c***y
发帖数: 615 | 1 看他们的document一般建议比 2Xreads 长度多个50，100的。这个原理是什么？如果太
短会怎样？
多谢了！ |
l********6
发帖数: 457 | 2 太短，就测通了，把接头都测了。
【在 c***y 的大作中提到】
: 看他们的document一般建议比 2Xreads 长度多个50，100的。这个原理是什么？如果太
: 短会怎样？
: 多谢了！
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n******7
发帖数: 12463 | 3 另外不同sample混一起的时候会造成bias
【在 l********6 的大作中提到】
: 太短，就测通了，把接头都测了。
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c***y
发帖数: 615 | 4 下游数据分析应该注意点什么？
【在 n******7 的大作中提到】
: 另外不同sample混一起的时候会造成bias
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n******7
发帖数: 12463 | 5 主要短的library会有更多的reads
会让别人的library测的reads不够。。
另外可能造成cluster过度拥挤，从而影响测序质量
对于数据分析倒是问题不大
如果你的数据对读长不敏感
【在 c***y 的大作中提到】
: 下游数据分析应该注意点什么？
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s******s
发帖数: 13035 | 6 有些软件是要model insert size的，很多indel caller是这样的，还有BWA.
如果不同的library混测，BWA可以align by read group, 没有问题，但是
indel caller会有问题，如果它们assume unimodal distribution的话。
【在 n******7 的大作中提到】
: 主要短的library会有更多的reads
: 会让别人的library测的reads不够。。
: 另外可能造成cluster过度拥挤，从而影响测序质量
: 对于数据分析倒是问题不大
: 如果你的数据对读长不敏感
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n******7
发帖数: 12463 | 7 我说的是sequencer方面的问题
一个library片段太短的话很容易让其他library的reads少很多
上样的时候不好估计
后续处理问题应该不大
因为每个library的size distribution都会单独测定
而sequencing reads demultiplex之后也没啥影响
【在 s******s 的大作中提到】
: 有些软件是要model insert size的，很多indel caller是这样的，还有BWA.
: 如果不同的library混测，BWA可以align by read group, 没有问题，但是
: indel caller会有问题，如果它们assume unimodal distribution的话。
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c***y
发帖数: 615 | 8 多谢了！
对于需要model insert size 的aligner 只能做single-end read 处理了
【在 n******7 的大作中提到】
: 我说的是sequencer方面的问题
: 一个library片段太短的话很容易让其他library的reads少很多
: 上样的时候不好估计
: 后续处理问题应该不大
: 因为每个library的size distribution都会单独测定
: 而sequencing reads demultiplex之后也没啥影响
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s******r
发帖数: 1245 | 9 这种考虑这个考虑那个的aligner都是做bioinfo的人弄出来骗paper的，直接上个操快
猛的用就行
【在 c***y 的大作中提到】
: 多谢了！
: 对于需要model insert size 的aligner 只能做single-end read 处理了
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n******7
发帖数: 12463 | 10 用它们的default值就好了
【在 c***y 的大作中提到】
: 多谢了！
: 对于需要model insert size 的aligner 只能做single-end read 处理了
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