a********f
发帖数: 444 | 1 Illumina虽然beat了预期，但是股价还是跌了不少。在我看来，他家的股价还是太高了
。这么高的市盈率没有高增长的话很难支撑现在的股价。bio板块的泡沫已经很多了。
Illumina的新一代测序仪用的是鸟枪法（shotgun sequencing），简单而言就是把DNA
打成大量碎片，然后读取这些碎片把他们拼接起来，就跟玩拼图差不多。他家的仪器优
点就是成本低，通量（throughput）大，产生的数据多。
TMO家生产的测序仪用的也是鸟枪法，不过技术不一样，他们用的是ion torrent。总体
而言和Illumina的优缺点都差不多。
但是这两家测序仪有一个致命缺点，就是每个read的长度不大，一般在几百个base
pair左右。而如果一个DNA里面的重复片段（repeat）太长的话，通量再大也无法完全
还原。具体说来，如果DNA里面的三重复片段或者交替重复片段长度大于read的长度，
那么从理论上来说，这个DNA是无法用他们的仪器还原的。以人类基因组举例，人的
chromosome很多都有大几千的重复片段，所以这些测序仪是没法从头还原的。
现在技术最好的公司其实是Pacbio，在Menlo Park的一家小公司。他们家的测序仪用的
叫SMRT的技术，read的长度能有好几千甚至上万。如果要做de novo的sequencing只有
他家的仪器可以。Pacbio的测序仪非常贵，但是好处是每次测序的价格不高，时间短并
且read的长度很长。只是这几年他家仪器销量一直不高，公司也一直在亏损。
我很看好PACB，在7块的时候建仓，5块多的时候又加过仓。但是我也不敢赌大，所以也
就占了我总仓位的15%。毕竟技术好但是市场不好的公司太多了。。 |
s*******a
发帖数: 55 | |
o****n
发帖数: 281 | 3 我不同意你的观点
read length仅仅是需要考虑的一个方面，他家虽然长，但是sequencing error很高，
很多published paper都有比较，这个比较致命，也侧面反映了为什么他家销量相对不
好。建议慎重考虑。
DNA
【在 a********f 的大作中提到】
: Illumina虽然beat了预期，但是股价还是跌了不少。在我看来，他家的股价还是太高了
: 。这么高的市盈率没有高增长的话很难支撑现在的股价。bio板块的泡沫已经很多了。
: Illumina的新一代测序仪用的是鸟枪法（shotgun sequencing），简单而言就是把DNA
: 打成大量碎片，然后读取这些碎片把他们拼接起来，就跟玩拼图差不多。他家的仪器优
: 点就是成本低，通量（throughput）大，产生的数据多。
: TMO家生产的测序仪用的也是鸟枪法，不过技术不一样，他们用的是ion torrent。总体
: 而言和Illumina的优缺点都差不多。
: 但是这两家测序仪有一个致命缺点，就是每个read的长度不大，一般在几百个base
: pair左右。而如果一个DNA里面的重复片段（repeat）太长的话，通量再大也无法完全
: 还原。具体说来，如果DNA里面的三重复片段或者交替重复片段长度大于read的长度，
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l******i
发帖数: 171 | 4 技术细节不了解。不过单就illumina跟ion比的话，肯定是illumina的胜出。听过不少
人说ion程序太复杂耗时，重复性和准确性也都比不上illumina家的产品。 |
r******m
发帖数: 5550 | 5 谢谢~~~~~~~~~~
【在 o****n 的大作中提到】
: 我不同意你的观点
: read length仅仅是需要考虑的一个方面，他家虽然长，但是sequencing error很高，
: 很多published paper都有比较，这个比较致命，也侧面反映了为什么他家销量相对不
: 好。建议慎重考虑。
:
: DNA
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a********f
发帖数: 444 | 6
他家的确错误率高，但是对于高通量合成来说错误率的影响并不大。nature methods上
有发表过算法用Pacbio测序仪可以达到99.99的正确率。read length是fundamental的
，不够就是不够，没法以read的数量弥补。
【在 o****n 的大作中提到】
: 我不同意你的观点
: read length仅仅是需要考虑的一个方面，他家虽然长，但是sequencing error很高，
: 很多published paper都有比较，这个比较致命，也侧面反映了为什么他家销量相对不
: 好。建议慎重考虑。
:
: DNA
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a********f
发帖数: 444 | 7
ion torrent胜在便宜
【在 l******i 的大作中提到】
: 技术细节不了解。不过单就illumina跟ion比的话，肯定是illumina的胜出。听过不少
: 人说ion程序太复杂耗时，重复性和准确性也都比不上illumina家的产品。
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o****n
发帖数: 281 | 8 Thanks for sharing!
May I know the paper? Desperately curious about it :)
Stats methods may help resolve some issues by shorter lengths, but what you
said makes sense.
【在 a********f 的大作中提到】
:
: ion torrent胜在便宜
|
a********f
发帖数: 444 | 9
you
http://www.nature.com/nmeth/journal/v10/n6/full/nmeth.2474.html
这个是一年以前发表的了，最近Pacbio的测序又有新进步，结果应该更好。
【在 o****n 的大作中提到】
: Thanks for sharing!
: May I know the paper? Desperately curious about it :)
: Stats methods may help resolve some issues by shorter lengths, but what you
: said makes sense.
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o****n
发帖数: 281 | 10 Many thanks! Will read.
【在 a********f 的大作中提到】
:
: you
: http://www.nature.com/nmeth/journal/v10/n6/full/nmeth.2474.html
: 这个是一年以前发表的了，最近Pacbio的测序又有新进步，结果应该更好。
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w**k
发帖数: 6722 | 11 断章取义引用一下
"""
他们用的是ion torrent。总体而言和Illumina的优缺点都差不多。
现在技术最好的公司其实是Pacbio
"""
你根本就什么都不懂啊，就敢这样言之凿凿的长篇大论，原来
“”“
我很看好PACB，在7块的时候建仓，5块多的时候又加过仓
”“”
是买PACB之前还是买之后做的研究？ |
a********f
发帖数: 444 | 12 用不着这么mean吧，我之前做infomatics，肯定比你懂。我也没必要pump这股，450M的
市值也不会指望你们上。我自己都没多少仓位，输了也无所谓。
【在 w**k 的大作中提到】
: 断章取义引用一下
: """
: 他们用的是ion torrent。总体而言和Illumina的优缺点都差不多。
: 现在技术最好的公司其实是Pacbio
: """
: 你根本就什么都不懂啊，就敢这样言之凿凿的长篇大论，原来
: “”“
: 我很看好PACB，在7块的时候建仓，5块多的时候又加过仓
: ”“”
: 是买PACB之前还是买之后做的研究？
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g*****g
发帖数: 1067 | 13 你买了dadofbuffet的newsletter？买了几个月的？ |
w**k
发帖数: 6722 | 14 首先，借用粪坑的一个帖子。多用一些语气助词，也许活着吧呀呢啊啥的
～～～～～～～～～～～～～～～～～～～
标 题: Re: 推荐股票的时候你别充大逼，斩钉截铁，牛逼哄哄的
～～～～～～～～～～～～～～～～～～～
其次，PACB以它目前的技术，平台的价格，和目前应用的范围来讲，它只能做小众市场
。这是一个已经出来很多年的技术，除非在技术和成本上大幅度改善，否则我看不到很
明亮的未来。当然，这说的不是一天一个星期一个月的走势。短期内做空做多它，或者
说几乎任何一只股票，都有可能获利。从分散风险的角度看，我认为我自己投一点钱在
PACB上其实也是可以的。我曾经做空过PACB，小赚了一点，但是在它跳崖之前的几分钟
我胆怯了，获小利走人了 --- 空悲切。为什么说PACB小众？一是成本，平台和通量的
成本。二是应用对序列长度的要求，只有de novo需要长度，所以说除了对于有
structural variation的基因来说，版上的你我和其他所有人类都不需要de novo。也
就是说，de novo除了在科研领域里，它在医疗应用领域没有什么大用途。当然如果
PACB的成本又低通量又高序列又精确，它肯定一统江湖。但那只是如果。
还有，PACB中期可能会有一劫，什么时候我不知道，取决于NPT什么时候上市。到时候
群众的反应肯定是盲从的，NPT更主要的是威胁PACB，尽管在我看来NPT比不上PACB的技
术，但是它的优点也是很明显的。我想过是不是要投点在NPT身上，分散风险，也找到
了投NPT的但是效率不是很高的方法，还在研究当中。愿意共同研究的可以一起看看，
但是要求你对VC小公司上市等有一定的研究，纯青蛙的就算了。
还有，ILMN近期可能会有一劫，这个是我道听途说的，因为一个同行只说了一半，看看
CG什么时候会有什么样的大招放出来。我的感觉是还根本谈不上威胁，但我有可能是屁
股决定脑袋的想法。
上面都是技术层面的。至于ILMN值多少钱，PACB值多少钱，我不是肯定，但是我知道你
主贴的比较方法是错误的，因为你用了技术的优劣来比较，但是技术的优劣又比错了。
大半年一年前我在版上给出过ILMN的价格计算方法，我现在还是那样算的。
最后呢，你在informatics方向可能比我懂，但是很遗憾你的主贴不是从informatics方
向展开来谈的，而是着手技术层面。我呢，恰好是NGS的技术层次的专家，所以我就在
技术层面指出了你的错误。语气是刻薄了一点，但是我希望粪坑的那个帖子对你，对我
，还有其他任何大牛，都有警示意义。
附带一点，你既然是搞informatics的，其实应该知道你的技术方向越发展对ILMN的短
序列是越有利的。
附带二点，你对ILMN和ION的论述也很离谱。当然，ION也没有什么好说的了，被抛弃也
差不多是肯定的事情。
Disclaim: 我拥有ILMN。很早就建仓了的，已经差不多200%的利润，并且会继续持有下
去。我建仓的原因很简单，当时我经历了4个NGS的平台，选出了当时的竞争对手ILMN来
建仓。目前，我还没有看到对ILMN有威胁的技术出现，所以我会继续持有下去，但不排
除我会分散点风险，买进一些新技术。以上所有均不构成投资指南！ |
w**k
发帖数: 6722 | 15 再说一点，我其实是不希望股版跟风买我手上的股票的。因为上船的人太多，又都是不
是中坚的革命者，随时都有可能带着小利跳船，其实很影响股价发展的。 |
a********f
发帖数: 444 | 16
首先我声明我不是来推荐股票的。
既然你是做NGS的，那你肯定也知道现在throughput很多时候已经不是瓶颈了，处理这
些数据的平台和算法越来越重要。Sanger时代的瓶颈是数据采集，一是慢二是贵。那时
候的sequencing都是人工做的。现在的next gen sequencing时代，这两个已经有了很
大的改善，而数据处理的瓶颈才开始凸显出来。
我同意你说的，许多时候不需要de novo assembly。但是现在离所谓基因治疗时代还远
得多，大多数测序仪仍然是科研机构购买的。而且现在只有极少数的物种的全基因组被
分析过。在科研领域全基因测序仍然有很大市场。而就像我前面说的，对于几千bp的
interleaved repeat，只靠高通量测序是没有可能的。
Pacbio的测序长度是近两年来才有了很大提高。他们之前推出的产品是不成熟的，这也
是我对他们的市场策略非常不解的地方。这个直接后果就是很多年Pacbio的测序仪销量
低迷，在前几年每个季度都只有几台销量。
现在几乎所有的de novo重建算法都是基于graph上的哈密顿回路或者欧拉回路的。这些
算法需要很长的bridging read来disentangle由repeat造成的多重路径。这个在理论上
来讲是fundamental limit，不依靠long reads的话是无解的。
【在 w**k 的大作中提到】
: 首先，借用粪坑的一个帖子。多用一些语气助词，也许活着吧呀呢啊啥的
: ～～～～～～～～～～～～～～～～～～～
: 标 题: Re: 推荐股票的时候你别充大逼，斩钉截铁，牛逼哄哄的
: ～～～～～～～～～～～～～～～～～～～
: 其次，PACB以它目前的技术，平台的价格，和目前应用的范围来讲，它只能做小众市场
: 。这是一个已经出来很多年的技术，除非在技术和成本上大幅度改善，否则我看不到很
: 明亮的未来。当然，这说的不是一天一个星期一个月的走势。短期内做空做多它，或者
: 说几乎任何一只股票，都有可能获利。从分散风险的角度看，我认为我自己投一点钱在
: PACB上其实也是可以的。我曾经做空过PACB，小赚了一点，但是在它跳崖之前的几分钟
: 我胆怯了，获小利走人了 --- 空悲切。为什么说PACB小众？一是成本，平台和通量的
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A*******a
发帖数: 139 | |
w**k
发帖数: 6722 | 18
～～～～～～～～～～～看来我们不但对技术层面的看法不同，而且对市场的vision也
不同。ILMN的科研市场和应用市场销售数据也已经否定了你的论断。虽然基因治疗确实
还为时过早，但个人化诊断和治疗已经如火如荼了。我已经从NGS的平台开发跳到了应
用开发了，从我接触到的来看，我觉得我的判断没错。当然，最后有可能我也还是屁股
决定脑袋的看法。
说到“对于几千bp” --- you'd ve used kb here --- 的重复序列，我现在手头的一
个项目就是用ILMN来做这个，虽然还没有最终定案，但是可以肯定的是，辅助手段很多。
【在 a********f 的大作中提到】
:
: 首先我声明我不是来推荐股票的。
: 既然你是做NGS的，那你肯定也知道现在throughput很多时候已经不是瓶颈了，处理这
: 些数据的平台和算法越来越重要。Sanger时代的瓶颈是数据采集，一是慢二是贵。那时
: 候的sequencing都是人工做的。现在的next gen sequencing时代，这两个已经有了很
: 大的改善，而数据处理的瓶颈才开始凸显出来。
: 我同意你说的，许多时候不需要de novo assembly。但是现在离所谓基因治疗时代还远
: 得多，大多数测序仪仍然是科研机构购买的。而且现在只有极少数的物种的全基因组被
: 分析过。在科研领域全基因测序仍然有很大市场。而就像我前面说的，对于几千bp的
: interleaved repeat，只靠高通量测序是没有可能的。
|
p*****s
发帖数: 4393 | 19 大牛厉害
多。
【在 w**k 的大作中提到】
:
: ～～～～～～～～～～～看来我们不但对技术层面的看法不同，而且对市场的vision也
: 不同。ILMN的科研市场和应用市场销售数据也已经否定了你的论断。虽然基因治疗确实
: 还为时过早，但个人化诊断和治疗已经如火如荼了。我已经从NGS的平台开发跳到了应
: 用开发了，从我接触到的来看，我觉得我的判断没错。当然，最后有可能我也还是屁股
: 决定脑袋的看法。
: 说到“对于几千bp” --- you'd ve used kb here --- 的重复序列，我现在手头的一
: 个项目就是用ILMN来做这个，虽然还没有最终定案，但是可以肯定的是，辅助手段很多。
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s*********e
发帖数: 399 | 20 Pacbio肯定会逐渐变好，不过不可能走向主流。 可以作为ilmn的伴随出现，不会有神
经病单独用pacbio来测人的基因组（个别一个两个有可能）。最好的结果，测序主要用
ilmn （比如60x）, 然后用pacbio作个补充 （1x），这样争取兼顾准确性和读长。 当
然，1x未必在想要的位置上，这个问题也无法解决。所以大规模应用pacbio,恐怕不是
我们能看到的。
CG的话。 华大刚刚买入了5台hiseq4000。 我觉得可以说明对cg
的信心了。 |
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s*********e
发帖数: 399 | |
b********s
发帖数: 272 | 22 wxwk明显是圈内人：）
多。
【在 w**k 的大作中提到】
:
: ～～～～～～～～～～～看来我们不但对技术层面的看法不同，而且对市场的vision也
: 不同。ILMN的科研市场和应用市场销售数据也已经否定了你的论断。虽然基因治疗确实
: 还为时过早，但个人化诊断和治疗已经如火如荼了。我已经从NGS的平台开发跳到了应
: 用开发了，从我接触到的来看，我觉得我的判断没错。当然，最后有可能我也还是屁股
: 决定脑袋的看法。
: 说到“对于几千bp” --- you'd ve used kb here --- 的重复序列，我现在手头的一
: 个项目就是用ILMN来做这个，虽然还没有最终定案，但是可以肯定的是，辅助手段很多。
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b********s
发帖数: 272 | 23 光看paper就敢买股票，你太牛了
【在 a********f 的大作中提到】
:
: 首先我声明我不是来推荐股票的。
: 既然你是做NGS的，那你肯定也知道现在throughput很多时候已经不是瓶颈了，处理这
: 些数据的平台和算法越来越重要。Sanger时代的瓶颈是数据采集，一是慢二是贵。那时
: 候的sequencing都是人工做的。现在的next gen sequencing时代，这两个已经有了很
: 大的改善，而数据处理的瓶颈才开始凸显出来。
: 我同意你说的，许多时候不需要de novo assembly。但是现在离所谓基因治疗时代还远
: 得多，大多数测序仪仍然是科研机构购买的。而且现在只有极少数的物种的全基因组被
: 分析过。在科研领域全基因测序仍然有很大市场。而就像我前面说的，对于几千bp的
: interleaved repeat，只靠高通量测序是没有可能的。
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