y***o
发帖数: 136 | 1 人人都说screening test不准，假阳可能性大。
可是真轮到自己头上，还是不免担心。不过也没啥可选的，可能还得做羊穿啊！
上周五12周做first trimester screening, 周五医生就收到ultrasound 结果，网上留
言 ultrasound normal,等待本周血检结果。
昨天，医生亲自打电话来，一想就不是啥好事。通常都是护士打呀，即使是坏消息，缺
铁，糖妈等。
说我的唐氏比例1:6， 远高于35 岁 cutoff 1:一百多（记不清了）；
chromosone 18(trisomy 18) 1:75 也高于1:100 标准。
ultrasound is normal, 肯定是血检有问题。
说要见 high risk OBG,再做b操，他们会提供给我更多的信息和option（such as CVS,
amnio...-即羊穿），这不，他们还没联系我呢。
这是二胎，36-37岁了， 去年有过两个月自然流产，难不成也跟这有关？
担心中。。。 |
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w*****1
发帖数: 473 | 2 【 以下文字转载自 DataSciences 讨论区 】
发信人: wz99331 (dotti), 信区: DataSciences
标 题: 如何把１个文件分成２２个以chromosone为单位的文件
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Mar 31 18:19:51 2014, 美东)
我想用merlin做gwas,结果说内存不够，问了作者，建议把我的ped 文件分成２２个文
件，每个chromosome一个文件。请问plink里面有命令可以把包括２２个chromosome的
ped file和map file分成以每个chromosome为单位的２２个子文件吗？
另外分成２２个后，如何产生merlin 需要的.dat file呢？谢谢！ |
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z*****e
发帖数: 1442 | 7 自然流产和这个没关系。做个羊穿吧。
祝福你的宝宝健健康康。
CVS, |
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d***y
发帖数: 7167 | 13 blesssss
★ 发自iPhone App: ChineseWeb - 中文网站浏览器 |
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y******a
发帖数: 41 | 18 Bless!特能体会你的心情，但事实上却基本都是虚惊一场！ |
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d**********o
发帖数: 148 | 20 big bless!
But better to do animo or CVS to make sure. |
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a*****a
发帖数: 19262 | 23 建议做详细排查，虽然这种测试假阳性很高，但是做一下羊穿和进一步的B超排查是非
常有必要的。 |
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l******9
发帖数: 1106 | 24 Bless MM!
我昨天刚做了羊穿，现在在等fish结果。希望我们都没事！
CVS, |
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e*****e
发帖数: 45 | 27 血检不太准，要是B超和血检都不好才值得担心。你的宝宝不会有问题的。 |
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s*******e
发帖数: 15758 | 28 No, no, no, I will....
she is very crazy. I won't be suprised if she picks up a "Y" chromosone someday. |
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s*k
发帖数: 144 | 29 外行诹几句，您老将就看吧。
一般chromosome condensation 是在该段染色体不活跃的时候。
所谓不活跃就是该段DNA暂时不需要作为模板去生成对应的RNA
(这个过程叫transcription)或复制出另外的双链DNA的时候。
一般认为与大范围的基因表达调控有关。在细胞分裂前也要
condense, 这是最明显最广泛的condensation, 主要作用是让
乱丝样的DNA收紧一些，绕成个大线团，别在染色体分家的过程中
挂上谁。
这事参与的东东不少,用手指头再加脚趾头大概是点不清它们。
至少有些是与组蛋白(就是被DNA缠在身上的那一组蛋白)的磷酸化有关。
对了，教主，什么时候您能给大家科普一下热力学呀？ |
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b***y
发帖数: 6 | 30
其实这是一个非常有意思的问题，好象当年薛定谔等搞量子物理的
高手
也是因为想到类似这样的问题，而觉得生物学奇妙无比。(历史)
现在也不能说就知道了吧，反正是你一点我一点的，从不同方面来
提供
一些理解的线索而已。而从物理的角度，还没有很清楚的概念。你做
一个
突变，他发现一些化学修饰，等等。最基本的概念，应该是所有教科
书上
都有的一个层次组装模型。
最近几年好象常常有一些很有意思的报道在Science上，从物理的
角度来
看问题，实验做得很精妙，你老兄不会是也在琢磨上Science吧？ |
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S******y
发帖数: 1123 | 31 can you share some sample data here?
Python may be up to the task... |
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w*****1
发帖数: 473 | 33 这是.ped file: 一共３０００多行，几十万列，包括２２个chromosome的snps
没有head:
101001 10100100 10100101 10100102 1 0.83880973 0 0 C C C T...
101001 10100101 0 0 1 0 C C C G C C...
101001 10100102 0 0 2 0 C T G G C C ..
101001 10100103 10100101 10100102 1 -0.307705011 C C C G C T ..
101001 10100104 10100101 10100102 2 -0.530048238 T T G G C C ..
101001 10100105 10100101 10100102 1 -1.086252879 C T C G C T ..
.
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还有.map fil... 阅读全帖 |
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H**n
发帖数: 43 | 35 UNIX?
it should be very easy
for i in {1..22}; do plink --file yourfile --chr ${i} --recode --out
yourfile_chr${i}; done |
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w*****1
发帖数: 473 | 38 我想用merlin做gwas,结果说内存不够，问了作者，建议把我的ped 文件分成２２个文
件，每个chromosome一个文件。请问plink里面有命令可以把包括２２个chromosome的
ped file和map file分成以每个chromosome为单位的２２个子文件吗？
另外分成２２个后，如何产生merlin 需要的.dat file呢？谢谢！ |
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w*****1
发帖数: 473 | 41 我试过这个命令，这是在用plink做分析的时候用这个命令，就可以只包含一个
chromosome，问题是我现在必须先产生２２个子文件，然后用这２２个文件用merlin来
分析。我需要考虑到family因素，plink对family考虑的不够好，所以只能用merlin |
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g*******l
发帖数: 239 | 42 我不太懂，你运行22遍不是就有22个文件了吗
一行perl搞定 |
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