e*******o
发帖数: 4654 | 1 话说wdong bioinfo搞得咋样了？随便搞搞都比搞这些竞赛影响大。 |
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n******7
发帖数: 12463 | 2 我本来想每天2小时，搞几个月就差不多了
不知道为什么要这么多时间
1000小时就够从头搞篇方法的bioinfo文章了
这还包括data processing, performance evaluation & comparison, manuscript
writing, 这些都很费时间。就我的了解，这些上游和下游的东西kaggle都给你弄好的？
可能是不断的trial and error? 毕竟是跟人比，标准不断提高。发文章的话，只要比
已有的方法好就可以了。别人不服也只能跟着灌水，再发一篇。
a
prize
have
, |
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e*******o
发帖数: 4654 | 3 哈哈。
搞bioinfo，有domain knowledge 的壁垒，你只跟很少人竞争，这些人大部分可能水平
都不如你。
kaggle 这个，卧槽，完全不一样。domain knowledge的壁垒几乎没有了，然后，很多
像wdong这样的phd，吃饱撑了，就是玩玩。
的？ |
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n******7
发帖数: 12463 | 4 我很好奇的查了一下这个竞赛以及排名
非常非常惊讶
明白你为啥会涉及bioinfo了
只能说，世界太小了
做人一定要多行善事，广结善缘。。。 |
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e*******o
发帖数: 4654 | 5 话说wdong bioinfo搞得咋样了？随便搞搞都比搞这些竞赛影响大。 |
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n******7
发帖数: 12463 | 6 我本来想每天2小时，搞几个月就差不多了
不知道为什么要这么多时间
1000小时就够从头搞篇方法的bioinfo文章了
这还包括data processing, performance evaluation & comparison, manuscript
writing, 这些都很费时间。就我的了解，这些上游和下游的东西kaggle都给你弄好的？
可能是不断的trial and error? 毕竟是跟人比，标准不断提高。发文章的话，只要比
已有的方法好就可以了。别人不服也只能跟着灌水，再发一篇。
a
prize
have
, |
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e*******o
发帖数: 4654 | 7 哈哈。
搞bioinfo，有domain knowledge 的壁垒，你只跟很少人竞争，这些人大部分可能水平
都不如你。
kaggle 这个，卧槽，完全不一样。domain knowledge的壁垒几乎没有了，然后，很多
像wdong这样的phd，吃饱撑了，就是玩玩。
的？ |
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n******7
发帖数: 12463 | 8 我很好奇的查了一下这个竞赛以及排名
非常非常惊讶
明白你为啥会涉及bioinfo了
只能说，世界太小了
做人一定要多行善事，广结善缘。。。 |
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r****q
发帖数: 22 | 9 UNC Charlotte Dept. of Bioinformatics is seeking a full time Software
Developer. The incumbent will lead the development of bioinformatics web
servers, resources and applications. He/she will also work on big data
integration and analysis.
For more info about the position:
https://www.biostars.org/p/222897/ |
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c*********e
发帖数: 16335 | 11 lz对cs一窍不通，门外汉水平，还指望把自己的bioinfo写个code放网上。这想法非常
外行。你这么说他根本就不会明白。
30 |
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c*********e
发帖数: 16335 | 13 lz对cs一窍不通，门外汉水平，还指望把自己的bioinfo写个code放网上。这想法非常
外行。你这么说他根本就不会明白。
30 |
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n******7
发帖数: 12463 | 14 不是，数学本科的，做bioinfo而已。以前经常跟我们生物索男玩三国杀。后来去了硅谷 |
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w***g
发帖数: 5958 | 16 转行的OPT学生和陪读家属. 有从本地妈妈论坛招来的, 不过干了两个月又回去全职带
娃了.
最好的是有bioinfo背景的, R和perl写得比较好. |
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w******t
发帖数: 241 | 17 既然一个program出来很好找工作，而且薪资又高，总是有办法把这个program办大吧。
并且不会影响reputation，相反，说不定还会提升reputation。当年CSEE火红的时候，
多少学校扩大faculty的规模，多招PHD啊，后来的统计包括bioinfo都是这样的，只要
有市场需求了，program就会慢慢起来。既然会计PHD市场需求这么大，而且薪资还如此
好，按道理学校会多在这个方向招faculty，faculty多了也会有相应的PHD补充吧。而
且即便现在一个学校就是十来个PHD，全美这么多学校，会计读PHD也有一定数量。为啥
从来没有看到过会计PHD出来说说呢？难道会计PHD要求太高，还是他们太低调？闷声发
大财？或者中途转行的会计很难拿到PHD？很多学科都是master还比PHD好找，工资也差
不多，但是如果会计学科PHD能够比master有这么大的优势，我想还是会很多人愿意想
尽办法进去的吧。也总有成功的吧。从来没看到有人说说会计的PHD生活。起码在这个
版上 |
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b***t
发帖数: 155 | 19 好多人问，bioinformatics 怎么样？会红多久？
我觉得这问题不用担心。学BIoinfo 是因为热爱生物科学，而CS技巧是
bioinformtics expert 必须具备的能力之一。所以，如果bioinformatics
不行了，还可以进计算机公司干IT。这是我觉得干bioinformatics 同时
心理比较踏实的一个大原因是知道自己掌握的技巧并不只有在生物公司才能
发挥。
如果纯粹为了钱，不考虑自己的爱好前途去做Bioinformatics, 是有点吃力
不讨好。只学CS，不学biology , 就能赚比bioinformatics 多的钱。
现在经济衰退是临时的，我估计CS人才很快又会抢手得不得了。Bioinformatics
再热门，估计也热门不过纯做CS/IT的行业。 |
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R**********s
发帖数: 112 | 20 一些名气比较大的（被遗漏的PI手下的学生不要打我，再所难免 :)
Stanford: Russ Altman; Douglas Brutlag; Michael Levitt
UC Berkeley: Steven Brenner; Adam Akin; Michael Eisen;
UC LA: David Eisenberg; Chris Lee; Russel Doolittle
UC SD: Terry Hwa
UCSF: Fred Cohen; Joseph DeRisi
ClaTech: Stephen Mayo; Davidson
UCI: Perris Baldi
UCSC: David Haussler
CSH: Michael Zhang
Rockefeller: Adrey Sali; Terry Gaasterland
MIT: Chris Burges; Richard Young; Eric Lander; Michael Yaffe (Chris Sander)
Harvard: George M. Church; Mike Vidal; Jun Liu; |
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R**********s
发帖数: 112 | 21 What is Systems Biology?
Technological breakthroughs, including those enabled by the Human Genome Pro
ject, are providing new opportunity to understand the complex systems and ne
tworks responsible for most important biological functions. Systems biology
is a powerful approach to studying genes and proteins made possible through
these technological advances. Unlike traditional biology that has examined s
ingle genes or proteins in isolation, systems biology simultaneously studies
the complex int |
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l****f
发帖数: 2 | 23 http://www-igbmc.u-strasbg.fr/BioInfo/ClustalW/help8.html
A new matrix can be read from a file on disk, if the filename consists only of
lower case characters. The values in the new weight matrix must be integers
and the scores should be similarities. You can use negative as well as
positive values if you wish, although the matrix will be automatically
adjusted to all positive scores.
in
nucleotide
are
and
line)? |
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r*****d
发帖数: 54 | 24 3D-jury, the best one
http://bioinfo.pl
but that server is so busy that a lot times, nobody can submit any job. |
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p*****n
发帖数: 981 | 25 ☆─────────────────────────────────────☆
GoooG (FBI) 于 (Fri Feb 9 02:51:02 2007) 提到:
Is there some packages in R, which can be used to annotate non-affy
microarray?
Thanks.
☆─────────────────────────────────────☆
bearJhonson (鸟叫六棵齐) 于 (Fri Feb 9 07:46:24 2007) 提到:
同修, 这些问题不是一句两句话能说清楚的
看你在这儿问了不少问题了, 都是一些很基本的问题
而且都不是很容易讲清楚
BBS可以灌水,聊天,
可真是要靠这个做Reaserch, 您可真是第一人了
有这功夫, 还是自己好好找几本基本的书看看吧
BTW, 不厚道的说一句
你这样的基础, 还是不要趟这个Bioinfo或Biostat的混水了
差得太远了, 等你这些都学通了, 人早都不知道做什么了
就象你现在问的这个问题, 3年前可能是个新鲜东东
现在, |
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s*****0
发帖数: 357 | 26 先说悲的，再说喜的。
转专业失败经历（一）
不说别人了，先说说自己吧。淡望世间苦与乐，个中辛酸唯自知。
忙完了01年的秋天，02年的早春似乎特别难熬。因为难以按捺悸动的转专业的心，背着
老板完成了申请。重考了若干门考试，辅修了许多系外的课，申请名校的
Bioinformatics似乎只有一步之遥了。Playstation2刚刚推出，我所钟爱的Final
Fantasy 出了PS2版的X了。于是在紧张的等待中游戏着人生，就等着一纸录取通知书将
我送上新的旅程。
可是命运的玩笑总是出其不意，在onsite三取一的比率里我居然属于了失败的那三分之
二，一时间无语加怒和悲如影随形。也许人生没有过太多的挫折，高考的一夜未眠也没
让我发挥失常，居然在一个自认为十拿九稳占尽天时地利的申请中翻了船。自己的大意
不可原谅，总觉得自己各项硬指标均很不错，考分高，推荐信强，多多少少有些轻敌了
。于是没有做够Bioinformatics的科研，对其一知半解，onsite时候问的behavior和相
关Bioinfo的问题答的肯定没有令对方满意。败了才真正明白强中更有强中手，我从申
请的一开始就生活在自己为自己 |
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v******s
发帖数: 51 | 27 Bioinfo?
其实不同领域发文章的strategy是不同的，搞wet lab的当然有希望发>10
的杂志。做计算的就不一样了，能有资源做follow up experiment的当然
好了，但是更多的时候还是simulation+public data。要么你有高分文章，
要么你每年的publication都洋洋洒洒一大屏，否则别人就会认为你不够
active，不够牛。 |
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p*****m
发帖数: 7030 | 28 别那些了 俺觉得俺们这旮旯也算是美国一流研究机构了 没有单分子 没人做bioinfo s
temcell边都不沾 看来也要和nibs一样彻底落伍了... |
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c******d
发帖数: 306 | 29 who could do bioinfo there? some of them seem to just use some computational
tools.not realy bioninfo guys. they even don't have programmers and
statistician.
iP
况n
nibs
library
不是
落
的眼 |
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k****o
发帖数: 991 | 30 现在NEXTGEN SEQUENCING那么火； 不管什么样的SEQUENCING PLATFORM上下来的数据
都需要大量的计算机分析； INDUSTRY对BIOINFO的需求其实非常大。 |
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w******y
发帖数: 8040 | 31 I guess you're talking about denovo assembly?
that is just a toy for bioinfo guys
you can hardly assemble a new large genome with reasonable accuracy
using SSRs
mission impossible |
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d*******1
发帖数: 854 | 32 蛋白序列, genomics, bioinfo结合一点实验数据 |
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p*****m
发帖数: 7030 | 33 都忘记了一个问题：为啥bio faculty之前一定要做postdoc，而且一定要是一个比
较长比较significant的postdoc?
如果说postdoc是faculty必须的训练阶段的话 那么为啥EE/CS和大多数Eng和人文学科
的人
不用postdoc也能做faculty?如果说是自然科学faculty的必经阶段的话 那为啥Che
m/ChemE很多人只要做一个1年的postdoc 而且一般之前已经找好了faculty job? 就
算是生物类内 bioinfo/BME/ChemBio也照样有人不需要postdoc或者只做很短的pos
tdoc.就算只讨论传统生物分支 20年前只做1-2年postdoc就找到工作的也很普遍
因此纯学术原因解释这个漫长的postdoc是说不通的
那就只能用供求关系来解释了：faculty位置少 学生exit path少 这样一定会积累
大量的postdoc在市场上。在这个前提下 抱怨什么差老板低收入高强度工作之类的
没什么意义 这些从大范围上都是供求关系决定的。。当然了 学术圈子一般喜欢给
这些关系涂点玫瑰色 比如说更好的scientifi |
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w******y
发帖数: 8040 | 34 哈哈哈， 我完全同意
我再举个例子
bioinfo也是这样， 98那批人赶上泡沫刚开始， 现在甜妞儿都拿到了
现在还跳坑的， 即使位置还有， 申请钱也是头破血流的居多 |
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s******r
发帖数: 2876 | 35 很多时候这也可以算是文化差异，
过去在中国，大家总说老师要为人师表，
潜意识里就让人觉得导师品德一定比普通人高尚。
大家期望过高，自然也就觉得失望。
都忘记了一个问题：为啥bio faculty之前一定要做postdoc，而且一定要是一个比
较长比较significant的postdoc?
如果说postdoc是faculty必须的训练阶段的话 那么为啥EE/CS和大多数Eng和人文学科
的人
不用postdoc也能做faculty?如果说是自然科学faculty的必经阶段的话 那为啥Che
m/ChemE很多人只要做一个1年的postdoc 而且一般之前已经找好了faculty job? 就
算是生物类内 bioinfo/BME/ChemBio也照样有人不需要postdoc或者只做很短的pos
tdoc.就算只讨论传统生物分支 20年前只做1-2年postdoc就找到工作的也很普遍
因此纯学术原因解释这个漫长的postdoc是说不通的
那就只能用供求关系来解释了：faculty位置少 学生exit path少 这样一定会积累
大量的postdoc在市场上。在这个前提下 抱怨什么差老 |
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a*l
发帖数: 2685 | 36 不知道这样发有没有用啊
我也搭车同求一个，oncology\bioinfo\rnai等方面的都可以
大包子答谢！ |
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w******y
发帖数: 8040 | 37 看什么方向了吧
cancer肯定是后者牛
bioinfo的话， 后者差前者3条街
，但 |
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h******e
发帖数: 44 | 38 weill好很多。
前面谁说duke bioinfo甩weill and msk三条街………汗………
要做mirna的话跟死eric lai就行，你能survive他，就能survive anything，哈哈。
survive不了也早点知道好转行… |
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m***T
发帖数: 11058 | 39 哪位帮忙给推荐本nextgen甚至3rdgen introduction或overview的入门书吧,最好是
cover both bench and bioinfo两方面的.
先行谢过! |
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h***3
发帖数: 63 | 41 Bioinfo和CS关系很大，可以考虑往CS上转 |
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k****o
发帖数: 991 | 42 这些地方往往都招PHD。 我们公司的BIOINFO TEAM 几乎一水儿的PHD。 |
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y********a
发帖数: 138 | 43 you are in Ecology. you probably have experience in pattern recognition and/
or machine learning (network/graphic theory etc).
my 2 cents:
1.if change, your background sounds more suitable for CS.
2. For direct job hunting, biotech/pharm or genome/seq facility in
univerisities are places to go.
3. Continue phd and get some practical experiences yourself---through course
projects or interns. It's true that bioinfo team needs relatively fewer
people (no RA positions etc) and need develop new thing |
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c******d
发帖数: 306 | 47 so what's their role in R&D? |
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w******y
发帖数: 8040 | 48 discovery
and technical support |
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c******d
发帖数: 306 | 50 lz是做bioinfo的吧？介绍点找工作的经验吧。现在行情怎么样？ |
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