m****e
发帖数: 37 | |
s******y
发帖数: 28562 | 2 I used Deltavision and Metamorph. They are both alright.
Deltavision的好处是比较稳定，不太容易死机，即使中途死机了，部分存下来的文件还能使用，所以这一点对过夜纪录很好。而且图像处理功能比较强，可编程性强，但是有些功能没有做定义，得你自己去弄。
坏处是：居然缺乏某些特别基本的功能，比方说它居然不能做live imaging,
而只能不停的霹雳啪啪的快速拍摄来代替，有时候让人很担心不会不很快就把
shutter用坏。
Metamorph 相对也很稳定，大部分图像处理功能都有。很多简单的摄影功能都定义得很好，上手相对快。
坏处是：不死机则已，一旦死机就麻烦了，存下来的文件十有八九是读不了的。，图形处理中有很多功能，但是很多根本没有什么用，而你特别想用的功能反而是要么很复杂，要么就没有。比方说你要是想定义一个空心圆圈的region? 不允许！
或者是你只是想简单的看一下某一片区域里面的荧光总强度？必须先做定义，定threshold,然后计算！
里面的那个自定义程序几乎就是一个joke,比方说你如果想把某一个目录下面的所有文件都按照同一种方式处理一下，那么你最好是一个一个的打开处理。如果你想让机器自动处理（比方说自动打开下一个文件，然后把新结果打开一个新文件来存），那就等着哭吧。因为很多地方都不许你编程改动。
另外的velocity 我也用过几次，感觉就是一群专业做计算机的人编写的，根本没有
考虑到生物人的使用习惯和心理习惯。很多命令起的名字让人莫名其妙。不过功能非常强大。使用习惯后也非常好用。
【在 m****e 的大作中提到】
: 所用的软件有什么满意和不满意的地方？
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p*******r
发帖数: 4048 | 3 imagej/fiji
件还能使用，所以这一点对过夜纪录
很好。而且图像处理功能比较强，可编程性强，但是有些功能没有做定义，得你自己去
弄。
很好，上手相对快。
形处理中有很多功能，但是很多根本
没有什么用，而你特别想用的功能反而是要么很复杂，要么就没有。比方说你要是想定
义一个空心圆圈的region? 不允许！
threshold,然后计算！
文件都按照同一种方式处理一下，那
么你最好是一个一个的打开处理。如果你想让机器自动处理（比方说自动打开下一个文
件，然后把新结果打开一个新文件
来存），那就等着哭吧。因为很多地方都不许你编程改动。
【在 s******y 的大作中提到】
: I used Deltavision and Metamorph. They are both alright.
: Deltavision的好处是比较稳定，不太容易死机，即使中途死机了，部分存下来的文件还能使用，所以这一点对过夜纪录很好。而且图像处理功能比较强，可编程性强，但是有些功能没有做定义，得你自己去弄。
: 坏处是：居然缺乏某些特别基本的功能，比方说它居然不能做live imaging,
: 而只能不停的霹雳啪啪的快速拍摄来代替，有时候让人很担心不会不很快就把
: shutter用坏。
: Metamorph 相对也很稳定，大部分图像处理功能都有。很多简单的摄影功能都定义得很好，上手相对快。
: 坏处是：不死机则已，一旦死机就麻烦了，存下来的文件十有八九是读不了的。，图形处理中有很多功能，但是很多根本没有什么用，而你特别想用的功能反而是要么很复杂，要么就没有。比方说你要是想定义一个空心圆圈的region? 不允许！
: 或者是你只是想简单的看一下某一片区域里面的荧光总强度？必须先做定义，定threshold,然后计算！
: 里面的那个自定义程序几乎就是一个joke,比方说你如果想把某一个目录下面的所有文件都按照同一种方式处理一下，那么你最好是一个一个的打开处理。如果你想让机器自动处理（比方说自动打开下一个文件，然后把新结果打开一个新文件来存），那就等着哭吧。因为很多地方都不许你编程改动。
: 另外的velocity 我也用过几次，感觉就是一群专业做计算机的人编写的，根本没有
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s*****j
发帖数: 6435 | 4 搞懂ImageJ就不用花冤枉钱买commercial的啦.
当然, 3D rendering 和 deconvolution 的除外.
【在 m****e 的大作中提到】
: 所用的软件有什么满意和不满意的地方？
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m****e
发帖数: 37 | 5 说说做生物人的使用软件的心理和习惯吧。界面需要简单明了，模块命名通俗易懂？
能不能说说在采集和处理上，你有什么想要的功能现有的软件没法解决或者最后得出的
结果不满意的？
件还能使用，所以这一点对过夜纪录很好。而且图像处理功能比较强，可编程性强，但
是有些功能没有做定义，得你自己去弄。
很好，上手相对快。
形处理中有很多功能，但是很多根本没有什么用，而你特别想用的功能反而是要么很复
杂，要么就没有。比方说你要是想定义一个空心圆圈的region? 不允许！
threshold,然后计算！
文件都按照同一种方式处理一下，那么你最好是一个一个的打开处理。如果你想让机器
自动处理（比方说自动打开下一个文件，然后把新结果打开一个新文件来存），那就等
着哭吧。因为很多地方都不许你编程改动。
【在 s******y 的大作中提到】
: I used Deltavision and Metamorph. They are both alright.
: Deltavision的好处是比较稳定，不太容易死机，即使中途死机了，部分存下来的文件还能使用，所以这一点对过夜纪录很好。而且图像处理功能比较强，可编程性强，但是有些功能没有做定义，得你自己去弄。
: 坏处是：居然缺乏某些特别基本的功能，比方说它居然不能做live imaging,
: 而只能不停的霹雳啪啪的快速拍摄来代替，有时候让人很担心不会不很快就把
: shutter用坏。
: Metamorph 相对也很稳定，大部分图像处理功能都有。很多简单的摄影功能都定义得很好，上手相对快。
: 坏处是：不死机则已，一旦死机就麻烦了，存下来的文件十有八九是读不了的。，图形处理中有很多功能，但是很多根本没有什么用，而你特别想用的功能反而是要么很复杂，要么就没有。比方说你要是想定义一个空心圆圈的region? 不允许！
: 或者是你只是想简单的看一下某一片区域里面的荧光总强度？必须先做定义，定threshold,然后计算！
: 里面的那个自定义程序几乎就是一个joke,比方说你如果想把某一个目录下面的所有文件都按照同一种方式处理一下，那么你最好是一个一个的打开处理。如果你想让机器自动处理（比方说自动打开下一个文件，然后把新结果打开一个新文件来存），那就等着哭吧。因为很多地方都不许你编程改动。
: 另外的velocity 我也用过几次，感觉就是一群专业做计算机的人编写的，根本没有
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m****e
发帖数: 37 | 6 imagej采集功能如何？我只用过他们的处理，感觉不同的plugin实在相差太大。有的
plugin很好，有的则bug百出。
还有，你们用图像处理主要用现成的模块呢还是自己需要集成几个不同的功能和模块才
能满足自己的分析处理需要呢。
【在 p*******r 的大作中提到】
: imagej/fiji
:
: 件还能使用，所以这一点对过夜纪录
: 很好。而且图像处理功能比较强，可编程性强，但是有些功能没有做定义，得你自己去
: 弄。
: 很好，上手相对快。
: 形处理中有很多功能，但是很多根本
: 没有什么用，而你特别想用的功能反而是要么很复杂，要么就没有。比方说你要是想定
: 义一个空心圆圈的region? 不允许！
: threshold,然后计算！
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m****e
发帖数: 37 | 7 V3D的 3d rendering不错，适度很快，而且是免费的。
【在 s*****j 的大作中提到】
: 搞懂ImageJ就不用花冤枉钱买commercial的啦.
: 当然, 3D rendering 和 deconvolution 的除外.
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s******y
发帖数: 28562 | 8
你是不是他们软件组的呀？ 你们公司曾经派了一个叫Scott Young 的过来给我们
培训，我就给他指出过了类似问题，他尴尬的说软件组的人的编写习惯可能不适合
我们生物界的人。
我觉得吧，你们那个软件很多地方有使用上的毛病，比方说你们居然没有一个键，
就是让我可以在图像上面乱点一下鼠标而不会导致出问题的功能？你们可能觉得
说我们为什么要在上面乱点鼠标？这个原因很简单呀！因为我们经常要给老板
看数据呀，会拿着鼠标在图像上面指指点点呀！可是你们这个界面，我只要一
不小心点了一个键，就啪的一下对图像进行了一个什么让我哭笑不得的处理，
经常是弄得我在ｓｈｏｗ数据的时候提心吊胆的
【在 m****e 的大作中提到】
: 说说做生物人的使用软件的心理和习惯吧。界面需要简单明了，模块命名通俗易懂？
: 能不能说说在采集和处理上，你有什么想要的功能现有的软件没法解决或者最后得出的
: 结果不满意的？
:
: 件还能使用，所以这一点对过夜纪录很好。而且图像处理功能比较强，可编程性强，但
: 是有些功能没有做定义，得你自己去弄。
: 很好，上手相对快。
: 形处理中有很多功能，但是很多根本没有什么用，而你特别想用的功能反而是要么很复
: 杂，要么就没有。比方说你要是想定义一个空心圆圈的region? 不允许！
: threshold,然后计算！
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m*********7
发帖数: 5207 | 9 I use Axiovision from Zeiss. |
s*****j
发帖数: 6435 | 10 Imagej 没什么采集功能.
自己的数据当然自己写macro或者plugin.
【在 m****e 的大作中提到】
: imagej采集功能如何？我只用过他们的处理，感觉不同的plugin实在相差太大。有的
: plugin很好，有的则bug百出。
: 还有，你们用图像处理主要用现成的模块呢还是自己需要集成几个不同的功能和模块才
: 能满足自己的分析处理需要呢。
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m****e
发帖数: 37 | 11 faint,什么软件组呀？我没用过velocity呀。
我在想如果要写一个采集或者处理的plugin，要满足什么条件才能满足大多数人的需求。
比如说采集吧，有的人就是简单的snap采几张图片，有的人需要做时间序列，有的人需
要做不同的z序列，还有不同的stage position，更复杂的是一个序列套着一个序列。
要是有一个模块能同是满足以上需求，肯定有人会说采集的界面太复杂，我只是需要手
动拍几张照片而以。可是如果不是那么复杂，又怎么能满足不同人的需求呢？
再说图像处理吧。我自己也做bench work,有一定工程背景。对于我自己的实验序列，
我希望能自动trace每个细胞然后最后得到把细胞的荧光表达随时间变化的曲线。我的
细胞形状不规则，密度也比较高。细胞细胞间有重叠。我目前没有找到有什么现成的软
件可以如果容易的得到我想要的数据。如果大家知道有什么软件在这方面比较强大，麻
烦告诉一声。
【在 s******y 的大作中提到】
:
: 你是不是他们软件组的呀？ 你们公司曾经派了一个叫Scott Young 的过来给我们
: 培训，我就给他指出过了类似问题，他尴尬的说软件组的人的编写习惯可能不适合
: 我们生物界的人。
: 我觉得吧，你们那个软件很多地方有使用上的毛病，比方说你们居然没有一个键，
: 就是让我可以在图像上面乱点一下鼠标而不会导致出问题的功能？你们可能觉得
: 说我们为什么要在上面乱点鼠标？这个原因很简单呀！因为我们经常要给老板
: 看数据呀，会拿着鼠标在图像上面指指点点呀！可是你们这个界面，我只要一
: 不小心点了一个键，就啪的一下对图像进行了一个什么让我哭笑不得的处理，
: 经常是弄得我在ｓｈｏｗ数据的时候提心吊胆的
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m****e
发帖数: 37 | 12 你写的plugin主要实现什么样的功能呢？是集成一些现成的函数来实现customize的分
析还是
自己实现底层的处理函数呢？能举个详细点的例子吗。
【在 s*****j 的大作中提到】
: Imagej 没什么采集功能.
: 自己的数据当然自己写macro或者plugin.
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s******y
发帖数: 28562 | 13 我的建议是不要试图写一个one size fit all的函数。这个一方面会累死你，
另外一方面，留下过多的接口和可变量会导致你的函数容易出现一些很难检测
出来的漏洞和错误。
最好是需要了，再写
求。
。
【在 m****e 的大作中提到】
: faint,什么软件组呀？我没用过velocity呀。
: 我在想如果要写一个采集或者处理的plugin，要满足什么条件才能满足大多数人的需求。
: 比如说采集吧，有的人就是简单的snap采几张图片，有的人需要做时间序列，有的人需
: 要做不同的z序列，还有不同的stage position，更复杂的是一个序列套着一个序列。
: 要是有一个模块能同是满足以上需求，肯定有人会说采集的界面太复杂，我只是需要手
: 动拍几张照片而以。可是如果不是那么复杂，又怎么能满足不同人的需求呢？
: 再说图像处理吧。我自己也做bench work,有一定工程背景。对于我自己的实验序列，
: 我希望能自动trace每个细胞然后最后得到把细胞的荧光表达随时间变化的曲线。我的
: 细胞形状不规则，密度也比较高。细胞细胞间有重叠。我目前没有找到有什么现成的软
: 件可以如果容易的得到我想要的数据。如果大家知道有什么软件在这方面比较强大，麻
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m****e
发帖数: 37 | 14 我自己有programming 的背景，所以倒不太担心debug和project过大的问题。
我希望写些有用而且比较通用的东西自己用起来舒服，别人也可以用。不过我不知道的是大家的expectation是什么？如果大部分人就只需要snap一些图像，手动定义一些region，简单测量一些intensity以及几何参数的话，或者说现有的commercial or open source的软件已经满足了大家的需求，那就没必要写通用的东西了。
【在 s******y 的大作中提到】
: 我的建议是不要试图写一个one size fit all的函数。这个一方面会累死你，
: 另外一方面，留下过多的接口和可变量会导致你的函数容易出现一些很难检测
: 出来的漏洞和错误。
: 最好是需要了，再写
:
: 求。
: 。
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p*******r
发帖数: 4048 | 15 I want to start a company like redhat.
Basically commercial support for a curated version of imagej and charge
maybe a few hundred dollars a year to support it.
We mostly write plugins for stuff like imagej ourselves.
【在 m****e 的大作中提到】
: imagej采集功能如何？我只用过他们的处理，感觉不同的plugin实在相差太大。有的
: plugin很好，有的则bug百出。
: 还有，你们用图像处理主要用现成的模块呢还是自己需要集成几个不同的功能和模块才
: 能满足自己的分析处理需要呢。
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p*******r
发帖数: 4048 | 16 Metamorph is pretty good for that.
求。
。
【在 m****e 的大作中提到】
: faint,什么软件组呀？我没用过velocity呀。
: 我在想如果要写一个采集或者处理的plugin，要满足什么条件才能满足大多数人的需求。
: 比如说采集吧，有的人就是简单的snap采几张图片，有的人需要做时间序列，有的人需
: 要做不同的z序列，还有不同的stage position，更复杂的是一个序列套着一个序列。
: 要是有一个模块能同是满足以上需求，肯定有人会说采集的界面太复杂，我只是需要手
: 动拍几张照片而以。可是如果不是那么复杂，又怎么能满足不同人的需求呢？
: 再说图像处理吧。我自己也做bench work,有一定工程背景。对于我自己的实验序列，
: 我希望能自动trace每个细胞然后最后得到把细胞的荧光表达随时间变化的曲线。我的
: 细胞形状不规则，密度也比较高。细胞细胞间有重叠。我目前没有找到有什么现成的软
: 件可以如果容易的得到我想要的数据。如果大家知道有什么软件在这方面比较强大，麻
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p*******r
发帖数: 4048 | 17 Well, I am writing a package based on machine learning.
I think that's the ultimate solution. I envision a company, where you send
me some hand labeled pictures, I do some training and ship you a customized
version.
Preliminary results look very good.
的是大家的expectation是什么？如果大部分人就只需要snap一些图像，手动定义一些
region，简单测量一些intensity以及几何参数的话，或者说现有的commercial or
open source的软件已经满足了大家的需求，那就没必要写通用的东西了。
【在 m****e 的大作中提到】
: 我自己有programming 的背景，所以倒不太担心debug和project过大的问题。
: 我希望写些有用而且比较通用的东西自己用起来舒服，别人也可以用。不过我不知道的是大家的expectation是什么？如果大部分人就只需要snap一些图像，手动定义一些region，简单测量一些intensity以及几何参数的话，或者说现有的commercial or open source的软件已经满足了大家的需求，那就没必要写通用的东西了。
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c******r
发帖数: 3778 | |
b******s
发帖数: 1089 | 19 我以前实验室做FRAP，采集图像的时候时常会有一些漂移。找了一个合作的人写了一个
plugin可以追ROI
【在 m****e 的大作中提到】
: 你写的plugin主要实现什么样的功能呢？是集成一些现成的函数来实现customize的分
: 析还是
: 自己实现底层的处理函数呢？能举个详细点的例子吗。
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m****e
发帖数: 37 | 20 I can see machine learning is good at classification or grouping data, but
as far as image segmentation, I don't see the successful application of
machine learning ya.
customized
【在 p*******r 的大作中提到】
: Well, I am writing a package based on machine learning.
: I think that's the ultimate solution. I envision a company, where you send
: me some hand labeled pictures, I do some training and ship you a customized
: version.
: Preliminary results look very good.
:
: 的是大家的expectation是什么？如果大部分人就只需要snap一些图像，手动定义一些
: region，简单测量一些intensity以及几何参数的话，或者说现有的commercial or
: open source的软件已经满足了大家的需求，那就没必要写通用的东西了。
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m****e
发帖数: 37 | 21 大家用过cell profiler吗？也是open source的。我想知道做生物的人prefer imagej
那种plugin的模块模式还是cell profier 的模式.imagej每个plugin有很明确的功能，
比如细胞计数等等等等。但是这种模式有他的局限性。比如说细胞计数吧，最后模块会
给出一些测量结果。但是我需要的测量参数模块不提供，为了得到这些参数要做一些很
麻烦的处理，写一些macro什么的。。这种模式当然也有他的好处，就是如果你正好需
要的参数plugin都提供，那就很方便了，拿来就可以直接用。 cell profiler软件提供
基本的模块，用户可以很容易的组合不同的功能满足自己的需要。当然用户需要了解它
的规则，对图像处理需要有一定了解。
【在 c******r 的大作中提到】
: imageJ不错啊，可以自己调整，定义啥的。
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m****e
发帖数: 37 | 22 MM对不规则物体的split好像不是很好呀
【在 p*******r 的大作中提到】
: Metamorph is pretty good for that.
:
: 求。
: 。
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m****e
发帖数: 37 | 23 能给举个例子吗。你一般用imagej做什么样的分析处理？
【在 c******r 的大作中提到】
: imageJ不错啊，可以自己调整，定义啥的。
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c******r
发帖数: 3778 | 24 我觉得各有各的好处。
imageJ的好处是可以自己写macro。不论多好的软件都有不合用的时候，能自己写macro
就方便很多。但是坏处就是找plugin不如按button方便。差很多。多数bench
scientist都不会用，也没地方去找plugins。
商业软件的好处是功能界面都比较polished，使用方便。但是问题是一实在太贵，没人
用得起。第二适用范围有限。稍微特殊一点就麻烦了。
最好当然是融合啦。多数都是buildin的功能。同时也允许用户自己写macro或者，也可
以用plugins。各取所需嘛。
imagej
【在 m****e 的大作中提到】
: 大家用过cell profiler吗？也是open source的。我想知道做生物的人prefer imagej
: 那种plugin的模块模式还是cell profier 的模式.imagej每个plugin有很明确的功能，
: 比如细胞计数等等等等。但是这种模式有他的局限性。比如说细胞计数吧，最后模块会
: 给出一些测量结果。但是我需要的测量参数模块不提供，为了得到这些参数要做一些很
: 麻烦的处理，写一些macro什么的。。这种模式当然也有他的好处，就是如果你正好需
: 要的参数plugin都提供，那就很方便了，拿来就可以直接用。 cell profiler软件提供
: 基本的模块，用户可以很容易的组合不同的功能满足自己的需要。当然用户需要了解它
: 的规则，对图像处理需要有一定了解。
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