R*********e
发帖数: 53 | 1 The Heroes of CRISPR
http://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674%2815%2901705-5
Eric Lander explores the CRISPR back-story in a vivid scientific yarn. |
S***J
发帖数: 1210 | 2 这个奖看怎么分吧，feng zhang不见得没戏，整天炒作的某大佬也不见得就一定能行。
【在 R*********e 的大作中提到】
: The Heroes of CRISPR
: http://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674%2815%2901705-5
: Eric Lander explores the CRISPR back-story in a vivid scientific yarn.
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R*********e
发帖数: 53 | 3 The Broad’s rivals in the patent dispute may have different versions of
specific chapters, but Lander also draws general lessons from the CRISPR
back-story:
The most important is that medical breakthroughs often emerge from
completely unpredictable origins. The early heroes of CRISPR were not on a
quest to edit the human genome — or even to study human disease. Their
motivations were a mix of personal curiosity (to understand bizarre repeat
sequences in salt-tolerant microbes), military exigency (to defend against
biological warfare), and industrial application (to improve yogurt
production).
The history also illustrates the growing role in biology of “hypothesis-
free” discovery based on big data. The discovery of the CRISPR loci, their
biological function, and the tracrRNA all emerged not from wet-bench
experiments but from open-ended bioinformatic exploration of large-scale,
often public, genomic datasets. “Hypothesis-driven” science of course
remains essential, but the 21st century will see an increasing partnership
between these two approaches.
It is instructive that so many of the Heroes of CRISPR did their seminal
work near the very start of their scientific careers (including Mojica,
Horvath, Marraffini, Charpentier, Vogel, and Zhang)—in several cases,
before the age of 30. With youth often comes a willingness to take risks—on
uncharted directions and seemingly obscure questions—and a drive to
succeed. It’s an important reminder at a time that the median age for first
grants from the NIH has crept up to 42.
Notably, too, many did their landmark work in places that some might regard
as off the beaten path of science (Alicante, Spain; France’s Ministry of
Defense; Danisco’s corporate labs; and Vilnius, Lithuania). And, their
seminal papers were often rejected by leading journals—appearing only after
considerable delay and in less prominent venues. These observations may not
be a coincidence: the settings may have afforded greater freedom to pursue
less trendy topics but less support about how to overcome skepticism by
journals and reviewers.
Finally, the narrative underscores that scientific breakthroughs are rarely
eureka moments. They are typically ensemble acts, played out over a decade
or more, in which the cast becomes part of something greater than what any
one of them could do alone. It’s a wonderful lesson for the general public,
as well as for a young person contemplating a life in science.
【在 S***J 的大作中提到】
: 这个奖看怎么分吧，feng zhang不见得没戏，整天炒作的某大佬也不见得就一定能行。
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K**4
发帖数: 1015 | 4 Lander的这篇文章本来本意是好的，试图理清CRISPR领域科研人员的贡献，可是Lander
不是这个领域的人，结果就是这片文章很遗憾的忽略了一个很重要的工作，
在Lander的文章中，figure 2把CRISPR的发展划分成了三部分：
绿色：发现阶段，1993年一篇发现repeat的工作，和2003年的2篇文章
红色：2006年后2012年关于机制的
蓝色：2012年editing part
可见Lander也认为最初发现这个系统的阶段是很重要的；但正是这个阶段Lander忽略了
一个工作：在
2002年已经有一篇重要的计算生物学的文章：A DNA repair system specific for
thermophilic Archaea and bacteria predicted by genomic context analysis 发表
在Nucleic Acids Research。
这是一篇与1993年的文章的完全独立的工作，系统的报道了archaea和细菌中的DNA修复
系统，也就是后来的CRISPR系统（换了个名字）！并且这篇文中在CRISPR领域得到了广
泛的引用https://scholar.google.com/scholar?oi=bibs&hl=en&cites=
4824342253951735795&as_sdt=5
实际上1993年的文章仅仅发现了repeat，而这个系统则是第一次在这篇文章中报道的！
正式因为这样，NIH在2014年还发了一个奖给参与NAR2002年的研究人员！Lander这个疏
漏实在是太不应该了！
再补充一下，相同的NCBI研究组在2002年的文章之前已经鉴定这个系统，并且在1998年
发表在Trends in Genetics：Evidence for massive gene exchange between
archaeal and bacterial hyperthermophiles;文章中的Figure 1中描述的就是CRISPR
系统，2002年的NAR文章是这个文章的延续罢了。所以说这两个工作是完全独立于其他
工作的，并且第一次鉴定了CRISPR系统，包括componnets，organization，和
enzymatic activity。
【在 R*********e 的大作中提到】
: The Heroes of CRISPR
: http://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674%2815%2901705-5
: Eric Lander explores the CRISPR back-story in a vivid scientific yarn.
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R*********e
发帖数: 53 | 5 赞！
Lander
【在 K**4 的大作中提到】
: Lander的这篇文章本来本意是好的，试图理清CRISPR领域科研人员的贡献，可是Lander
: 不是这个领域的人，结果就是这片文章很遗憾的忽略了一个很重要的工作，
: 在Lander的文章中，figure 2把CRISPR的发展划分成了三部分：
: 绿色：发现阶段，1993年一篇发现repeat的工作，和2003年的2篇文章
: 红色：2006年后2012年关于机制的
: 蓝色：2012年editing part
: 可见Lander也认为最初发现这个系统的阶段是很重要的；但正是这个阶段Lander忽略了
: 一个工作：在
: 2002年已经有一篇重要的计算生物学的文章：A DNA repair system specific for
: thermophilic Archaea and bacteria predicted by genomic context analysis 发表
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z*t
发帖数: 863 | 6 这两片paper又看到了 L. Aravind
这家伙就是当初从JBP blast出TET protein的
不过通信koonin似乎是更屌
Lander
【在 K**4 的大作中提到】
: Lander的这篇文章本来本意是好的，试图理清CRISPR领域科研人员的贡献，可是Lander
: 不是这个领域的人，结果就是这片文章很遗憾的忽略了一个很重要的工作，
: 在Lander的文章中，figure 2把CRISPR的发展划分成了三部分：
: 绿色：发现阶段，1993年一篇发现repeat的工作，和2003年的2篇文章
: 红色：2006年后2012年关于机制的
: 蓝色：2012年editing part
: 可见Lander也认为最初发现这个系统的阶段是很重要的；但正是这个阶段Lander忽略了
: 一个工作：在
: 2002年已经有一篇重要的计算生物学的文章：A DNA repair system specific for
: thermophilic Archaea and bacteria predicted by genomic context analysis 发表
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z*t
发帖数: 863 | 7 非常赞同Lander的第一点和第二点
我个人感觉：套用章良哥的一句话：21世纪是非传统模式生物的世纪。
crispr的发现和NGS的发展使得传统低等模式生物相比于其他生物的遗传清晰，操作方
便的优势变得非常的marginal，以后一定会看到更多更有意思的生物学被发现，而且很
有可能会直接促进我们对自身哺乳动物系统的认知和操作
【在 R*********e 的大作中提到】
: The Broad’s rivals in the patent dispute may have different versions of
: specific chapters, but Lander also draws general lessons from the CRISPR
: back-story:
: The most important is that medical breakthroughs often emerge from
: completely unpredictable origins. The early heroes of CRISPR were not on a
: quest to edit the human genome — or even to study human disease. Their
: motivations were a mix of personal curiosity (to understand bizarre repeat
: sequences in salt-tolerant microbes), military exigency (to defend against
: biological warfare), and industrial application (to improve yogurt
: production).
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s********n
发帖数: 1124 | |
R*********e
发帖数: 53 | 9 哈哈，现在就开撕。热闹了 ……
[在 RodinSophie (RodinSophie) 的大作中提到：]
：The Heroes of CRISPR
：
：........... |
i***9
发帖数: 106 | 10 http://www.the-scientist.com/?articles.view/articleNo/45119/tit
Among other things, he wrote, the “most damaging Lander distortion is that
all his 'Heroes of #CRISPR' are PIs—what happened to students & postdocs?” |
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A***u
发帖数: 3714 | 11 Crispr ，NGS，我己经不知道是什么的缩写了。。
我被时间无情的抛弃了。
【在 z*t 的大作中提到】
: 非常赞同Lander的第一点和第二点
: 我个人感觉：套用章良哥的一句话：21世纪是非传统模式生物的世纪。
: crispr的发现和NGS的发展使得传统低等模式生物相比于其他生物的遗传清晰，操作方
: 便的优势变得非常的marginal，以后一定会看到更多更有意思的生物学被发现，而且很
: 有可能会直接促进我们对自身哺乳动物系统的认知和操作
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r********n
发帖数: 164 | 12 快看pubmed commons，真好玩
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=crispr+heroes
Emmanuelle Charpentier2016 Jan 19 5:09 p.m. (23 hours ago) 21 of 21
people found this helpful
I regret that the description of my and collaborators’ contributions is
incomplete and inaccurate. The author did not ask me to check statements
regarding me or my lab. I did not see any part of this paper prior to its
submission by the author. And the journal did not involve me in the review
process.
JENNIFER DOUDNA2016 Jan 17 10:31 p.m. (2 days ago) 43 of 43 people found
this helpful
From Cell editor: “…the author engaged in substantial fact checking
directly with the relevant individuals.”
However, the description of my lab’s research and our interactions with
other investigators is factually incorrect, was not checked by the author
and was not agreed to by me prior to publication. |
a****n
发帖数: 3082 | 13 Janifer在TED上的演讲你们看了吗？我是外行，到底是不是她和德国女的最先发现的？ |
S***J
发帖数: 1210 | 14 Lander的文章确实有故意拔高Feng zhang的嫌疑，给了大段的煽情描述，不过Zhang在
Crispr用于genome editing方面，绝对是贡献最大的。
但是不管是不是拔高了Zhang，Doudna的贡献并没有被贬低。她绝对是个抢credit的好
手，整天的给自己打广告，恨不得抓住机会就说她是发现者，呵呵。Crispr这个系统的
基本生物学问题Doudna没有贡献，她只做了纯生化的工作。然而她的这篇唯一的重要文
章，还是Charpentier领头做出来的（doudna只是次要共通讯作者）。
crispr的发现过程和其生物学问题，zhang和doudna都没有任何贡献。现在问题的核心
就是，谁是最先用crispr做的genome editing？目前zhang和doudna的专利之争，也是
关于这个方面。目前的小道消息是，zhang绝对早于doudna和charpentier，有很清楚的
notebook为证据。据说这也是为什么Lander敢发表这篇文章的原因，因为他们已经确信
能够赢下这个专利之争。
至于得诺奖，看怎么分。如果是genome editing发奖，估计要包括zinc finger/tal/
crispr三个方面，crispr只能占一个，那么doudna绝无任何希望，zhang则有比较小的
希望。如果是crispr单独发奖，那么估计crispr机制方面要占两个人，genome editing
应用方面一个人，这样发的话doudna仍然无任何希望，zhang的希望则巨大。
有意思的是，doudna结构生物学出身。但就算是关于cas9的结构研究，她也被日本人（
与zhang合作的那片cell封面）打得满地找牙。虽然她看似发的文章数目最多，但结构
领域的人基本上都只认可日本人的工作。她的这几篇cas9结构文章，真的是纯灌水，呵
呵。
【在 a****n 的大作中提到】
: Janifer在TED上的演讲你们看了吗？我是外行，到底是不是她和德国女的最先发现的？
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p*******r
发帖数: 59 | 15 一直对Doudna演讲中故意忽略掉前人的贡献很是不爽。所以看到Lander的这篇文章很是
解气。希望Zhang能赢下这个专利，拿到诺奖。就是因为他是华人。就是因为我在用他
的plasmids. |
S***J
发帖数: 1210 | 16 doudna确实是这样，有点不要脸。她出身好，也懂得怎么获得大佬支持。相比之下，
zhang的地位差太多，又是华人，跟doudna在公关方面的竞争其实很不公平。好在现在
Lander这个量级的大佬公开出来给zhang站台，这篇文章确实让领域里的很多人出了口
恶气。
【在 p*******r 的大作中提到】
: 一直对Doudna演讲中故意忽略掉前人的贡献很是不爽。所以看到Lander的这篇文章很是
: 解气。希望Zhang能赢下这个专利，拿到诺奖。就是因为他是华人。就是因为我在用他
: 的plasmids.
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R*********e
发帖数: 53 | |
j****n
发帖数: 3370 | 18 doudna最大优势就是出身好
貌似phd postdoc老板都是炸药奖？
【在 S***J 的大作中提到】
: doudna确实是这样，有点不要脸。她出身好，也懂得怎么获得大佬支持。相比之下，
: zhang的地位差太多，又是华人，跟doudna在公关方面的竞争其实很不公平。好在现在
: Lander这个量级的大佬公开出来给zhang站台，这篇文章确实让领域里的很多人出了口
: 恶气。
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