p*******r
发帖数: 4048 | 1 van oudenaarden 基本不搞systems biology了。
现在搞一个RNA 检测的新技术。
（http://www.mitbbs.com/bbsann2/scitech.faq/Biology/greatbiologist/M.1169
947574.O0/Math+Systems+Synthetic+Biology+%C8%CB%CE%EF%B0%F1），引出不少有意
思的讨论。neverthink还给了我20伪币（谢了）。三年后的今天，又有人把它翻出来了
。我们都老
了，物是人非，云彩回国and挨骂了，neverthink不说中文了，河马改名云舟了，
demoner当斑竹
了，decay想嫁人了，新的id也涌现了。那么这些曾经在我们视野中的所谓牛人都有什
么新动态？又
有什么新人涌现？我们又能从中学到些什么呢？ |
|
p*******r
发帖数: 4048 | 2 Elowitz is doing well. He gave an interesting talk here recently. If
smoebody wants to do sysbio, I suggest his lab.
He and windell Lim.
（http://www.mitbbs.com/bbsann2/scitech.faq/Biology/greatbiologist/M.1169
947574.O0/Math+Systems+Synthetic+Biology+%C8%CB%CE%EF%B0%F1），引出不少有意
思的讨论。neverthink还给了我20伪币（谢了）。三年后的今天，又有人把它翻出来了
。我们都老
了，物是人非，云彩回国and挨骂了，neverthink不说中文了，河马改名云舟了，
demoner当斑竹
了，decay想嫁人了，新的id也涌现了。那么这些曾经在我们视野中的所谓牛人都有什
么新动态？又
有什么新人涌现？我们又能从中学到些什么呢？ |
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i***a
发帖数: 105 | 4 补几个个人观点（难得搞定tor）
1. Oudenaarden在我心目中是个天才级人物。最近同一时期发表一篇cell和一篇
sicence。
其中science文章是从现象角度证明并量化一种假说 circadian gating的假说。其实就
是设计测量两种rhythm的相关性，并用物理量和模型（非常简单的模型，物理强调的是
简化问题，抓住问题核心）刻画这一相关性， Circadian gating of the cell cycle
revealed in single cyanobacterial cells
cellpaper给出这个假说背后的生物机制
http://www.hubmed.org/display.cgi?uids=20178745
2. 现在大家都往data上结合实验开展工作了。往往实验中加入model并利用model
prediction 来指导实验。这是一个常用套路。当然还有反向的设计网络，synthetic
biology. 但是就出身物理的我，还是比较钦佩类似Wenzhe ma cell的工作以及一些能
发在prl上的工作。他们都能将生物问题用转换到物理上 |
|
y**s
发帖数: 6809 | 5 同喜欢oudenaarden.
补几个个人观点（难得搞定tor）
1. Oudenaarden在我心目中是个天才级人物。最近同一时期发表一篇cell和一篇
sicence。
其中science文章是从现象角度证明并量化一种假说 circadian gating的假说。其实就
是设计测量两种rhythm的相关性，并用物理量和模型（非常简单的模型，物理强调的是
简化问题，抓住问题核心）刻画这一相关性， Circadian gating of the cell cycle
revealed in single cyanobacterial cells
cellpaper给出这个假说背后的生物机制
http://www.hubmed.org/display.cgi?uids=20178745
2. 现在大家都往data上结合实验开展工作了。往往实验中加入model并利用model
prediction 来指导实验。这是一个常用套路。当然还有反向的设计网络，synthetic
biology. 但是就出身物理的我，还是比较钦佩类似Wenzhe ma cell的工作以及一些能
发在prl上的工作 |
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i***a
发帖数: 105 | 6 补几个个人观点（难得搞定tor）
1. Oudenaarden在我心目中是个天才级人物。最近同一时期发表一篇cell和一篇
sicence。
其中science文章是从现象角度证明并量化一种假说 circadian gating的假说。其实就
是设计测量两种rhythm的相关性，并用物理量和模型（非常简单的模型，物理强调的是
简化问题，抓住问题核心）刻画这一相关性， Circadian gating of the cell cycle
revealed in single cyanobacterial cells
cellpaper给出这个假说背后的生物机制
http://www.hubmed.org/display.cgi?uids=20178745
2. 现在大家都往data上结合实验开展工作了。往往实验中加入model并利用model
prediction 来指导实验。这是一个常用套路。当然还有反向的设计网络，synthetic
biology. 但是就出身物理的我，还是比较钦佩类似Wenzhe ma cell的工作以及一些能
发在prl上的工作。他们都能将生物问题用转换到物理上... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 7 The corresponding author of below Barcelona one PhD thesis (2009)
its reference list CNS only limited:
link:
//www.tesisenred.net/bitstream/handle/10803/7182/tjsc.pdf?sequence=1
i.e.
M.Reza Ghadiri, Ph.D
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19520909
and
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19566101
J Am Chem Soc. 2009 Jul 8;131(26):9368-
Universal translators for nucleic acid diagnosis.
Picuri JM, Frezza BM, Ghadiri MR.
Source
Department of Chemistry, The Scripps Research Institute, 10550 North Torrey Pines R... 阅读全帖 |
|
z***a
发帖数: 6 | 8 感谢cnyy，demoner 的指正。关于math biology 的历史，我确实所知不多。我们不能
说过去几年开创了math biology 这个领域，只能说他焕发了青春。我想这么说更贴切
一些。
我想再补充一下，也顺便应云彩，司马不光大哥/老弟的要求，在这里献丑推荐些文章
。我想再强调一点的是，这个领域涉及面很广，很多化工，物理方面专家也做出了很大
的贡献（向我么中国人自豪的庄晓薇，sunny xie 都做出了很不错的成绩），如果有
谁的老板，同事被我漏掉了，请恕我疏漏。也欢迎大家来讨论补充。
现在的sysBio 大概能归为两类：一类是应用微分方程或者离散随机过程帮助研究比较
细节化的生物过程。细化到细胞内的某种分子的数量。一般大家只做某个通路，试验结
果也都小规模的。这方面我还是觉得John Tyson的工作最为系统和成功。他用微分方程
模型完整地解释细胞周期的机制。如果你能读懂Nonlinear dynamics and chaos 前面4
章，看他的文章应该就没问题了。这些成果是他近20年研究的集成，我么可以思考一下
如何在此基础上更进一步。同时，现在synthetic b... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 9 The corresponding author of below Barcelona one PhD thesis (2009)
its reference list CNS only limited:
link:
//www.tesisenred.net/bitstream/handle/10803/7182/tjsc.pdf?sequence=1
i.e.
M.Reza Ghadiri, Ph.D
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19520909
and
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19566101
J Am Chem Soc. 2009 Jul 8;131(26):9368-
Universal translators for nucleic acid diagnosis.
Picuri JM, Frezza BM, Ghadiri MR.
Source
Department of Chemistry, The Scripps Research Institute, 10550 North Torrey Pines R... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 10 2012 Science paper:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22223801
its last/corresponding author is Ahmed Zewail 1999 Nobel Prize in Chemistry for his work on
femtochemistry.
//en.wikipedia.org/wiki/Ahmed_Zewail
and
http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/31634079.html
回复]
[ 36 ]
发信人: demoner (星秀傳說), 信区: Biology
标 题: Re: Math/Systems/Synthetic Biology 人物榜
发信站: BBS 未名空间站 (Thu May 3 11:13:42 2012, 美东)
totally agree...
Caltech是我心目中最好的做学术的地方。 |
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t****p
发帖数: 1504 | 11 最近一期两篇并列的cell 文章。只看了一些abtracts。目的是说，很多癌细胞都在Ras
基因上有突变，如果用genome-wide RNAi screen出另一个基因，当这个基因被RNAi之
后，它跟Ras 的mutation一起导致synthetic lethal。那么，如果能针对这个基因给药
，只有癌细胞（含ras mutation）会死亡，正常的细胞的单基因RNAi则不会导致死亡。
用这种方法，巧妙的区别了癌细胞和非癌细胞。很聪明的idea。 |
|
e****e
发帖数: 3450 | 12 还不是完全的synthetic，得用RNA阿
a
Craig |
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l*********1
发帖数: 351 | 13 Jens是做得挺好的.就不知道synthetic biology博后出来业界工作好找不?
代谢工程做了那么多年,上市的产品屈指可数吧.欧洲找工作比美国更加困难,一堆语言
问题... |
|
F**o
发帖数: 40 | 14 A postdoctoral researcher position in synthetic/systems biology is available
in the Department of Bioengineering at the University of Illinois at
Urbana-Champaign. We are a starting lab conducting exciting research at the
interface of biology, engineering, and physical sciences with a hybrid
experimental-computational approach. Candidates need to be experienced
in molecular cloning techniques and have a Ph.D. in biological sciences
(microbiology, molecular and cellular biology, bioengineering, b... 阅读全帖 |
|
T**********t
发帖数: 1604 | 15 lz本科学物理的啊。好像学物理的转行做生物都做得很好。
James Collins是Synthetic Biology的大牛，lz估计是得了真传啊，这么快就独立了，
去的学校也很不错。
跟lz一比，很自惭形秽。。。 |
|
c**y
发帖数: 127 | 16 lz这血统也太夸张了。Jeff Hasty的PhD, 和 Ron Weiss 也一起有文章，又跟着
James Collins,这三个都是synthetic biology/systems biology的风流人物阿。
还是这种交叉方向比较有搞头。 |
|
t****s
发帖数: 14 | 17 为啥没看见lz和Jim Collins的文章？难道synthetic biology/systems biology热到
postdoc不需要发章就faculty，还是lz有牛文在in press. |
|
d***y
发帖数: 8536 | 18 synthetic的G点就在，能随心所欲的合成核酸吧。我感觉这个学科是分子的一个分支而
已，它的产生完全是因为化学合成进步的结果， 如果要改变生物现状，能量远远不够。 |
|
x********u
发帖数: 430 | 19 I am now trying to switch my PhD project to SynBio area. My current work
focus on creating the best phenotype or genetic background to maximize
carbons flux towards an important intermediate metabolites and ulitmately we
are going to overproduce some natural products. Currently, the volumetric
production of one of our major products has reached 2 g/l.
Although traditional metabolic engineering or metabolic network modeling
holds great promise to engineer better industrially-revelant phenotype, g... 阅读全帖 |
|
X******n
发帖数: 914 | 20 把你的thesis发来拜读一下？我这个synthetic bio的门外汉只有读paper来enjoy其中
的乐趣了。不象这里科班出生的牛人，知道好多内幕。羡慕啊。。。 |
|
h**********r
发帖数: 671 | 21 对的，算是搞biofuel的吧。唉，可惜真的伤不起啊～～～对了，这个会议有人去吧。
33rd Symposium on Biotechnology for Fuels and Chemicals
May 2-5, 2011
Sheraton Seattle
Seattle, WA
到时候好好向大家学习学习。如果版上那位老兄faculty了，跟着做做postdoc.好好过
过metabolic engineering/synthetic biology的瘾。 |
|
M*****n
发帖数: 16729 | 22 最近Bill Gates好像要投资到synthetic biology.
每个grant $1M |
|
h**********r
发帖数: 671 | 23 Thank you for pointing out!
发信人: XBaldwin (Baldwin), 信区: Biology
标 题: Re: 大家讨论一下synthetic biology吧
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Apr 1 17:01:26 2011, 美东)
150个postdoc一年的工作量。 |
|
e**s
发帖数: 856 | 24 不是 是Arkin 他们好像很熟悉
我没有synthetic biology背景的,就是觉得可能以后挺有前途的,就联系看看. |
|
i*****g
发帖数: 11893 | 25 大概在2004年，就看见什么 synthetic biology的说法，去caltech的网叶上瞄过， 在
忽悠什么 chemical circuit,
其实都是engineering 的幻想，
真要论复杂度，恐怕一个yeast都要超过航天飞机，我们这个时代，生物学仍然非常粗
陋 |
|
z*h
发帖数: 773 | 26 The use of metabolic model for simulation of complicated biological system
is a day dream based on available knowledge. The father of metabolic
engineering -- JE Bailey -- pointed it out in 1998.
Bailey, J. E. (1998) Mathematical modeling and analysis in biochemical
engineering: past accomplishments and future opportunities, Biotechnol. Prog
. 14, 8-20.
Who are really hearing his suggestions? In vivo synthetic biology for
biofuels production will be a dead end surely because of poor efficiencies... 阅读全帖 |
|
c**y
发帖数: 127 | 27 What do you think are the promising sub-areas of synthetic biology and bio-
fuel?
Prog |
|
d***y
发帖数: 8536 | 28 synthetic的G点就在，能随心所欲的合成核酸吧。我感觉这个学科是分子的一个分支而
已，它的产生完全是因为化学合成进步的结果， 如果要改变生物现状，能量远远不够。 |
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x********u
发帖数: 430 | 29 I am now trying to switch my PhD project to SynBio area. My current work
focus on creating the best phenotype or genetic background to maximize
carbons flux towards an important intermediate metabolites and ulitmately we
are going to overproduce some natural products. Currently, the volumetric
production of one of our major products has reached 2 g/l.
Although traditional metabolic engineering or metabolic network modeling
holds great promise to engineer better industrially-revelant phenotype, g... 阅读全帖 |
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X******n
发帖数: 914 | 30 把你的thesis发来拜读一下？我这个synthetic bio的门外汉只有读paper来enjoy其中
的乐趣了。不象这里科班出生的牛人，知道好多内幕。羡慕啊。。。 |
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h**********r
发帖数: 671 | 31 对的，算是搞biofuel的吧。唉，可惜真的伤不起啊～～～对了，这个会议有人去吧。
33rd Symposium on Biotechnology for Fuels and Chemicals
May 2-5, 2011
Sheraton Seattle
Seattle, WA
到时候好好向大家学习学习。如果版上那位老兄faculty了，跟着做做postdoc.好好过
过metabolic engineering/synthetic biology的瘾。 |
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M*****n
发帖数: 16729 | 32 最近Bill Gates好像要投资到synthetic biology.
每个grant $1M |
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h**********r
发帖数: 671 | 33 Thank you for pointing out!
发信人: XBaldwin (Baldwin), 信区: Biology
标 题: Re: 大家讨论一下synthetic biology吧
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Apr 1 17:01:26 2011, 美东)
150个postdoc一年的工作量。 |
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e**s
发帖数: 856 | 34 不是 是Arkin 他们好像很熟悉
我没有synthetic biology背景的,就是觉得可能以后挺有前途的,就联系看看. |
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i*****g
发帖数: 11893 | 35 大概在2004年，就看见什么 synthetic biology的说法，去caltech的网叶上瞄过， 在
忽悠什么 chemical circuit,
其实都是engineering 的幻想，
真要论复杂度，恐怕一个yeast都要超过航天飞机，我们这个时代，生物学仍然非常粗
陋 |
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z*h
发帖数: 773 | 36 The use of metabolic model for simulation of complicated biological system
is a day dream based on available knowledge. The father of metabolic
engineering -- JE Bailey -- pointed it out in 1998.
Bailey, J. E. (1998) Mathematical modeling and analysis in biochemical
engineering: past accomplishments and future opportunities, Biotechnol. Prog
. 14, 8-20.
Who are really hearing his suggestions? In vivo synthetic biology for
biofuels production will be a dead end surely because of poor efficiencies... 阅读全帖 |
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c**y
发帖数: 127 | 37 What do you think are the promising sub-areas of synthetic biology and bio-
fuel?
Prog |
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w******e
发帖数: 1187 | 38 http://www.nature.com/nbt/journal/v29/n6/full/nbt.1856.html
phage display是好东西。。。and又见next-gen seq in directed
evolution。。。well只做一个round的话不知还该不该叫evolution lol
不过这篇paper的pos control够单薄的。
Immune responses targeting self-proteins (autoantigens) can lead to a
variety
of autoimmune diseases. Identification of these antigens is important for
both diagnostic and therapeutic reasons. However, current approaches to
characterize autoantigens have, in most cases, met only with limited success
. Here we pres... 阅读全帖 |
|
s********n
发帖数: 2939 | 39 没问题吧，Synthetic biology的范围很广，DNA，RNA和蛋白，细菌，酵母，mammalian
cells都可以，当然难度不同。 |
|
X******n
发帖数: 914 | 40 synthetic biology只是一个工具，关键是看你想解决什么问题。很多方向是不需要工
科基础的，比如pathway rewiring。 |
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h**********r
发帖数: 671 | 41 Thanks, Oncogene!
好像我一填synthetic biology的坑儿，就有点儿伪币。我真不是干这个的，只能仰望
啊！
版上的大牛来说说吧。觉得这个挺适合中国人的。
和公司的人有点接触，看了他们的CV。巨自卑。一辈子混公司，手上玩转了好几个。到
哪儿都是founder,没事儿就操纵几个million.最可气的是，手上都有好几篇PNAS和NB（
nature biotech）.说想合作，老板还怕别人偷我们的core technology，唉，怎么就成
core了呢？！
这一行，聪明点儿的人还是有搞头的。 |
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C*******e
发帖数: 4348 | 42 我觉得说得挺中肯的
基本我觉得现在纷纷说做synthetic biology的很多都是忽悠/戴高帽
coli
Craig |
|
l**********1
发帖数: 5204 | 43 21st Century Science Initiative
McDonnell Foundation Fellowship for Studying Complex Systems
Math/Systems/Synthetic Biology
Program: Studying Complex Systems
Eligibility: Principle investigators between 5 and 15 years post Ph.D.
Scholar Award in Complex Systems (Scholar-CS)
Amount: $450,000
Duration: 6 years
Advisory Board: View Members
Deadline: March 14, 2012 15:59 CT.
Apply online beginning February 15th 2012
Nc: 不好意思, 是纯生物医学的无法申请的:
JSMF supports research in the brain sciences through its to... 阅读全帖 |
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s*******1
发帖数: 40 | 44 我是搞计算出身的，对生物的insight不是很强。最近看了一些synthetic biology的
paper，比较看好这个方向。觉得应该是将来的发展方向。但不知道这个领域的计算问
题多不多，还是基本上等同于bioinformatics+system biology?
想知道大家的看法。谢谢！ |
|
B******s
发帖数: 52 | 45 不过如果说 synthetic biology = bioinfo + systems biology 我只能说这个领域的
人都要哭了
因为其一直被做systems biology的人批评说：不知道这个system的时候 你怎么能合成
它呢？ 现在居然被说成是 bioinfo + systems biology 他们得多崩溃啊 哈哈哈
anyway, 做systems biology的人也经常被做分子生物学的人说搞半天omics 和
modelling 有什么用啊，一点实际作用都没有。。。
所以说不止文人相轻，科学工作者也相轻 |
|
l**********1
发帖数: 5204 | 46 RE: LD
LZ 是计算数学PhD
你给他推荐
//elowitz.caltech.edu/publications.html
那样的papers
你不会想让其回大三学理论和做实验吧
plus
[回复] 要有针对性 不是通论
[ 6 ]
发信人: sailor321 (sailor), 信区: Biology
标 题: Re: 关于synthetic biology
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Feb 14 14:45:10 2012, 美东)
谢谢各位的回复！
有没有跟算法，图论，组会优化相关的例子？
------ |
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B******s
发帖数: 52 | 47 至于针对性，是针对什么呢？？？？就因为LZ是数学或者计算的 就不用去理解生物
系统了？？？ 还是说就不用学一学生
物和物理了？
难道他是计算数学出身就该 整天摆弄toy model fit data 做一堆optimisations 和
predictions
你不管是啥背景的 你想做合成生物学 至少生物学的基础知识和问题就要了
解吧 难道生物学里的理论知识
就不用去学习了？？
那你告诉我，你说针对性的数学都是什么，假如你知道用什么数学去解决特定的问题，
我觉得那就不会成为问题。。。
另外，不管是 systems biology 和 synthetic biology 跟 biology 没有区别，只不
过是生物学研究到达瓶颈后 自然提出来
的概念 （既然是瓶颈必然需要很多其他学科的知识和工具来试图解决问题）
各种领域的人都试过很多方法，就像你列举的那些 Matrix PDE Boolean network
Bayesian network Game theory
MCMC, HMM, Kalman... 阅读全帖 |
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B******s
发帖数: 52 | 48 fundamental limits on suppressing noise paper... I read them so many times..
.. you don't need to elaborate it
my study is not to use synthetic biology to suppress noise but to try to
figure out why it is there, and how dose it function I have
been in Johan Paulsson's class once. i still remember the words he said that (not
exactly but with same meaning)
even with such limits on suppressing noise, the specificity and robustness
does exist and behave quite in
order.
in any case, theoretica... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 49 sorry
some parts contents at up floor paste is my misleading.
from i am also 实验出身的 quit PhD already near one decade but six year later
try this Synthetic/Computational
biology/Mathematical/Systems/biology PhD,
Ps;
i just revised those contents now. |
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l**********1
发帖数: 5204 | 50 Appendix A
Molecular Cell Biology
from Book (2012):
//basil2.math.uwaterloo.ca/~bingalls/AM382/Math_Modelling_in_Sysbio.pdf
plus
Computational Systems Biology: The subsequent chapters of this text focus on
a few
fundamental modelling approaches in systems biology. Wider surveys of the
tools used in
computational systems biology can be found in Systems Biology: a textbook, (
Klipp et al.,
2009), System Modelling in Cellular Biology, (Szallasi et al., 2006), and
An Introduction to
Systems Biology:... 阅读全帖 |
|
