o*******u
发帖数: 242 | 1 【 以下文字转载自 Linux 讨论区 】
发信人: ohliumliu (htmm), 信区: Linux
标 题: 有没有懂java和ImageJ的牛人，有关plugin
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Jun 4 20:18:52 2009, 美东)
最近想写个ImageJ的plugin，需要用到java，可是没学过啊，看了看例子似乎挺明白，
但是用起来还是不通。
这个plugin设计是用户输入latex代码，然后自动产生一个www.texify.com的URL，指向
产生的公式图像，最后用ImageJ打开这个URL。由于latex表达式中的特殊字符要变成带
%的编码格式，所以要用java.net.URLEncoder，或者是用URI，这些网上都有例子。可
是在写plugin时怎么也产生不了正确的URL或URI。如果用一个已知的编好码的URL，
ImageJ是可以打开的。
有没有现成的URI或URLEncoder的代码片段可以分享一下？谢谢。 |
|
o*******u
发帖数: 242 | 2 最近想写个ImageJ的plugin，需要用到java，可是没学过啊，看了看例子似乎挺明白，
但是用起来还是不通。
这个plugin设计是用户输入latex代码，然后自动产生一个www.texify.com的URL，指向
产生的公式图像，最后用ImageJ打开这个URL。由于latex表达式中的特殊字符要变成带
%的编码格式，所以要用java.net.URLEncoder，或者是用URI，这些网上都有例子。可
是在写plugin时怎么也产生不了正确的URL或URI。如果用一个已知的编好码的URL，
ImageJ是可以打开的。
有没有现成的URI或URLEncoder的代码片段可以分享一下？谢谢。 |
|
b*****e
发帖数: 762 | 3 你试过不用imagej，直接用matlab读raw的data吗？貌似效率比用imagej高。 还有你用
x11干甚? |
|
I*****y
发帖数: 6402 | 4 如果真是用的imageJ, imageJ那真是太牛了，呵呵 |
|
X***n
发帖数: 366 | 5 ImageJ如果连这个都干不了，真别叫ImageJ了，呵呵 |
|
m****t
发帖数: 206 | 6 【 以下文字转载自 Faculty 讨论区 】
发信人: mavest (mavest), 信区: Faculty
标 题: ImageJ和OpenCV Java版用哪个比较好？
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Oct 12 14:59:55 2014, 美东)
请问有做CV的老师吗？
这两个JAVA SUPPORT的计算机视觉处理平台哪个更加好用，性能更好？
谢谢！ |
|
u*******r
发帖数: 864 | 7 不是老师，imagej在bioimaging用的多吧 |
|
e********r
发帖数: 2352 | 8 随便挑一个吧, ImageJ有个加强版Fiji，大概常用的Image Processing的工具都有了，
写写Jython就可以把自己的东西加进去。 |
|
e********r
发帖数: 2352 | 9 随便挑一个吧, ImageJ有个加强版Fiji，大概常用的Image Processing的工具都有了，
写写Jython就可以把自己的东西加进去。 |
|
a***y
发帖数: 19743 | 10 imageJ...java 64位版本
貌似它不能把CPU占满，做一些运算的时候。
搞了好久终于找到处理我的照片的最佳方法。。。
保存成tiff再拿到matlab里精确计算一下。。。。
matlab。。。X11.... |
|
|
m****t
发帖数: 206 | 12 【 以下文字转载自 Faculty 讨论区 】
发信人: mavest (mavest), 信区: Faculty
标 题: ImageJ和OpenCV Java版用哪个比较好？
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Oct 12 14:59:55 2014, 美东)
请问有做CV的老师吗？
这两个JAVA SUPPORT的计算机视觉处理平台哪个更加好用，性能更好？
谢谢！ |
|
|
|
|
s*****j
发帖数: 6435 | 16 想要造假的话, 用IMAGEJ来造要可靠的多. |
|
C****r
发帖数: 281 | 17 做完colony formation assay，想数colony
有人推荐imagej，不知道怎么用，请教 |
|
n***w
发帖数: 2405 | 18 有一些tissue的confocal images, 每张是3个channel,
想知道如何quantify intensity.
试了一下imageJ里set measurements，用mean gray scale，但是不对。
求指点。
非常感谢！ |
|
z*******6
发帖数: 679 | 19 就像楼上们说的，split先...
前阵子王同学做fret，我学习了一下imagej，如果你要批量处理，我可以帮忙... |
|
s*****j
发帖数: 6435 | 20 apply the ROIs on raw data channl, check "Show All" box in ROI Manager
there is a Measure" button in ROI manager
use "Analyze"->"Set Measurement" to set what kinds of measurements you need.
you can save the ROIs in "More"->"Save" for future reference. the file
type is xxx.zip. directly drag the .zip file into ImageJ menu window to
open the ROIs.
用？ |
|
n***w
发帖数: 2405 | 21 之前帮别人用imageJ处理了一点fluorescence intensity的数据，我告诉他们用mean来
分析，因为mean = integrated intensity / area. 同时数据里还有min and max grey
value.
今儿回头来问我说，为啥min 是1， max 是186， mean是8呢？不应该是93吗？所以这
样的话，数据不是symmetrical分布的，得用另一种数据分析方法。。。
我不知道怎么去回答他们因为我自己对具体各种参数也不是很了解。。。
有熟悉的来指导指导吧。
谢谢 |
|
f*c
发帖数: 2726 | 22 用imageJ 来quantitate gel band, 为啥空白lane背景intensity高于样品条带的强度
，是哪里要设置一下？
我就是用长方形选择条带，然后直接measure,总是背景的强度最大，正好反着来
谢谢 |
|
s**2
发帖数: 1287 | 23 ImageJ 主要是针对显微镜照片开发的，而显微镜照片亮的才是信号。 |
|
s*****j
发帖数: 6435 | 24 No. most of the time ImageJ will assume you work on "dark" objects. you
need to set it to work on "white" objects. |
|
f*c
发帖数: 2726 | 25 我再把背景减掉，如果我不事先invert,就得用背景去减样品，其实也可以，就是觉得
怪怪的
既然大家都觉得imagej本来就这样，我就放心了 |
|
|
b********r
发帖数: 31 | 27 为啥不用image studio lite? 个人觉得比imageJ 好用太多 |
|
f*c
发帖数: 2726 | 28 不知道这个软件，实验室的人好像都用得imageJ, 也是免费下载的吗？ |
|
m*******n
发帖数: 124 | 29 如果对单个细胞，用imageJ,很容易，直接用鼠标圈起来，measure一下memberane 和
cytosol就可以。。。 |
|
w*****8
发帖数: 13 | 30 想用imageJ画一个三维的图，用的是analyze里的surface plot, 但发现画出来的图没
法改变z轴
坐标，导致没法看出表面形状，后来又试了plugin 里的interative 3D surface plot
，Z轴坐标
倒是改了，但是不知道为什么无法显示三维图象，出来的只是二维的，如果有哪位高手
能够指点
一下，请您留下msn或者email,我把原图发给您，帮我找找原因，谢谢啦 |
|
w*****8
发帖数: 13 | 31 想用imageJ画一个三维的图，用的是analyze里的surface plot, 但发现画出来的图没
法改变z轴
坐标，导致没法看出表面形状，后来又试了plugin 里的interative 3D surface plot
，Z轴坐标
倒是改了，但是不知道为什么无法显示三维图象，出来的只是二维的，如果有哪位高手
能够指点
一下，请您留下msn或者email,我把原图发给您，帮我找找原因，谢谢啦 |
|
|
|
s*****j
发帖数: 6435 | 34 Fiji is "Fiji Is Just ImageJ", google it .
download MBF ImageJ, it has plenty of plugins already installed
http://www.macbiophotonics.ca/downloads.htm
then try "plugin"->"stacks-zfunction" will help. |
|
|
p*******r
发帖数: 4048 | 36 I want to start a company like redhat.
Basically commercial support for a curated version of imagej and charge
maybe a few hundred dollars a year to support it.
We mostly write plugins for stuff like imagej ourselves. |
|
m****e
发帖数: 37 | 37 大家用过cell profiler吗？也是open source的。我想知道做生物的人prefer imagej
那种plugin的模块模式还是cell profier 的模式.imagej每个plugin有很明确的功能，
比如细胞计数等等等等。但是这种模式有他的局限性。比如说细胞计数吧，最后模块会
给出一些测量结果。但是我需要的测量参数模块不提供，为了得到这些参数要做一些很
麻烦的处理，写一些macro什么的。。这种模式当然也有他的好处，就是如果你正好需
要的参数plugin都提供，那就很方便了，拿来就可以直接用。 cell profiler软件提供
基本的模块，用户可以很容易的组合不同的功能满足自己的需要。当然用户需要了解它
的规则，对图像处理需要有一定了解。 |
|
c******r
发帖数: 3778 | 38 我觉得各有各的好处。
imageJ的好处是可以自己写macro。不论多好的软件都有不合用的时候，能自己写macro
就方便很多。但是坏处就是找plugin不如按button方便。差很多。多数bench
scientist都不会用，也没地方去找plugins。
商业软件的好处是功能界面都比较polished，使用方便。但是问题是一实在太贵，没人
用得起。第二适用范围有限。稍微特殊一点就麻烦了。
最好当然是融合啦。多数都是buildin的功能。同时也允许用户自己写macro或者，也可
以用plugins。各取所需嘛。
imagej |
|
s*****j
发帖数: 6435 | 39 photoshop启动的时间里, ImageJ都能把活干完了.
很多人就是不能相信ImageJ的功能有多强大和实际上有多好学. |
|
x*****a
发帖数: 972 | 40 我在老鼠背部打了个孔，然后拍了照片，用imageJ来测量孔的面积。当时拍照的时候，
老鼠就麻醉后趴在手术台上，旁边放个尺子。算面积的时候，先用那个尺子来定scale。
我突然想到一个问题：老鼠的背部离手术台（尺子所在平面）大约高1.5厘米，这会不
会导致不准。
我拿了张纸，画了个1厘米的直线，然后放在一个本子上（比桌面高大约1.5厘米），然
后桌面上放个尺子，拍照，在ImageJ里算直线的长度，大约是1.25厘米，偏离了25%啊。
大家有什么好办法么？是我多虑了，还是我的拍照方法确实有问题？谢谢了啊 |
|
|
D*a
发帖数: 6830 | 42 现在很多机器可以拍照和定量，应该比imageJ准确，imageJ貌似只能到255。 |
|
j*******e
发帖数: 59 | 43 最近老板要求做single particle tracking。研究的对象是膜蛋白，我自己用Qdot 605
标记了一抗，然后做拿TIRF microscope拍了time lapse video。可以看到结合在细胞
表面上的Qdot-抗体有明显的运动。
正在发愁怎么分析这些数据，我想要得到这些particle在细胞膜上运动的trajectory，
然后根据它分析运动的类型和速率。在网上看到一些信息说ImageJ可以用来做particle
tracking。然后找了教程，自己试着生成trajectory，但是发现得不到任何结果。想
问问谁有类似的经验，ImageJ有什么窍门没有。另外有没有别的常用软件可以做这种分
析。多谢帮助！ |
|
s******y
发帖数: 28562 | 44 谢谢！暂时还是想先哭闹着让显微镜公司解决这个问题。因为我们的显微软件是
公司买来的，不是ImageJ, 如果用ImageJ的话很多整合问题就不好解决了。比方说我们
就不能实时对图像进行分析了。而且即使是后处理，还必须打开两个软件分别处理两次
，很多批处理就很难进行了。 |
|
n***w
发帖数: 2405 | 45 我觉得只要你拍照的时候不要饱和你的信号就可以用来quantify。用imagej的话，就
separate channel, subtract background, measure, 至于你要特别严谨，可以找一些
大paper, 方法里写了很多用各种公式啊计算荧光强度。你可以打电话给confocal的客
服，那些工程师会很详细的和你解释如何定量，而且很多confocal的软件自带定量了，
你不一定要用imagej。 |
|
m******o
发帖数: 8504 | 46 nucleus 用blue 或者灰白，单独一个图就行，就是做个对照，merge的时候，不用把4
个颜色都Merge到 nucleus上
另外三个：Green, Red, Cyan；非常非常少的情况能见到用到Magenta的
我都是用我们实验室的显微镜带的软件，别的分析软件不太清楚，估计ImageJ 可以，
感觉ImageJ应该有我们所需求的大部分功能 |
|
m****t
发帖数: 206 | 47 请问有做CV的老师吗？
这两个JAVA SUPPORT的计算机视觉处理平台哪个更加好用，性能更好？
谢谢！ |
|
m****t
发帖数: 206 | 48 请问有做CV的老师吗？
这两个JAVA SUPPORT的计算机视觉处理平台哪个更加好用，性能更好？
谢谢！ |
|
s***e
发帖数: 5242 | 49 re.
photoshop also works with some addons. |
|
发帖数: 1 | 50 先废话一下，我刚刚离开求职市场，这是最近一些猎头发给我的职位信息，各位同行如
果有兴趣的，请直接联系相关猎头。个人觉得猎头代交HR Manager似乎能把进第一轮面
试的机会提高那么一点点（在公司里没私人network的时候）
希望大家都求职顺利
=======================
Recruiter: Chris Drake [email protected]/* */ 512 222 7116
Company
www.paratusdiagnostics.com
GENERAL DESCRIPTION
The Optical Engineer is responsible for the applied research and development
of bio-medical systems and sub-systems to be used in the development of the
Paratus foundational point-of-care cartridge technology. The Optical
Engineer i... 阅读全帖 |
|
