O******e
发帖数: 4845 | 1 手头上一个比较有意思的基因，理论上来说是编码一个 transporter。但相关的功能研究
一个没有，所以根本不能确认它究竟是不是transporter；如果是，究竟转运什么分子，
也是一无所知。
做这方面的XDJM能不能给点建议。对这个领域一点不懂，google的结果还是一团糟。
其实我最想知道的如何鉴定它的作用分子，看是不是会真的跟癌症相关。
谢谢！ |
c*********7
发帖数: 148 | |
s*******e
发帖数: 1010 | |
m******5
发帖数: 1383 | 4 弱弱地说以前做过importin，不过楼主这个transporter是什么？ |
a***e
发帖数: 1010 | |
O******e
发帖数: 4845 | 6 中文应该是 “膜运输蛋白”。其实对这个蛋白的研究非常有限，只知道大体是定位在
膜上，有超过10个transmembrane domains。最近我们发现它的编码基因在很多肿瘤里
存在突变。在细胞里面knockdown后细胞增殖明显加快。
我就是想尽快知道它的分子功能，它到底“运输”什么分子。。。
【在 m******5 的大作中提到】
: 弱弱地说以前做过importin，不过楼主这个transporter是什么？
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m******5
发帖数: 1383 | 7 什么膜，golgi?ER?如果是ER的话可做的东西就丰富了因为不光可以转移东西到核膜上
还可能relavent to ER stress
另外，楼主能看见明显的ER/Golgi/cell membrane定位么？
【在 O******e 的大作中提到】
: 中文应该是 “膜运输蛋白”。其实对这个蛋白的研究非常有限，只知道大体是定位在
: 膜上，有超过10个transmembrane domains。最近我们发现它的编码基因在很多肿瘤里
: 存在突变。在细胞里面knockdown后细胞增殖明显加快。
: 我就是想尽快知道它的分子功能，它到底“运输”什么分子。。。
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O******e
发帖数: 4845 | 8 理论上来说应该是plasma membrane。但究竟是哪里，现在还不清楚。这个蛋白比较
讨厌的一点是没有能用的抗体。能有了我都试了，就是不行。
【在 m******5 的大作中提到】
: 什么膜，golgi?ER?如果是ER的话可做的东西就丰富了因为不光可以转移东西到核膜上
: 还可能relavent to ER stress
: 另外，楼主能看见明显的ER/Golgi/cell membrane定位么？
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O******e
发帖数: 4845 | 9 有一个报道把它算成一个solute carrier (SLC)
【在 s*******e 的大作中提到】
: Blast出来最近接近的已知功能蛋白是啥？
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m******5
发帖数: 1383 | 10 in-Vivo表达pattern？或许能有点clue
没有抗体这么说你一直是用overexpressiong +tag看的？
【在 O******e 的大作中提到】
: 理论上来说应该是plasma membrane。但究竟是哪里，现在还不清楚。这个蛋白比较
: 讨厌的一点是没有能用的抗体。能有了我都试了，就是不行。
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O******e
发帖数: 4845 | 11 mRNA水平的检测是绝大多数组织都表达。其实我才刚开始关注它。很多都是未知。
我其实很想知道它到底运输些啥分子，看有没有挖下去的必要。
【在 m******5 的大作中提到】
: in-Vivo表达pattern？或许能有点clue
: 没有抗体这么说你一直是用overexpressiong +tag看的？
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m******5
发帖数: 1383 | 12 找做果蝇的人搞个epistatic interaction screen挖一下？ ^皿^
【在 O******e 的大作中提到】
: mRNA水平的检测是绝大多数组织都表达。其实我才刚开始关注它。很多都是未知。
: 我其实很想知道它到底运输些啥分子，看有没有挖下去的必要。
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O******e
发帖数: 4845 | 13 你让我一做老鼠的去找做果蝇的帮忙。。。。
【在 m******5 的大作中提到】
: 找做果蝇的人搞个epistatic interaction screen挖一下？ ^皿^
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m******5
发帖数: 1383 | 14 弱弱地补一句，手边有没有EMT的模型可以用呢？
膜蛋白说不定和EMT有关系，往往也是proliferation rate的upstream event
【在 O******e 的大作中提到】
: 你让我一做老鼠的去找做果蝇的帮忙。。。。
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O******e
发帖数: 4845 | 15 这个是有可能，不过我没有实验数据支持啊。
看来我只有先去把它的细胞定位搞搞清楚先。。。
【在 m******5 的大作中提到】
: 弱弱地补一句，手边有没有EMT的模型可以用呢？
: 膜蛋白说不定和EMT有关系，往往也是proliferation rate的upstream event
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m******5
发帖数: 1383 | 16 BTW,楼主能不能帮我看一下BAC 那个帖子……
【在 O******e 的大作中提到】
: 这个是有可能，不过我没有实验数据支持啊。
: 看来我只有先去把它的细胞定位搞搞清楚先。。。
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a*****x
发帖数: 901 | 17 审查过类似的项目。有很多TMEM都是很robust的oncogene，有些是离子通道，有些是
transporter。建议你还是把每个transmembrane的aa sequence 分别blast一下，看有
什么类似的。然后做些简单的flux assay就可以验证是不是transport类似的东西。以
前有个项目，就只有中间两个helix和N2 transporter比较接近，结果transporting的
物质和N2一样。 |
O******e
发帖数: 4845 | 18 多谢。曾有人推断说可能是某些糖类的转运蛋白。但没有直接证据。看来得找人合作
看看flux assay会是什么结果了。
【在 a*****x 的大作中提到】
: 审查过类似的项目。有很多TMEM都是很robust的oncogene，有些是离子通道，有些是
: transporter。建议你还是把每个transmembrane的aa sequence 分别blast一下，看有
: 什么类似的。然后做些简单的flux assay就可以验证是不是transport类似的东西。以
: 前有个项目，就只有中间两个helix和N2 transporter比较接近，结果transporting的
: 物质和N2一样。
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a*****x
发帖数: 901 | 19 传统的flux assay用同位素，很容易做的，只需要能读放射性的仪器就行了 |
s*******e
发帖数: 1010 | 20 对于癌症，营养物和药物的转运体可能性最大，不过这个筛起来不太容易。能够异源过
表达吗？
【在 O******e 的大作中提到】
: 多谢。曾有人推断说可能是某些糖类的转运蛋白。但没有直接证据。看来得找人合作
: 看看flux assay会是什么结果了。
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b******s
发帖数: 5365 | 21 超过10个transmembrane domains? 我PhD做的就是个cationic amino acid
transporter, 14 transmembrane domains, 但和肿瘤没关系。
【在 O******e 的大作中提到】
: 中文应该是 “膜运输蛋白”。其实对这个蛋白的研究非常有限，只知道大体是定位在
: 膜上，有超过10个transmembrane domains。最近我们发现它的编码基因在很多肿瘤里
: 存在突变。在细胞里面knockdown后细胞增殖明显加快。
: 我就是想尽快知道它的分子功能，它到底“运输”什么分子。。。
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b******s
发帖数: 5365 | 22 越说越象我做的那个，也是到现在都没有商用抗体，我们和其他实验室合成了好些都不
work，一定要用tag。有knockout mice 的信息吗？我做的那个，homologous knockout
,老鼠出生第一天就死掉，严重贫血还比wt小1/4；heterozygous knockout没事，被家
族里的其他蛋白代偿了
【在 O******e 的大作中提到】
: 理论上来说应该是plasma membrane。但究竟是哪里，现在还不清楚。这个蛋白比较
: 讨厌的一点是没有能用的抗体。能有了我都试了，就是不行。
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b******s
发帖数: 5365 | 23 哈，果然是同个family的，不是同一个也相当接近了
【在 O******e 的大作中提到】
: 有一个报道把它算成一个solute carrier (SLC)
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O******e
发帖数: 4845 | 24 过表达还没做呢。下一步要做。我现在就是先挑几个试试体外实验，然后看是不是需要
上老鼠。
【在 s*******e 的大作中提到】
: 对于癌症，营养物和药物的转运体可能性最大，不过这个筛起来不太容易。能够异源过
: 表达吗？
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O******e
发帖数: 4845 | 25 如果有了knockout mouse我就不会感兴趣了。它的功能几乎是一无所知，我们手头上的
数据也只有筛选和RNAi的结果。我感觉它可能跟药物运输有关，所以对它的兴趣比其它
筛出的基因更感兴趣
knockout
【在 b******s 的大作中提到】
: 越说越象我做的那个，也是到现在都没有商用抗体，我们和其他实验室合成了好些都不
: work，一定要用tag。有knockout mice 的信息吗？我做的那个，homologous knockout
: ,老鼠出生第一天就死掉，严重贫血还比wt小1/4；heterozygous knockout没事，被家
: 族里的其他蛋白代偿了
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f**u
发帖数: 346 | 26 我觉得首先要看看这个蛋白的细胞定位到底是不是在膜上。
加个tag然后在细胞里表达看看应该就可以知道了，tag必须加在C端。
如果确定是在细胞膜上，可以考虑用爪蟾卵母细胞作为表达系统。
这东西非常大，而且背景膜蛋白表达很低，很适合精确测量你感兴趣的膜蛋白的功能。
【在 O******e 的大作中提到】
: 如果有了knockout mouse我就不会感兴趣了。它的功能几乎是一无所知，我们手头上的
: 数据也只有筛选和RNAi的结果。我感觉它可能跟药物运输有关，所以对它的兴趣比其它
: 筛出的基因更感兴趣
:
: knockout
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Z****o
发帖数: 999 | 27 这个需要用电生理的实验平台测定，专门有做离子通道鉴定的实验室，咱们私信联系吧 |
i***l
发帖数: 1656 | 28 agree this, partially, and zan the upstairs suggestion on frog oocytes
1. localization
2. in vitro function, and mutagenesis
xenopus oocyte is my #1 suggestion, HEK293 , ,,,,,
radio activity labeled substrate uptake should be easier if it's neutral
transporter
NOTE electrophysiology requires special training, but it works well ,as long
as target transports ionic stuffs or is ph dependent
3. in vivo funtion
btw it could be channel instead of transporter, who knows
btw, you'd better determine the # of transmembrane domains, which will be
very helpful info for your functional assays
i have been doing channels and transporters for many years,
pm if you have specific q
【在 Z****o 的大作中提到】
: 这个需要用电生理的实验平台测定，专门有做离子通道鉴定的实验室，咱们私信联系吧
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a*****x
发帖数: 901 | 29 人家都没说是ion transporter。
【在 Z****o 的大作中提到】
: 这个需要用电生理的实验平台测定，专门有做离子通道鉴定的实验室，咱们私信联系吧
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l**********1
发帖数: 5204 | 30 人家得 patch clamp can record any item in and out of any transporter?
【在 a*****x 的大作中提到】
: 人家都没说是ion transporter。
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a*****x
发帖数: 901 | 31 patch-clamp只能记录电压电流，如果不是离子transporter，或者至少是离子相关
transporter (比如有争议的NH3 transporter)怎么会有信号。
【在 l**********1 的大作中提到】
: 人家得 patch clamp can record any item in and out of any transporter?
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l**********1
发帖数: 5204 | 32 没看见 question mark ? 老大 反语 你没看出来
【在 a*****x 的大作中提到】
: patch-clamp只能记录电压电流，如果不是离子transporter，或者至少是离子相关
: transporter (比如有争议的NH3 transporter)怎么会有信号。
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t**********1
发帖数: 2 | 33 Currently the transporters can be divided into two major classes: efflux (
ABC) transporter and uptake (SLC) transporter. The basic function of efflux
transporter is to expel the molecules out of cells, and that of uptake
transporter is to bring the molecules into the cells.
Based on your description, I have some thouhghts, and let us discuss them.
1. Find the cell line with the normal expression of this enzyme (wild-type);
establish or obtain the gene knock-down cell line of the wild type;
2. Incubate the two cell lines with number of anti-cancer drugs with certain
period of time.
3. Lyse the cells; analyze the amount of drugs in the cell lysate.
4. If the enzyme functions as an efflux transporter, pay attention to the
drug that is higher in the knock-down cell line than the wild-type
If the enzyme functions as an uptake transporter, pay attention to the drug
that is lower in the knock-down cell line than the wild-type.
研究
子，
【在 O******e 的大作中提到】
: 手头上一个比较有意思的基因，理论上来说是编码一个 transporter。但相关的功能研究
: 一个没有，所以根本不能确认它究竟是不是transporter；如果是，究竟转运什么分子，
: 也是一无所知。
: 做这方面的XDJM能不能给点建议。对这个领域一点不懂，google的结果还是一团糟。
: 其实我最想知道的如何鉴定它的作用分子，看是不是会真的跟癌症相关。
: 谢谢！
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O******e
发帖数: 4845 | 34 抗癌药那么多，拿哪些来试是个头疼事啊。不过我现在倒有个药正在试，希望能得到点
结果。
efflux
);
certain
【在 t**********1 的大作中提到】
: Currently the transporters can be divided into two major classes: efflux (
: ABC) transporter and uptake (SLC) transporter. The basic function of efflux
: transporter is to expel the molecules out of cells, and that of uptake
: transporter is to bring the molecules into the cells.
: Based on your description, I have some thouhghts, and let us discuss them.
: 1. Find the cell line with the normal expression of this enzyme (wild-type);
: establish or obtain the gene knock-down cell line of the wild type;
: 2. Incubate the two cell lines with number of anti-cancer drugs with certain
: period of time.
: 3. Lyse the cells; analyze the amount of drugs in the cell lysate.
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l**********1
发帖数: 5204 | 35 sure
add one recent paper
Levy S at al. (2011)
The competitive advantage of a dual-transporter system.
Science. 334: 1408-12.
Abstract
Cells use transporters of different affinities to regulate nutrient influx.
When nutrients are depleted, low-affinity transporters are replaced by high-
affinity ones. High-affinity transporters are helpful when concentrations of
nutrients are low, but the advantage of reducing their abundance when
nutrients are abundant is less clear. When we eliminated such reduced
production of the Saccharomyces cerevisiae high-affinity transporters for
phosphate and zinc, the elapsed time from the initiation of the starvation
program until the lack of nutrients limited growth was shortened, and
recovery from starvation was delayed. The latter phenotype was rescued by
constitutive activation of the starvation program. Dual-transporter systems
appear to prolong preparation for starvation and to facilitate subsequent
recovery, which may optimize sensing of nutrient depletion by integrating
internal and external information about nutrient availability.
link:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22158820
efflux
);
certain
【在 t**********1 的大作中提到】
: Currently the transporters can be divided into two major classes: efflux (
: ABC) transporter and uptake (SLC) transporter. The basic function of efflux
: transporter is to expel the molecules out of cells, and that of uptake
: transporter is to bring the molecules into the cells.
: Based on your description, I have some thouhghts, and let us discuss them.
: 1. Find the cell line with the normal expression of this enzyme (wild-type);
: establish or obtain the gene knock-down cell line of the wild type;
: 2. Incubate the two cell lines with number of anti-cancer drugs with certain
: period of time.
: 3. Lyse the cells; analyze the amount of drugs in the cell lysate.
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t**********1
发帖数: 2 | 36 Some routinely-used drugs, such as cis-platin, daunorubicin, doxorubicin,
etoposide,
Since this will be a novel enzyme, trial and error are normal.
【在 O******e 的大作中提到】
: 抗癌药那么多，拿哪些来试是个头疼事啊。不过我现在倒有个药正在试，希望能得到点
: 结果。
:
: efflux
: );
: certain
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