c***x
发帖数: 1169 | 1 小弟第一次做RNA-sequencing。3对（WT vs. Mut)6个样品的coverage distribution如
附件所
示。core facility说样品WT3和MUT3还成，但是其他4个好像比较差。
麻烦大牛指点一下后续的data能否使用，或者还有啥需要注意的。多谢多谢。 |
M*P
发帖数: 6456 | 2 你们core facility说的对，有钱就重新做一个吧。
可能是barcode有问题？
【在 c***x 的大作中提到】
: 小弟第一次做RNA-sequencing。3对（WT vs. Mut)6个样品的coverage distribution如
: 附件所
: 示。core facility说样品WT3和MUT3还成，但是其他4个好像比较差。
: 麻烦大牛指点一下后续的data能否使用，或者还有啥需要注意的。多谢多谢。
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c***x
发帖数: 1169 | 3 敢问barcode是什么个问题。core facility head支吾了一推，说很有可能是送到他们
那里后没有及时放到-80降解了。
真是没有钱啊。 |
M*P
发帖数: 6456 | 4 难说，你这个先拿到原始数据来个fastqc看看。
★ 发自iPhone App: ChineseWeb 7.8
【在 c***x 的大作中提到】
: 敢问barcode是什么个问题。core facility head支吾了一推，说很有可能是送到他们
: 那里后没有及时放到-80降解了。
: 真是没有钱啊。
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s******r
发帖数: 1245 | 5 你送的是RNA？做library之前一般都会bioanalyzer一下，降不降解应该马上就知道的
【在 c***x 的大作中提到】
: 敢问barcode是什么个问题。core facility head支吾了一推，说很有可能是送到他们
: 那里后没有及时放到-80降解了。
: 真是没有钱啊。
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c***x
发帖数: 1169 | 6 送的是RNA。WT3和MUT3肯定是做了bioanalyzer，告诉我没有问题。那些有问题的样品
我就没有收到过bioanalyzer的结果。 |
c***x
发帖数: 1169 | 7 敢问MHP，是不是如果有钱，只需要重新做1个WT+Mut验证一下就可以了？
如果真的没有钱，是应该把三个样品的数据合并着分析，还是只以MUT3和WT3的结果为
准？ |
m***T
发帖数: 11058 | 8 首先你得解释清楚你做RNA-Seq的目的是什么？一个样本需要多少reads？这些样本之间
是什么关系？
另外，core lab给的qc明显不够，有没有BioA的traces（包括RNA本身及library制成后
的），定量用的也是BioA还是qPCR等其它手段？Barcode就是如果一个样品所需要的能
量小，那一个run可以用加barcode的方式来区别不同样本，这样可以把多个样本pool在
一起做sequencing，成本会降低很多。
另外是在什么平台上做的？Illumina的还是其它的？
【在 c***x 的大作中提到】
: 敢问MHP，是不是如果有钱，只需要重新做1个WT+Mut验证一下就可以了？
: 如果真的没有钱，是应该把三个样品的数据合并着分析，还是只以MUT3和WT3的结果为
: 准？
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y*****3
发帖数: 961 | |
c***x
发帖数: 1169 | 10 多谢赐教。
目的：鉴定1个基因knock out和野生型动物在mRNA表达上的差异基因。
一个样本需要多少reads：这个我不懂，但用的是c elegans，我查查别人paper。
样本关系：3次完全相同的独立实验的样本。
平台：Illumina
其他的问题我暂时没有办法回答，但是太有用了。万分感谢并希望在我更新后继续赐教。
有一个【 在 medIT (新年新气象) 的大作中提到: 】 |
m***T
发帖数: 11058 | 11 你需要恶补一下NGS及RNA-Seq的基础知识。有不少review paper都不错，前几年nature
上有专门的NGS技术的介绍，有时间最好读一读。
我刚刚查到一篇c elegans的mRNA测序的免费文章，对你应该会有所帮助。
http://genome.cshlp.org/content/19/4/657.long
教。
【在 c***x 的大作中提到】
: 多谢赐教。
: 目的：鉴定1个基因knock out和野生型动物在mRNA表达上的差异基因。
: 一个样本需要多少reads：这个我不懂，但用的是c elegans，我查查别人paper。
: 样本关系：3次完全相同的独立实验的样本。
: 平台：Illumina
: 其他的问题我暂时没有办法回答，但是太有用了。万分感谢并希望在我更新后继续赐教。
: 有一个【 在 medIT (新年新气象) 的大作中提到: 】
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c***x
发帖数: 1169 | 12 Thanks. Will come back after finishing the rev |
