q******c
发帖数: 741 | 1 刚做了一个RNA-seq，拿到一个很长的Genelist,现在想把里面的transcription factor
（或者potential transcription factor）给筛选出来予以重点研究。可惜我对
Bioinformatics一窍不通，试了DAVID，ingenuity,两者的结果并不匹配，然后试图用
Gene Ontology里面的 GO SLIMer,不会用
有没有人作过类似的分析，请指点一条明路！
多谢了！
火鸡节快乐！ |
M*****n
发帖数: 16729 | 2 RNA-seq现在做一把要多少钱？
你找那个公司做的？
factor
【在 q******c 的大作中提到】
: 刚做了一个RNA-seq，拿到一个很长的Genelist,现在想把里面的transcription factor
: （或者potential transcription factor）给筛选出来予以重点研究。可惜我对
: Bioinformatics一窍不通，试了DAVID，ingenuity,两者的结果并不匹配，然后试图用
: Gene Ontology里面的 GO SLIMer,不会用
: 有没有人作过类似的分析，请指点一条明路！
: 多谢了！
: 火鸡节快乐！
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t*d
发帖数: 1290 | 3 俺也想知道。
另外 David 和 IPA 的结果不一样很正常。他们可能用的是不同的数据库，或者不
同版本的。
【在 M*****n 的大作中提到】
: RNA-seq现在做一把要多少钱？
: 你找那个公司做的？
:
: factor
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q******c
发帖数: 741 | 4 In house service, 1050 per lane. But this service does not include data
analysis, which bring me so much hard time.
【在 M*****n 的大作中提到】
: RNA-seq现在做一把要多少钱？
: 你找那个公司做的？
:
: factor
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M*****n
发帖数: 16729 | 5 俺们有两个lab在搞,但是最近说都有问题，还没有搞出来。
你那个是人还是老鼠，有没有de novo assembly 的经验？我这个只能做de novo
assembly.
【在 q******c 的大作中提到】
: In house service, 1050 per lane. But this service does not include data
: analysis, which bring me so much hard time.
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e*****t
发帖数: 642 | 6 没有ref genome？
【在 M*****n 的大作中提到】
: 俺们有两个lab在搞,但是最近说都有问题，还没有搞出来。
: 你那个是人还是老鼠，有没有de novo assembly 的经验？我这个只能做de novo
: assembly.
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B*******t
发帖数: 403 | |
q******c
发帖数: 741 | 8 The experiment is on mouse cells. I mapped the readings to mm9(latest
version of mouse genome). For the annotation genome, you can select Refseq,
UCSC genes, Ensembl etc.
【在 e*****t 的大作中提到】
: 没有ref genome？
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e*****t
发帖数: 642 | 9 i am talking about the guy who mentioned assembly, which means he does not
has the ref genome apparently.
,
【在 q******c 的大作中提到】
: The experiment is on mouse cells. I mapped the readings to mm9(latest
: version of mouse genome). For the annotation genome, you can select Refseq,
: UCSC genes, Ensembl etc.
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