有熟悉SAM：Significance Analysis of Microarrays？ - Statistics版 - 未名存档

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Statistics版 - 有熟悉SAM：Significance Analysis of Microarrays？

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c******x 发帖数: 350	1 门外汉，对于基因研究不太了解，但是希望把SMA的思想推广到自己的工作领域。主要是数据降维。方便的话PM。多谢。
Y****a 发帖数: 243	2 你是只gene expression还是gene sequencing？我也不是做基因的，几年前接触过一点点基因表达的分析。 gene expression的降维是基于一个生物上的fact：任何时候，任何组织，60%的基因是不表达的。所以在前期处理的时候，这50%-60%的data是可以当作噪音删除的，分析主要focus在另外40%表达的基因上。可以考虑 PCA - principal component analysis。一般可以显著降维。
c******x 发帖数: 350	3 我完全是门外汉，gene expression 和 sequencing是何区别？ PCA的话，按我的理解，虽然能够降维，但是并不考虑因变量和自变量之间的关系，所以不太适合在我的问题里。另外，我了解了一下，PLS也可以降维，但是好像不太有效率。所以想借鉴一下SAM等生物学里面降维的方法。【在 Y****a 的大作中提到】 : 你是只gene expression还是gene sequencing？ : 我也不是做基因的，几年前接触过一点点基因表达的分析。 : gene expression的降维是基于一个生物上的fact：任何时候，任何组织，60%的基因是 : 不表达的。所以在前期处理的时候，这50%-60%的data是可以当作噪音删除的，分析主 : 要focus在另外40%表达的基因上。 : 可以考虑 PCA - principal component analysis。一般可以显著降维。

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