t*d
发帖数: 1290 | 1 Nature 466: 835–840
Mammalian microRNAs predominantly act to decrease target mRNA levels
Huili Guo, Nicholas T. Ingolia, Jonathan S. Weissman, David P. Bartel
http://www.nature.com/nature/journal/v466/n7308/abs/nature09267.html?lang=en
感觉 miRNA 的研究太没有章法了。一会儿东，一会儿西，把我彻底搞迷糊了。 |
w******y
发帖数: 8040 | 2 ft, 这个结论不是早就有了吗
还能发nature?
【在 t*d 的大作中提到】
: Nature 466: 835–840
: Mammalian microRNAs predominantly act to decrease target mRNA levels
: Huili Guo, Nicholas T. Ingolia, Jonathan S. Weissman, David P. Bartel
: http://www.nature.com/nature/journal/v466/n7308/abs/nature09267.html?lang=en
: 感觉 miRNA 的研究太没有章法了。一会儿东，一会儿西，把我彻底搞迷糊了。
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z*t
发帖数: 863 | 3 miRNA的两个效应翻译抑制和mRNA降解，植物以直接降解为主，虽然大家在哺乳动物倾向翻译抑制，我的印象中没人很严格的set up实验证明哺乳动物里哪个是主导，这篇文章算是一个基因组水平的解惑吧。
【在 w******y 的大作中提到】
: ft, 这个结论不是早就有了吗
: 还能发nature?
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s******s
发帖数: 13035 | 4 翻译吧，不是转录
ww
【在 z*t 的大作中提到】
: miRNA的两个效应翻译抑制和mRNA降解，植物以直接降解为主，虽然大家在哺乳动物倾向翻译抑制，我的印象中没人很严格的set up实验证明哺乳动物里哪个是主导，这篇文章算是一个基因组水平的解惑吧。
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z*t
发帖数: 863 | 5 刚刚改过来，做DNA甲基化转录说顺嘴了。。。
【在 s******s 的大作中提到】
: 翻译吧，不是转录
: ww
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w******y
发帖数: 8040 | 6 早在2004年， Merck@Seattle就发表了mRNA降解在mammalian里是非常普遍的
Bartel这片能上nature我觉得很奇怪
倾向翻译抑制，我的印象中没人很严格的set up实验证明哺乳动物里哪个是主导，这篇
文章算是一个基因组水平的解惑吧。
【在 z*t 的大作中提到】
: miRNA的两个效应翻译抑制和mRNA降解，植物以直接降解为主，虽然大家在哺乳动物倾向翻译抑制，我的印象中没人很严格的set up实验证明哺乳动物里哪个是主导，这篇文章算是一个基因组水平的解惑吧。
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a***e
发帖数: 1010 | 7 the main conclusion of this paper is that " that destabilization of target
mRNAs is the predominant reason for reduced protein output"
--------------------
Bartel gave the talk in Keystone symposium in January and shocked everyone.
However, some people are concerning that the conclusion based on cell lines
may not represent the real mechanism in vivo. For example, Victor said lin-
4 does most in translation control. So does Gary with let-7. |
a****k
发帖数: 1130 | 8 that's true. some of the other groups are trying to repeat the same
experiment in other systems
.
lines
lin-
【在 a***e 的大作中提到】
: the main conclusion of this paper is that " that destabilization of target
: mRNAs is the predominant reason for reduced protein output"
: --------------------
: Bartel gave the talk in Keystone symposium in January and shocked everyone.
: However, some people are concerning that the conclusion based on cell lines
: may not represent the real mechanism in vivo. For example, Victor said lin-
: 4 does most in translation control. So does Gary with let-7.
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t*d
发帖数: 1290 | 9 因为 Bartel 是这个领域的权威。他在 2004 发了两篇reviews，一篇在 CELL， 一篇
在 Nature Reviews Genetics。在两篇 reviews 他都倾向于 mammalian miRNAs 主要
抑制翻译的观点。但是miRNA的大头也基本倾向这个观点。Rosetta 2004 的文章没有提
供直接的证据证明那些下调的 mRNAs 是 miR-1和miR-124 直接targets。所以 Rosetta
的文章动摇了军心，但是还没有颠覆大家伙先入为主的观念。
【在 w******y 的大作中提到】
: 早在2004年， Merck@Seattle就发表了mRNA降解在mammalian里是非常普遍的
: Bartel这片能上nature我觉得很奇怪
:
: 倾向翻译抑制，我的印象中没人很严格的set up实验证明哺乳动物里哪个是主导，这篇
: 文章算是一个基因组水平的解惑吧。
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h********n
发帖数: 4079 | 10 太好了, 这个间接支持了我前不久发的一篇文章, 因为我一直用PCR来检验miRNA对
target gene的作用, 没有任何western的实验. |
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W****C
发帖数: 1937 | 11 以前是知道miRNA有这两方面的作用， 这片大概比较了一下这两种作用的贡献， rna降
解大概占了84％ |
l******n
发帖数: 105 | 12 对，之前大家都被1993年microRNA lin-4主要抑制lin-14 RNA的翻译、而对lin-14 RNA
降解影响很小的情况误导了。
后来用cDNA microarray发现microRNA减少target RNA量的幅度非常小，就还是以为
microRNA主要是直接抑制target RNA的翻译，促进target RNA的降解是次要的。
实际上现在Bartel证明microRNA整个减少target蛋白的作用幅度就非常小（已经发表的
绝大部分direct target蛋白减少非常显著的文章，其实都是特例，因为target蛋白减
少幅度很小的情况很难发表文章），而且其中至少84％甚至90％都是促进target RNA的
降解产生的，直接抑制target RNA的翻译只占16％，甚至只占10%。
过去做microRNA抑制翻译的生化机理的实验几乎全是用串联3个，甚至7个microRNA
target的artificial 3'UTR来做，很可能根本不反映生理情况下的作用机制。
这对用RNA-Seq寻找microRNA direct target是一个福音啊。
【在 W****C 的大作中提到】
: 以前是知道miRNA有这两方面的作用， 这片大概比较了一下这两种作用的贡献， rna降
: 解大概占了84％
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o*****a
发帖数: 2335 | 13 是不是说大多数mammalian microRNAs不和3'UTR结合？那一般什么部位是他们的
targets?
RNA
【在 l******n 的大作中提到】
: 对，之前大家都被1993年microRNA lin-4主要抑制lin-14 RNA的翻译、而对lin-14 RNA
: 降解影响很小的情况误导了。
: 后来用cDNA microarray发现microRNA减少target RNA量的幅度非常小，就还是以为
: microRNA主要是直接抑制target RNA的翻译，促进target RNA的降解是次要的。
: 实际上现在Bartel证明microRNA整个减少target蛋白的作用幅度就非常小（已经发表的
: 绝大部分direct target蛋白减少非常显著的文章，其实都是特例，因为target蛋白减
: 少幅度很小的情况很难发表文章），而且其中至少84％甚至90％都是促进target RNA的
: 降解产生的，直接抑制target RNA的翻译只占16％，甚至只占10%。
: 过去做microRNA抑制翻译的生化机理的实验几乎全是用串联3个，甚至7个microRNA
: target的artificial 3'UTR来做，很可能根本不反映生理情况下的作用机制。
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l******i
发帖数: 14 | 14 我太爱这篇paper了，当时我们这边一个教授的实验室就是有这么一个争论，一个中国
人认为是mRNA level,而另外一个印度薄厚认为是translation level,结果这位老板信
了后者，因为这位中国人脾气火爆，然后惹怒了这位教授，结果这位东欧的教授把那位
中国学生以作假的名义fire掉了。
现在bartel的实验室由一位中国学生做出相反的结果，真是让人大快人心啊，呵呵。我
希望篇paper能够被重复出来。 |
l******n
发帖数: 105 | 15 大多数mammalian microRNA还是和3'UTR结合来抑制它们的。
【在 o*****a 的大作中提到】
: 是不是说大多数mammalian microRNAs不和3'UTR结合？那一般什么部位是他们的
: targets?
:
: RNA
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H*********1
发帖数: 56 | 16 能不能再展开说说为啥对用RNA-seq来找microRNA target是福音？谢谢
【在 l******n 的大作中提到】
: 大多数mammalian microRNA还是和3'UTR结合来抑制它们的。
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l******n
发帖数: 105 | 17 原来觉得即使做了mRNA表达谱也还是会漏掉这个microRNA的direct target中的很大一
部分（比如某个micrRNA有300个target，mRNA表达谱检测只能找到100个，漏掉200个）。
而现在看来mRNA表达谱会找到这个microRNA的几乎全部direct target（比如找到300个
target中的270个）。这样RNA-Seq就足够了。
而且RNA-Seq比SILAC这种Proteomics的方法成本便宜太多了，很多实验室都用得起。
【在 H*********1 的大作中提到】
: 能不能再展开说说为啥对用RNA-seq来找microRNA target是福音？谢谢
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t*d
发帖数: 1290 | 18 下一个要证明的是：
mammalian miRNAs bind to both coding region and 3'UTR with equal chances to guide mRNA
degradation or block of translation.
从此以后，世界就清静了。 |
a*****g
发帖数: 543 | 19 Greg Hannon has some data of the binding,
not only coding, but also 5' UTR....
to guide mRNA
【在 t*d 的大作中提到】
: 下一个要证明的是：
: mammalian miRNAs bind to both coding region and 3'UTR with equal chances to guide mRNA
: degradation or block of translation.
: 从此以后，世界就清静了。
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s******y
发帖数: 28562 | 20 难道不是这样的么？
我不在具体作这个field, 可是我觉得，凭什么人家一定要结合到3'-UTR?
爱那那，有什么不行的？
to guide mRNA
【在 t*d 的大作中提到】
: 下一个要证明的是：
: mammalian miRNAs bind to both coding region and 3'UTR with equal chances to guide mRNA
: degradation or block of translation.
: 从此以后，世界就清静了。
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t*d
发帖数: 1290 | 21 我也觉得这个不合理。不过目前大部分人认为主要结合位点是 3'-UTR。所有的miRNA
target 预测都只看 3'-UTR region。也有些文章声称发现了菲 3'-utr 的binding
site。情况和以前 blocking、degradation的模糊状态差不多。
【在 s******y 的大作中提到】
: 难道不是这样的么？
: 我不在具体作这个field, 可是我觉得，凭什么人家一定要结合到3'-UTR?
: 爱那那，有什么不行的？
:
: to guide mRNA
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a***a
发帖数: 524 | 22 MARK.
RNA
【在 l******n 的大作中提到】
: 对，之前大家都被1993年microRNA lin-4主要抑制lin-14 RNA的翻译、而对lin-14 RNA
: 降解影响很小的情况误导了。
: 后来用cDNA microarray发现microRNA减少target RNA量的幅度非常小，就还是以为
: microRNA主要是直接抑制target RNA的翻译，促进target RNA的降解是次要的。
: 实际上现在Bartel证明microRNA整个减少target蛋白的作用幅度就非常小（已经发表的
: 绝大部分direct target蛋白减少非常显著的文章，其实都是特例，因为target蛋白减
: 少幅度很小的情况很难发表文章），而且其中至少84％甚至90％都是促进target RNA的
: 降解产生的，直接抑制target RNA的翻译只占16％，甚至只占10%。
: 过去做microRNA抑制翻译的生化机理的实验几乎全是用串联3个，甚至7个microRNA
: target的artificial 3'UTR来做，很可能根本不反映生理情况下的作用机制。
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n******7
发帖数: 12463 | 23 从文献和我们以前的分析来看，虽然cds也能坚定到一些target，但是信号比3'utr差太
多了
至于5utr 我觉得问题在于太短，很多mrna就没有
一年多没关注这个了，欢迎指正
【在 s******y 的大作中提到】
: 难道不是这样的么？
: 我不在具体作这个field, 可是我觉得，凭什么人家一定要结合到3'-UTR?
: 爱那那，有什么不行的？
:
: to guide mRNA
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