f*********r
发帖数: 1233 | 1 licor odyssey这款扫描仪器加软件是（半）自动调节的，但智能程度有限。人为造成
了“背景强”的假象。在下面的解释过程中，我排除曝光过度的过饱和情况，只说一般
情况。
在扫膜的时候，信号强度可大致分为三个层次：特异信号（也就是我们要的条带），膜
背景，玻璃背景。
扫膜的时候，odyssey会自动调整图像亮度对比度，把信号最低的地方作为背景。我们
要自定义一个扫描范围，横竖各多少格。如果范围定义得过大，那么势必要扫到膜外玻
璃空白部分。而机器会把这个玻璃背景作为背景强度，而膜背景就会被当作信号来处理
，显示得很亮。这就是为什么“背景强”。如果自定义扫描范围的时候，尽量排除玻璃
背景，软件会把膜背景当作背景，背景强度就会比较接近0。
1.2版的处理比较傻瓜，扫描后即使crop掉玻璃空白，背景也不会自动调整，你必须自
己手动调整。2.0版就有所改进，crop掉多余部分，它会自动重新调整背景强度。
不管是不是自动调整，背景强度和信号强度的关系是不变的。不会影响最终的定量分析
。 |
c*********r
发帖数: 1312 | |
t******y
发帖数: 716 | 3 和用film相比，lico的检测敏感度会更好吗？ |
f*********r
发帖数: 1233 | 4 我个人认为，敏感度高很多。你可以轻轻松松就把一条弱带调得很强。
【在 t******y 的大作中提到】
: 和用film相比，lico的检测敏感度会更好吗？
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d****u
发帖数: 1553 | 5 胶片依然是目前最灵敏的检测方法。但是根据我的比较licor做出来的图像在分辨率，
图像质量，操作难度上都大幅胜出。 |
f*********r
发帖数: 1233 | 6 同意。
新兴技术终将淘汰旧技术。
再说，柯达就快倒了。再过些日子，想用胶片都没有地方买了。
【在 d****u 的大作中提到】
: 胶片依然是目前最灵敏的检测方法。但是根据我的比较licor做出来的图像在分辨率，
: 图像质量，操作难度上都大幅胜出。
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O******e
发帖数: 4845 | 7 医院那边还得用很久很久吧。
【在 f*********r 的大作中提到】
: 同意。
: 新兴技术终将淘汰旧技术。
: 再说，柯达就快倒了。再过些日子，想用胶片都没有地方买了。
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f*********r
发帖数: 1233 | 8 都数字化了。从x光平片、到ct、核磁，一水的联网在线观看。就连给病人的copy都是
cd。
【在 O******e 的大作中提到】
: 医院那边还得用很久很久吧。
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d****u
发帖数: 1553 | 9 其实licor这个机器对懒人来说是最大的解脱，就像我，从来没压过片冲过片，以前直
接是cool-CCD成像，后来就是licor了，省事啊！不用培训，只要是个会做western的就
能扫膜，上手快啊！ |
n**********1
发帖数: 251 | |
|
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d****u
发帖数: 1553 | |
l*******r
发帖数: 39279 | 12 Licor odyssey这种扫描仪好在哪里？是灵敏度比一般scanner强？科普一下，貌似比较
fancy
【在 f*********r 的大作中提到】
: 同意。
: 新兴技术终将淘汰旧技术。
: 再说，柯达就快倒了。再过些日子，想用胶片都没有地方买了。
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d****u
发帖数: 1553 | 13 灵敏度比用cool-CCD扫出来的强，分辨率高，可以做双色检测，没有底物的消耗，简单
容易上手。 |
g*********5
发帖数: 2533 | 14 after we bought the Licor, I just dumped the film. goodby, darkroom. |
k****o
发帖数: 589 | |
j********r
发帖数: 156 | 16 不习惯用licor, 但实验室没有胶片。问楼上几个问题，
1. Are pvdf and nitrocellulose equally okay for licor?
2. 每次扫4x7的膜，选169um的分辨率，要4分多钟，这正常吗？
3. 是直接把膜从buffer里捞起来放上去，还是要把膜先弄成半干状态？
多谢！ |
f*********r
发帖数: 1233 | 17 1, 没做过系统比较。个人认为或者说感觉，取决于抗体在膜上的表现，当然与buffer
有一定关系。跟机器本身关系不大。
2，正常。licor其实就是光学扫描仪。最初的扫描仪速度也不快。如果有更多同类产品
参与竞争，几秒钟就扫完整版的高速机器会很快出现。目前不快，主要还是垄断在作怪。
3，一定要全湿。放膜之前要在玻璃上加水。一来，是为了赶走气泡，二来，水层可起
到类似“全反射”的效果，增加通透率，减低散射。就象显微镜的油镜。
【在 j********r 的大作中提到】
: 不习惯用licor, 但实验室没有胶片。问楼上几个问题，
: 1. Are pvdf and nitrocellulose equally okay for licor?
: 2. 每次扫4x7的膜，选169um的分辨率，要4分多钟，这正常吗？
: 3. 是直接把膜从buffer里捞起来放上去，还是要把膜先弄成半干状态？
: 多谢！
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s******y
发帖数: 28562 | 18
大部分厂家的PVDF 有比较强的背景红外荧光，应该尽量避免
Nitrocellular 比较好。
正常，就是这么慢的
理论上没有区别，但是实践上，弄成全干最好。如果是湿的话，容易弄出小
气泡，扫描出来后会形成亮点。
半干的话我不放心，因为我担心湿度对荧光强度有影响。所以我一般都是
凉干过夜
【在 j********r 的大作中提到】
: 不习惯用licor, 但实验室没有胶片。问楼上几个问题，
: 1. Are pvdf and nitrocellulose equally okay for licor?
: 2. 每次扫4x7的膜，选169um的分辨率，要4分多钟，这正常吗？
: 3. 是直接把膜从buffer里捞起来放上去，还是要把膜先弄成半干状态？
: 多谢！
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d****u
发帖数: 1553 | 19 干的湿的我都试过，对信号强度影响不大。不过大概国内实验室环境不够干净吧，我把
膜放干了后上面总是会有些灰尘啊啥的，扫的时候反而会有一些亮点。所以我都是把膜
湿着放上去。当然还是要稍微控一下。气泡问题很容易解决的，放膜的时候稍微小心点
就好了。 |
n**********1
发帖数: 251 | |
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S*****s
发帖数: 287 | 21 Millipore 的 Immobilon-FL 是降低了背景荧光的 PVDF 膜，也是在 Li-Cor 网站上卖
的膜。对于 2 KDa 左右的小蛋白也可以用 Immobilon-PSQ，背景荧光也很低。不过我
们实验室有人曾经拿错过 Immobilon-P，杯具啊。
【在 s******y 的大作中提到】
:
: 大部分厂家的PVDF 有比较强的背景红外荧光，应该尽量避免
: Nitrocellular 比较好。
: 正常，就是这么慢的
: 理论上没有区别，但是实践上，弄成全干最好。如果是湿的话，容易弄出小
: 气泡，扫描出来后会形成亮点。
: 半干的话我不放心，因为我担心湿度对荧光强度有影响。所以我一般都是
: 凉干过夜
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S*****s
发帖数: 287 | 22 如果你说的是膜和二抗的话价格和普通 HRP based western 差不多，不过它不需要显
色剂，Ladder 的用量也比普通的 Dual color ladder 少，综合下来花费还便宜一点。
这个系统最大的优势是可以把两个不同 species 的抗体放在一张膜上染色，如果抗体
选的适当，一张 Odyssey 膜等于是两张 ECL 膜的结果，试剂花费就少很多了。我上
个月跑了三十块胶，多个抗体同时染色然后用 Odyssey 看结果，得到的数据量起码等
于用 ECL 跑五十块胶。
【在 n**********1 的大作中提到】
: 大家买的奥德赛多少钱啊？
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j********r
发帖数: 156 | 23 Thanks a lot for the great points. I am very new to the fancy machine (which
I really don't like), and I am not sure what is the right way to handle the
software after the scanning is done.
The procedure I follow is
1. In the software, convert to grayscale
2. Export to TIFF
Do I miss anything, such as any tricks to make the blots look better? Thanks
, |
d****u
发帖数: 1553 | 24 在软件里你不用把图像翻转成灰度的，直接导出彩色图像就好了。如果你想要灰度的图
像，直接去找扫描原始文件，里边
有一个700.tiff有一个800.tiff，只要把你相应波长的文件打开，用PS翻转就可以了。
which
the
Thanks
【在 j********r 的大作中提到】
: Thanks a lot for the great points. I am very new to the fancy machine (which
: I really don't like), and I am not sure what is the right way to handle the
: software after the scanning is done.
: The procedure I follow is
: 1. In the software, convert to grayscale
: 2. Export to TIFF
: Do I miss anything, such as any tricks to make the blots look better? Thanks
: ,
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f*********r
发帖数: 1233 | 25 没有什么right way。只是个人喜好。我比较喜欢这样处理：
因为图像最终要输出成出版格式，也就是白底黑带的传统模式，所以调试的时候也用黑
白模式。
我喜欢背景比较干净的图像，所以尽量把背景调到纯白。如果目标条带非常弱，可以适
当把背景调重些，但最好是浅灰，而不是深灰。
我们最终目标是要比较各样品的差异。所以，通过亮度对比度调节，视觉效果最好能最
大限度突出各样品的差异。比较理想的是，最弱的带（如果确实有）刚刚能看到，最强
的带是纯黑。
在文章投稿、写grant、做ppt的时候，我们不希望插入的图像是个很大的tiff文件。输
出的时候，图像保持100%大小，存为jpg图像。在odyssey 2.0版中，还需要选择“高质
量”。
which
the
Thanks
【在 j********r 的大作中提到】
: Thanks a lot for the great points. I am very new to the fancy machine (which
: I really don't like), and I am not sure what is the right way to handle the
: software after the scanning is done.
: The procedure I follow is
: 1. In the software, convert to grayscale
: 2. Export to TIFF
: Do I miss anything, such as any tricks to make the blots look better? Thanks
: ,
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j********r
发帖数: 156 | 26 duo xie lou zhu!!
How do you adjust the background, by changing brightness/contrast? Thanks, |
f*********r
发帖数: 1233 | 27 对，主要是亮度对比度。
还有一个是敏感度。默认设置是“线性自动”。如果用亮度对比度调节达不到理想的图
像，可以把线性自动改为“线性手动”，来手动调节敏感度。如果要更大幅度调整，才
需要用对数。
举例
上图上下两部分是同一张膜。上面亮度50，对比度50；下面亮度1，对比度75。
【在 j********r 的大作中提到】
: duo xie lou zhu!!
: How do you adjust the background, by changing brightness/contrast? Thanks,
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s******y
发帖数: 28562 | 28 这个。。。我不知道你所说的“敏感度”参数是不是就是英文版里面所谓的gamma值，
如果是的话，我得好意的提醒一下：
严格来说，亮度的gamma 值是不允许调整的，Gamma 值如果不是1.0的话，
肉眼看到的图像和实际的亮度的比例就不是一回事，在实验数据处理上属于不合理
调整的范围，有可能会惹上麻烦。
仅仅在某些特殊场合，为了特意显示某些特别弱的条带，在figure legend
里进行了额外声明的情况下，才可以调节Gamma 值。
【在 f*********r 的大作中提到】
: 对，主要是亮度对比度。
: 还有一个是敏感度。默认设置是“线性自动”。如果用亮度对比度调节达不到理想的图
: 像，可以把线性自动改为“线性手动”，来手动调节敏感度。如果要更大幅度调整，才
: 需要用对数。
: 举例
: 上图上下两部分是同一张膜。上面亮度50，对比度50；下面亮度1，对比度75。
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f*********r
发帖数: 1233 | 29 请放心。不是gamma。是sensitivity。调整sensitivity不会对量化有任何影响。同样
意义上的调节还有扫描的intensity。其效果与胶片曝光时间的调解类似。这些调解都
是对整体的调解，而不针对某一特定范围。在许可范围内。
【在 s******y 的大作中提到】
: 这个。。。我不知道你所说的“敏感度”参数是不是就是英文版里面所谓的gamma值，
: 如果是的话，我得好意的提醒一下：
: 严格来说，亮度的gamma 值是不允许调整的，Gamma 值如果不是1.0的话，
: 肉眼看到的图像和实际的亮度的比例就不是一回事，在实验数据处理上属于不合理
: 调整的范围，有可能会惹上麻烦。
: 仅仅在某些特殊场合，为了特意显示某些特别弱的条带，在figure legend
: 里进行了额外声明的情况下，才可以调节Gamma 值。
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m******5
发帖数: 1383 | 30 second this
很多杂志的网站都强调过只能做'linear adjust'
gamma值是非linear adjust，也就不能调节
【在 s******y 的大作中提到】
: 这个。。。我不知道你所说的“敏感度”参数是不是就是英文版里面所谓的gamma值，
: 如果是的话，我得好意的提醒一下：
: 严格来说，亮度的gamma 值是不允许调整的，Gamma 值如果不是1.0的话，
: 肉眼看到的图像和实际的亮度的比例就不是一回事，在实验数据处理上属于不合理
: 调整的范围，有可能会惹上麻烦。
: 仅仅在某些特殊场合，为了特意显示某些特别弱的条带，在figure legend
: 里进行了额外声明的情况下，才可以调节Gamma 值。
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g*********5
发帖数: 2533 | |
f********n
发帖数: 6465 | |
