RxList http://www.rxlist.com/
7. 有机化合物光谱资料库系统 http://w
b*****r
发帖数: 203
47
来自主题: Chemistry版 - 做Mass Spectrometry 的大牛请进
Sorry I made a mistake. The molecular formula should be C6H14O4Na1. Without
adduct it should be C6H14O4. Mass accuracy -0.06 ppm. It is still hard to
explain the MS/MS spectra.
s****n
发帖数: 147
48
来自主题: Chemistry版 - Please help some Mass spectra questions?
30 possible -CH2NH2

difference.
COOH?
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