a****o
发帖数: 1786 | 1 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: bigsail (当年的红帆船), 信区: Biology
标 题: 【SysBio Journal Club】Inherent Simplicity among Immense C
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Sep 22 00:38:31 2009, 美东)
【 以下文字转载自 SysBio 俱乐部 】
发信人: bigsail (当年的红帆船), 信区: SysBio
标 题: 【SysBio Journal Club】Inherent Simplicity among Immense C
关键字: 'Systems Biology' 'Journal Club' 'Theory' 'Simplicity'
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Sep 21 04:06:32 2009, 美东)
The Inherent Simplicity Among the Immense Complexity
– 读书笔记：Introduction to systems biology: design princi |
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b*****l
发帖数: 9499 | 2 【 以下文字转载自 SysBio 俱乐部 】
发信人: bigsail (当年的红帆船), 信区: SysBio
标 题: 【SysBio Journal Club】Inherent Simplicity among Immense C
关键字: 'Systems Biology' 'Journal Club' 'Theory' 'Simplicity'
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Sep 21 04:06:32 2009, 美东)
The Inherent Simplicity Among the Immense Complexity
– 读书笔记：Introduction to systems biology: design principles of biological circuits, Uri Alon, 2007, Chapman & Hall/CRC
（本段纯属废话，尽可略过）本篇算是 Systems Biology Journal Club 的抛砖引玉的第一块砖头。本来打算从 Novák & Tyson 发在 Nature Reviews 2008 的 |
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b*****l
发帖数: 9499 | 3 【 以下文字转载自 SysBio 俱乐部 】
发信人: bigsail (vancomycin), 信区: SysBio
标 题: 【SysBio】并联的快慢途径及其相关问题
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Oct 19 02:39:58 2009, 美东)
最常见的并联的快慢渠道就是 C1-FFL 了。
所谓的 C1-FFL，也就是 type I coherent feed-foward loop, 大约模样是这样的：
X -> Y -> Z
X ----> Z
Alon 认为其主要特点是，当外界输入的信号为 ON 时，两条路径，X -> Z 和 X -> Y
-> Z，都不足以把 Z 给 turn on，必须两者的加和才成，也就是说，是一个被 Y 给 d
elayed 的 AND operator；当外界引号为 OFF 时，快速通道 X -> Z 可以迅速把 Z 给
turn OFF。当外界输入的信号为短的 noise 时，由于 Y 的 delay，Z 不能同时从两个
渠道同时得到 ON 的信号，所以不会被 turn ON。因此系统是 robust 的。
我觉得，C1 |
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S*M
发帖数: 10832 | 4 我是理论化学phd
正在考虑博后干啥
将来不打算搞学术，但是我这行现在直接找工作有难度
突然看到sysbio这行好像挺火
其实具体干啥的我是一点儿也不懂
里面用到的数学工具跟我平时用的也完全不一样
不过说到底不就是编程么
想问问版上各位
这行出来就业形势咋样？
有公司或者研究所要么？
谢谢 |
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S*M
发帖数: 10832 | 5 你是在说theoretical chemistry vs sysbio么？
还是泛指chem vs bio |
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l**********1
发帖数: 5204 | 6 //sbw.kgi.edu/sbwWiki/doku.php?id=sysbio:csblinks#information_sites
//sbw.kgi.edu/sbwwiki/_media/sysbio/labmembers/hsauro/424_2010/what_is_
synthetic_biology1.pdf
//sbw.kgi.edu/sbwwiki/sysbio/labmembers/498a_systems_and_synthetic_biology_
winter_2011
//sbw.kgi.edu/sbwWiki/courses
//sbw.kgi.edu/sbwWiki/doku.php?id=sysbio:labmembers
science |
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z***a
发帖数: 6 | 7 感谢cnyy，demoner 的指正。关于math biology 的历史，我确实所知不多。我们不能
说过去几年开创了math biology 这个领域，只能说他焕发了青春。我想这么说更贴切
一些。
我想再补充一下，也顺便应云彩，司马不光大哥/老弟的要求，在这里献丑推荐些文章
。我想再强调一点的是，这个领域涉及面很广，很多化工，物理方面专家也做出了很大
的贡献（向我么中国人自豪的庄晓薇，sunny xie 都做出了很不错的成绩），如果有
谁的老板，同事被我漏掉了，请恕我疏漏。也欢迎大家来讨论补充。
现在的sysBio 大概能归为两类：一类是应用微分方程或者离散随机过程帮助研究比较
细节化的生物过程。细化到细胞内的某种分子的数量。一般大家只做某个通路，试验结
果也都小规模的。这方面我还是觉得John Tyson的工作最为系统和成功。他用微分方程
模型完整地解释细胞周期的机制。如果你能读懂Nonlinear dynamics and chaos 前面4
章，看他的文章应该就没问题了。这些成果是他近20年研究的集成，我么可以思考一下
如何在此基础上更进一步。同时，现在synthetic b... 阅读全帖 |
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B****m
发帖数: 63 | 8 兄弟，您肯定是生物界的前辈了，谢谢你的推荐！再看到zesta的这篇帖子我感慨万千。
2年前，我对合成生物学和系统生物学根本不了解，偶然看到zesta前辈的《Math/
Systems/Synthetic Biology 人物榜》牛文，顿觉醍醐灌顶，像找到了慕想许久的恋人
般振奋。我化振奋为行动，仔细读了相关的很多文献，了解了这个新起的领域，然后联
系了UCLA、MIT、U of Boston、caltech、UIUC的几位牛人（我不用说你肯定能猜到他
们的名字），恳求做博后。无奈出身太差，被直接无视，连个据信都没收到。
现在仍然从事生物的基础研究，但是对sysbio的向往和了解让我有了更宽广的思维。
sysbio仍然是我关注的领域，我也用心学习，尽量把他们的方法和成果用到自己的课题
中（或者说我把自己的课题向sysbio靠拢）。
希望能多跟前辈们交流，以提升自己的学识。 |
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h***e
发帖数: 20195 | 9 俞敏洪主题讲座及见面会“留学生活及留学后的职业规划” 9月27日 下午4：30-7：00
2013年9月27日，新东方教育科技集团总裁俞敏洪将带领“前途名校探访团”造访波士
顿与中国学子见面，届时俞敏洪将为大家献上独家主题讲座“留学生活及留学后的职业
规划”，带来最新的留学信息和国内就业形势。
此外，新东方前途出国团队成员横跨多个行业，期待大家与他们交流和共进晚餐。他们
包括：
俞敏洪：新东方科技教育集团董事长
周成刚：新东方科技教育集团高级副总裁，新东方前途出国咨询有限公司CEO
俞仲秋：新东方前途出国咨询有限公司副总裁，哥伦比亚大学金融工程硕士
闫晓哲：新东方前途出国咨询有限公司美国本科部一部总监，哈佛大学教育学硕士
邓曙航：新东方前途出国咨询有限公司美国本科部二部总监，耶鲁大学MBA，北卡大学
计算机硕士
萧明颢：新东方前途出国咨询有限公司外联部副总监，哈佛大学教育学硕士
王执：新东方前途出国咨询有限公司美国中学部资深顾问，佛罗里达大学本科、阿拉巴
马大学金融数学硕士
Event Introducation:
Beginning on September 1, 2013, an ... 阅读全帖 |
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b***i
发帖数: 3043 | 10 主要考虑两点可靠性，和快速开发。目前就我一个人，能搞定TI的SYSBIOS吗？据说有
bug。
烙印让我用这个Ti的OMAP L138，但是这是以前在别的公司做的，他们告我们抄袭怎么
办？我还不如离远点。
烙印对linux的主要质疑是是否可靠和开发速度。能否，比如1个月搞定底层，就是说所
有外设我都用Zynq片上的，是否可以快速砍掉所有多余程序，让最后的linux代码量达
到我能够驾驭的地步。他说他SYSBIOS最后100000行代码他基本都知道哪个文件干什么
。linux能否达到这个地步。我不需要改硬件，不需要什么pciE等台式机级别的设备，
不需要plug and play新的外设。唯一可能需要动态识别的SD card，就是插卡后应该可
以看到，而不是非得开机的时候有卡才行。
价钱$200应该是上限了，看了$130的也有。FPGA部分小点。我们需要的功能应该不高，
但就是想尽快开发出来，少费点事。
PRU |
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d***a
发帖数: 13752 | 11
你可以在OMAP上运行Linux啊。另外，如果老印说他知道SYSBIOS，那你就用SYSBIOS，
有什么事情可以去问他。如果他是头，有什么事是他和公司的责任，
保留email做证据。
老实说，我个人对Xilinx的support印象很差。我们搞个CF Card文件系统，折
腾很久才弄出来。想搞个RTOS，和他们联系很久，拿到的BSP居然编译不通过。
我也接触过TI的低端ARM系列（不是OMAP），TI的源代码看起来清爽多了。
$130是芯片价格吧，Xilinx给的Zynq evaluation board要九百美刀呢。你们
要自己做板子吗？ |
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A**********e
发帖数: 3102 | 13 【 以下文字转载自 SysBio 俱乐部 】
发信人: AuldLangSyne (天光云影共徘徊), 信区: SysBio
标 题: 悬赏 Re: 请求科普system biology
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Apr 21 21:42:56 2010, 美东)
俺悬赏征文好了，只要不是 copy & paste 的，是自己的话，谈谈什么是 systems
biology，双黄包奉上。 |
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l**********n
发帖数: 201 | 14 第一：是 Systems Biology，你漏了个 “s”
第二：SysBio 是个筐，什么都可往里面装。只要你研究的东东有两个基因及
以上的，都可以说你是在做 SysBio <--这是广义的
第三：狭义的定义有多种，有指用电脑模拟 computational modeling 的方法，
也有的指大规模的 large-scale database handling，甚至更狭义的指
genomic sequencing。
第四：具体 cover 的方向可以参见偶上一篇的 conference topics. |
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b*****l
发帖数: 9499 | 15 【 以下文字转载自 SysBio 俱乐部 】
发信人: bigsail (河马·轩辕三光), 信区: SysBio
标 题: 困惑啊：more details or less?
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Jun 18 20:37:25 2010, 美东)
这个问题困惑我整一年了，发出来向各位大牛求教。
当然了，套话先说一遍：一个 model 并不是 details 越多或者越少就越好，而是看多
复杂的 model 恰好可以适应这个 model 所 target 的应用。
现在切入正题：
有些组做 model 的趋势是越来越复杂和具体，横向看，越来越多的 components 被
integrate 进来，各 module 之间的 crosstalking 也越做越多；纵向看，各个
module 也越来越向 molecular level 迈进，同时越来越多地把 spatial info/
locations and diffussion/mass transport 模拟进来。
另一些组则是越做越简单，试图从大量纷繁复杂的模型中找出简单的共性来分析，或者
是从特别复杂的 |
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x********u
发帖数: 430 | 16 【 以下文字转载自 SysBio 俱乐部 】
发信人: xiaoyaoyou (逍遥游), 信区: SysBio
标 题: 请教如何将libSBML绑定到Matlab或者其他编译工具上，谢谢！
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Jul 12 22:51:17 2010, 美东)
在安装SBML toolbox之前要把libsbml 绑定到matlab或者C+或者Java等编译软件。本人
用WINDOWS XP系统，Matlab版本为7.1。每次按照说明安装libsbml，运行时总会有
install_Win32出错。如果直接安装sbml toolbox则会弹出 Binding not installed.
SBMLToolbox requires that the MATLAB binding of libSBML is installed.
我是一个计算机语言白吃，请问高手如何解决这一问题。谢谢！ |
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p*n
发帖数: 34 | 17 这么说作SysBio岂不是变成给别人分析数据的附庸了？干湿结合的sysbio lab会好一些？
systems |
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d*****r
发帖数: 2583 | 18 http://www.sysbio.harvard.edu/csb/jobs/fellow.html
JOBS
Fellow Positions
The Bauer Fellows are independent researchers,usually straight out of
graduate school, who receive funding for a group of up to three people.
Fellows are appointed for a three-year term, with the expectation that it
will be extended to five years. For more information about the Bauer Fellows
program, visit our website at http://sysbio.harvard.edu/csb/research/fellows.html.
We are accepting applications until Sept 30, 2011 t... 阅读全帖 |
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x********u
发帖数: 430 | 19 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: xiaoyaoyou (逍遥游), 信区: Biology
标 题: 请教如何将libSBML绑定到Matlab或者其他编译工具上，谢谢！ (转载)
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Jul 12 22:57:26 2010, 美东)
【 以下文字转载自 SysBio 俱乐部 】
发信人: xiaoyaoyou (逍遥游), 信区: SysBio
标 题: 请教如何将libSBML绑定到Matlab或者其他编译工具上，谢谢！
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Jul 12 22:51:17 2010, 美东)
在安装SBML toolbox之前要把libsbml 绑定到matlab或者C+或者Java等编译软件。本人
用WINDOWS XP系统，Matlab版本为7.1。每次按照说明安装libsbml，运行时总会有
install_Win32出错。如果直接安装sbml toolbox则会弹出 Binding not installed.
SBMLToolbox requires that the MATLAB b |
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d****i
发帖数: 4809 | 21 嵌入式的大部分要么是没有用任何操作系统，要么就是一些实时的RTOS像Greenhills
Integrity, VxWorks, QNX, RTX, SysBIOS等等，还有一些定制的embedded Linux像
MontVista等，用FreeBSD的从来没有见过。可能BSD的kernel的设计不是为嵌入式实时
操作系统用的。 |
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z***a
发帖数: 6 | 22 感谢cnyy，demoner 的指正。关于math biology 的历史，我确实所知不多。我们不能
说过去几年开创了math biology 这个领域，只能说他焕发了青春。我想这么说更贴切
一些。
我想再补充一下，也顺便应云彩，司马不光大哥/老弟的要求，在这里献丑推荐些文章
。我想再强调一点的是，这个领域涉及面很广，很多化工，物理方面专家也做出了很大
的贡献（向我么中国人自豪的庄晓薇，sunny xie 都做出了很不错的成绩），如果有
谁的老板，同事被我漏掉了，请恕我疏漏。也欢迎大家来讨论补充。
现在的sysBio 大概能归为两类：一类是应用微分方程或者离散随机过程帮助研究比较
细节化的生物过程。细化到细胞内的某种分子的数量。一般大家只做某个通路，试验结
果也都小规模的。这方面我还是觉得John Tyson的工作最为系统和成功。他用微分方程
模型完整地解释细胞周期的机制。如果你能读懂Nonlinear dynamics and chaos 前面4
章，看他的文章应该就没问题了。这些成果是他近20年研究的集成，我么可以思考一下
如何在此基础上更进一步。同时，现在synthetic b |
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p*******r
发帖数: 4048 | 23 Elowitz is doing well. He gave an interesting talk here recently. If
smoebody wants to do sysbio, I suggest his lab.
He and windell Lim.
（http://www.mitbbs.com/bbsann2/scitech.faq/Biology/greatbiologist/M.1169
947574.O0/Math+Systems+Synthetic+Biology+%C8%CB%CE%EF%B0%F1），引出不少有意
思的讨论。neverthink还给了我20伪币（谢了）。三年后的今天，又有人把它翻出来了
。我们都老
了，物是人非，云彩回国and挨骂了，neverthink不说中文了，河马改名云舟了，
demoner当斑竹
了，decay想嫁人了，新的id也涌现了。那么这些曾经在我们视野中的所谓牛人都有什
么新动态？又
有什么新人涌现？我们又能从中学到些什么呢？ |
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b*****l
发帖数: 9499 | 25 在一个系统内部，强调从系统的高度来分析和研究问题，而不是割裂地，片面地研究，
还是用 system 的吧，当然了，更多的是用 systematic。严格说来，只有那种总结某
一类系统的共性的，才能够挂 systems 的名头。
不过么，总是有人把 systematic analysis of a biosystem 挂上 systems biology
的名头，而且用得还挺多。正如你所说的啊，SysBio 现在就是一个筐，一个名头，做
systems biology 的主流之一，还是那帮做 computational biology 的，很多对
systems science 基本不了解。
来
就是
实现
design |
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l**********n
发帖数: 201 | 26 偶最近在帮老板写一篇 NRMCB，要谈到 systems biology 在偶们领域的作用和影响。
似乎在偶们领域，SysBio 包括 Functional Genomics 等等 large-scale HTS，
computational modeling 等等方法来解释海量数据模型，甚至包括 Synthetic Bio
来验证这些解释的可靠性。
偶感觉 systems 的方式更多在于所谓的方法论，应用到 experimental design 上去
有这么一个 guidance philosophy 就行了。
做 |
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f********n
发帖数: 6465 | 28 你要来欢迎啊.什么技术都不需要提前掌握,只要你命好,无它.
都可以到CHICAGO来收数据打酱油.
发信人: anoia (high estrogen man), 信区: Biology
标 题: Re: 深夜，我在argonne骑着三轮
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Oct 25 17:25:39 2010, 美东)
只需要一个，命好，无他 |
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f********n
发帖数: 6465 | 29 不过辛苦10年搞结晶,现在XFEL都不需要结晶了.
很多搞结晶的都快事业了,你要进入一个夕阳产业? |
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l**d
发帖数: 472 | 31 要想不干学术，要转就转彻底一点。何必从一个火坑跳到另一个火坑呢？ |
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s*****g
发帖数: 731 | 32 化学转生物，这不是一坑跳一坑么。
为啥不转什么有机啊之类的好进药厂的地。 |
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S*M
发帖数: 10832 | 33 Both are computational.
I can't possible pick up organic synthesis after getting a theoretical
chemistry phd |
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u*****g
发帖数: 1632 | 34 不错，
生物比化学好多了。无论是工资水平，工作条件，工作机会和社会认同度化学都比生物
差远了 |
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s******a
发帖数: 252 | 35 Yes, both are computational. How quickly can you ramp up in a new field?
How good are your stats and coding skills?
Message me offline if you don't wanna disclose too much here. |
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S*M
发帖数: 10832 | 37 thanks
不成我就找review看看吧
我现在连这个field具体有哪些方向都不知道
也在考虑转sysbio
不过好像bioinfo更好找工作
你说的这四条里
我好像也就只有4,哈哈
平时干活都是编程，不过用的是fortran
唯一生物背景来自俩学期的本科生化
统计一窍不通，有啥比较适合的教科书推荐么？
谢谢 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 38 东西双雄 Uri Alon & Wendel Lim 进两个死一双?!
so what are below UCSF and Harvard this Feb report?
almost contents of it are trash?
//synberc.org/sites/default/files/vol2%202012-02-23.pdf
//synberc.org/sites/default/files/vol1_2012-02-24.pdf
Uri Alon:
HTTPS://dev.sysbio.med.harvard.edu/faculty/alon/index.html
Wendel Lim:
//limlab.ucsf.edu/people/wendell.html |
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l**********1
发帖数: 5204 | 41 HTTps://sysbio.med.harvard.edu/faculty/yin/
Nature 1月 2011 同期 一作同时两篇 from Pierce Lab at CalTech
理论RNA自我组织反应经路模拟内容的
Yin, P., Choi, H.M., Calvert, C.R., & Pierce, N.A. (2008). Programming
Biomolecular Self-Assembly Pathways. Nature, 451(7176), 318-22. PMID:
18202654. pdf.
和DNA发夹模式用于DNA自我组织反应经路模拟内容的
Yin, P., Choi, H.M., Colby, R.C., & Niles, A.P. (2008). The abstraction of a
DNA hairpin motif is used to program diverse self-assembly (and disassembly
) pathways. Nature, 451, 318-22. pdf.
他那会的老板是牛津的... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 42 En
3 NCS upper recorders never go to this kind of position if they can go to
Harvard
i.e.; please go to
HTTps //sysbio.med.harvard.edu/faculty/yin/
or
//molecular-systems.net/ |
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l**********1
发帖数: 5204 | 43 En
3 NCS upper recorders never go to this kind of position if they can go to
Harvard
i.e.; please go to
HTTps //sysbio.med.harvard.edu/faculty/yin/
or
//molecular-systems.net/ |
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l**********1
发帖数: 5204 | 44 Lewis C. Cantley
HTTPs://sysbio.med.harvard.edu/faculty/lewis-c-cantley/
Science 2011 paper:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22052977 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 45 RE LS
LZ is not SysBio filed and not family with this field
so just take this Top O floor past as watching broadly just.
Ps:
plus one paper:
Development of a Bayesian Classifier for Breast Cancer Risk Stratification:
A Feasibility Study
Results: Independent predictors of biopsy outcome in the BBN model included personal breast disease
history, breast size, EIS (low vs high risk) and imaging results, and Gail cutoff (5-year risk: <1.66% vs
≥1.66%). Area under the receiver operating characterist... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 46 RE LS
LZ is not SysBio filed and not family with this field
so just take this Top O floor past as watching broadly just.
Ps:
plus one paper:
Development of a Bayesian Classifier for Breast Cancer Risk Stratification:
A Feasibility Study
Results: Independent predictors of biopsy outcome in the BBN model included personal breast disease
history, breast size, EIS (low vs high risk) and imaging results, and Gail cutoff (5-year risk: <1.66% vs
≥1.66%). Area under the receiver operating characterist... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 47 at least 50% CEO member should be women
Nordic Europa policy from 2006 to 2011
and French and Germany policy from 2012 to 2017 at least 40% CEO member should be women
and college/universitiete national institute PI gender balancing policy now
is ongoing.
So that congress guy should invite her
her lab link:
//biochemistry.ucsf.edu/labs/elsamad/home/index.html
and Galit Lahav Ph.D.
HTTPS//sysbio.med.harvard.edu/faculty/lahav/
her lab link:
even omitted Wendell Lim just from above new Pan-Europa ... 阅读全帖 |
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n******7
发帖数: 12463 | 48 那以前哪里蹲呢？
我真觉得sysbio是我做的最痛苦的东西了，成天在一堆似是而非的东西里面钻，老板还
非要逼着我做出有意思又看起来靠谱的结果。我自己一点都不信
我觉得这也得引入一个false discovery rate的概念：做了100个分析，就5个看起来靠
谱，这完全可能碰运气出来的。写文章只写这5个结果，完全可以是误导 |
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B******s
发帖数: 52 | 49 或许是我论述出了问题，最后变成我在攻击KO了。本来只是举个例子而已。我本意是觉
得KO早就该变成PCR一样的实
验手段了，还有太多PI靠着这种技术去找更重要的基因来意图发大文章。就像生物信息
学里面GWAS的人用相同的技术
不断的找显著性相关的SNP然后就发一堆文章。。。如果是成熟的技术就该尽量分配到
技术公司外包，一方面解决生
物口苦逼的现状，一方面可以促进技术公司增长。举个相对的例子，就是sequencing
和 基因芯片 。。。甚至以后的
crystallography 和 imaging
国家的基金，养廉价博后可以，一样也可以靠市场去养技术公司。
我也不知道为什么就默认我在鼓吹modelling和sysbio。。。或许是我本来就说不清道
不明，太纠结细节了。
呵呵，罢了，争论这些没啥用
好好过好自己的生活就够了 |
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