W****C
发帖数: 1937 | 1 一个gene文献里可以看到不同实验室找到了两个不同的相隔大概1KB的两个promoter，
从数据上来看第一个发现的那个好象是假的， luciferase assay只有不到两倍的变化
， primer extension能测到， 也不见得是真的吧？ |
y******8
发帖数: 1764 | |
W****C
发帖数: 1937 | 3 ChIP的话分辨率刚好在1kb左右，有点玄。 而且promoter1在promoter2 下游， 即便
promoter1是假的， 那它也在trancription area， pol ii 也会bind吧？ promoter上
的pol ii会比转录区的多？ 因为trancription pausing？ |
y******8
发帖数: 1764 | 4 I think the resolution of ChIP can be 200bp. If in genomic not plasmid
DNA, the promoter should hold more POL II than coding region.
And you can try other transcription initiators.
【在 W****C 的大作中提到】
: ChIP的话分辨率刚好在1kb左右，有点玄。 而且promoter1在promoter2 下游， 即便
: promoter1是假的， 那它也在trancription area， pol ii 也会bind吧？ promoter上
: 的pol ii会比转录区的多？ 因为trancription pausing？
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a****o
发帖数: 1786 | 5 you should check occupancy of GTFs such as TFIIA, IIB, IID or coactivators
such as Mediator, SAGA etc.
Or find if there are any binding motif of transcription factors and ChIP
them.
They are all better indicators than Pol2 for promoter.
You can also check histone density and mofifications. Histone density in
promoter regions are generally lower than that in coding region.
【在 W****C 的大作中提到】
: ChIP的话分辨率刚好在1kb左右，有点玄。 而且promoter1在promoter2 下游， 即便
: promoter1是假的， 那它也在trancription area， pol ii 也会bind吧？ promoter上
: 的pol ii会比转录区的多？ 因为trancription pausing？
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s*********x
发帖数: 1923 | 6 No. The resolution of chip-seq is way smaller than 1kb. You should be able
to see two peaks of polII or h3k4me3.
【在 W****C 的大作中提到】
: ChIP的话分辨率刚好在1kb左右，有点玄。 而且promoter1在promoter2 下游， 即便
: promoter1是假的， 那它也在trancription area， pol ii 也会bind吧？ promoter上
: 的pol ii会比转录区的多？ 因为trancription pausing？
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s******s
发帖数: 13035 | 7 俺不是做这行的，谁给我科普一下，primer extension能
侧到RNA起始，为啥就不见得是promotor
，
【在 W****C 的大作中提到】
: 一个gene文献里可以看到不同实验室找到了两个不同的相隔大概1KB的两个promoter，
: 从数据上来看第一个发现的那个好象是假的， luciferase assay只有不到两倍的变化
: ， primer extension能测到， 也不见得是真的吧？
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W****C
发帖数: 1937 | 8
测到的可能是剪切过的mRNA
【在 s******s 的大作中提到】
: 俺不是做这行的，谁给我科普一下，primer extension能
: 侧到RNA起始，为啥就不见得是promotor
:
: ，
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s******s
发帖数: 13035 | 9 但是lz是第一个promotor不知真假，不可能是第二个的transcript
剪切过吧？或者你的意思是上游其他基因的transcript？
【在 W****C 的大作中提到】
:
: 测到的可能是剪切过的mRNA
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W****C
发帖数: 1937 | 10 第一个是指第一个被报道的 觉得是假的那个在下游 |
m******5
发帖数: 1383 | |
a****o
发帖数: 1786 | 12 TSS is outside of Promoter. Promoter is upstream of TSS.
For example, the sidely used T7 promoter can direct transcription of its
downstream sequence. If you try to use primer extension to determine T7
promoter, you will ger zero information. Metazoan promoters are more complex
, but promoters are still upstream of transcription start sites.
【在 s******s 的大作中提到】
: 俺不是做这行的，谁给我科普一下，primer extension能
: 侧到RNA起始，为啥就不见得是promotor
:
: ，
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