b*****n
发帖数: 55 | 1 刚做完array工作，芯片是Affymetrix GeneChip Mouse 2.0ST. ，实验设计简单，只有
两组各四例。Facility 捎带给做了Class Comparison，列出了近八百个基因有变化。
结果很好，但老板仅有Class Comparison分析很不以为然，我自己也是第一次做，请问
我该进一步做哪些什么分析？
有些p-value, fold change变化位前的探针在基因身份栏和简称栏缺失，如何填补，或
找到sequence 自己 blast, 叩谢 |
B****m
发帖数: 63 | 2 用过一次affymetrix的芯片，很不喜欢。确实很多probe set没有明确标注。对于这些
probe set，你可以到affymetrix的官方网站上搜索信息（需要注册）。在他们的官网
上，每个probe set都会有个链接，连到gemome browser上。我的经验是，如果官网上
实在没有这个probe set的信息，但是在genmome browser上 这个probe set 覆盖了基
因A的一部分，那我就手动把这个probe set的对应基因标注为基因A。 做这个手动工作
很烦人，所以手动查询一下变化倍数大的为止probe set 就行了，变化小的不管。
将probe set的变化转化成基因后，要用gene ontology对这些基因进行功能分类，进而
信号通路分析。 |
b*****n
发帖数: 55 | 3 多谢BeCalm指教，敲这么多字，令鄙人感动不已。尤其是对标注缺失的探针，有立杆见
影的重大指导意义，再次感谢!
关于进一步分析，我们正在与一生物医学信息学部门接洽，他们说可以做statistical
analysis；然后是downstream bioinformatics mining，包括 signaling pathway, GO
enrichment 和 network analysis 等。现在我们在问他们是愿意付费服务呢，还是合
作研究。
【在 B****m 的大作中提到】
: 用过一次affymetrix的芯片，很不喜欢。确实很多probe set没有明确标注。对于这些
: probe set，你可以到affymetrix的官方网站上搜索信息（需要注册）。在他们的官网
: 上，每个probe set都会有个链接，连到gemome browser上。我的经验是，如果官网上
: 实在没有这个probe set的信息，但是在genmome browser上 这个probe set 覆盖了基
: 因A的一部分，那我就手动把这个probe set的对应基因标注为基因A。 做这个手动工作
: 很烦人，所以手动查询一下变化倍数大的为止probe set 就行了，变化小的不管。
: 将probe set的变化转化成基因后，要用gene ontology对这些基因进行功能分类，进而
: 信号通路分析。
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