e*******s
发帖数: 140 | 1 除了zinc finger 还有啥？
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n**8
发帖数: 221 | |
w******n
发帖数: 767 | 3 这东西可靠吗？
【在 e*******s 的大作中提到】
: 除了zinc finger 还有啥？
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s****r
发帖数: 736 | 4 潜在问题不少。一是非特异性接切的可能性，二是效率。这两点如果能解决，该技术就
是诺奖。
BTW，Johns Hopkins已经把ZFN的创始人S. Chandrasegaran http://www.jhsph.edu/faculty/directory/profile/1328/Chandrasegaran/Srinivasan收了。大家都在等着分诺奖呢。 |
D*a
发帖数: 6830 | |
p*****m
发帖数: 7030 | 6 至少现在可能还不行，效率没有那么高。没有selection的话，能有百分之几的细胞被
mutate就很不错了
我知道有人在做改进，希望未来能做吧，这样就爽了。。。
【在 D*a 的大作中提到】
: 这些新技术能不能组织特异性KO啊
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D*a
发帖数: 6830 | 7 那这新技术有啥优点啊？
【在 p*****m 的大作中提到】
: 至少现在可能还不行，效率没有那么高。没有selection的话，能有百分之几的细胞被
: mutate就很不错了
: 我知道有人在做改进，希望未来能做吧，这样就爽了。。。
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l**********1
发帖数: 5204 | 8 Proposal just:
Oxford nanopore based NGKOT Next Generation Knout Out Technique:
用某种 dsDNA topoisomerase single molecular level cut and relink dsDNA with
magnetic tweezers
NB: NGKOT 能BACbase 300KP 内任意地knoct out 比起20-35 kp Vector的片段内PCR knoct out还是效率高啊
最佳的是可以Knock in again within BACbase 300KP 内任意的 based Oxford nanopore platform.
References:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21809210
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19377505
//en.wikipedia.org/wiki/Topoisomerase
//www.mitbbs.com/article_t1/Biology/31636519_0_3.html
41 and 43F
cited:
>
根据 nanopore 的网站，他们用某种 dsDNA binding enzyme 在 nanopore 的端口来
unzip double strand, 所以最后通过 pore 读取的是 single stranded
trinucleotide。一个分子被测序之后不会回来反复被测。所以要靠测序的 coverage
来弥补错误的话，就需要 sample 里面有足够的 copy number，能在可以接受的时间内
达到这个 coverage.
当然我也不知道 4% error rate 到底是有多糟糕，需要提高多少的 coverage 才能弥
补。
---
文章说，Only about 0.001% of the starting DNA is processed。这才是他们号称不
消耗，可以做完之后还回收做别的。这样一个几率，比如你的例子，20000 个 copy,
只有 0.2 个分子有机会被测序到。所以这样一个 input，至少需要等 5x 的更长时间
，才可能被 process 到。而因为他们的 error rate 高，需要更高的 coverage, 所以
真正需要的时间更长。这样算一下，他们的 throughput 也有待提高。只处理 0.001%
的 starting material 感觉并不是什么好事，需要测的 target molecule 的丰度足够
高才行，量大都没用。
-----
一个就能测几十k，比起几百BP的小片段还是效率高
Ps: It might be true from 2027 AC if Oxford nanopore based NGS will be true from 2022 AC.
At then if MITBBS still has, do not forgot lotkaeuler11 gave this original thought. Ok? |
X***n
发帖数: 366 | 9 Cannot understand what you are saying.
YAC based, up to 2 Mbp transgenic is reported. Does size matter?
Feng Zhang's approach is fantastic. I bet on ZFN.
with
PCR knoct out还是效率高啊
nanopore platform.
【在 l**********1 的大作中提到】
: Proposal just:
: Oxford nanopore based NGKOT Next Generation Knout Out Technique:
: 用某种 dsDNA topoisomerase single molecular level cut and relink dsDNA with
: magnetic tweezers
: NB: NGKOT 能BACbase 300KP 内任意地knoct out 比起20-35 kp Vector的片段内PCR knoct out还是效率高啊
: 最佳的是可以Knock in again within BACbase 300KP 内任意的 based Oxford nanopore platform.
: References:
: //www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21809210
: //www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19377505
: //en.wikipedia.org/wiki/Topoisomerase
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p*****m
发帖数: 7030 | 10 张锋做的难道不是tale-based？zfn我觉得很快就会被talen彻底淘汰了
【在 X***n 的大作中提到】
: Cannot understand what you are saying.
: YAC based, up to 2 Mbp transgenic is reported. Does size matter?
: Feng Zhang's approach is fantastic. I bet on ZFN.
:
: with
: PCR knoct out还是效率高啊
: nanopore platform.
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s******y
发帖数: 28562 | 11 不需要经过老鼠胚胎发育的阶段，所以快速，而且可以上规模
还有一个就是对于一些essential gene相对而言会容易拿到
【在 D*a 的大作中提到】
: 那这新技术有啥优点啊？
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l**********1
发帖数: 5204 | 12 RE LZ
Did you read that Oxford nanopare NGS any relative paper? then replied with
below sentence?
1)
Nanopore 在
测长的DNA 上面有优势，号称没有 read length 的上限
2)
nanopore不用nuclease切DNA啊，你在哪里看到的。文章里明确说了，测完后还能
recover DNA的。它这个理论上就是靠DNA不同的碱基和那个pore蛋白的物理互作测序，
可能是氢键吧
3)
but now still has assembly problem
[ 47 ]
发信人: yuem0428 (ym), 信区: Biology
标 题: Re: 测序技术的重磅炸弹--Oxford Nanopore
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Feb 22 17:43:13 2012, 美东)
I would say there are two problems.
1. IT support. All previous sequencing data are from short reads, less than
500 bp. Very challenging for IT people to develop effective tools in a
relative short time.
2. Before its scale can handle 10x human genome, no big bonus to attract
current NextGen users.
I think other competitors would have two years to catch up with the
technology, and 3-4 years to adjust marketing strategy.
http://www.mitbbs.com/article_t1/Biology/31636519_0_3.html
If overcame above IT problems,
then
Size is no limitation, even 10g bp here g is same meaning to Google
that "G" is Index,
i mean 3bp one human plus 1.5 billion chinese all population even can use
that Oxford Nanopore
The problem is how to link those Hu J-Tao his 3bp to Xi-J-P his 3bp
here might need below hyperactive SB100X transposon-mediated BAC vector
with Mouse gene
then expression on the human iPS cells techniques etc:
please go to
http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/31633241.html
5F
References:
0
[ 50 ]
发信人: fruitlake (你问我要去向何方，我指着大海的方向), 信区: Biology
标 题: Re: 测序技术的重磅炸弹--Oxford Nanopore
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Feb 22 21:03:17 2012, 美东)
第三点不是太明白。为什么 nanopore 依赖于长而完整的 DNA 来测量呢？Nanopore 在
测长的DNA 上面有优势，号称没有 read length 的上限，然而我没有找到导致它不能
测短的因素啊？比如几百个 bp 的 amplicon, 难道不能被 capture 来读取么？
回复]
0
[ 35 ]
发信人: bmwcar (也————), 信区: Biology
标 题: Re: 测序技术的重磅炸弹--Oxford Nanopore
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Feb 21 16:53:27 2012, 美东)
illumina 454也都有错误也都不能轮回测同一个分子啊。只要某些DNA片段不会选择性
的不能通过那个pore，很难想象在足够多coverage后还会有大的gap。
nanopore不用nuclease切DNA啊，你在哪里看到的。文章里明确说了，测完后还能
recover DNA的。它这个理论上就是靠DNA不同的碱基和那个pore蛋白的物理互作测序，
可能是氢键吧
http://www.mitbbs.com/article_t1/Biology/31636519_0_2.html
【在 X***n 的大作中提到】
: Cannot understand what you are saying.
: YAC based, up to 2 Mbp transgenic is reported. Does size matter?
: Feng Zhang's approach is fantastic. I bet on ZFN.
:
: with
: PCR knoct out还是效率高啊
: nanopore platform.
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l**********1
发帖数: 5204 | 13 continue to LS from xml txt possible size limitation:
X射线衍射法测定DNA的晶体结构 was reported by Cambridge 物理学PD 克里克
>1953年，在威尔金斯和弗兰克林拍摄到的
DNA衍射照片的基础上，沃森和克里克提出了DNA双螺旋模型，给生物学带来一场
革命。
So why not NGKOT might be reported by another Oxford 物理学PD
detail:
克里克1937年从伦敦的大学学院物理系本科毕业后，又开始攻读物理博士学位，
但是1939年战争爆发，他被迫中断学业，为英国海军部工作，研制磁性水雷和感
音水雷。威尔金斯比克里克晚一年获得物理学士学位（剑桥大学），但在1940年
读完了物理学博士（伯明翰大学），其论文与雷达有关，在战争期间他参与研
制雷达，1943年又到美国伯克利参与曼哈顿计划研制原子弹。战争结束后，这些
曾经为战争的胜利立下汗马功劳的物理学家的出路成了问题。许多人必须改行。
其中不少年轻的物理学家，在大物理学家波尔和薛定锷的激励下，投身到生物学
的研究。
克里克和威尔金斯后来都强调薛定锷在
1944年出版的《生命是什么？》一书对他们的影响，使他们从事生物物理研究—
—用物理方法研究生命现象。克里克先是研究细胞中磁性颗粒的运动，在听说剑
桥大学卡文迪许实验室新成立了一个研究组用X射线衍射法测定蛋白质的结构后，
便要求转到那里做博士论文。差不多同时，威尔金斯也到伦敦的国王学院用X射
线衍射法测定DNA的晶体结构，以后又来了一位女化学家弗兰克林（Rosalind
Franklin, 1920-1958）与他一起工作。当X射线照射到生物大分子的晶体时，晶
格中的原子或分子会使射线发生偏转，根据得到的衍射图象，可以推测分子大致
的结构和形状。不过，不理解DNA的生物学功能，单纯根据晶体衍射图，有太多的
可能性供选择，是很难得出正确的模型的。
但是这两位测定DNA结构的人，当时却对DNA的重要性，DNA究竟在细胞中干
什么一无所知，对他们来说，DNA无非是一种普通的生物大分子，能测定一种生
物大分子的结构就算得上有了科研成果，如此而已。克里克的论文题目是“多肽
和蛋白质：X射线研究”，与DNA更无关系。1951年，23岁的年轻的遗传学家沃森
从美国到剑桥大学做博士后，挂着的课题项目是研究烟草花叶病毒，其真实意图
却是要研究DNA分子结构，因为他深知DNA的重要性。沃森碰巧与克里克分享一个办
公室，便说服他一起研究DNA分子模型，因为他需要克里克在X射线晶体衍射学方
面的知识。据他的回忆，他到剑桥后发现克里克也是“知道DNA比蛋白质更为重
要的人”。但是按克里克本人的说法，他当时对DNA所知不多，并不觉得它在遗
传上比蛋白质更重要，只是认为DNA做为与核蛋白结合的物质，值得研究。对一
名研究生来说，确定一种未知分子的结构，就是一个值得一试的课题。正是因为
沃森坚信DNA是遗传物质，并且理解遗传物质应该有自我复制、携带遗传信息和
突变的特性，很快就做出了重大发现。1953年，在威尔金斯和弗兰克林拍摄到的
DNA衍射照片的基础上，沃森和克里克提出了DNA双螺旋模型，给生物学带来一场
革命。1958年，年仅38岁的弗兰克林因患癌症逝世（因为长期接触X射线引起
的），使得1962年诺贝尔奖委员会给这个发现颁奖时，已无需因为一次最多只能
奖给三个人而为取舍大伤脑筋了。在这三个人中，威尔金斯可以说是稀里
糊涂得了诺贝尔奖（他的自传的题目叫《双螺旋的第三人》，很准确地反映了这
一点），克里克则是在沃森的鼓动下被动地获奖，而只有沃森一开始就志在必得。
ignored
现在也有大批物理系的毕业生改行从事分子生物学研究，原因还是出路问题。
当前的生物学研究要比物理学研究活跃得多，工作机会也多得多。但是他们当中
恐怕没有多少人有像他们的前辈们那样要在生物学领域进行一场革命的雄心壮志
了，分子生物学也已非常成熟，早就过了可以由其他领域的人士来从事革命的草
创时期。克里克这样的天才的出现，终究只是一个不可再现的科学奇迹。
2004.10.14.
//www.xys.org/xys/netters/Fang-Zhouzi/science/crick.txt
【在 e*******s 的大作中提到】
: 除了zinc finger 还有啥？
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o*****r
发帖数: 39 | 14 Why TALE is better than ZFN, except the price?
【在 p*****m 的大作中提到】
: 张锋做的难道不是tale-based？zfn我觉得很快就会被talen彻底淘汰了
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p*****m
发帖数: 7030 | 15 tale是programmable的，ZFN能在特定地方work本质上是个概率事件，因为现在没有人
能百分之百的确定一个ZF的binding site,因为ZF的binding site是context dependent
的。
而且即便是不考虑这一点，你要操作的基因里面也未必有ZF binding site, tale你就
自己随便设计就行啊
【在 o*****r 的大作中提到】
: Why TALE is better than ZFN, except the price?
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e*******s
发帖数: 140 | 16 恩，问了个问题没想到学习了.
TALEN有试剂盒吗？里面都有些啥？ |
