q****2
发帖数: 208 | 1 目前在研究的蛋白中间有个flexible loop，如何做突变才能把这个flexible的linker
变成刚性（Rigid）的呢？ 谢谢 |
a***e
发帖数: 1010 | |
q****2
发帖数: 208 | 3
除了delete掉这个loop，应该对哪些氨基酸突变呢？谢谢了
【在 a***e 的大作中提到】
: delete that loop?
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a***e
发帖数: 1010 | 4 it is hard to control the final conformation by mutation. |
S**I
发帖数: 15689 | 5 换成一串脯氨酸？
【在 q****2 的大作中提到】
:
: 除了delete掉这个loop，应该对哪些氨基酸突变呢？谢谢了
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q****2
发帖数: 208 | |
T**********t
发帖数: 1604 | |
a***e
发帖数: 1010 | 8 but introduce a Pro may change your protein folding a lot. |
s*******i
发帖数: 69 | 9 It's a gamble, just try more mutation such as Pro. If you want to crystalize
it. sometimes mixing with protease may work. |
n****e
发帖数: 1677 | 10 不行，最好是全切掉，然后加一个或者更多的Ala(加到蛋白能稳定表达为止),当然如果
这个loop对蛋白的功能很重要的话另当别论。
【在 q****2 的大作中提到】
: pro 可行么？？？
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q****2
发帖数: 208 | 11 加Ala啥目的？ Ala好像不怎么rigid吧？ |
n****e
发帖数: 1677 | 12 flexible loop一般是连接两个二级结构的，比如alpha-helix----loop----alpha-
helix,如果直接删掉loop,这两个alpha-helix就都被破坏了，因为没法turn了。所以要
加至少一个aa来提供连接，ala是有侧链的最小的aa,加了一般不会引起任何机构上的变
化。如果一个不行，就要再多加。
基本上的思路就是把那个loop变得最短。
【在 q****2 的大作中提到】
: 加Ala啥目的？ Ala好像不怎么rigid吧？
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a*****v
发帖数: 128 | 13 同源置换，找一个解了结构的同源蛋白质，换同源的loop |
