M**a
发帖数: 4816 | 1 如果有这个技术，能够测定全细胞基因组中所有的甲基化情况，
各位最想用什么细胞来做？
或者说，
可以用这个技术来说个什么样的故事？
最好是CNS级别的。
谢谢。
言而有物者，大包子奉上。 |
h******y
发帖数: 351 | 2 这方面的文章太多了， PubMed Search 随便来几个
Single-Cell DNA-Methylation Analysis Reveals Epigenetic Chimerism in Preimpl
antation Embryos
http://www.sciencemag.org/content/341/6150/1110.abstract
Single-cell methylome landscapes of mouse embryonic stem cells and early emb
ryos analyzed using reduced representation bisulfite sequencing.
Genome Res. 2013 Dec;23(12):2126-35
Single-cell genome-wide bisulfite sequencing for assessing epigenetic hetero
geneity.
Nat Methods. 2014 Aug;11(8):817-820
【在 M**a 的大作中提到】
: 如果有这个技术，能够测定全细胞基因组中所有的甲基化情况，
: 各位最想用什么细胞来做？
: 或者说，
: 可以用这个技术来说个什么样的故事？
: 最好是CNS级别的。
: 谢谢。
: 言而有物者，大包子奉上。
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t**l
发帖数: 109 | 3 看可以用遗传学的手段，做KO。然后测KO cell的和WT的甲基化变化，看看有什么变化
，来说明这个基因的作用 |
M**a
发帖数: 4816 | 4 哦，多谢马大侠指点！~
入山才不过一年半载，居然已有几篇牛文出来啦。。
5个包子不成敬意，哈哈哈。
Preimpl
emb
hetero
【在 h******y 的大作中提到】
: 这方面的文章太多了， PubMed Search 随便来几个
: Single-Cell DNA-Methylation Analysis Reveals Epigenetic Chimerism in Preimpl
: antation Embryos
: http://www.sciencemag.org/content/341/6150/1110.abstract
: Single-cell methylome landscapes of mouse embryonic stem cells and early emb
: ryos analyzed using reduced representation bisulfite sequencing.
: Genome Res. 2013 Dec;23(12):2126-35
: Single-cell genome-wide bisulfite sequencing for assessing epigenetic hetero
: geneity.
: Nat Methods. 2014 Aug;11(8):817-820
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M**a
发帖数: 4816 | 5 酷。。。双黄包子，多谢多谢！
【在 t**l 的大作中提到】
: 看可以用遗传学的手段，做KO。然后测KO cell的和WT的甲基化变化，看看有什么变化
: ，来说明这个基因的作用
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a*******a
发帖数: 4233 | 6 要做这个需要满足以下条件
1. 典型
2. 重复性好，即homogeneous
3. 变化剧烈
所以能做的也就是 受精卵往下走的1-8个细胞。。 |
M**a
发帖数: 4816 | 7 有意思。你的1,3很对，本人从事单细胞基因表达分析多年，由于实验室经费及研究方
向所限，只能做细菌。眼看着做人做动物的单细胞分析的稿子都在NS及子刊哒哒地发表
，真是很无奈。
你的第二点，是同质性么？
我对单细胞分析的理解是，heterogeneity，也就是细胞与细胞之间的差异，是其中利
器（why single cell）。
【在 a*******a 的大作中提到】
: 要做这个需要满足以下条件
: 1. 典型
: 2. 重复性好，即homogeneous
: 3. 变化剧烈
: 所以能做的也就是 受精卵往下走的1-8个细胞。。
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a*******a
发帖数: 4233 | 8 single cell还有一个利器是sensitive， 这是大家拿他来做卵细胞的原因。
单细胞sequencing 拿来分析肿瘤基因型，那是要找heterogeneity的，分subtype然后
personalize treatment。 但是epigenomics归根结底还是要研究修饰对功能产生的影
响的。意味着要在相同中找不同，并且这个不同要能带来生物学功能不同。要是同一群
却又有heterogeneity的细胞做了single cell epigenomics 然后怎么做不同
epigenomics对下游功能的影响呢？研究神经元epigenomics不同在大脑皮层迁移的目的
地不同？好像目前还没有一个很好的模型。
【在 M**a 的大作中提到】
: 有意思。你的1,3很对，本人从事单细胞基因表达分析多年，由于实验室经费及研究方
: 向所限，只能做细菌。眼看着做人做动物的单细胞分析的稿子都在NS及子刊哒哒地发表
: ，真是很无奈。
: 你的第二点，是同质性么？
: 我对单细胞分析的理解是，heterogeneity，也就是细胞与细胞之间的差异，是其中利
: 器（why single cell）。
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s********n
发帖数: 2939 | 9 现在的single cell epigenetics还是局部的吧，基本上是基于甲基化敏感的限制性内
切酶来做分析，还达不到全局。 |
M**a
发帖数: 4816 | 10 确实如此！
single cell基因表达分析从95年做组学开始，就是以肿瘤做目标的。
几天前由于我本人的单细菌RNA-seq文稿转了一大圈之后，还是被Nature Comm的第三个
审稿人毙掉。。。郁闷之中有在考虑epigenomics,不过说实话，epi我知之甚少，所以
才有此问。
还望有空我们多交流，epi方面我向你学习！~~
【在 a*******a 的大作中提到】
: single cell还有一个利器是sensitive， 这是大家拿他来做卵细胞的原因。
: 单细胞sequencing 拿来分析肿瘤基因型，那是要找heterogeneity的，分subtype然后
: personalize treatment。 但是epigenomics归根结底还是要研究修饰对功能产生的影
: 响的。意味着要在相同中找不同，并且这个不同要能带来生物学功能不同。要是同一群
: 却又有heterogeneity的细胞做了single cell epigenomics 然后怎么做不同
: epigenomics对下游功能的影响呢？研究神经元epigenomics不同在大脑皮层迁移的目的
: 地不同？好像目前还没有一个很好的模型。
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M**a
发帖数: 4816 | 11 恩，谢谢鼓励，哈哈，所以说如果我能做到全局，那也算进步？
【在 s********n 的大作中提到】
: 现在的single cell epigenetics还是局部的吧，基本上是基于甲基化敏感的限制性内
: 切酶来做分析，还达不到全局。
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s********n
发帖数: 2939 | 12 你能做到全局就牛大发了，CNS跑不掉的
【在 M**a 的大作中提到】
: 恩，谢谢鼓励，哈哈，所以说如果我能做到全局，那也算进步？
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