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- 如何选比较不同组织ChIP-PCR的内参?
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x**e
发帖数: 163
1
我做的一个基因是组织特异性表达的,已有的ChIP-seq的结果发现在表达的组织内基因
是被具有激活功能的H3K36me3修饰的,看了一些别人在其它非表达的组织的ChIP-seq结
果,在非表达组织中我的基因没有被H3K36me3修饰。所以我想多做几个不同的组织器官
ChIP-PCR,如果所有的非表达组织内我的基因都没有被修饰,而只在表达组织内被修饰
了,从而可以验证我的特异表达基因是受H3K36me3调控。想到的方案有:
1. 每一个组织的ChIP DNA和INPUT比较。如果ChIP相对input在表达组织中是enrich
的话,应该可以说明问题。但似乎无法找出合适的内参
2. 所有组织的ChIP DNA之间互相比较。同样也是存在着内参的问题,植物中我似乎
没有找到一个基因被报道说在不同的组织中甲基化修饰程度相同的。
请教各位有如何选内参?也有看到文献说直接用picogreen测浓度调节模板量的做法,
但不知好一点的杂志是否接受这种做法?
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