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Biology版 - 如何计算synergy index?
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l*********1
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1
向某一功能蛋白引入突变A,改变活性1.引入突变B,改变活性2.
假设突变A和B对活性的改变是加合性的,同时引入AB,得到的突变蛋白的活性应该是3.
但是实际的情况是AB的活性不是3,比如说是100.显然突变A和B之间存在有协同作用,
两者共同作用的效果大于两者单独作用的总和。
有什么好的公式来表征这种协同作用.
我想当然的觉着si=100/(1+2)是一种表征方法。si=1,两者效果是加合性。
表达得有些混乱,请见谅。谢谢
m**z
发帖数: 787
2
pairwise coupling? if you use free energy for your activity, then the
pairwise coupling free energy = AB-(A+B). In your case, the number will be
97.
If your number refers to a binding constant, for instance, then the coupling
free energy=-RTln(AB/(A+B))=-RTln(100/3)
This is what I used in these cases. But don't know whether that fits your
case...

3.

【在 l*********1 的大作中提到】
: 向某一功能蛋白引入突变A,改变活性1.引入突变B,改变活性2.
: 假设突变A和B对活性的改变是加合性的,同时引入AB,得到的突变蛋白的活性应该是3.
: 但是实际的情况是AB的活性不是3,比如说是100.显然突变A和B之间存在有协同作用,
: 两者共同作用的效果大于两者单独作用的总和。
: 有什么好的公式来表征这种协同作用.
: 我想当然的觉着si=100/(1+2)是一种表征方法。si=1,两者效果是加合性。
: 表达得有些混乱,请见谅。谢谢

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