M***u
发帖数: 165 | 1 大家认为密码子优化到底对基因的高水平表达到底有多大帮助？到底有没有帮助？
盲目地把所有的密码子一味地都用软件替换成高频率使用的非稀有密码子一定是正确的
做法吗？
实际上发现在很多高量表达的基因中也发现存在很多稀有密码子
做定向进化的时候也经常发现表达提高的突变子反而引入了一些稀有密码子
各位有何高见？
谢谢！ |
H*******i
发帖数: 196 | |
s******s
发帖数: 13035 | 3 传说中，只要不是太夸张的codon, 其实对蛋白表达影响不大
【在 M***u 的大作中提到】
: 大家认为密码子优化到底对基因的高水平表达到底有多大帮助？到底有没有帮助？
: 盲目地把所有的密码子一味地都用软件替换成高频率使用的非稀有密码子一定是正确的
: 做法吗？
: 实际上发现在很多高量表达的基因中也发现存在很多稀有密码子
: 做定向进化的时候也经常发现表达提高的突变子反而引入了一些稀有密码子
: 各位有何高见？
: 谢谢！
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i*****g
发帖数: 11893 | 4 搞不清楚，有时就1 倍的差异。对多数情况，是很可以不在乎的。
stratagene公司提供的个例，倒是有 0或1的区别， 这个时候不能不用了 |
q***7
发帖数: 144 | 5 记得文献说有时候变一两个关键的稀有密码子，可以增加上百倍的表达。因为稀有（相
对要表达的细胞来说的），所以在要表达的细胞中其响应的tRNA就很少。这是导致低表
达的原因。这玩意，宁愿信其有，不愿信其无。你不看，所有做表达的都考虑这个吗？
BL21DE3 pLys不是卖的很火吗。从另一个角度overcome稀有密码子，就是在不改变稀有
密码子的前提下，通过提高其响应的tRNA pool而增加表达。 |
q***7
发帖数: 144 | 6 记得文献说有时候变一两个关键的稀有密码子，可以增加上百倍的表达。因为稀有（相
对要表达的细胞来说的），所以在要表达的细胞中其响应的tRNA就很少。这是导致低表
达的原因。这玩意，宁愿信其有，不愿信其无。你不看，所有做表达的都考虑这个吗？
BL21DE3 pLys不是卖的很火吗。从另一个角度overcome稀有密码子，就是在不改变稀有
密码子的前提下，通过提高其响应的tRNA pool而增加表达。 |
x**2
发帖数: 255 | 7 我们实验室做过一些密码子优化
保守的说，至少能提高2-3倍表达量
但是你如果想要产量提高10倍或者以上，就要看运气了 |
l*****n
发帖数: 1648 | 8 稀有的有几个影响不大，太多就不行了。我有个protein有9个CCC，在普通DE3不表达，
用codon plus就表达了。
【在 M***u 的大作中提到】
: 大家认为密码子优化到底对基因的高水平表达到底有多大帮助？到底有没有帮助？
: 盲目地把所有的密码子一味地都用软件替换成高频率使用的非稀有密码子一定是正确的
: 做法吗？
: 实际上发现在很多高量表达的基因中也发现存在很多稀有密码子
: 做定向进化的时候也经常发现表达提高的突变子反而引入了一些稀有密码子
: 各位有何高见？
: 谢谢！
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s********n
发帖数: 2939 | 9 pLysS和稀有密码子无关
【在 q***7 的大作中提到】
: 记得文献说有时候变一两个关键的稀有密码子，可以增加上百倍的表达。因为稀有（相
: 对要表达的细胞来说的），所以在要表达的细胞中其响应的tRNA就很少。这是导致低表
: 达的原因。这玩意，宁愿信其有，不愿信其无。你不看，所有做表达的都考虑这个吗？
: BL21DE3 pLys不是卖的很火吗。从另一个角度overcome稀有密码子，就是在不改变稀有
: 密码子的前提下，通过提高其响应的tRNA pool而增加表达。
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s********n
发帖数: 2939 | 10 密码子优化肯定会或多或少提高蛋白表达量，但是否是soluble则得分情况。我就遇到
过优化后反而降低soluble expression的。主要是密码子优化后蛋白表达的速度太快，
导致某些蛋白不能及时正确折叠，反而降低产量（soluble）。 |
q***7
发帖数: 144 | 11 Sorry, should be codon plus.
【在 s********n 的大作中提到】
: pLysS和稀有密码子无关
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x**2
发帖数: 255 | 12 这种情况我倒没有遇到过，但是如果共表达chaperone是不是有可能改善？
【在 s********n 的大作中提到】
: 密码子优化肯定会或多或少提高蛋白表达量，但是否是soluble则得分情况。我就遇到
: 过优化后反而降低soluble expression的。主要是密码子优化后蛋白表达的速度太快，
: 导致某些蛋白不能及时正确折叠，反而降低产量（soluble）。
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s********n
发帖数: 2939 | 13 有可能，也可以试试降低表达温度和inducer浓度
【在 x**2 的大作中提到】
: 这种情况我倒没有遇到过，但是如果共表达chaperone是不是有可能改善？
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l**********1
发帖数: 5204 | 14 E.Coli. or normal Cytoplasmic cells 可以试试降低表达温度 for expanding
target protein folding time
but Archaea Cells or Mitochondria cells might need to increase temperature
that can contribute to expand folding time.
Just think about before 2.6 Billion Ys ago low oxygen and without Ozone
layer the Archaea or Cyanobacteria living where (almost ocean or yellow
stone spring bottom) and there average temperature is how many degree?
more pls refer PMID 22754756
CRISPR/Cas systems in archaea: What array spacers can teach us about
parasitism and gene exchange in the 3rd domain of life
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22754756
【在 s********n 的大作中提到】
: 有可能，也可以试试降低表达温度和inducer浓度
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