B*******c
发帖数: 5056 | 1 电脑的运算，是极其简单的semi-conduction原理；数据的储存，涉及一点儿电磁转换
，仅此而已。
电脑工作的所有过程，都是人为设定的，哪有什么学不会的道理？
而生物体极其复杂、庞大、神秘，造物主的心思很难理解，现在仅仅弄明白了九牛一毛。
一部分生物学家利用现有知识，致力于制造生物计算机。过些日子，码工们都要学习杀
老鼠、养细胞、补课《分子生物学》和4进制（DNA有4种碱基类型） |
C**********e
发帖数: 23303 | 2 是的
所以 哥 早就说了
千老转码工 赚钱分分钟
早吃半年粮 土鸡变凤凰 |
n********g
发帖数: 6504 | 3 你这太复杂我智商不够搞不懂。有没有只点鼠标的solution
毛。
【在 B*******c 的大作中提到】
: 电脑的运算，是极其简单的semi-conduction原理；数据的储存，涉及一点儿电磁转换
: ，仅此而已。
: 电脑工作的所有过程，都是人为设定的，哪有什么学不会的道理？
: 而生物体极其复杂、庞大、神秘，造物主的心思很难理解，现在仅仅弄明白了九牛一毛。
: 一部分生物学家利用现有知识，致力于制造生物计算机。过些日子，码工们都要学习杀
: 老鼠、养细胞、补课《分子生物学》和4进制（DNA有4种碱基类型）
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S******8
发帖数: 24594 | |
xt
发帖数: 17532 | 5 我看也是。码工现在穷得只剩下钱了，还是生物学更有前途。
毛。
【在 B*******c 的大作中提到】
: 电脑的运算，是极其简单的semi-conduction原理；数据的储存，涉及一点儿电磁转换
: ，仅此而已。
: 电脑工作的所有过程，都是人为设定的，哪有什么学不会的道理？
: 而生物体极其复杂、庞大、神秘，造物主的心思很难理解，现在仅仅弄明白了九牛一毛。
: 一部分生物学家利用现有知识，致力于制造生物计算机。过些日子，码工们都要学习杀
: 老鼠、养细胞、补课《分子生物学》和4进制（DNA有4种碱基类型）
|
B*******c
发帖数: 5056 | 6 您老放心，底层的设计由生物学家来做，
最终呈现给码工来操作的界面，像开车一样简单。
【在 n********g 的大作中提到】
: 你这太复杂我智商不够搞不懂。有没有只点鼠标的solution
:
: 毛。
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m***a
发帖数: 13878 | 7 生物搞到最后也就是码工的活，把dna打散了重新编 |
n********g
发帖数: 6504 | 8 那岂不是做算法的不如做PPT的？
【在 B*******c 的大作中提到】
: 您老放心，底层的设计由生物学家来做，
: 最终呈现给码工来操作的界面，像开车一样简单。
|
m**i
发帖数: 9848 | 9 只要数据是随机的，马公产生的东西也是随机的啊。
毛。
【在 B*******c 的大作中提到】
: 电脑的运算，是极其简单的semi-conduction原理；数据的储存，涉及一点儿电磁转换
: ，仅此而已。
: 电脑工作的所有过程，都是人为设定的，哪有什么学不会的道理？
: 而生物体极其复杂、庞大、神秘，造物主的心思很难理解，现在仅仅弄明白了九牛一毛。
: 一部分生物学家利用现有知识，致力于制造生物计算机。过些日子，码工们都要学习杀
: 老鼠、养细胞、补课《分子生物学》和4进制（DNA有4种碱基类型）
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B*******c
发帖数: 5056 | 10 这位码工说得好，有调教的可能。
现在的计算机建立在电磁的基础上，生物计算机建立在DNA反应的基础上
【在 m***a 的大作中提到】
: 生物搞到最后也就是码工的活，把dna打散了重新编
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C*******y
发帖数: 1160 | 11 什么行业做到高精尖都是难于上青天，智商不高的记忆力不好的都你妈哪凉辉儿哪歇着
去吧 |
B*******c
发帖数: 5056 | 12 码工本来就是一个司机的角色，设计制造汽车的工程师才算真牛逼。
可笑的是，司机们喜欢吹嘘自己除了开车，还会换轮胎、还会加机油，所以自己也牛逼。
【在 n********g 的大作中提到】
: 那岂不是做算法的不如做PPT的？
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c****3
发帖数: 10787 | 13 电脑是我们人类设计的，所以所有事情都是在控制之内，非常清晰。
生物体不知道是谁设计的，或者学生物的根本不承认这是设计的。
最后DNA是布朗运动产生的，还是设计的，都搞不清，两个方向，是完全不同的路，能
不混乱吗
毛。
【在 B*******c 的大作中提到】
: 电脑的运算，是极其简单的semi-conduction原理；数据的储存，涉及一点儿电磁转换
: ，仅此而已。
: 电脑工作的所有过程，都是人为设定的，哪有什么学不会的道理？
: 而生物体极其复杂、庞大、神秘，造物主的心思很难理解，现在仅仅弄明白了九牛一毛。
: 一部分生物学家利用现有知识，致力于制造生物计算机。过些日子，码工们都要学习杀
: 老鼠、养细胞、补课《分子生物学》和4进制（DNA有4种碱基类型）
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B*******c
发帖数: 5056 | 14 具体原理已经超越了码工的智商，所以还是不要杞人忧天，等着被training就好了。
【在 c****3 的大作中提到】
: 电脑是我们人类设计的，所以所有事情都是在控制之内，非常清晰。
: 生物体不知道是谁设计的，或者学生物的根本不承认这是设计的。
: 最后DNA是布朗运动产生的，还是设计的，都搞不清，两个方向，是完全不同的路，能
: 不混乱吗
:
: 毛。
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b*w
发帖数: 14917 | |
c****3
发帖数: 10787 | 16 一方面发现DNA有明显编码规律，又不肯承认是码工设计的，说是一系列随机事件产生
的。
一方面又试图去编码DNA，等于变相承认是有明显码工设计规律。
从学生物的自相矛盾的思维，就知道生物是个大火坑。
【在 B*******c 的大作中提到】
: 具体原理已经超越了码工的智商，所以还是不要杞人忧天，等着被training就好了。
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m**i
发帖数: 9848 | 17 本来就不如。
做ppt的就是front office，最牛比的。
【在 n********g 的大作中提到】
: 那岂不是做算法的不如做PPT的？
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w*******e
发帖数: 15912 | 18 确实，爱因斯坦花10年创立的广义相对论够天才够NB了吧，可跟复杂的生物系统比，太
简单了。让老爱去研究生物，可能成就还不如王晓东和11工。
毛。
【在 B*******c 的大作中提到】
: 电脑的运算，是极其简单的semi-conduction原理；数据的储存，涉及一点儿电磁转换
: ，仅此而已。
: 电脑工作的所有过程，都是人为设定的，哪有什么学不会的道理？
: 而生物体极其复杂、庞大、神秘，造物主的心思很难理解，现在仅仅弄明白了九牛一毛。
: 一部分生物学家利用现有知识，致力于制造生物计算机。过些日子，码工们都要学习杀
: 老鼠、养细胞、补课《分子生物学》和4进制（DNA有4种碱基类型）
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B*******c
发帖数: 5056 | 19 这位码工挺可悲的，思维已经完全被固化，眼里除了编码，什么都没有。
生物学家从来没有否认DNA是编码的，但不仅仅是编码。你先虚拟一个本来就不存在的
风车，然后奋力拼杀，然后宣布自己赢了。
生物计算机相比低级的电子计算机，有很多advantages
对此我们会制定通俗易懂的training教材，帮助众码工顺利完成转岗就业培训。
我们郑重承诺：绝不轻易放弃任何一个码工。
【在 c****3 的大作中提到】
: 一方面发现DNA有明显编码规律，又不肯承认是码工设计的，说是一系列随机事件产生
: 的。
: 一方面又试图去编码DNA，等于变相承认是有明显码工设计规律。
: 从学生物的自相矛盾的思维，就知道生物是个大火坑。
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L*********2
发帖数: 10195 | 20 神马食物计算机，50-100年以后再说吧。
【在 B*******c 的大作中提到】
: 这位码工挺可悲的，思维已经完全被固化，眼里除了编码，什么都没有。
: 生物学家从来没有否认DNA是编码的，但不仅仅是编码。你先虚拟一个本来就不存在的
: 风车，然后奋力拼杀，然后宣布自己赢了。
: 生物计算机相比低级的电子计算机，有很多advantages
: 对此我们会制定通俗易懂的training教材，帮助众码工顺利完成转岗就业培训。
: 我们郑重承诺：绝不轻易放弃任何一个码工。
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c****3
发帖数: 10787 | 21 码工有啥风车需要虚拟，计算机怎么回事清清楚楚。
虚拟风车的是你们自己。谁也不知道生物DNA，和里面超级复杂的生物编码是从那里来
的，是你们自己上来就肯定，这是一系列随机事件产生的。
【在 B*******c 的大作中提到】
: 这位码工挺可悲的，思维已经完全被固化，眼里除了编码，什么都没有。
: 生物学家从来没有否认DNA是编码的，但不仅仅是编码。你先虚拟一个本来就不存在的
: 风车，然后奋力拼杀，然后宣布自己赢了。
: 生物计算机相比低级的电子计算机，有很多advantages
: 对此我们会制定通俗易懂的training教材，帮助众码工顺利完成转岗就业培训。
: 我们郑重承诺：绝不轻易放弃任何一个码工。
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B*******c
发帖数: 5056 | 22 你还proud of你的低级、弱智
【在 c****3 的大作中提到】
: 码工有啥风车需要虚拟，计算机怎么回事清清楚楚。
: 虚拟风车的是你们自己。谁也不知道生物DNA，和里面超级复杂的生物编码是从那里来
: 的，是你们自己上来就肯定，这是一系列随机事件产生的。
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c****3
发帖数: 10787 | 23 别生气，码工是实用主义。
从实用主义的观点，你们太理想主义了，敢相信没有充足证据， 没法重复，也没有亲
眼见过的事情。还把人生前途赌在这些信仰上，也不怕被人带错路，这点码工是不敢。
【在 B*******c 的大作中提到】
: 你还proud of你的低级、弱智
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n*******4
发帖数: 2285 | 24 我看马工和鼠工的还是不要相互踩菇了。二十一世纪既是马工的世纪也是鼠工的世纪，
归根结底是马鼠工的世纪，也就是二者结合的世纪！也许上半世纪归马工多一点，下半
世纪归鼠工多一点。但鼠工要彻底揭开生命的奥秘是离不开马工滴，因为生命在本质上
还是一个高度发达的信息处理和调控的机器，也就是说细胞就是一个计算机，只是我们
还搞不太懂的计算机，有自己的操作系统。所以大家可以多交流交流。
【在 B*******c 的大作中提到】
: 你还proud of你的低级、弱智
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B*******c
发帖数: 5056 | 25 图灵后期一直致力于数理生物学，却被你们这些循规蹈矩的世俗主义者迫害致死。
Pattern formation and mathematical biology
Turing worked from 1952 until his death in 1954 on mathematical biology,
specifically morphogenesis. He published one paper on the subject called The
Chemical Basis of Morphogenesis in 1952, putting forth the Turing
hypothesis of pattern formation[96][97] (the theory was experimentally
confirmed 60 years after his death[98] ). His central interest in the field
was understanding Fibonacci phyllotaxis, the existence of Fibonacci numbers
in plant structures.[99] He used reaction–diffusion equations which are
central to the field of pattern formation. Later papers went unpublished
until 1992 when Collected Works of A.M. Turing was published. His
contribution is considered a seminal piece of work in this field.[100]
Removal of Hox genes causes an increased number of digits (up to 14) in mice
, demonstrating a Turing-type mechanism in the development of the hand.[101]
。
【在 c****3 的大作中提到】
: 别生气，码工是实用主义。
: 从实用主义的观点，你们太理想主义了，敢相信没有充足证据， 没法重复，也没有亲
: 眼见过的事情。还把人生前途赌在这些信仰上，也不怕被人带错路，这点码工是不敢。
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c****3
发帖数: 10787 | 26 计算机的人工智能问题，还等着你们生物千老，先搞清人的意识如何在那里产生，大脑
是如何工作的，才有可能。
The
field
numbers
【在 B*******c 的大作中提到】
: 图灵后期一直致力于数理生物学，却被你们这些循规蹈矩的世俗主义者迫害致死。
: Pattern formation and mathematical biology
: Turing worked from 1952 until his death in 1954 on mathematical biology,
: specifically morphogenesis. He published one paper on the subject called The
: Chemical Basis of Morphogenesis in 1952, putting forth the Turing
: hypothesis of pattern formation[96][97] (the theory was experimentally
: confirmed 60 years after his death[98] ). His central interest in the field
: was understanding Fibonacci phyllotaxis, the existence of Fibonacci numbers
: in plant structures.[99] He used reaction–diffusion equations which are
: central to the field of pattern formation. Later papers went unpublished
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B*******c
发帖数: 5056 | 27 基本思路错误。
不要试图先弄明白所有机制。搞清楚一部分，设计出make sense的可利用系统就行。
一定要先拍出电子水平的显微视频，才有勇气去做二极管吗？
【在 c****3 的大作中提到】
: 计算机的人工智能问题，还等着你们生物千老，先搞清人的意识如何在那里产生，大脑
: 是如何工作的，才有可能。
:
: The
: field
: numbers
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i***a
发帖数: 4718 | 28 programmable 也是生物领域的追求。
【在 n*******4 的大作中提到】
: 我看马工和鼠工的还是不要相互踩菇了。二十一世纪既是马工的世纪也是鼠工的世纪，
: 归根结底是马鼠工的世纪，也就是二者结合的世纪！也许上半世纪归马工多一点，下半
: 世纪归鼠工多一点。但鼠工要彻底揭开生命的奥秘是离不开马工滴，因为生命在本质上
: 还是一个高度发达的信息处理和调控的机器，也就是说细胞就是一个计算机，只是我们
: 还搞不太懂的计算机，有自己的操作系统。所以大家可以多交流交流。
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x****6
发帖数: 4339 | 29 尼玛遗传算法什么时候变成马工发明的，John holland明明是把进化论里的那一套搬到
计算机领域的好吧。
【在 b*w 的大作中提到】
: 码公发明的遗传算法，进化演算还是挺牛逼的
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c****3
发帖数: 10787 | 30 勇气是可以有，但是做的出做不出是另一回事。人工智能，码农总是觉得容易，总是做
不出。拍终结者电影到现在都超过30年了，电影里的地球毁灭日是1998年，现在电脑还
是不能理解处理内容，就是用概率猜，现在猜中几率被提高了，但和电脑能理解内容，
有本质区别。
还是得靠千老研究出人的智能机理。不模仿人的机理，就是发明另一种新方法，挑战上
帝的方法，难度超大。
【在 B*******c 的大作中提到】
: 基本思路错误。
: 不要试图先弄明白所有机制。搞清楚一部分，设计出make sense的可利用系统就行。
: 一定要先拍出电子水平的显微视频，才有勇气去做二极管吗？
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x****6
发帖数: 4339 | 31 不同意楼主的观点。
研究生物的主要意义不是用生物来编程。现在搞DNA编程的比如eric winfree和他老婆
钱露露，基本上玩的是概念，proof of principle。dna毕竟是大分子化合物，要精确
而大规模的操控起来太难，跟电脑0，1电子开关比起来差太远。
个人认为，研究生物的意义在于理解复杂系统。从大分子的self-organization到人类
的社会行为。从生物里学习到的规律，最后还是要用计算机来模拟和运算，来帮助我们
设计产品。
当然也有直接改造生物来为我们服务的，我们吃的乳制品就是生物工程的产物；现在也
有人开始通过改造高等生物细胞来治病了，比如ips,t细胞疗法。但是这跟计算机编程
没什么关系。 |
t********t
发帖数: 1070 | 32 在码工们学习杀老鼠和学习尿嘌呤之前，你已经天天在用码工写的操作系统 ，浏览器
，邮件软件，天天来这个码工写的网站，没有码工，你连骂电脑简单傻逼弱智都得靠吼
，你每天日本小电影都看不了，撸管都撸不成，人们只需要看到这些就够了，至于生物
体比电脑复杂多少或是千老懂不懂正则语言，懂不懂P和NP已经没那么重要了。而且，
世界上最富的人就是个码工，世界上市值最大的企业靠码工，亚洲最富的人也靠码工，
你每天打个电话，发个短信，看个黄色图片，查个个人隐私，去ATM取点钱，无一不靠
码工的劳动成果，而所有这一切与杀老鼠养细胞没半点关系。千老的意义是伟哥，一辈
子不吃都没有问题，码工的意义是水，一天不喝可能就会死，可伟哥却总觉得自己比水
重要，这就是码工跟千老的最本质的区别。
毛。
【在 B*******c 的大作中提到】
: 电脑的运算，是极其简单的semi-conduction原理；数据的储存，涉及一点儿电磁转换
: ，仅此而已。
: 电脑工作的所有过程，都是人为设定的，哪有什么学不会的道理？
: 而生物体极其复杂、庞大、神秘，造物主的心思很难理解，现在仅仅弄明白了九牛一毛。
: 一部分生物学家利用现有知识，致力于制造生物计算机。过些日子，码工们都要学习杀
: 老鼠、养细胞、补课《分子生物学》和4进制（DNA有4种碱基类型）
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n*******4
发帖数: 2285 | 33 DNA编程本人也不看好，炒了快二十来年了，没有什么实质性的突破和应用。现在超级
计算机都每秒亿亿次量级以上的计算能力，用DNA没优势，汤汤水水又麻烦，很难投入
实用。
我是认为到是新兴起的系统生物学（System Biology）可以借鉴很多计算机领域的概念
和分析方法。DNA， RNA，蛋白质实际可以看做是个软件系统。可以用上软件项目分析
的诸多方法。UML在生物过程模型分析领域有应用，但还很初级，不太得要领。
【在 x****6 的大作中提到】
: 不同意楼主的观点。
: 研究生物的主要意义不是用生物来编程。现在搞DNA编程的比如eric winfree和他老婆
: 钱露露，基本上玩的是概念，proof of principle。dna毕竟是大分子化合物，要精确
: 而大规模的操控起来太难，跟电脑0，1电子开关比起来差太远。
: 个人认为，研究生物的意义在于理解复杂系统。从大分子的self-organization到人类
: 的社会行为。从生物里学习到的规律，最后还是要用计算机来模拟和运算，来帮助我们
: 设计产品。
: 当然也有直接改造生物来为我们服务的，我们吃的乳制品就是生物工程的产物；现在也
: 有人开始通过改造高等生物细胞来治病了，比如ips,t细胞疗法。但是这跟计算机编程
: 没什么关系。
|
x****6
发帖数: 4339 | 34 基本同意你的观点，但是我对系统生物学在期待中仍有很大的保守。我自己的一个项目
其实就是关于系统生物学的。
现在也已经有一批主要是物理背景的生物学家开始研究并且改造生物编程了。前者叫系
统生物学，后者叫合成生物学。但是用工程、物理里的原则，比如优化模型，来套生物
，确实可以有一些insight。但是还很片面。最根本的原因是优化模型、动态系统等都
蕴含简单的目的论的假设，就是这个系统、结构是来实现某个功能的。但是从生物的角
度，更具体说是进化的角度，模型假设的因果关系过于简单。毕竟进化关心的不是优化
那个功能，而是物种的生存。个体的功能顶多是这个大方向下的一个小部分。
【在 n*******4 的大作中提到】
: DNA编程本人也不看好，炒了快二十来年了，没有什么实质性的突破和应用。现在超级
: 计算机都每秒亿亿次量级以上的计算能力，用DNA没优势，汤汤水水又麻烦，很难投入
: 实用。
: 我是认为到是新兴起的系统生物学（System Biology）可以借鉴很多计算机领域的概念
: 和分析方法。DNA， RNA，蛋白质实际可以看做是个软件系统。可以用上软件项目分析
: 的诸多方法。UML在生物过程模型分析领域有应用，但还很初级，不太得要领。
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n*******4
发帖数: 2285 | 35 倒也不奇怪，物理学的经典分析方法就是先建立简化模型，质点，刚体，理想气体啥的
，才好上数学，上微分方程，好计算，不然一下子因素太多无从下手。这之后再把多种
简单模型重合，逐步逼近真实模型。物理学家介入生物，比如生物物理，就是这个思路。
问题是生物体很多重要过程不是连续量微分方程性质的，而是离散，是信息性的，比如
中心法则，比如基因表达的多元控制等，是多因素同时作用的复杂控制，用软件模型可
能比微分方程更好捕捉过程实质。在物理力学中，N-体问题是个困难的问题。但在软件
中，大量因素同时作用则是家常便饭的。软件是专门处理复杂性的，而不是简单模型数
量化。也许生物复杂更多复杂在软件，而不是微分方程的多重组合。所以需要新的思路。
【在 x****6 的大作中提到】
: 基本同意你的观点，但是我对系统生物学在期待中仍有很大的保守。我自己的一个项目
: 其实就是关于系统生物学的。
: 现在也已经有一批主要是物理背景的生物学家开始研究并且改造生物编程了。前者叫系
: 统生物学，后者叫合成生物学。但是用工程、物理里的原则，比如优化模型，来套生物
: ，确实可以有一些insight。但是还很片面。最根本的原因是优化模型、动态系统等都
: 蕴含简单的目的论的假设，就是这个系统、结构是来实现某个功能的。但是从生物的角
: 度，更具体说是进化的角度，模型假设的因果关系过于简单。毕竟进化关心的不是优化
: 那个功能，而是物种的生存。个体的功能顶多是这个大方向下的一个小部分。
|
x****6
发帖数: 4339 | 36 你说得非常对。现在其实还没与一个好的数学语言来描述生物，我跟很多搞计量生物学
的物理学家也聊过，大家的共识就是目前还没有共识：适合于描述生物的数学还没有被
找到，有可能生物现象能够启发对新的数学语言的创造。
另外一个难点就是绝大多数的生命现象是远离均衡点的，non-equilibrium
statistical mechanics其实是和生物最相关的物理分支，但是物理学家对这个话题了
解得也不多。
我赞同你的说法：以微分方程为基础的模型在生物上的应用有很大局限性，例外是SDE
，问题是这门数学分支也还没有完善，很多分析只能基于最简单的假设，比如白噪音。
可能更好的思路是cellular automaton那样的模拟。虽然没有分析解，但是可以通过大
规模模拟exhaust parameter space.进而获得统计规律。
路。
路。
【在 n*******4 的大作中提到】
: 倒也不奇怪，物理学的经典分析方法就是先建立简化模型，质点，刚体，理想气体啥的
: ，才好上数学，上微分方程，好计算，不然一下子因素太多无从下手。这之后再把多种
: 简单模型重合，逐步逼近真实模型。物理学家介入生物，比如生物物理，就是这个思路。
: 问题是生物体很多重要过程不是连续量微分方程性质的，而是离散，是信息性的，比如
: 中心法则，比如基因表达的多元控制等，是多因素同时作用的复杂控制，用软件模型可
: 能比微分方程更好捕捉过程实质。在物理力学中，N-体问题是个困难的问题。但在软件
: 中，大量因素同时作用则是家常便饭的。软件是专门处理复杂性的，而不是简单模型数
: 量化。也许生物复杂更多复杂在软件，而不是微分方程的多重组合。所以需要新的思路。
|
j*****p
发帖数: 24000 | 37 生物体4个碱基对，相当于四进制
电脑二进制，明显落后多了
E.Coli基因的一个简单的自我复制机制就非常牛逼了 |
f*******9
发帖数: 74 | 38 恕我不知，随机微分方程(SDE)能用在大而刚性的系统里吗，有成熟的数值解法吗？比
如好几十好几百的联立方程组，然后特别刚性那种，这在常微分里面就有很成熟的解法
。近年Nature,PNAS等发的生物随机微分方程好像都是小模型，几个方程，都是很容易
模拟的。
SDE
【在 x****6 的大作中提到】
: 你说得非常对。现在其实还没与一个好的数学语言来描述生物，我跟很多搞计量生物学
: 的物理学家也聊过，大家的共识就是目前还没有共识：适合于描述生物的数学还没有被
: 找到，有可能生物现象能够启发对新的数学语言的创造。
: 另外一个难点就是绝大多数的生命现象是远离均衡点的，non-equilibrium
: statistical mechanics其实是和生物最相关的物理分支，但是物理学家对这个话题了
: 解得也不多。
: 我赞同你的说法：以微分方程为基础的模型在生物上的应用有很大局限性，例外是SDE
: ，问题是这门数学分支也还没有完善，很多分析只能基于最简单的假设，比如白噪音。
: 可能更好的思路是cellular automaton那样的模拟。虽然没有分析解，但是可以通过大
: 规模模拟exhaust parameter space.进而获得统计规律。
|
n*******4
发帖数: 2285 | 39 谢谢你的理解和赞同。关于“适合于描述生物的数学”，我想生物系统控制的高度精准
，比如同卵双胞胎发育的如此相像，这意味着这一控制过程很大程度应是类数字化的（
digital like），而主要不是类模拟的。中心法则是高度数字化的这已是广为人知的了
，说明生物的基础的遗传信息的调控是数字化的，那为什么它的其他的高等功能的控制
就不能是数字化，软件化的，而一定是微分方程性质的呢？其实一个计算机的芯片工作
过程也可以用微分方程或我们中学学的模拟电路方程来描述，但就会变得无穷复杂，不
是他的本征描述， 许多不必要的细节掩盖了它的主要实质过程。所以我想这个正在寻
找的“适合于描述生物的数学”更可能是一种数字化软件描述。至少有这么一个Aspect，
现在软件开发不是时兴AOP吗--Aspect Oriented Programming.
SDE
【在 x****6 的大作中提到】
: 你说得非常对。现在其实还没与一个好的数学语言来描述生物，我跟很多搞计量生物学
: 的物理学家也聊过，大家的共识就是目前还没有共识：适合于描述生物的数学还没有被
: 找到，有可能生物现象能够启发对新的数学语言的创造。
: 另外一个难点就是绝大多数的生命现象是远离均衡点的，non-equilibrium
: statistical mechanics其实是和生物最相关的物理分支，但是物理学家对这个话题了
: 解得也不多。
: 我赞同你的说法：以微分方程为基础的模型在生物上的应用有很大局限性，例外是SDE
: ，问题是这门数学分支也还没有完善，很多分析只能基于最简单的假设，比如白噪音。
: 可能更好的思路是cellular automaton那样的模拟。虽然没有分析解，但是可以通过大
: 规模模拟exhaust parameter space.进而获得统计规律。
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c****3
发帖数: 10787 | 40 和你说一个角度，你别拍砖，不过你如果不是学数学的，就不会拍砖。
生物体从工程的角度看，符合人类工程产品的全部特征，精确，能自我修复，有冗余，
各个部位协调有序。只不过复杂和先进程度，超过先有所有产品，而且能在不可控环境
工作。
工程产品很难拿数学去描述的，就算人类自己设计的，哪怕是小孩最简单的LEGO玩具，
你都没法找到数学规律。但是这些部件组合在一起，就是协调有序。
【在 n*******4 的大作中提到】
: 谢谢你的理解和赞同。关于“适合于描述生物的数学”，我想生物系统控制的高度精准
: ，比如同卵双胞胎发育的如此相像，这意味着这一控制过程很大程度应是类数字化的（
: digital like），而主要不是类模拟的。中心法则是高度数字化的这已是广为人知的了
: ，说明生物的基础的遗传信息的调控是数字化的，那为什么它的其他的高等功能的控制
: 就不能是数字化，软件化的，而一定是微分方程性质的呢？其实一个计算机的芯片工作
: 过程也可以用微分方程或我们中学学的模拟电路方程来描述，但就会变得无穷复杂，不
: 是他的本征描述， 许多不必要的细节掩盖了它的主要实质过程。所以我想这个正在寻
: 找的“适合于描述生物的数学”更可能是一种数字化软件描述。至少有这么一个Aspect，
: 现在软件开发不是时兴AOP吗--Aspect Oriented Programming.
:
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n*******4
发帖数: 2285 | 41 大家学的，搞的专业方向经历不同，正好在菌斑交流一下，彼此取长补短，机会难得，
用不着谁拍谁的。
的确大部分的工程产品结构和功能都难于用纯数学公式方程从基本原理出发全部合理描
述，只有部分过程可以近似描述。既使可以也是极不经济的，不是本征的。比如所用物
体都遵从理论力学，电动力学，量子力学，但边界条件，相互作用都无穷复杂，无人，
无机器在有限时间能解，也就没用。但是用计算机经模型简化数字化描述则是可行的，
经济的。现在一个波音777， 787的全部元部件都可以计算机数字化描述，模拟。设计
可以完全数字化。归根结底，工程性数字化描述，是比纯数学公式方程描述更灵活，更
普适的一种描述方法，做了更多中间假设简化，以及直接使用应用领域的概念模型（OO
）。这里一个特例就是protein folding，现在就是试图用纯数学公式方程从基本原理
出发全部描述，但很难，一个几百个氨基酸的protein超级计算机算一年，得出的模型
和实际的还是有不少差距。protein folding实际上就是个分子层次上fancy的LEGO。
【在 c****3 的大作中提到】
: 和你说一个角度，你别拍砖，不过你如果不是学数学的，就不会拍砖。
: 生物体从工程的角度看，符合人类工程产品的全部特征，精确，能自我修复，有冗余，
: 各个部位协调有序。只不过复杂和先进程度，超过先有所有产品，而且能在不可控环境
: 工作。
: 工程产品很难拿数学去描述的，就算人类自己设计的，哪怕是小孩最简单的LEGO玩具，
: 你都没法找到数学规律。但是这些部件组合在一起，就是协调有序。
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c****3
发帖数: 10787 | 42 做过工程就知道，对未知工程产品，想要了解，最直接了当的方法就是方向工程。
当然如果这个工程产品，是基于数学设计的，你可能还需要了解其中的算法和公式，才
能反向工程，这是指人类设计的导弹，飞机之类的产品。因为人类是用数学做工程辅助
工具，设计这些的。
生物体，有相当多符合工程产品的特性，但是这个产品是不是基于数学设计的，或者上
帝根本不用数学设计生物体，有其他我们现在未知的工具和方法，谁知道。如果不是，
搞数学描述，就变成缘木求鱼了。
说这些你不拍砖，可能还有其他人拍砖，因为科学家相信数学这个工具。虽然数学这个
工具，发明主要只是为了辅助工程设计，但现在不知道什么时候，变成研究未知世界的
方法了。还是人类太相信这个世界就是依照数学设计的，包括生物体。
OO
【在 n*******4 的大作中提到】
: 大家学的，搞的专业方向经历不同，正好在菌斑交流一下，彼此取长补短，机会难得，
: 用不着谁拍谁的。
: 的确大部分的工程产品结构和功能都难于用纯数学公式方程从基本原理出发全部合理描
: 述，只有部分过程可以近似描述。既使可以也是极不经济的，不是本征的。比如所用物
: 体都遵从理论力学，电动力学，量子力学，但边界条件，相互作用都无穷复杂，无人，
: 无机器在有限时间能解，也就没用。但是用计算机经模型简化数字化描述则是可行的，
: 经济的。现在一个波音777， 787的全部元部件都可以计算机数字化描述，模拟。设计
: 可以完全数字化。归根结底，工程性数字化描述，是比纯数学公式方程描述更灵活，更
: 普适的一种描述方法，做了更多中间假设简化，以及直接使用应用领域的概念模型（OO
: ）。这里一个特例就是protein folding，现在就是试图用纯数学公式方程从基本原理
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x****6
发帖数: 4339 | 43 据我所知，SDE现在只能在最简单的系统，比如假设白噪音、顶多加一点简单的反馈，
一两个方程式，能进行比较全面的分析。
那说的那种是不可能的。甚至连numerical simulation都不太可能。
即使是那些小模型，分析起来可以说也是a matter of taste。不同的人分析的途径不
应，做的近似不一样，出的结果都有可能有差别。
SDE在数学上都还没有取得太大的突破。
【在 f*******9 的大作中提到】
: 恕我不知，随机微分方程(SDE)能用在大而刚性的系统里吗，有成熟的数值解法吗？比
: 如好几十好几百的联立方程组，然后特别刚性那种，这在常微分里面就有很成熟的解法
: 。近年Nature,PNAS等发的生物随机微分方程好像都是小模型，几个方程，都是很容易
: 模拟的。
:
: SDE
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x****6
发帖数: 4339 | 44 关于数字化和类模拟的区别。我所知道的例子是两者都有，都很重要。
前者主要是由多个层次的反馈来实现的，用动态系统的语言来说就是生命现象，比如细
胞周期，是一个多稳态系统，细胞内部和外部环境一系列交互作用产生的信号推动细胞
在不同稳态中转换。有人用Phenotypic landscape来刻画，我觉得是一个很好的理解方
式。
而单个反馈的具体实现是类模拟的。毕竟生化反应在很大程度上还是遵循mass
reaction的规律的。
Aspect，
【在 n*******4 的大作中提到】
: 谢谢你的理解和赞同。关于“适合于描述生物的数学”，我想生物系统控制的高度精准
: ，比如同卵双胞胎发育的如此相像，这意味着这一控制过程很大程度应是类数字化的（
: digital like），而主要不是类模拟的。中心法则是高度数字化的这已是广为人知的了
: ，说明生物的基础的遗传信息的调控是数字化的，那为什么它的其他的高等功能的控制
: 就不能是数字化，软件化的，而一定是微分方程性质的呢？其实一个计算机的芯片工作
: 过程也可以用微分方程或我们中学学的模拟电路方程来描述，但就会变得无穷复杂，不
: 是他的本征描述， 许多不必要的细节掩盖了它的主要实质过程。所以我想这个正在寻
: 找的“适合于描述生物的数学”更可能是一种数字化软件描述。至少有这么一个Aspect，
: 现在软件开发不是时兴AOP吗--Aspect Oriented Programming.
:
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x****6
发帖数: 4339 | 45 有些数学在生物上应用还是很合适的，比如布尔数学。
我认为数学之于生物的意义不在于精确刻画，而在于提供直觉，那么建模的时候必定要
高度简化和做假设，这个过程其实考验的是科学家对研究对象的理解。
要精确刻画，用模拟，Machine learning。虽然它们提供的是一个黑匣子，机制不明。
【在 c****3 的大作中提到】
: 做过工程就知道，对未知工程产品，想要了解，最直接了当的方法就是方向工程。
: 当然如果这个工程产品，是基于数学设计的，你可能还需要了解其中的算法和公式，才
: 能反向工程，这是指人类设计的导弹，飞机之类的产品。因为人类是用数学做工程辅助
: 工具，设计这些的。
: 生物体，有相当多符合工程产品的特性，但是这个产品是不是基于数学设计的，或者上
: 帝根本不用数学设计生物体，有其他我们现在未知的工具和方法，谁知道。如果不是，
: 搞数学描述，就变成缘木求鱼了。
: 说这些你不拍砖，可能还有其他人拍砖，因为科学家相信数学这个工具。虽然数学这个
: 工具，发明主要只是为了辅助工程设计，但现在不知道什么时候，变成研究未知世界的
: 方法了。还是人类太相信这个世界就是依照数学设计的，包括生物体。
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c****3
发帖数: 10787 | 46 如果认同生物体具备工程产品的特性，那么必然存在设计思想，所有工程产品都有设计
思想。
但是搞反向工程的人，其实找的都是工程产品的设计思想，就是为什么是这样设计，而
不是那样设计。大方向正确之后，象敲牛皮糖一样，一点一点分析找到细节。如果大方
向搞错，就不会有结果。这里面有用的还是逻辑分析。
个人感觉，数学在生物里面的帮助，其实很有限的。你们自己搞生物的，可以想想过往
的例子，有哪些生物机制，是靠数学建模，分析出来里面原理的。
【在 x****6 的大作中提到】
: 有些数学在生物上应用还是很合适的，比如布尔数学。
: 我认为数学之于生物的意义不在于精确刻画，而在于提供直觉，那么建模的时候必定要
: 高度简化和做假设，这个过程其实考验的是科学家对研究对象的理解。
: 要精确刻画，用模拟，Machine learning。虽然它们提供的是一个黑匣子，机制不明。
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x****6
发帖数: 4339 | 47 发信人: xiao86 (xiao86), 信区: Military
标 题: Re: 和生物体相比，电脑工作原理极其简单、傻逼、弱智
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Dec 19 00:03:18 2014, 美东)
基本同意你的观点，但是我对系统生物学在期待中仍有很大的保守。我自己的一个项目
其实就是关于系统生物学的。
现在也已经有一批主要是物理背景的生物学家开始研究并且改造生物编程了。前者叫系
统生物学，后者叫合成生物学。但是用工程、物理里的原则，比如优化模型，来套生物
，确实可以有一些insight。但是还很片面。最根本的原因是优化模型、动态系统等都
蕴含简单的目的论的假设，就是这个系统、结构是来实现某个功能的。但是从生物的角
度，更具体说是进化的角度，模型假设的因果关系过于简单。毕竟进化关心的不是优化
那个功能，而是物种的生存。个体的功能顶多是这个大方向下的一个小部分。
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确实，数学之于生物，目前来讲，大多时候停留在confirm建模之前就有的一个理解。
属于景上添花。严重一点，circular reasoning。
不多的例外之一是 种群遗传学，现代进化论的核心。用它我们可以定量的解释物种之
间的亲缘关系。但是它不涉及最有意思的生命复杂现象。
但是开始有一些物理背景的人动手，巧妙的选择研究系统，从而实现像物理实验那样的
严谨性、并能预测。推动生物取得重大突破，应该是物理学家。
【在 c****3 的大作中提到】
: 如果认同生物体具备工程产品的特性，那么必然存在设计思想，所有工程产品都有设计
: 思想。
: 但是搞反向工程的人，其实找的都是工程产品的设计思想，就是为什么是这样设计，而
: 不是那样设计。大方向正确之后，象敲牛皮糖一样，一点一点分析找到细节。如果大方
: 向搞错，就不会有结果。这里面有用的还是逻辑分析。
: 个人感觉，数学在生物里面的帮助，其实很有限的。你们自己搞生物的，可以想想过往
: 的例子，有哪些生物机制，是靠数学建模，分析出来里面原理的。
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B*******c
发帖数: 5056 | 48 一个插科打诨的玩笑贴，没想到引来方家达人前来探讨，
真真羞煞我也。
不过能因此抛砖引玉，也是荣幸。
【在 x****6 的大作中提到】
: 发信人: xiao86 (xiao86), 信区: Military
: 标 题: Re: 和生物体相比，电脑工作原理极其简单、傻逼、弱智
: 发信站: BBS 未名空间站 (Fri Dec 19 00:03:18 2014, 美东)
: 基本同意你的观点，但是我对系统生物学在期待中仍有很大的保守。我自己的一个项目
: 其实就是关于系统生物学的。
: 现在也已经有一批主要是物理背景的生物学家开始研究并且改造生物编程了。前者叫系
: 统生物学，后者叫合成生物学。但是用工程、物理里的原则，比如优化模型，来套生物
: ，确实可以有一些insight。但是还很片面。最根本的原因是优化模型、动态系统等都
: 蕴含简单的目的论的假设，就是这个系统、结构是来实现某个功能的。但是从生物的角
: 度，更具体说是进化的角度，模型假设的因果关系过于简单。毕竟进化关心的不是优化
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x****6
发帖数: 4339 | 49 真正的达人是不会来这里灌水的。我个人只不过是不甘心的卢瑟罢了。
但是如果有一个平台能让大家一起交流，学术上的、职业上的，总是好的。特别是生物
这种雾里看花的学科。分支多、水又深，出坑的几率大。如果能够有可靠的信息帮助大
家在做决定之前对方向看得更清楚一些，那就是善莫大焉了。
【在 B*******c 的大作中提到】
: 一个插科打诨的玩笑贴，没想到引来方家达人前来探讨，
: 真真羞煞我也。
: 不过能因此抛砖引玉，也是荣幸。
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