f********r
发帖数: 190 | 1 我有一未知化合物需要鉴定。Mass Spec中心先是做了个Fourier transform mass
spectrometry，打出来的分子量是173。07842。他们用3-hydroxypicolinic acid,
Caffeine,CHCA matrix作为标准。但我觉得他们的标准有问题。比如3-
hydroxypicolinic acid，我查到的分子量是139。11，与我计算得出的139。1088很一
致。但他们MS上打出来的M+是140。03421，与我的计算的结果相差0。07左右, 挺大的
。而他们认为140。03421只跟标准相差0。07个PPM。另外两个标准也与我计算的相差蛮
大。不知道MS机器是不是有他们自己分子量标准，和我们平常用的不太一样。
然后, 他们又做了个MS/MS。但不知道为什么，我个分子是173（M+），经过MS/MS过，
最主要的峰仍然是173。可能是他们用的能量不够。他们最后的结论是这个化合物在他
们的database没有。但我觉得这是个比较常见的化合物。
最后附上他们做的两个MS图，请做MS大牛帮我看看这到底可能是什么东西。多谢！ |
b*******g
发帖数: 1309 | 2 关于第一点，你们的mass spec center是对的
你计算的是分子量，MS 测的不是分子量，而是exact mass or monoisotopic mass，所
以跟你的分子量有差别，
3-hydroxypicolinic acid exact mass是139.03 分子量是139.11
另外你用的是ESI-MS，测的是【M+H】+所以3-hydroxypicolinic acid在谱图上是140.3
，这个也是对的。。。 |
n*****g
发帖数: 4117 | 3 到底是大牛啊
.3
【在 b*******g 的大作中提到】
: 关于第一点，你们的mass spec center是对的
: 你计算的是分子量，MS 测的不是分子量，而是exact mass or monoisotopic mass，所
: 以跟你的分子量有差别，
: 3-hydroxypicolinic acid exact mass是139.03 分子量是139.11
: 另外你用的是ESI-MS，测的是【M+H】+所以3-hydroxypicolinic acid在谱图上是140.3
: ，这个也是对的。。。
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f********r
发帖数: 190 | 4 多谢。
那请问哪里可以查到各种compound的exact mass？
.3
【在 b*******g 的大作中提到】
: 关于第一点，你们的mass spec center是对的
: 你计算的是分子量，MS 测的不是分子量，而是exact mass or monoisotopic mass，所
: 以跟你的分子量有差别，
: 3-hydroxypicolinic acid exact mass是139.03 分子量是139.11
: 另外你用的是ESI-MS，测的是【M+H】+所以3-hydroxypicolinic acid在谱图上是140.3
: ，这个也是对的。。。
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P****1
发帖数: 49 | 5 Chemdraw or some free software
【在 f********r 的大作中提到】
: 多谢。
: 那请问哪里可以查到各种compound的exact mass？
:
: .3
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d******s
发帖数: 674 | 6 同意二楼的说法
下载这个软件‘molecular weight calculator’就可以计算exact mass
http://www.alchemistmatt.com/
MS/MS用来鉴定结构最多是用在结构确认方面，而且液质联用的谱库很少而且数据严重
不全（相对于气质来说）。
从你上传的MS/MS来看，只能看出来173-->155 （-H2O， maybe a -OH group on your
compound) -->129 （-O, maybe a -O- group) -->101 (-28, -CH2CH2-)
这个MS/MS应该不是高分辨质谱吧？
很奇怪的是173有一个5%的174同位素峰，155也是，不知道是不是因为是合成产物的原
因。 从同位素比例来看很像S，难道是double-charged？
给点未知物的信息好不好？虽然看谱图比较有意思，摸瞎也太zturn了一点
BTW，鉴定未知物的结构不都是做NMR么？ |
f********r
发帖数: 190 | 7 事情是这样的。我们有一个蛋白，功能研究表明它能结合长链疏水基团,而且我们
也做了蛋白结晶。晶体衍射图表明确实有一长链的东西跟它结合在一起，但看不清
是什么。于是我们就把这个东西抽提出来打质谱。但还是搞不清是什么。
最开始我们怀疑是Decanoic Acid，但它的 Calculated exact mass(172.15) 跟高分辨率质谱上
得到的数值(172.07)相差0.08。据说，这个差值非常大，因而被否决了。现在是心里一点谱都没
了。
那个MS/MS应该是低分辨率的。这种情况我不知道能不能做NMR。不知道NMR对量和纯度
有什么要求。
your
【在 d******s 的大作中提到】
: 同意二楼的说法
: 下载这个软件‘molecular weight calculator’就可以计算exact mass
: http://www.alchemistmatt.com/
: MS/MS用来鉴定结构最多是用在结构确认方面，而且液质联用的谱库很少而且数据严重
: 不全（相对于气质来说）。
: 从你上传的MS/MS来看，只能看出来173-->155 （-H2O， maybe a -OH group on your
: compound) -->129 （-O, maybe a -O- group) -->101 (-28, -CH2CH2-)
: 这个MS/MS应该不是高分辨质谱吧？
: 很奇怪的是173有一个5%的174同位素峰，155也是，不知道是不是因为是合成产物的原
: 因。 从同位素比例来看很像S，难道是double-charged？
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f********r
发帖数: 190 | 8 忘了提一下，这个蛋白是在大肠杆菌中表达并纯化得到的重组蛋白。
辨率质谱上
一点谱都没
【在 f********r 的大作中提到】
: 事情是这样的。我们有一个蛋白，功能研究表明它能结合长链疏水基团,而且我们
: 也做了蛋白结晶。晶体衍射图表明确实有一长链的东西跟它结合在一起，但看不清
: 是什么。于是我们就把这个东西抽提出来打质谱。但还是搞不清是什么。
: 最开始我们怀疑是Decanoic Acid，但它的 Calculated exact mass(172.15) 跟高分辨率质谱上
: 得到的数值(172.07)相差0.08。据说，这个差值非常大，因而被否决了。现在是心里一点谱都没
: 了。
: 那个MS/MS应该是低分辨率的。这种情况我不知道能不能做NMR。不知道NMR对量和纯度
: 有什么要求。
:
: your
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w********g
发帖数: 447 | 9 从你的mass来看，唯一的两个可能就是
C8H12O4和C4H8N6O2。
如果看fragmentation，所有的fragment按照N规则，似乎都是不含N的，要所有的
fragment都不含N，那么分子本身含N的可能性比较小。也就是说第二个的可能性比较小
。如果你的isotopic peak的ratio是准的话，和第二个分子式match，这样又排除了第
一个。而且第二个分子式算出来的mass和你测得的只差1.7个ppm，对于FTMS来说比较
make sense。而第一个分子式的计算值和你测得要差17.3个ppm，对于FTMS来说有点太
大了。
感觉分子式C4H8N6O2，但是回到开始说的N规则，如果有6个N的话，你所有的
fragmentation的碎片里面either要含有所有的6个N，或者每次掉偶数个N。另外看你的
fragmentation，碎片几乎都分布在比较靠近molecular ion的一端，低mass几乎看不到
太多的fragmentation，感觉最大的可能是你的6个N都不太容易掉，比如都长在几个共
轭的环上，环上有些支链。但你又说是个直链的东西，那可能是一些直链
【在 f********r 的大作中提到】
: 我有一未知化合物需要鉴定。Mass Spec中心先是做了个Fourier transform mass
: spectrometry，打出来的分子量是173。07842。他们用3-hydroxypicolinic acid,
: Caffeine,CHCA matrix作为标准。但我觉得他们的标准有问题。比如3-
: hydroxypicolinic acid，我查到的分子量是139。11，与我计算得出的139。1088很一
: 致。但他们MS上打出来的M+是140。03421，与我的计算的结果相差0。07左右, 挺大的
: 。而他们认为140。03421只跟标准相差0。07个PPM。另外两个标准也与我计算的相差蛮
: 大。不知道MS机器是不是有他们自己分子量标准，和我们平常用的不太一样。
: 然后, 他们又做了个MS/MS。但不知道为什么，我个分子是173（M+），经过MS/MS过，
: 最主要的峰仍然是173。可能是他们用的能量不够。他们最后的结论是这个化合物在他
: 们的database没有。但我觉得这是个比较常见的化合物。
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w********g
发帖数: 447 | 10 怎么会double-charged呢？这么小的分子double-charged只有在超强的field加上time
frame还要非常的短的条件下才会发生，比如费秒激光之类的东西。分子需要被distort
and stretch，否则电荷排斥力太大。
那个就是C的同位素峰啊。而且就算是double-charged，那个同位素峰是S的，那C的呢
？应该在M+0.5的地方有个C的同位素峰才对啊
your
【在 d******s 的大作中提到】
: 同意二楼的说法
: 下载这个软件‘molecular weight calculator’就可以计算exact mass
: http://www.alchemistmatt.com/
: MS/MS用来鉴定结构最多是用在结构确认方面，而且液质联用的谱库很少而且数据严重
: 不全（相对于气质来说）。
: 从你上传的MS/MS来看，只能看出来173-->155 （-H2O， maybe a -OH group on your
: compound) -->129 （-O, maybe a -O- group) -->101 (-28, -CH2CH2-)
: 这个MS/MS应该不是高分辨质谱吧？
: 很奇怪的是173有一个5%的174同位素峰，155也是，不知道是不是因为是合成产物的原
: 因。 从同位素比例来看很像S，难道是double-charged？
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w********g
发帖数: 447 | 11 另外如果里面有N的话，去做个H/D交换看看，有可能能得到点启发
【在 f********r 的大作中提到】
: 我有一未知化合物需要鉴定。Mass Spec中心先是做了个Fourier transform mass
: spectrometry，打出来的分子量是173。07842。他们用3-hydroxypicolinic acid,
: Caffeine,CHCA matrix作为标准。但我觉得他们的标准有问题。比如3-
: hydroxypicolinic acid，我查到的分子量是139。11，与我计算得出的139。1088很一
: 致。但他们MS上打出来的M+是140。03421，与我的计算的结果相差0。07左右, 挺大的
: 。而他们认为140。03421只跟标准相差0。07个PPM。另外两个标准也与我计算的相差蛮
: 大。不知道MS机器是不是有他们自己分子量标准，和我们平常用的不太一样。
: 然后, 他们又做了个MS/MS。但不知道为什么，我个分子是173（M+），经过MS/MS过，
: 最主要的峰仍然是173。可能是他们用的能量不够。他们最后的结论是这个化合物在他
: 们的database没有。但我觉得这是个比较常见的化合物。
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w********g
发帖数: 447 | 12 Another suggestion I will make is to try MS/MS on Q-Tof. I believe you did
MS/MS on ion-trap? So fragment with mass below 1/3 of your molecular ion
will not be seen. Try instrument other than ion trap. Maybe you can also get
more clue.
【在 f********r 的大作中提到】
: 我有一未知化合物需要鉴定。Mass Spec中心先是做了个Fourier transform mass
: spectrometry，打出来的分子量是173。07842。他们用3-hydroxypicolinic acid,
: Caffeine,CHCA matrix作为标准。但我觉得他们的标准有问题。比如3-
: hydroxypicolinic acid，我查到的分子量是139。11，与我计算得出的139。1088很一
: 致。但他们MS上打出来的M+是140。03421，与我的计算的结果相差0。07左右, 挺大的
: 。而他们认为140。03421只跟标准相差0。07个PPM。另外两个标准也与我计算的相差蛮
: 大。不知道MS机器是不是有他们自己分子量标准，和我们平常用的不太一样。
: 然后, 他们又做了个MS/MS。但不知道为什么，我个分子是173（M+），经过MS/MS过，
: 最主要的峰仍然是173。可能是他们用的能量不够。他们最后的结论是这个化合物在他
: 们的database没有。但我觉得这是个比较常见的化合物。
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b*******g
发帖数: 1309 | 13 这种化合物，我的建议还是做 EI-MS
这样谱图database 多点，能search到的可能性比较大 |
d******s
发帖数: 674 | 14 因为小分子量173含6个N的可能性太小了，而且楼主一开始就说了这个分子很常见，所
以俺一开始就直接排除了多N的可能，就像降龙十八掌说的，第二的分子的可能性也太
小了，第一个的误差又有点大。
等楼主做出来上来吱一声，看看到底是什么东东.
"晶体衍射图表明确实有一长链的东西跟它结合在一起，但看不清
是什么。于是我们就把这个东西抽提出来打质谱。但还是搞不清是什么。"
长链的东西哪儿来的? 合成的？天然的？ 原料杂质？ |
w********g
发帖数: 447 | 15 what makes you think it is decanoic acid?
you run it in the positive mode and this makes you think it is a fatty acid?
It can be ionized in positive mode very well without coupling to any adduct
ions. That means you might have some N containing functional group, which
also points to the molecular formula of C4H8N6O2. But I can not imagine any
very hydrophobic stuff as you claimed could have 6 N in it.
辨率质谱上
一点谱都没
【在 f********r 的大作中提到】
: 事情是这样的。我们有一个蛋白，功能研究表明它能结合长链疏水基团,而且我们
: 也做了蛋白结晶。晶体衍射图表明确实有一长链的东西跟它结合在一起，但看不清
: 是什么。于是我们就把这个东西抽提出来打质谱。但还是搞不清是什么。
: 最开始我们怀疑是Decanoic Acid，但它的 Calculated exact mass(172.15) 跟高分辨率质谱上
: 得到的数值(172.07)相差0.08。据说，这个差值非常大，因而被否决了。现在是心里一点谱都没
: 了。
: 那个MS/MS应该是低分辨率的。这种情况我不知道能不能做NMR。不知道NMR对量和纯度
: 有什么要求。
:
: your
|
f********r
发帖数: 190 | 16 Ok. I will ask them to do another MS/MS on Q-Tof and see what we can get.
Thanks for the all feedback here.
get
【在 w********g 的大作中提到】
: Another suggestion I will make is to try MS/MS on Q-Tof. I believe you did
: MS/MS on ion-trap? So fragment with mass below 1/3 of your molecular ion
: will not be seen. Try instrument other than ion trap. Maybe you can also get
: more clue.
|
h*****7
发帖数: 227 | 17 从第二张谱图上的标题看，是ion trap。
大家觉得在MS/MS里，isotope的信息的作用有多少，个人感觉受很多因素的影响，很多
化合物的结果不太一致。 |
b*******g
发帖数: 1309 | 18 还是直接做EI比较好
EIMS 的谱图库比较多，search 到的可能性比较大
Q-tof 之类是增加了检测范围，跟ion trap在本质上没有区别
【在 f********r 的大作中提到】
: Ok. I will ask them to do another MS/MS on Q-Tof and see what we can get.
: Thanks for the all feedback here.
:
: get
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f********r
发帖数: 190 | 19 有道理。我一个朋友也建议我做EIMS。
上面的第二个图确实是ion trap MS.
【在 b*******g 的大作中提到】
: 还是直接做EI比较好
: EIMS 的谱图库比较多，search 到的可能性比较大
: Q-tof 之类是增加了检测范围，跟ion trap在本质上没有区别
|
w********g
发帖数: 447 | 20 除了1/3 mass cut off, q-tof跟ion trap的fragmentation依然可以差老远，比如fix
charged的东西。这种是case by case，主要看分子的性质啦。
如果楼主坚持这个长链的家伙是很常见的化合物，EI可能会有希望。
【在 b*******g 的大作中提到】
: 还是直接做EI比较好
: EIMS 的谱图库比较多，search 到的可能性比较大
: Q-tof 之类是增加了检测范围，跟ion trap在本质上没有区别
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b*****r
发帖数: 203 | 21 It is a sodiated peak. The one at 151.09649 is the actual protonated peak.
The molecular formula for the 173 peak is C6H13O4Na1, mass accuracy: -4.6
ppm. There is no double bond in it. My guess is it is a compound with two
ester bonds.
【在 d******s 的大作中提到】
: 因为小分子量173含6个N的可能性太小了，而且楼主一开始就说了这个分子很常见，所
: 以俺一开始就直接排除了多N的可能，就像降龙十八掌说的，第二的分子的可能性也太
: 小了，第一个的误差又有点大。
: 等楼主做出来上来吱一声，看看到底是什么东东.
: "晶体衍射图表明确实有一长链的东西跟它结合在一起，但看不清
: 是什么。于是我们就把这个东西抽提出来打质谱。但还是搞不清是什么。"
: 长链的东西哪儿来的? 合成的？天然的？ 原料杂质？
|
b*****r
发帖数: 203 | 22 Sorry I made a mistake. The molecular formula should be C6H14O4Na1. Without
adduct it should be C6H14O4. Mass accuracy -0.06 ppm. It is still hard to
explain the MS/MS spectra.
【在 b*****r 的大作中提到】
: It is a sodiated peak. The one at 151.09649 is the actual protonated peak.
: The molecular formula for the 173 peak is C6H13O4Na1, mass accuracy: -4.6
: ppm. There is no double bond in it. My guess is it is a compound with two
: ester bonds.
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b*****r
发帖数: 203 | 23 Structure is:
HO-CH2CH2-O-CH2CH2-O-CH2CH2-O-CH2-CH2-OH
water loss peak is at the two ends, additional 28 loss is CH2CH2OH, further
16 loss is O.
You should put me as one of the coauthors -- just kidding.
My suggestion is next time you might want to put your contact information
there and mention that people with signficant contribution can be considered
as a coauthor, then people will be willing to spend a lot of time on your
problem.
Without
【在 b*****r 的大作中提到】
: Sorry I made a mistake. The molecular formula should be C6H14O4Na1. Without
: adduct it should be C6H14O4. Mass accuracy -0.06 ppm. It is still hard to
: explain the MS/MS spectra.
|
E****F
发帖数: 10 | 24 你的ion-trap MS/MS用了47eV,得到的product ion 信息不是很充足。如果要做Q-TOF的
话，可以尝试不同的collision enrgy，建议加大CE到60-100eV试试。另外扩大mass
range来看看是否有dimer或trimer. 如果猜测是脂肪酸的话，可以去www.lipidmaps.
org查询一下database，那里有isotope distribution for natural isotopes. 如果不
用NMR,就麻烦些上stable isotope, like C13, H2,or O18，希望对你有帮助。 |
f********r
发帖数: 190 | 25 我只是觉得，但不能肯定是很常见的东西。
fix
【在 w********g 的大作中提到】
: 除了1/3 mass cut off, q-tof跟ion trap的fragmentation依然可以差老远，比如fix
: charged的东西。这种是case by case，主要看分子的性质啦。
: 如果楼主坚持这个长链的家伙是很常见的化合物，EI可能会有希望。
|
f********r
发帖数: 190 | 26 One question here is if this compound can associate with Na+ and get major
peak in the FT-MS.
Thanks for your input.
further
considered
【在 b*****r 的大作中提到】
: Structure is:
: HO-CH2CH2-O-CH2CH2-O-CH2CH2-O-CH2-CH2-OH
: water loss peak is at the two ends, additional 28 loss is CH2CH2OH, further
: 16 loss is O.
: You should put me as one of the coauthors -- just kidding.
: My suggestion is next time you might want to put your contact information
: there and mention that people with signficant contribution can be considered
: as a coauthor, then people will be willing to spend a lot of time on your
: problem.
:
|
b*****r
发帖数: 203 | 27 I think so. In many cases for this type of neutral species, it should be easy to adduct Na
+. I know esters can easily adduct a Na+. Usually sodiated peaks are more stable at high energy. You may be able to test it by decreasing the tube lens voltage. With decreased tube lens
voltage, the intensity of protonated peak may increase. You might want to look up literature to see if there are any reports on alcohols with Na+ adduct.
On the other hand, the chance for you to see the acid you proposed is |
b*******g
发帖数: 1309 | 28 poly ethylene glycol对Na+ binding 十分强， 在high energy collision下依然十分
稳定
但是这个分子是亲水的，跟你的输水描述不符合。。。 |
b*****r
发帖数: 203 | 29 Another way to confirm it is to add ammonium acetate as the mobile phase
additive. You should be able to see a NH4+ adduct peak at around m/z 167.
【在 f********r 的大作中提到】
: One question here is if this compound can associate with Na+ and get major
: peak in the FT-MS.
: Thanks for your input.
:
: further
: considered
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b*****r
发帖数: 203 | 30 To me, this molecule looks like a contaminant from plastics, probably not
the one LZ extracted from the protein. Every time when people use organic
solvent and plastics, it is easy to extract additive or something from the
plastics.
【在 b*******g 的大作中提到】
: poly ethylene glycol对Na+ binding 十分强， 在high energy collision下依然十分
: 稳定
: 但是这个分子是亲水的，跟你的输水描述不符合。。。
|
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f********r
发帖数: 190 | 31 That is possible.
If it is a contaminant, it might have been seen before.
Or maybe not, since people use different brands of plastic which might have
different types of additive.
【在 b*****r 的大作中提到】
: To me, this molecule looks like a contaminant from plastics, probably not
: the one LZ extracted from the protein. Every time when people use organic
: solvent and plastics, it is easy to extract additive or something from the
: plastics.
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s*****y
发帖数: 4595 | 32 depending on your isolation window width for CID?
【在 h*****7 的大作中提到】
: 从第二张谱图上的标题看，是ion trap。
: 大家觉得在MS/MS里，isotope的信息的作用有多少，个人感觉受很多因素的影响，很多
: 化合物的结果不太一致。
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s*****y
发帖数: 4595 | 33 不好意思，走过路过问个问题。
第一张看不清楚，但是m/z 195会不会是[M+Na]+呢？如果是的话，那么173很可能就是
［M＋H］＋了。
另外，第二张ION TRAP做fragmentation,这么小的分子，即使1/3以下看不到也不是什
么问题。而且一般来说ION TRAP上面那个＠４７，应该是一个norminalized #,不是eV
的数量吧？我的经验，４７已经是相当强的能量了。这个分子不是一般地稳定呢。
【在 f********r 的大作中提到】
: 我有一未知化合物需要鉴定。Mass Spec中心先是做了个Fourier transform mass
: spectrometry，打出来的分子量是173。07842。他们用3-hydroxypicolinic acid,
: Caffeine,CHCA matrix作为标准。但我觉得他们的标准有问题。比如3-
: hydroxypicolinic acid，我查到的分子量是139。11，与我计算得出的139。1088很一
: 致。但他们MS上打出来的M+是140。03421，与我的计算的结果相差0。07左右, 挺大的
: 。而他们认为140。03421只跟标准相差0。07个PPM。另外两个标准也与我计算的相差蛮
: 大。不知道MS机器是不是有他们自己分子量标准，和我们平常用的不太一样。
: 然后, 他们又做了个MS/MS。但不知道为什么，我个分子是173（M+），经过MS/MS过，
: 最主要的峰仍然是173。可能是他们用的能量不够。他们最后的结论是这个化合物在他
: 们的database没有。但我觉得这是个比较常见的化合物。
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w********g
发帖数: 447 | 34 如果是173是[M+Na]+的话Q-tof的MS/MS的好处是应该可以看到低mass端一个单独的Na+
的峰，一目了然。ion-trap就看不到。
eV
【在 s*****y 的大作中提到】
: 不好意思，走过路过问个问题。
: 第一张看不清楚，但是m/z 195会不会是[M+Na]+呢？如果是的话，那么173很可能就是
: ［M＋H］＋了。
: 另外，第二张ION TRAP做fragmentation,这么小的分子，即使1/3以下看不到也不是什
: 么问题。而且一般来说ION TRAP上面那个＠４７，应该是一个norminalized #,不是eV
: 的数量吧？我的经验，４７已经是相当强的能量了。这个分子不是一般地稳定呢。
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