如果全外显子组测序不行，我们应该检查什么呢？ - Biology版

本页内容为未名空间相应帖子的节选和存档，一周内的贴子最多显示50字，超过一周显示500字访问原贴

Biology版 - 如果全外显子组测序不行，我们应该检查什么呢？

相关主题
● 生命攸关，请大家帮助我们理解和学习全基因组测序
● 请教基因测序
● HA Tag的序列不止一种版本？
● 请教long PCR引物设计
● Genetics of Tibetans (转载)
● bgi的名声
● 问个深度测序的问题
● 问个whole exome capture之后出来的data要怎么分析
● 请教做单个病人的whole cancer genome 测序的意义
● ION的下一代sequencer快要出来了- The Ion Proton Sequencer

相关话题的讨论汇总
话题: slc25a13话题: 突变话题: lorenzo话题: odone话题: 基因

进入Biology版参与讨论

(共1页)

w*****s
发帖数: 230

全外显子组测序的报告在这里（whole exome sequencing下）
http://sdrv.ms/KPxmyH
常规的验血尿，CT,超声等也都做了。通过biopsy确诊micro-nodular liver cirrhosis
，本来以为换肝，现在孩子稳定，不急需换。可是没有找到肝受伤的原因；WES也没有
信服的数据。下一步该怎么办呢？
我们猜测是NICCD, 很多地方象，不过大多数NICCD病人挑食，他几乎什么都不挑，而且
吃个没完，他的肝就是吃坏的。
我们观察到的现象（主治医生不认为相关）
1 入院INR最高5.6，输血后降到2.4，吃了nutramigen，INR一天左右上升到4.8
这是nutramigen的信息
http://www.enfamil.com/app/iwp/enf12/product.do?id=/Consumer_Ho
2 改为elecare后，INR维持在2.X，不稳定，或高或低不稳定，医生认为在恶化
http://abbottnutrition.com/brands/products/Elecare
3 改为pregestimil后，一个月内好转很多，从移植的active改为on hold。
http://www.enfamil.com/app/iwp/enf12/product.do?id=/Consumer_Ho
4 吃鸡蛋半个月后，去年入院前的症状都出来了，wheezing, 温度突然大范围升降，儿
科大夫看不到任何感染。停食鸡蛋马上症状好转，大概一周多wheezing也消失了。
大家给我们建议一下，不懂得太多了。因为1可能算成医疗事故，我们的医生没有建议
任何有用的检查，而且医院对我们小孩是区别对待，能感觉出来。wes还是我们通过保
险公司尽力争取来的，当初建议我们做的保险公司的工作人员还被解雇了（incredible
?).
还有就是我们大概很难带孩子离开西雅图（健康原因，他跟别人比起来还是太弱了），
别的地方医院怎么接受他呢？大家建议了，我们应该可以跟seattle children's
hospital的genetic doctors直接要求做检查吧。。
能不能给我推荐一本书呢？讲genome, exome, point mutation， RNA-seq， pathway
，qRT-PCR 等尽可能简单些的书。我们夫妻两个都没有任何生化基础，物理背景。
谢谢

y**********n
发帖数: 478

bless宝宝
先尽力回答LZ在另外一个帖子里的前几个问题吧：
1 全基因测序是不是有很多遗传病其实也测不出来，是不是和数据库有关？
是的。只有确定了基因－疾病关系的才能检查出来。另外不同的数据库差别也比较大，
有的更新很慢。
刚才搜了下，这里有最新的关于NICCD的进展，估计新鉴定的这些突变都没有被分析。
By means of direct DNA sequencing, cDNA cloning and SNP analyses, 16 novel
pathogenic mutations, including 9 missense, 4 nonsense, 1 splice-site, 1
deletion and 1 large transposal insertion IVS4ins6kb (GenBank accession
number KF425758), were identified in CTLN2 or NICCD patients from China,
Japan and Malaysia, respectively, making the SLC25A13 variations worldwide
reach the total number of 81. A large NICCD cohort of 116 Chinese cases was
also established, and the 4 high-frequency mutations contributed a much
larger proportion of the mutated alleles in the patients from south China
than in those from the north (χ2 = 14.93, P<0.01), with the latitude of 30
°N as the geographic dividing line in mainland China.
http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.p
2 尤其是东方人的数据库，是不是中国和日本比较全面。
国内华大听说在构建东方人疾病数据库，LZ可以跟他们联系
3 就算已经publish出来的结果，没有被美国医疗机构认证，是不是还是不在他们的数
据库里面？
应该很多没被医疗机构认证

cirrhosis

【在 w*****s 的大作中提到】

: 全外显子组测序的报告在这里（whole exome sequencing下）
: http://sdrv.ms/KPxmyH
: 常规的验血尿，CT,超声等也都做了。通过biopsy确诊micro-nodular liver cirrhosis
: ，本来以为换肝，现在孩子稳定，不急需换。可是没有找到肝受伤的原因；WES也没有
: 信服的数据。下一步该怎么办呢？
: 我们猜测是NICCD, 很多地方象，不过大多数NICCD病人挑食，他几乎什么都不挑，而且
: 吃个没完，他的肝就是吃坏的。
: 我们观察到的现象（主治医生不认为相关）
: 1 入院INR最高5.6，输血后降到2.4，吃了nutramigen，INR一天左右上升到4.8
: 这是nutramigen的信息

y**********n
发帖数: 478

看了下报告（Gene info - SLC25A13 on Dec 23, 2013.pdf），里面用的是HGMD数据库
（http://www.hgmd.org/）注释的SLC25A13基因，并没有给出宝宝的SLC25A13基因序列和突变信息。
下面是HGMD数据库的SLC25A13的注释信息：
Mutation type Number of mutations Mutation data by type (register or
log in)
Missense/nonsense 27
Splicing 10
Regulatory 0 No mutations
Small deletions 5
Small insertions 1
Small indels 0 No mutations
Gross deletions 2
Gross insertions/duplications 3
Complex rearrangements 0 No mutations
Repeat variations 0 No mutations
Get all mutations by type BioBase
Public total (HGMD Professional 2013.4 total) 48
一共48个突变，比上面plos one报道的少了81-48＝33个。建议看下这33个位点的信息
。或者贴出来宝宝的SLC25A13序列，大家帮着看下。另外HGMD Professional 2013.4
total里包含了85个突变，收费的看不到具体信息。
不知道现在的报告基于哪个版本的数据

y**********n
发帖数: 478

把我能看到的SLC25A13的突变贴出来吧（HGMD），方便对照：
Missense/nonsense 27：
Codon change Amino acid change

tGAG-TAG Glu-Term
GCA-GAA Ala-Glu
tCGA-TGA Arg-Term
cCGA-TGA Arg-Term
TCG-TAG Ser-Term
tCGA-TGA Arg-Term
GGT-GAT Gly-Asp
cGAT-AAT Asp-Asn
tCGA-TGA Arg-Term
aCGA-TGA Arg-Term
GGC-GTC Gly-Val
aGGT-AGT Gly-Ser
aCAG-TAG Gln-Term
cACA-CCA Thr-Pro
AAG-AGG Lys-Arg
tCGA-TGA Arg-Term
aTGC-CGC Cys-Arg
GGT-GAT Gly-Asp
GCT-GAT Ala-Asp
ACG-AGG Thr-Arg
ACG-ATG Thr-Met
CGA-CAA Arg-Gln
CTG-CGG Leu-Arg
cGAA-AAA Glu-Lys
cGAA-TAA Glu-Term
gCGA-TGA Arg-Term
CCG-CTG Pro-Leu
Splicing 10：
HGMD Splicing mutation
IVS1 as -1 G-A
IVS6 ds +1 G-A
IVS6 ds +1 G-C
IVS6 ds +5 G-A
IVS7 as -2 A-G
IVS8 ds +3 A-C
IVS11 ds +1 G-A
IVS13 ds +1 G-A
IVS13 ds +2 T-G
IVS15 ds +1 G-T
Small deletions，5：
Accession Number Deletion
(^codon number)
CD086219 TCCAAAG^57ACTgtGGAACTTTTA
CD991947 CCCTACAG_I8E9_ACgtatG^286ACCTTAGCA
CD082196 AGAAA^381GTGCTaCGCTATGAAG
CD103909 TTGCCA^397CAGTtATTGGGAGTT
CD082197 TTTGCAA^458GTGgCAGGAGAAAT
small instertion，1:
GCTG^599ACTTAaCGAATTGCTA
Gross deletions：
4.6 kb incl. ex. 3 (described at genomic DNA level)
516 bp, ex. 16-intr. 17 (described at genomic DNA level)
Gross insertions／duplication
Insertion of 3 kb in intr. 16 (described at genomic DNA level)
Duplication of c.1638_1660dup23 (described at genomic DNA level)
Duplication of ~9.5 kb ex. 15 (described at genomic DNA level)

y**********n
发帖数: 478

Mutations collected by Yuan-Zong Song et al, Plos one, 2013:
"32 missense (including 3 neutral), 18 nonsense, 14 splice-site (including c
.1311C>T), 9 deletion, 3 insertion, 2 duplication, 1 indel (g./c.1610–
1612delTAGinsAT), 1 aberrant transcript (r.16_212dup) with unknown mutation,
and 1 pathogenic SNP (c.2T>C)"
http://www.plosone.org/article/fetchObject.action?uri=info:doi/

w*****s
发帖数: 230

请问有没有LCAD(VLCAD)基因突变的表格？
我们现在怀疑的只有这两种病，如果有就太好了。
谢谢。

【在 y**********n 的大作中提到】

: 把我能看到的SLC25A13的突变贴出来吧（HGMD），方便对照：
: Missense/nonsense 27：
: Codon change Amino acid change
:
: tGAG-TAG Glu-Term
: GCA-GAA Ala-Glu
: tCGA-TGA Arg-Term
: cCGA-TGA Arg-Term
: TCG-TAG Ser-Term
: tCGA-TGA Arg-Term

y***i
发帖数: 11639

不是专业人士，乱猜一下 ---- 既然怀疑是这个pathway，能不能直接测量一下长链
脂肪酸代谢？

【在 w*****s 的大作中提到】

: 请问有没有LCAD(VLCAD)基因突变的表格？
: 我们现在怀疑的只有这两种病，如果有就太好了。
: 谢谢。

w*****s
发帖数: 230

请问怎么测量？我们的医生从来没有提过可以测这个

【在 y***i 的大作中提到】

: 不是专业人士，乱猜一下 ---- 既然怀疑是这个pathway，能不能直接测量一下长链
: 脂肪酸代谢？

y**********n
发帖数: 478

不好意思，我这个帐户看不到LCAD的突变信息－－这个基因是新加入hgmd的。
有谁的实验室买了hgmd数据库收费版的，可以帮忙看一下

【在 w*****s 的大作中提到】

: 请问有没有LCAD(VLCAD)基因突变的表格？
: 我们现在怀疑的只有这两种病，如果有就太好了。
: 谢谢。

w***a
发帖数: 4361

抽血，提取lipid，然后run GC (gas chromatography)
测血样里的lipid speices,看看有没有特别异常的,
跟正常人比如父母或者同龄小孩的sample比较一下。

【在 w*****s 的大作中提到】

: 请问怎么测量？我们的医生从来没有提过可以测这个

相关主题
● 请教long PCR引物设计
● Genetics of Tibetans (转载)
● bgi的名声
● 问个深度测序的问题
进入Biology版参与讨论

s****l
发帖数: 10462

能把突变的基因放到pathway里面看看那些pathway受到影响吗?（Ingenuity?)
另外，有没有可能对照一个正常小孩子的 exome data （哪个数据库里面会有？）看看
那些通道有显著的正负变化吗？

【在 y**********n 的大作中提到】

w*****s
发帖数: 230

因为担心他的病，现在我们控制他的饮食（非常少的长链脂肪酸，大多是mct），这样
会不会影响他的测量结果呢？

【在 w***a 的大作中提到】

: 抽血，提取lipid，然后run GC (gas chromatography)
: 测血样里的lipid speices,看看有没有特别异常的,
: 跟正常人比如父母或者同龄小孩的sample比较一下。

w***a
发帖数: 4361

饮食肯定会影响血液里的脂类组成。
但是如果肝脏的lipogenesis，或者VLDL export这些pathway有重大缺陷，
最后的结果应该还是能看得出来。
比如某种lipid specie特别多，或者特别少。

【在 w*****s 的大作中提到】

: 因为担心他的病，现在我们控制他的饮食（非常少的长链脂肪酸，大多是mct），这样
: 会不会影响他的测量结果呢？

a**e
发帖数: 5094

做任何事情成功的要素：get the right people on the seat, get the wrong people
off the seat.
说到现在，你们有没有先做genetic counseling？自己猜来猜去的效率多低下？有没有
social worker帮你们解决费用的问题？你一开始用的BMC那个whole exome sequencing
，read depth是多少？coverage是多少？geneDx个人用过一次，感觉不好。结果8-12周
才能出来，怎么催都不能加急。rep一问三不知。
我要是你的话，会找local的一个academic center pediatrician，refer 做genetic &
GI/liver serivce counseling。然后要求social worker support，nutrition
counseling。如果不满意的话，要求second opinion。

cirrhosis

【在 w*****s 的大作中提到】

y***i
发帖数: 11639

能不能用氢同位素标记，然后观察代谢产物和速度？

【在 w***a 的大作中提到】

: 抽血，提取lipid，然后run GC (gas chromatography)
: 测血样里的lipid speices,看看有没有特别异常的,
: 跟正常人比如父母或者同龄小孩的sample比较一下。

y**********n
发帖数: 478

我觉得现在一个重要的事情是拿到宝宝相关基因的序列，有三种情况：
1.基因上所有位点都跟正常人的一样，这样基本排除了这个基因
2.有些位点跟正常人不一样，但跟不在hgmd已知致病突变一样－－症状是这个基因导
致的可能性很大
2.有些位点跟正常人不一样，但跟已知致病突变也不一样－－这些突变有可能是未知
的致病突变，也可能是正常SNP
几个有用的连接：
正常SLC25A13序列－ NM_014251
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/171906609?report=fasta
>gi|171906609|ref|NM_014251.2| Homo sapiens solute carrier family 25 (
aspartate/glutamate carrier), member 13 (SLC25A13), transcript variant 2,
mRNA
AATGGGCGGGCAGCATCCACATGACCCGCGCCGGCGGGAGGGCGTGGGGAGGCAGGCCAGGAACGCACGC
TGCCTGGCCGTATCGCCGCCCCCACCGCCGCCGCCGCCGGGACTAGAAGTGAGCCGCCCGGGTCCCAAAC
GCCAGCCAGCCAGTCAGTGGGTCCCGCAGTCGCCCGCAACCGGGGCGAATCATGGCGGCCGCCAAGGTGG
CTTTAACCAAGAGAGCAGATCCAGCTGAGCTTAGAACAATATTTTTGAAGTATGCAAGCATTGAGAAAAA
CGGTGAATTTTTCATGTCCCCCAATGACTTTGTCACTCGATACTTGAACATTTTTGGAGAAAGCCAGCCT
AATCCAAAGACTGTGGAACTTTTAAGTGGAGTGGTGGATCAGACCAAAGATGGATTAATATCTTTTCAAG
AATTTGTTGCCTTTGAATCTGTCCTGTGTGCCCCTGATGCTTTGTTTATGGTAGCCTTTCAGCTGTTTGA
CAAAGCTGGCAAAGGAGAAGTAACTTTTGAGGATGTTAAGCAAGTTTTTGGACAGACCACAATTCATCAA
CATATTCCATTTAACTGGGATTCAGAATTTGTGCAACTACATTTTGGAAAAGAAAGAAAAAGACACCTGA
CATATGCGGAATTTACTCAGTTTTTATTGGAAATACAACTGGAGCACGCAAAGCAAGCCTTTGTGCAACG
GGACAATGCTAGGACTGGGAGAGTCACAGCCATCGACTTCCGAGACATCATGGTCACCATCCGCCCCCAT
GTCTTGACTCCTTTTGTAGAAGAATGTCTAGTAGCTGCTGCTGGAGGTACCACATCCCATCAAGTTAGTT
TCTCCTATTTTAATGGATTTAATTCGCTCCTTAACAACATGGAACTCATTAGAAAGATCTATAGCACTCT
GGCTGGCACCAGGAAAGATGTTGAAGTGACTAAGGAGGAGTTTGTTCTGGCAGCTCAGAAATTTGGTCAG
GTTACACCCATGGAAGTTGACATCTTGTTTCAGTTAGCAGATTTATATGAGCCAAGGGGACGTATGACCT
TAGCAGACATTGAACGGATTGCTCCTCTGGAAGAGGGAACTCTGCCCTTTAACTTGGCTGAGGCCCAGAG
GCAGAAGGCCTCAGGTGATTCAGCTCGACCAGTTCTTCTACAAGTTGCAGAGTCGGCCTACAGGTTTGGT
CTGGGTTCTGTTGCTGGAGCTGTTGGAGCCACTGCTGTGTATCCTATCGATCTTGTAAAAACTCGAATGC
AGAACCAACGATCAACTGGCTCTTTTGTGGGAGAACTCATGTATAAAAACAGCTTTGACTGTTTTAAGAA
AGTGCTACGCTATGAAGGCTTCTTTGGACTGTATAGAGGTCTGTTGCCACAGTTATTGGGAGTTGCCCCA
GAGAAGGCCATAAAACTTACAGTGAACGATTTTGTGAGGGATAAATTTATGCACAAAGATGGTTCGGTCC
CACTTGCAGCAGAAATTCTTGCTGGAGGCTGCGCTGGAGGCTCCCAGGTGATTTTCACAAATCCTTTAGA
AATCGTCAAGATCCGTTTGCAAGTGGCAGGAGAAATCACCACTGGTCCTCGAGTCAGTGCTCTGTCTGTC
GTGCGGGACCTGGGGTTTTTTGGGATCTACAAGGGTGCCAAAGCATGCTTTCTGCGGGACATTCCTTTCT
CGGCCATCTACTTTCCGTGCTATGCTCATGTGAAGGCTTCCTTTGCAAATGAAGATGGGCAGGTTAGCCC
AGGAAGCCTGCTCTTAGCTGGTGCCATAGCTGGTATGCCTGCAGCATCTTTAGTGACCCCTGCTGATGTT
ATCAAGACGAGATTACAGGTGGCTGCCCGGGCTGGCCAAACCACTTACAGCGGAGTGATAGACTGCTTTA
GAAAGATACTGCGTGAAGAAGGACCAAAAGCTCTGTGGAAGGGAGCTGGTGCTCGTGTATTTCGATCCTC
ACCCCAGTTTGGTGTAACTTTGCTGACTTACGAATTGCTACAGCGATGGTTCTACATTGATTTTGGAGGA
GTAAAACCCATGGGATCAGAGCCAGTTCCTAAATCCAGGATCAACCTGCCTGCCCCGAATCCTGATCACG
TTGGGGGCTACAAACTGGCAGTTGCTACATTTGCAGGGATTGAAAACAAATTTGGACTTTACCTACCTCT
CTTCAAGCCATCAGTATCTACCTCAAAGGCTATTGGTGGAGGCCCATAGGAAGATCAGCCCTGGGATAGT
GCTGTCTTTTTGTGGGTACTGCAGTAAAGAACATCCCTCCTGGGAATGAAGCAATGCTTCATCCCTTTTA
CGTCCATCTCTTGTTTAAATTCAAGTCCAGGCTTTTTTATCATGTGAAATCATTCATTTTCTGGGTGTTT
TCTTAACCAGATCATTGTGAAATTATTCATAATTATTATTTGGCCCTCTGCCCAGAAACCTTTGTTTGCA
TCTGAAAATTGATGGGATTTGGTCAACACTAACATGATTTGGGGAAAGGAGCAAGTCAGAATAGAAATTA
GTACTCCCCTCCTTGAACTAGGATTGTAGTCCCAAAGAGGCTACTGTAAGGCAATCATGGTGCTCAGAGC
AGTGTTTCGTGTGTGTTTTAAACTGGTAGGAAACTAGGTGCATATTTATAAAAATAAAAAACACTGGGAG
AAATGAAAAAATATATATCAAATATATTCAGCCTGGCTTCAAATTGTAAGCATGCACAAATTCTGTCTCT
GGATTATATTATGAAGCTTTTATGTGAAACATGTTTCTTTGTAATGAAAACCACATTGGAGATGTTTAGT
AATCATATTGTTACTGGTACCAAGACTACTAGGGAAATGCCTTTGTACTTTAGGGAAGTACTTTTGGCAT
TTTACTGTACAGACAGAAAAAACTGAGATGTAGCCCCTCTCCTGGAAGTGCTAATTTTGAAAAACTGCTC
ATATGATGTACATGTACTGATTACTGCCTATTTTAATAAACACTCTTGAAAAATGCATGTTGCCCTGTTG
CTGCCTGCCCTATTCTCCTCATCTCCCCATCATTGGTACCCACTTGCTTTTAAAATCCACTTTATCTTGA
ATAATGTAAGACAAATATGTTCTGACATAAGTATTTAATTCATGTTGCCTTGCATAATGGTCAGAGGCGC
ATGAATTTGTGAAGGTGGAAATAAACTATTTGTAAAGTGAAAAAAAAAAAAAAA
2. 3628 SNPs in SLC25A13
http://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=SLC25A13&snp=
or
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp?cmd=search&sid=1&term=SLC25A13
3.SLC25A13跟其他基因更多信息：
http://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=SLC25A13

【在 w*****s 的大作中提到】

: 因为担心他的病，现在我们控制他的饮食（非常少的长链脂肪酸，大多是mct），这样
: 会不会影响他的测量结果呢？

w*****s
发帖数: 230

费用不是问题，如果不是特别离谱的话。
我们已开始就有genetic counseling，刚住院，是个美国白人大夫，这个大夫什么都不
懂一直围着常见的几种代谢病折腾，我们要求换大夫。结果来了一个中国人，更差；直
接否定代谢病的任何可能还拒绝跟我们讨论，熟悉这个圈子的可以查到他(director)，
就算他非常好也不是那个态度。所以这方面我们就跟人家关系很僵，不过说白了，将熊
熊一窝，他们部门也太滥了。
你说的read depth是什么意思？ coverage是啥意思？
我们根本不懂，而且counseling的时候counselor也没有提起。
nutrition counseling就别提了，当初进医院就担心孩子吃错奶粉，所以我们几次三番
问有什么选择，结果nutrionist和gi doctor都没有给我们讲。只是说nutramigen最好
，他们对待所有来的孩子都给吃这个。如果不是我们当初强迫换了，估计现在肝早没了。
在西雅图这个地方，整个周围人口不多，我不知道他们每年如何做18-20个肝，真怀疑
很多病人本来不需要的给换了，，当然自己也是瞎猜测。。不过这里的外科大夫不错
。第一次见面人家就说gi的诊断有问题，让回去重新评估，后来肝也就保住了，没有换
成。

people
sequencing
&

【在 a**e 的大作中提到】

: 做任何事情成功的要素：get the right people on the seat, get the wrong people
: off the seat.
: 说到现在，你们有没有先做genetic counseling？自己猜来猜去的效率多低下？有没有
: social worker帮你们解决费用的问题？你一开始用的BMC那个whole exome sequencing
: ，read depth是多少？coverage是多少？geneDx个人用过一次，感觉不好。结果8-12周
: 才能出来，怎么催都不能加急。rep一问三不知。
: 我要是你的话，会找local的一个academic center pediatrician，refer 做genetic &
: GI/liver serivce counseling。然后要求social worker support，nutrition
: counseling。如果不满意的话，要求second opinion。
:

w***a
发帖数: 4361

这里很多医生确实水平不怎么样，还拽得不得了。
我儿子住院几天输营养液，我就发现小子满头冒油不对劲。
医生护士非说正常的，跟我讲输液的成份反复确认过，要两个人签字了才会给病人用。
我照着吊瓶上的label一通google，结果发现脂类浓度是10X的，ft。

【在 w*****s 的大作中提到】

: 费用不是问题，如果不是特别离谱的话。
: 我们已开始就有genetic counseling，刚住院，是个美国白人大夫，这个大夫什么都不
: 懂一直围着常见的几种代谢病折腾，我们要求换大夫。结果来了一个中国人，更差；直
: 接否定代谢病的任何可能还拒绝跟我们讨论，熟悉这个圈子的可以查到他(director)，
: 就算他非常好也不是那个态度。所以这方面我们就跟人家关系很僵，不过说白了，将熊
: 熊一窝，他们部门也太滥了。
: 你说的read depth是什么意思？ coverage是啥意思？
: 我们根本不懂，而且counseling的时候counselor也没有提起。
: nutrition counseling就别提了，当初进医院就担心孩子吃错奶粉，所以我们几次三番
: 问有什么选择，结果nutrionist和gi doctor都没有给我们讲。只是说nutramigen最好

i********f
发帖数: 206

read depth和coverage表示在某一位置测了多少次(有多少个reads覆盖).如果覆盖度很
低，则表示测序质量不高。
read depth和coverage本身没什么太大区别。可能一个是针对某一小段区域，另一个是
整体的平均值

【在 w*****s 的大作中提到】

T****u
发帖数: 424

mark

cirrhosis

【在 w*****s 的大作中提到】

相关主题
● 问个whole exome capture之后出来的data要怎么分析
● 请教做单个病人的whole cancer genome 测序的意义
● ION的下一代sequencer快要出来了- The Ion Proton Sequencer
● 威武的BGI,Shenzhen
进入Biology版参与讨论

s******s
发帖数: 13035

不懂诊断，不过这个难道不是应该先看代谢分子角度，
比如打个ms-spec看看啥东西累积了？有突变也不一定
在外显子啊

cirrhosis

【在 w*****s 的大作中提到】

l*****a
发帖数: 1431

你们没有metabolic specialist 吗？

l**i
发帖数: 23

http://profiles.utsouthwestern.edu/profile/13320/jay-horton.htm

w***a
发帖数: 4361

UTSW的Helen Hobbs也是肝脏脂类代谢的牛人。

【在 l**i 的大作中提到】

: http://profiles.utsouthwestern.edu/profile/13320/jay-horton.htm

l**********1
发帖数: 5204

LZ if need Oxford Nanpore sequening,
just go to
MinIon@ 2014 上半年上市试用
n.b.:
Registration for the MinION Access Programme will close at 5pm GMT on Wed
22nd January 2014.
https://twitter.com/nanopore
former post on mitbbs forum:
http://www.mitbbs.com/article_t1/Biology/31848761_0_2.html
38th floor
>

>>

【在 i********f 的大作中提到】

: read depth和coverage表示在某一位置测了多少次(有多少个reads覆盖).如果覆盖度很
: 低，则表示测序质量不高。
: read depth和coverage本身没什么太大区别。可能一个是针对某一小段区域，另一个是
: 整体的平均值

L****e
发帖数: 499

请问您这个算不算医疗事故啊，是不是就可以告他们了。这样说来真是好可怕啊。我看
老美看医生也一般都不会只看一个医生的，特别是比较严重的问题，一定要另外找个医
生 second opinion . 可是对于大多数不是学生物医学的人，哪儿懂啊。还不是听他们
摆布

【在 w***a 的大作中提到】

: 这里很多医生确实水平不怎么样，还拽得不得了。
: 我儿子住院几天输营养液，我就发现小子满头冒油不对劲。
: 医生护士非说正常的，跟我讲输液的成份反复确认过，要两个人签字了才会给病人用。
: 我照着吊瓶上的label一通google，结果发现脂类浓度是10X的，ft。

a****c
发帖数: 339

找一个能做lipidomics的lab, 比如
http://www.neuroscience.columbia.edu/?page=28&bio=42

【在 w***a 的大作中提到】

: 抽血，提取lipid，然后run GC (gas chromatography)
: 测血样里的lipid speices,看看有没有特别异常的,
: 跟正常人比如父母或者同龄小孩的sample比较一下。

p*****p
发帖数: 61

楼主另外一个帖子
http://www.unknownspace.org/article_t/Biology/31866171.html
13 楼的下面那个WHOLE EXOME COVERAGE的图里面
WHOLE EXOME COVERAGE >20X (100%)
说明SLC25A13这个基因的编码区的碱基是可以做到100%覆盖到大于20的COVERAGE--这些
区域每一个碱基都可以有至少被测到20次。这个DEPTH是足够去准确的鉴定单碱基突变
以及小的缺失或者插入突变的。但是下面的NOTE厘米提到，每个病人的
COVERAGE会有区别。我想这个基本的质量控制，BCM的WGL应该是可以做到的。

【在 w*****s 的大作中提到】

b****r
发帖数: 17995

你这说的这几个医生都是Seattle Children's hospital 的吗

【在 w*****s 的大作中提到】

w*****s
发帖数: 230

是

【在 b****r 的大作中提到】

: 你这说的这几个医生都是Seattle Children's hospital 的吗

相关主题
● 求文献
● Buzz: Genomics startup Halcyon Molecular tanks
● 请推荐一些人类遗传学的入门书籍和综述论文
● 没人说说ENCODE数据库发布的事情？
进入Biology版参与讨论

W***o
发帖数: 6519

现在的测序虽说有很大的进展，但是真正能通过这手段找到病因还真是有点早；运气好
的时候可能会发现和常人不一样的mutation, 但是每个人的基因会有特定的private
mutation，没有对照也很难决定是不是发病的cause。
我觉得靠谱点的手段还是好好分析一下血样，看看代谢pathway有什么产物水平异常，
可以用质朴或hplc高分辨率的那种，也许有可能知道一些细节。可以从这点作为切入点
找病因。测序可以作为一种辅助手段。
最后转一下这篇文章鼓励一下家有患儿的父母：
source: http://www.economist.com/news/obituary/21589838-augusto-odone-world-bank-economist-who-derived-lorenzos-oil-treat-his-son-died-october
Augusto Odone
Augusto Odone, a World Bank economist who derived Lorenzo’s Oil to treat
his son,
ADRENOLEUKODYSTROPHY (ALD) is a rare and terrible disease. A faulty X-
chromosome lets very-long-chain fatty acids accumulate, and cripple the body
. They eat away at the myelin sheath which insulates the nervous system. The
victims—mostly boys—become mute, deaf, blind and paralysed. Then they die
, often by choking on their own saliva. ALD is incurable, and until it
struck Lorenzo Odone, the precocious young son of a World Bank economist, it
was unstoppable.
Augusto Odone was not interested in biochemistry. He was a child of post-war
Italy, a polyglot Fulbright scholar specialising in development economics
for the World Bank, married first to a glamorous Swedish blonde and then to
a high-flying translator. He liked animals—bringing a pet cheetah from
Nairobi to an apartment in Rome, where it ended up in a zoo. But he flinched
from disabled children, warding off the evil eye with two fingers from a
clenched fist. None of the suffering he had witnessed in his African
postings prepared him for the catastrophic illness that hit Lorenzo when the
family moved to Washington, DC. The six-year-old was suddenly stumbling,
mumbling, deaf and bad-tempered. Doctors told Mr Odone that the case was
hopeless. He and his wife were told to go home and watch Lorenzo die.
But Augusto came from a family of stubborn, quixotic, maddening fighters.
His mother—a pioneer of Italian domestic science—had browbeaten Mussolini
into allowing her books to be published. His father Angelo, an army general
with a British medal, was a leader of the anti-fascist resistance in wartime
Rome; young Augusto narrowly escaped execution for hurling stones at
passing German tanks.
Thirty years later his target was the medical establishment’s defeatism. By
day he nailed foam rubber to every corner of the family’s home, to spare
his tumbling son bruises. By night, armed only with his high-school science
education, he threw himself into research, scouring the library of the
National Institutes of Health, trying to understand the way degradative
enzymes crossed the peroxisome membrane.
The insight, when it came, echoed another great love. An inspired, if messy,
cook, he fashioned his beloved osso bucco and spaghetti carbonara from
first principles, not written recipes. A mixture of oleic and erucic acids (
in effect, olive and rapeseed oil) should, he reasoned, inhibit the effects
of the deadly acids, soaking them up before they hurt the nervous system.
Many medical researchers thought his theory moonshine. How could an amateur
find an answer that had eluded professionals? Moreover, erucic acid was
dangerous—at least to rats. Mr Odone was undaunted. He found a retired
British chemist, Don Suddaby, willing to concoct the mixture, and fed it to
his sister-in-law. It did no harm to her, so he gave it to Lorenzo.
The levels of very-long-chain fatty acids in his son’s blood dropped
sharply. Though by now immobile and uncommunicative, Lorenzo lived. Nobody
could tell if he was aware of the daily routine of cheer and care organised
by Oumouri Hassane, a friend from Mr Odone’s posting to Comoros. But it was
worth trying. Music played; children visited. A woman called Ann Davidson
read to Lorenzo twice a week for the next 20 years. “The ALD serpent that
had brought so much grief to our family had been tamed,” Mr Odone wrote.
Families of other boys with ALD begged for the oil; he supplied it secretly.
More oil, less vinegar
Only by courting the media, however, could he turn a personal breakthrough
into a medical triumph. Mr Odone used his Italian charm relentlessly on
anyone who would listen. Scientists scoffed, but Hollywood was electrified.
In 1992 a film, “Lorenzo’s Oil”, starring Nick Nolte and Susan Sarandon,
won two Oscar nominations. As even Mr Odone admitted, the screenplay
shamelessly mixed science and schlock. It portrayed mainstream researchers,
quite unfairly, as heartless enemies; Lorenzo, it implied, had recovered. In
fact, his condition had merely stabilised.
In 2005 came vindication. A study by the Kennedy Krieger Institute of
Baltimore showed that Lorenzo’s fate was no fluke. Mr Odone’s science was
sound: the oil could not reverse the effects of ALD, but in three-quarters
of the cases studied it prevented the development of symptoms. Even his most
grudging foes agreed that the bombastic Italian was no crank.
In 2008 Lorenzo died, from a chance obstruction in his feeding tube. Mr
Odone, by now widowed but as infuriating and determined as ever, moved back
to Italy to write books in English and Italian trumpeting his achievements.
The charity founded in Lorenzo’s name, the Myelin Project, now pays for
gene therapy and stem-cell research. The oil, no longer a quack remedy, has
helped hundreds of boys to stave off their symptoms. Their thanks thrilled
him, but he delighted more in scientific recognition, such as his co-
authorship of a paper in the Annals of Neurology.
None of it could bring his son back, or his wife Michaela, cancer-stricken
and broken by the death of her son from a gene that she carried. But “You’
ll know only if you try,” was his motto. And try he did.

cirrhosis

【在 w*****s 的大作中提到】

w*****s
发帖数: 230

". A mixture of oleic and erucic acids (in effect, olive and rapeseed oil)
should, he reasoned, inhibit the effects of the deadly acids, soaking them
up before they hurt the nervous system.
我们家娃娃吃Nutramigen很快病情恶化，这个Nutramigen里面有大量的
high oleic sunflower oil.
区别是不是high? 还有这个Erucic acid，不是长链。。谁能给我讲讲high oleic
sunflower oil 的结构还是可能对人体的伤害？
"

【在 W***o 的大作中提到】

: 现在的测序虽说有很大的进展，但是真正能通过这手段找到病因还真是有点早；运气好
: 的时候可能会发现和常人不一样的mutation, 但是每个人的基因会有特定的private
: mutation，没有对照也很难决定是不是发病的cause。
: 我觉得靠谱点的手段还是好好分析一下血样，看看代谢pathway有什么产物水平异常，
: 可以用质朴或hplc高分辨率的那种，也许有可能知道一些细节。可以从这点作为切入点
: 找病因。测序可以作为一种辅助手段。
: 最后转一下这篇文章鼓励一下家有患儿的父母：
: source: http://www.economist.com/news/obituary/21589838-augusto-odone-world-bank-economist-who-derived-lorenzos-oil-treat-his-son-died-october
: Augusto Odone
: Augusto Odone, a World Bank economist who derived Lorenzo’s Oil to treat

(共1页)

进入Biology版参与讨论

相关主题
● ION的下一代sequencer快要出来了- The Ion Proton Sequencer
● 威武的BGI,Shenzhen
● 求文献
● Buzz: Genomics startup Halcyon Molecular tanks
● 请推荐一些人类遗传学的入门书籍和综述论文
● 没人说说ENCODE数据库发布的事情？
● Sequencing 还能热多久呢？
● 请教neurogenomics职业规划
● 实验室新来的博后成了老板，老板成了傀儡，该不该走人
● 求审稿机会NGS, Genomics, Bioinformatics

相关话题的讨论汇总
话题: slc25a13话题: 突变话题: lorenzo话题: odone话题: 基因

boards