z******5
发帖数: 200 | |
h********x
发帖数: 285 | 2 早就应该转了，都火了好多年
【在 z******5 的大作中提到】
: 学化学的，想转到表观遗传学，是否合适？
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z******5
发帖数: 200 | 3 主要是从这两年的论文来看，表观和癌症的关系越来越近，所以有了这样的想法。但毕
竟不是圈里的，不知道这样想法靠谱不？
【在 h********x 的大作中提到】
: 早就应该转了，都火了好多年
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s******s
发帖数: 13035 | 4 表观和啥都近，不只是癌症。表观现在正是方法学大飞跃
的时候，学化学的很有优势。
【在 z******5 的大作中提到】
: 主要是从这两年的论文来看，表观和癌症的关系越来越近，所以有了这样的想法。但毕
: 竟不是圈里的，不知道这样想法靠谱不？
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z******5
发帖数: 200 | 5 能具体说说优势吗？ 是指在合成小分子化学探针方面吗？
【在 s******s 的大作中提到】
: 表观和啥都近，不只是癌症。表观现在正是方法学大飞跃
: 的时候，学化学的很有优势。
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t**l
发帖数: 109 | 6 epigenetic是什么时候开始火的。以前可能真是没在意。现在到了3D genome的时代，
不关注都不行。
我感觉epigenetic最难的一点就是用传统的genetic方法不好做出容易解释的结果，
epigenetic里面的蛋白作用范围太广了，而且都有多个功能，knockout一个基因，然后
分析表型感觉不是很靠谱。genowide 的study感觉又不是很直接了当，raw data没有
computational的基础，自己根本看不懂。还一个手段就是做结构，我感觉挺靠谱，但
必须有合作者。 |
z******5
发帖数: 200 | 7 3D genome和表观相关性很大吗？
感觉如果从化学方面研究表观的话，就是搞抑制剂，做药了
【在 t**l 的大作中提到】
: epigenetic是什么时候开始火的。以前可能真是没在意。现在到了3D genome的时代，
: 不关注都不行。
: 我感觉epigenetic最难的一点就是用传统的genetic方法不好做出容易解释的结果，
: epigenetic里面的蛋白作用范围太广了，而且都有多个功能，knockout一个基因，然后
: 分析表型感觉不是很靠谱。genowide 的study感觉又不是很直接了当，raw data没有
: computational的基础，自己根本看不懂。还一个手段就是做结构，我感觉挺靠谱，但
: 必须有合作者。
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p*******c
发帖数: 224 | 8 3D genome的研究很多时候让人心中忐忑不安，作为概念是比较有趣，可是许多所谓的
3D构象有多大的可靠性和生物现象的关联性还要有新的方法和更可靠分析的进步才能有
些 solid的证据。至少目前所有这方面的文章，可以看作有此一说，尚需验证，不可不
信，不必真信。
【在 z******5 的大作中提到】
: 3D genome和表观相关性很大吗？
: 感觉如果从化学方面研究表观的话，就是搞抑制剂，做药了
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b****r
发帖数: 17995 | 9 我觉得现在做epi还不是很成熟，主要部分还停留在对现象的描述上，做机理还很困难
而做DNA序列，你可以非常特异地增加或减去细胞/机体的某个/某几个碱基，loss和
gain of function都不难做到，这样做出来的机理才可靠
而epi，你根本没法特异性地增加/减少某个特定位置的epi 修饰。所以这个领域会发展
，但是如果没有革命性新技术出现，这个领域走不快 |
z*t
发帖数: 863 | 10 check this paper
http://www.cell.com/abstract/S0092-8674%2812%2900641-1?switch=s
In future epi-enzyme could be fused with TALE to induce local chromatin
change. Actually, for TALE, the earlist idea is use TALE to activate or
silence gene specifically
【在 b****r 的大作中提到】
: 我觉得现在做epi还不是很成熟，主要部分还停留在对现象的描述上，做机理还很困难
: 而做DNA序列，你可以非常特异地增加或减去细胞/机体的某个/某几个碱基，loss和
: gain of function都不难做到，这样做出来的机理才可靠
: 而epi，你根本没法特异性地增加/减少某个特定位置的epi 修饰。所以这个领域会发展
: ，但是如果没有革命性新技术出现，这个领域走不快
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b****r
发帖数: 17995 | 11 谢谢，这个东西确实还不了解
如果实用性很高成本还可以，也许这个就能成为我说的革命性新技术吧。不过目前恐怕
是没法下这个结论的
【在 z*t 的大作中提到】
: check this paper
: http://www.cell.com/abstract/S0092-8674%2812%2900641-1?switch=s
: In future epi-enzyme could be fused with TALE to induce local chromatin
: change. Actually, for TALE, the earlist idea is use TALE to activate or
: silence gene specifically
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t**l
发帖数: 109 | 12 还有就是你想研究epigenetic的哪个角度。
有的LAB就是从基础的yeast做起，或者用cell line，用化学，生化，遗传的方法解释
一个新epigenetic的机制。
有的LAB是利用已经建立好的epigenetic model，找disease phenotype. 这种LAB都不
是纯epigenetic的lab,但是他们的paper都是CNS，做一些有关epigenetic 的KO mouse,
找一个新的phenotype去解释，癌症，免疫，神经领域的关键问题，往往发在CNS,
nature medicine, cancer cell, cell stem cell,nature immunology这种高级子刊，
相反那种纯epigenetic的lab的paper,好的当然是CNS，不错的paper只能进mol cell.因
为没有和疾病联系在一起。
还有的LAB是做epigenetic结构的，从结构角度做起解释机理，我觉得这种方法比用遗
传手段要好。比如dinshaw patel
有的是做新方法的，比如现在最火的chuan he,刚HHMI,那就是化学出身成功转型
epigenetic field的专家。 |
m********r
发帖数: 124 | 13 除了Dinshaw Patel还有没有比较牛组可以推荐的？这个确实是大牛.
知不知道Tatiana Kutateladze这个人咋样？
mouse,
【在 t**l 的大作中提到】
: 还有就是你想研究epigenetic的哪个角度。
: 有的LAB就是从基础的yeast做起，或者用cell line，用化学，生化，遗传的方法解释
: 一个新epigenetic的机制。
: 有的LAB是利用已经建立好的epigenetic model，找disease phenotype. 这种LAB都不
: 是纯epigenetic的lab,但是他们的paper都是CNS，做一些有关epigenetic 的KO mouse,
: 找一个新的phenotype去解释，癌症，免疫，神经领域的关键问题，往往发在CNS,
: nature medicine, cancer cell, cell stem cell,nature immunology这种高级子刊，
: 相反那种纯epigenetic的lab的paper,好的当然是CNS，不错的paper只能进mol cell.因
: 为没有和疾病联系在一起。
: 还有的LAB是做epigenetic结构的，从结构角度做起解释机理，我觉得这种方法比用遗
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z*t
发帖数: 863 | 14 Xiaodong cheng @ Emory
非常nice的老板，物理出身做结构
【在 m********r 的大作中提到】
: 除了Dinshaw Patel还有没有比较牛组可以推荐的？这个确实是大牛.
: 知不知道Tatiana Kutateladze这个人咋样？
:
: mouse,
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t**l
发帖数: 109 | 15 Danny Reinberg
NYU
这可算是比较正经的纯epigenetic LAB，纯机理。
当然c david allis也是，不过大家都是他,他和dinshaw合作一堆东西。
reng bin UCSD 感觉也超级强，做的东西感觉更时髦 |
a*******a
发帖数: 1240 | |
z******5
发帖数: 200 | 17 工业界呢，像Pfizer，GSK，在表观方面它们在研究什么
mouse,
【在 t**l 的大作中提到】
: 还有就是你想研究epigenetic的哪个角度。
: 有的LAB就是从基础的yeast做起，或者用cell line，用化学，生化，遗传的方法解释
: 一个新epigenetic的机制。
: 有的LAB是利用已经建立好的epigenetic model，找disease phenotype. 这种LAB都不
: 是纯epigenetic的lab,但是他们的paper都是CNS，做一些有关epigenetic 的KO mouse,
: 找一个新的phenotype去解释，癌症，免疫，神经领域的关键问题，往往发在CNS,
: nature medicine, cancer cell, cell stem cell,nature immunology这种高级子刊，
: 相反那种纯epigenetic的lab的paper,好的当然是CNS，不错的paper只能进mol cell.因
: 为没有和疾病联系在一起。
: 还有的LAB是做epigenetic结构的，从结构角度做起解释机理，我觉得这种方法比用遗
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z*t
发帖数: 863 | 18 epigenetic enzyme inhibitors
【在 z******5 的大作中提到】
: 工业界呢，像Pfizer，GSK，在表观方面它们在研究什么
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: mouse,
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