s********l
发帖数: 1195 | 1 我不是做结晶的，最近拿到一个蛋白结构，一个晶格里面有四个monomer，每个monomer
的氨基酸序列是一样的，但是四个chain的conformation不完全一致，其中A和C对称，B
和D对称。
现在想要通过计算每两个chain之间的backbone和sidechain的rmsd来定量地说明A和C
identical，B和D identical
请问该如何计算呢？有什么软件推荐的？
我看到有FATCAT，Mammoth，Dali，还有其他一些，一点概念都没有，不知道用哪个好
，请专家指点下。
另外，看到大部分软件需要upload要比较的两个结构，我只有一个tetramer的pdb file
，怎么把单独的monomer存成一个新的pdb file呢？我知道该怎么用pymol去掉其他的
chain，但是每次都只能存成新的session，而不是新的pdb，这个有什么trick呢？
多谢！ |
W*********e
发帖数: 247 | 2 用notepad打开pdb文件, 删掉不需要的monomer的坐标, 另存一下就行了
monomer
，B
file
【在 s********l 的大作中提到】
: 我不是做结晶的，最近拿到一个蛋白结构，一个晶格里面有四个monomer，每个monomer
: 的氨基酸序列是一样的，但是四个chain的conformation不完全一致，其中A和C对称，B
: 和D对称。
: 现在想要通过计算每两个chain之间的backbone和sidechain的rmsd来定量地说明A和C
: identical，B和D identical
: 请问该如何计算呢？有什么软件推荐的？
: 我看到有FATCAT，Mammoth，Dali，还有其他一些，一点概念都没有，不知道用哪个好
: ，请专家指点下。
: 另外，看到大部分软件需要upload要比较的两个结构，我只有一个tetramer的pdb file
: ，怎么把单独的monomer存成一个新的pdb file呢？我知道该怎么用pymol去掉其他的
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s********l
发帖数: 1195 | 3 谢谢，
那么计算rmsd的软件有什么推荐么？
【在 W*********e 的大作中提到】
: 用notepad打开pdb文件, 删掉不需要的monomer的坐标, 另存一下就行了
:
: monomer
: ，B
: file
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W*********e
发帖数: 247 | 4 dali就可以, 也可以用ccp4i里的superpose
【在 s********l 的大作中提到】
: 谢谢，
: 那么计算rmsd的软件有什么推荐么？
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s********l
发帖数: 1195 | 5 不好意思还有个疑问
这些alignment的软件貌似都是根据Ca来align两个结构
然后计算Ca的rmsd
如果我想同时计算sidechain的rmsd，这些结果里是否已经包括了呢？
【在 W*********e 的大作中提到】
: dali就可以, 也可以用ccp4i里的superpose
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W*********e
发帖数: 247 | 6 这个可以自己设置是C alpha还是所有的原子.
其实用pymol也可以计算rmsd
看这个网页的最后 http://137.189.50.96/kbwong/teaching/pymol/pymol_tutorial.html
【在 s********l 的大作中提到】
: 不好意思还有个疑问
: 这些alignment的软件貌似都是根据Ca来align两个结构
: 然后计算Ca的rmsd
: 如果我想同时计算sidechain的rmsd，这些结果里是否已经包括了呢？
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s********l
发帖数: 1195 | 7 非常感谢
包子答谢，请查收
【在 W*********e 的大作中提到】
: 这个可以自己设置是C alpha还是所有的原子.
: 其实用pymol也可以计算rmsd
: 看这个网页的最后 http://137.189.50.96/kbwong/teaching/pymol/pymol_tutorial.html
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