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GreatPit版 - Mitbbs水平挺高的,纯从科学家角度质疑韩春雨
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Mitbbs水平挺高的,纯从科学家角度质疑韩春雨 (转载)南大学者再发关于韩春雨基因技术论文:未发现有效(图)
Mitbbs水平挺高的,纯从科学家角度质疑韩春雨自然》:韩春雨已找到别人无法重复其实验原因
纯从science角度分析一下韩春雨的文章中央用人不疑,《自然》获得韩春雨实验可重复性新数据
韩春雨NgAgo的Nature Biotechnology存在篡改结果科学不端行为造假吹牛 曾被誉诺奖级别 韩春雨撤稿走下神坛 (转载)
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话题: ngago话题: 春雨话题: ago话题: 论文话题: 实验
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m****s
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1
2016年5月2日,英国《自然》杂志子刊《自然 生物技术》刊载了一篇有关"基因编辑工具"的论文,论文负责人的英文署名是"Chunyu Han",这篇论文在华人生物界获得广泛赞誉。论文发表的第二天,韩春雨的名字和论文在一个名为"生物艺术全球生物医学交流"的微信群里得到了热烈讨论。生命体从受精卵开始,经过不断分裂,可分化出大约60兆亿个构建人类身体的细胞,每个细胞都含有全部生命遗传信息的基因组,所谓基因组编辑技术,就是人为来调整、改变、插入、去除、修改个体或物种的基因组序列。
http://tv.cctv.com/2017/05/20/VIDEBZRf7rQNg2Y1ExpBhpQM170520.shtml
一、学界和媒体的热议Mitbbs.com
一年前,英国《自然生物技术》杂志刊载了一篇有关"基因编辑工具"的论文。论文的负责人"一鸣惊人",得到了学界和媒体给予的无限荣光。在《自然》杂志社的所属期刊上发表论文,通常表明,该科研成果走在了世界科学研究的最前沿,并有可能对未来科学的发展起到关键性作用。此消息一经媒体爆出,在站内引起站内相关专业人士的热议。
国内科研水平不得了了,河北科技大学在Nature Biotechnoligy发表重要成果
http://mitbbs.com/article_t/Faculty/31803583.html
感觉韩春雨做科研的境界比颜宁高
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32019973.html
二、实验结果被质疑
1.一般来说Ago蛋白C端加tag,无论是来自于那个物种,蛋白就没有活性了,主要由Ago蛋白自身结构folding决定。文中用的几个construct,好像只有1-2个C端是没有tag的。那么,用C端带tag的Ago作出的实验,是否有意义呢?当然,不能够排除NgAgo本身特殊,能够tolerate C端tag,只是从预测的结构上讲,可能性很小。
2.Ago催化酶切的核心domain实际是一个RNaseH fold,催化cleavage时应该结合双链(无论DNA或RNA),而双链其中一个是guide,另外一个是target。我无法想象gDNAguided NgAgo是如何切割双链DNA的。文章开始用2个guide,也许还有些道理(说不定细胞DNA会有瞬时的单链状态);后来直接上一个guide也能行,确实比较神奇。当然,不能够排除NgAgo本身特殊,就是能够切双链,只是从其类似蛋白结构上讲,可能性很小。
3.文章说如果同时转入Ago表达质粒和gDNA,就能行。如果先转Ago质粒,8小时候再转gDNA,就不行。这里我无法理解。难道先转Ago质粒8小时候,这个质粒就不表达了?如果继续表达,那8小时候再加gDNA跟同时一起转细胞又有什么区别呢?难道transfection效率太低,以至于2次transfect的东西无法进入同一细胞,因而不行?至少从这个角度来讲,文章的一个主要figure的结果有点奇怪。
4. Minor points:文章用bacteria codon 的construct在真核细胞表达蛋白,能有表达真心不容易。如果用humanized codon,效果岂不更好?文末作者declare nofinancial interest,如果这个东西将来有大用途了,还不能有专利呀,太失策了。
纯从science角度分析一下韩春雨的文章
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32021669.html
韩春雨的NgAgo效率怎么样?有人试过么?
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32022589.html
韩春雨的NgAgo版上同志们进展如何
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32025033.html
方舟子:韩春雨"诺贝尔奖级"实验的重复性问题. 附韩答复
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32026229.html
Ng-Ago 重复进展(集合贴)
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32025503.html
三、重复证明结果
一位朋友最近在和韩老师交流,他只上国内虎扑不上MITBBS,所以我征得他同意发到这里,希望对正在重复这个实验的各位有所帮助。
for 24 well plate, 300ng NgAgo expression plasmid, 30-40ng GFP-N1, 200-500ng 5'P ssDNA guide----co-transfection. after 24 hours, detect GFP expressionunder fluorescnet microscopy. do not use electric trasnfection. NgAgo canremove 24bp from target, we suggest you do silver stain PAGE to observ T7E1results; the "Protocol of NgAgo/gDNA-mediated genome editing and examination(T7E1 assay) and a representative experiment" in ONLINE METHODS is veryhelpful! good luck!
韩春雨老师给的实验建议
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32025735.html
韩春雨在985贴吧发言了?
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32025929.html
韩春雨说的可控的事情可否理解为可以操控?
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32027677.html
四、实验带来的疑问
国内知识产权形势比较复杂,自我保护意识都比较强。我老自己原来博士老板,985学校,搞出来个新东西,写课题和项目的时候,特意嘱咐我师兄把关键蛋白写成别的,比如说本来是Cdc42,就给写成Cdc47。
相信我,这不是个例,在国内混的都得会这一手。当然,韩这个已经不是课题,而是发表在著名公共期刊上的文章了,肯定不能写错太明显,那么很可能就会在一些protocol上动手脚。仅供参考。
我来说一下NgAgo
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32028347.html
拜读韩春雨的论文
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32028409.html
看看老外怎么评价韩春雨的NgAgo
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32028447.html
NgAgo文章里Fig S4的NgAgo染色是怎么拿到的
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32028491.html
五、被质疑的科学家
到目前为止,所谓的仇子龙看到了Indel,根本无法证明那个是NgAgo引起的,有常识的做过测序的人都知道,即使你拿同一个样品去测一百遍,你肯定会在其中的少许几个测序结果中发现会有所谓的indel,这种indel不是真实的indel,而只是测序本身带有的误差(这个是很正常的,喷子喷之前请先做功课)。要想证明NgAgo具有基因组层面的编辑功能,请参照CRISPR-Cas9的检测标准。搞了这么久,韩春雨所谓的全国20个实验室重复出来,原来是这种重复结果,真的令人觉得可笑。现在应该是时候给杂志社写comment了。
韩春雨NgAgo的Nature Biotechnology存在篡改结果科学不端行为
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32029651.html
韩春雨有义务为大家释疑
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32032859.html
一个搞物理的悄悄地评论一下大家对韩春雨老师论文的争论
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32029939.html
韩文到底有没有被重复?
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32030451.html
韩春雨的文章刚刚发表,有人就有看法
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32030543.html
关于韩春雨是否造假,个人看法
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32030565.html
六、实验证明
《自然》调查员戴维的访谈报告是亲自调查的结果吗?
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32043485.html
仇子龙的申明中说他们实验室用韩春雨的NgAgo在293细胞中看到测
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32070491.html
韩春雨回应质疑:对重复实验充满信心
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32032263.html
m****s
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2016年5月2日,英国《自然》杂志子刊《自然 生物技术》刊载了一篇有关"基因编辑工具"的论文,论文负责人的英文署名是"Chunyu Han",这篇论文在华人生物界获得广泛赞誉。论文发表的第二天,韩春雨的名字和论文在一个名为"生物艺术全球生物医学交流"的微信群里得到了热烈讨论。生命体从受精卵开始,经过不断分裂,可分化出大约60兆亿个构建人类身体的细胞,每个细胞都含有全部生命遗传信息的基因组,所谓基因组编辑技术,就是人为来调整、改变、插入、去除、修改个体或物种的基因组序列。
http://tv.cctv.com/2017/05/20/VIDEBZRf7rQNg2Y1ExpBhpQM170520.shtml
一、学界和媒体的热议Mitbbs.com
一年前,英国《自然生物技术》杂志刊载了一篇有关"基因编辑工具"的论文。论文的负责人"一鸣惊人",得到了学界和媒体给予的无限荣光。在《自然》杂志社的所属期刊上发表论文,通常表明,该科研成果走在了世界科学研究的最前沿,并有可能对未来科学的发展起到关键性作用。此消息一经媒体爆出,在站内引起站内相关专业人士的热议。
国内科研水平不得了了,河北科技大学在Nature Biotechnoligy发表重要成果
http://mitbbs.com/article_t/Faculty/31803583.html
感觉韩春雨做科研的境界比颜宁高
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32019973.html
二、实验结果被质疑
1.一般来说Ago蛋白C端加tag,无论是来自于那个物种,蛋白就没有活性了,主要由Ago蛋白自身结构folding决定。文中用的几个construct,好像只有1-2个C端是没有tag的。那么,用C端带tag的Ago作出的实验,是否有意义呢?当然,不能够排除NgAgo本身特殊,能够tolerate C端tag,只是从预测的结构上讲,可能性很小。
2.Ago催化酶切的核心domain实际是一个RNaseH fold,催化cleavage时应该结合双链(无论DNA或RNA),而双链其中一个是guide,另外一个是target。我无法想象gDNAguided NgAgo是如何切割双链DNA的。文章开始用2个guide,也许还有些道理(说不定细胞DNA会有瞬时的单链状态);后来直接上一个guide也能行,确实比较神奇。当然,不能够排除NgAgo本身特殊,就是能够切双链,只是从其类似蛋白结构上讲,可能性很小。
3.文章说如果同时转入Ago表达质粒和gDNA,就能行。如果先转Ago质粒,8小时候再转gDNA,就不行。这里我无法理解。难道先转Ago质粒8小时候,这个质粒就不表达了?如果继续表达,那8小时候再加gDNA跟同时一起转细胞又有什么区别呢?难道transfection效率太低,以至于2次transfect的东西无法进入同一细胞,因而不行?至少从这个角度来讲,文章的一个主要figure的结果有点奇怪。
4. Minor points:文章用bacteria codon 的construct在真核细胞表达蛋白,能有表达真心不容易。如果用humanized codon,效果岂不更好?文末作者declare nofinancial interest,如果这个东西将来有大用途了,还不能有专利呀,太失策了。
纯从science角度分析一下韩春雨的文章
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32021669.html
韩春雨的NgAgo效率怎么样?有人试过么?
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32022589.html
韩春雨的NgAgo版上同志们进展如何
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32025033.html
方舟子:韩春雨"诺贝尔奖级"实验的重复性问题. 附韩答复
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32026229.html
Ng-Ago 重复进展(集合贴)
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32025503.html
三、重复证明结果
一位朋友最近在和韩老师交流,他只上国内虎扑不上MITBBS,所以我征得他同意发到这里,希望对正在重复这个实验的各位有所帮助。
for 24 well plate, 300ng NgAgo expression plasmid, 30-40ng GFP-N1, 200-500ng 5'P ssDNA guide----co-transfection. after 24 hours, detect GFP expressionunder fluorescnet microscopy. do not use electric trasnfection. NgAgo canremove 24bp from target, we suggest you do silver stain PAGE to observ T7E1results; the "Protocol of NgAgo/gDNA-mediated genome editing and examination(T7E1 assay) and a representative experiment" in ONLINE METHODS is veryhelpful! good luck!
韩春雨老师给的实验建议
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32025735.html
韩春雨在985贴吧发言了?
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32025929.html
韩春雨说的可控的事情可否理解为可以操控?
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32027677.html
四、实验带来的疑问
国内知识产权形势比较复杂,自我保护意识都比较强。我老自己原来博士老板,985学校,搞出来个新东西,写课题和项目的时候,特意嘱咐我师兄把关键蛋白写成别的,比如说本来是Cdc42,就给写成Cdc47。
相信我,这不是个例,在国内混的都得会这一手。当然,韩这个已经不是课题,而是发表在著名公共期刊上的文章了,肯定不能写错太明显,那么很可能就会在一些protocol上动手脚。仅供参考。
我来说一下NgAgo
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拜读韩春雨的论文
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32028409.html
看看老外怎么评价韩春雨的NgAgo
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32028447.html
NgAgo文章里Fig S4的NgAgo染色是怎么拿到的
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32028491.html
五、被质疑的科学家
到目前为止,所谓的仇子龙看到了Indel,根本无法证明那个是NgAgo引起的,有常识的做过测序的人都知道,即使你拿同一个样品去测一百遍,你肯定会在其中的少许几个测序结果中发现会有所谓的indel,这种indel不是真实的indel,而只是测序本身带有的误差(这个是很正常的,喷子喷之前请先做功课)。要想证明NgAgo具有基因组层面的编辑功能,请参照CRISPR-Cas9的检测标准。搞了这么久,韩春雨所谓的全国20个实验室重复出来,原来是这种重复结果,真的令人觉得可笑。现在应该是时候给杂志社写comment了。
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韩文到底有没有被重复?
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关于韩春雨是否造假,个人看法
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六、实验证明
《自然》调查员戴维的访谈报告是亲自调查的结果吗?
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32043485.html
仇子龙的申明中说他们实验室用韩春雨的NgAgo在293细胞中看到测
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32070491.html
韩春雨回应质疑:对重复实验充满信心
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【记录历史】谁重复验证了NgAgo?韩春雨回应论文遭质疑:我们实验室已重复很多次
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