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Biology版 - 比较不同基因在同一和不同细胞系中的表达量————qPCR结果要怎样分析
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A***g
发帖数: 191
1
做了二十多个基因在十几个不同的人的细胞系中的表达量实验。
用的是qPCR方法。我的做法是,以cDNA为模板,以GAPDH为internal control,做看家
基因的模板多稀释20倍。
结果分析呢,我用的是 2-△△CT Method,设定某个基因在某个细胞系中的表达量为1
(这个细胞系也就是我设定的对照),那该基因在不同细胞系中的表达量就都是相对这
个细胞系而言,这样得出来的结果是relative expression level.
可是老板要的结果是最好能一目了然能看清不同基因在同一细胞系中的表达量变化,同
时也能兼顾在其它细胞系中的表达量变化。她说我给她的结果很容易让人误解。因为每
个基因都有一个细胞系为1,看上去好像这两个基因表达量一样似的。
我用的这个公式应该不能够比较不同基因的表达量吧?
同时我为了结果好看,基本上都是选择表达量比较低的细胞系为1,这样有的表达量高
的数值就很大,我老板就以为这个数字这么打是不是表达量很高很高啊?
我家老板要达到的这个目的要怎么分析呢?有没有相关文献啊?
a***e
发帖数: 1010
2
use one cell line as standard for all genes.
h********n
发帖数: 4079
3
我的做法是: 直接用这个基因是actin的倍数来做图, x轴是不同细胞或者同意细胞里不同基因.
2^(Ct of actin - Ct of gene x), 用raw data做图. 我们用这个方法投稿发表, 没啥问题.
另外, 我建议actin可能比gapdh更好, 在cancer里面, gapdh变化也不小.
A***g
发帖数: 191
4
Thank you! I will try in this way. But can you mail me your paper to: obu765
@hotmail.com or you can post your paper name here. I will suggest my boss
cite your paper if we publicated our paper.

不同基因.
啥问题.

【在 h********n 的大作中提到】
: 我的做法是: 直接用这个基因是actin的倍数来做图, x轴是不同细胞或者同意细胞里不同基因.
: 2^(Ct of actin - Ct of gene x), 用raw data做图. 我们用这个方法投稿发表, 没啥问题.
: 另外, 我建议actin可能比gapdh更好, 在cancer里面, gapdh变化也不小.

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