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DataSciences版 - 如何把1个文件分成22个以chromosone为单位的文件
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w*****1
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1
我想用merlin做gwas,结果说内存不够,问了作者,建议把我的ped 文件分成22个文
件,每个chromosome一个文件。请问plink里面有命令可以把包括22个chromosome的
ped file和map file分成以每个chromosome为单位的22个子文件吗?
另外分成22个后,如何产生merlin 需要的.dat file呢?谢谢!
g*******l
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g*******l
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w*****1
发帖数: 473
4
我试过这个命令,这是在用plink做分析的时候用这个命令,就可以只包含一个
chromosome,问题是我现在必须先产生22个子文件,然后用这22个文件用merlin来
分析。我需要考虑到family因素,plink对family考虑的不够好,所以只能用merlin
g*******l
发帖数: 239
5
我不太懂,你运行22遍不是就有22个文件了吗
一行perl搞定

【在 w*****1 的大作中提到】
: 我试过这个命令,这是在用plink做分析的时候用这个命令,就可以只包含一个
: chromosome,问题是我现在必须先产生22个子文件,然后用这22个文件用merlin来
: 分析。我需要考虑到family因素,plink对family考虑的不够好,所以只能用merlin

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