m*b
发帖数: 1421 | 1 观测的代价就是损坏样品
给细胞固定染色观测得到的数据能否代表真实的细胞呢
晶体是类似的
晶体拿到的结构模型也是需要生化以及体内实验来佐证的
多个途径相互映证来得出结论
现在绝大多数晶体结构和生化结果都是相符的
所以很大程度上可以代表体内的构想
也有少量结构是处于artificial的构想
这个文章中都会提到
而且其实晶体内部也有将近一半的体积是溶剂区
晶体本身也可以算是部分的处于溶液状态 |
|
z***n
发帖数: 48 | 2 在写文章，需要引用一个晶体结构数据，一篇1993年的JACS中有这个晶体数据。
不能直接拷贝复制到我的文章中，如何做ORTEP？
能不能找到相关CIF文件，然后做成ORTEP？
我去了CCDC网站，有request晶体结构的服务，但是他们只提供1994年后的数据，
我应该怎么办啊？而且那篇文章里面有几个晶体数据，我也不知道他们的
deposition number啊，怎么submit request啊？ |
|
t**********e
发帖数: 1 | 3 somebody use Materials Studio
or Crystal Studio
【 以下文字转载自 Software 讨论区,原文如下 】
发信人: chenzq (positron), 信区: Software
标 题: 请问有没有画三维晶体结构的软件？
发信站: The unknown SPACE (Sun Nov 3 08:41:58 2002) WWW-POST
比如要画某半导体的三维晶体结构（闪锌矿结构，纤锌矿结构等等）。
多谢！ |
|
c**r
发帖数: 51 | 4 好像得到晶体可以测出蛋白的结构。但生物体系更接近一个溶液环境吧，晶体结构和实
际生物里的蛋白的结构有多大区别呢（能如何探知这种区别）？ 纯外行一问，见笑了
。谢谢 |
|
s*****6
发帖数: 2379 | 5 【 以下文字转载自 Postdoc 讨论区 】
发信人: simon06 (simon06), 信区: Postdoc
标 题: 请推荐画晶体结构的软件
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Mar 25 09:01:36 2012, 美东)
现在在研究缺陷（主要是位错），想找个软件能画出晶体结构和其中位错的位置，能比
较直观的分析。
有熟悉这种软件的朋友请推荐一下，免费的最好。
先谢谢了。 |
|
k***e
发帖数: 8 | 6 发信人: ann (晶体结构), 信区: poem
标 题: 晶体结构
发信站: 梅陇客站 (Wed Apr 26 08:32:11 2000), 转信
破碎我吧，
我不愿，如此纯洁
对称的拘谨
拒绝了混浊与琐屑
也束缚了张扬的性情
曾经痛苦的凝结
以为守住了贞节
这世界在变得无序
我找不回成形的母体
既然闯荡红尘
就该有红尘的分裂与棱角
一百颗钻石闪亮青春
一百种选择挑战人生
哪怕有九十九颗沦为玩物
总还有一颗解读破碎
|
|
s****l
发帖数: 323 | 7 【 以下文字转载自 Physics 讨论区 】
发信人: solgel (strong), 信区: Physics
标 题: 求教关于反光子晶体结构的光学性质
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Oct 31 13:21:57 2013, 美东)
请问专家们，反光子晶体结构（大概１微米大小的碗）的散射是不是和入射光波长有关
？到底影响有多大？比如对紫外和红外，散射程度有多少不同，多谢 |
|
|
w***u
发帖数: 17713 | 9 问问你们搞蛋白结构一个问题，晶体结构在生物研究中有多大指导作用？蛋白这四级结
构，好像空间结构只有在体液里的构型才能体现其真正的生物活性，结晶出来后，可能
只有顺序还是对的，管用不？为嘛不在溶液里做？如果不逼迫搞仪器的前进，现在眯起
眼睛做下去，是不是很多结论经不起推敲？ |
|
K**W
发帖数: 6346 | 10 我在想
传感器和生物分子晶体结构，
强强结合在一起，
应该能搞出点名堂来的。
现在不是流行交叉么。。 |
|
T**********s
发帖数: 2135 | 11 虎肉(传感器)+颜宁(生物晶体结构) ， 神雕射雕组合啊 |
|
s*****6
发帖数: 2379 | 12 现在在研究缺陷（主要是位错），想找个软件能画出晶体结构和其中位错的位置，能比
较直观的分析。
有熟悉这种软件的朋友请推荐一下，免费的最好。
先谢谢了。 |
|
c****o
发帖数: 1280 | 13 没啥模板，就说要deposit晶体结构就行了。把cif文件attach上。 |
|
c******l
发帖数: 193 | 14 做晶体结构解析的话,毕业以后可以找哪里的工作? 有什么公司可以去?
想来想去都想不出来. |
|
l*********r
发帖数: 118 | 15 晶体结构一个晶胞中含有不同数量的空间异构体，有些空间异构体完全在同一个晶胞中
，有些跨越两到三个晶胞。请问如何确定一个晶胞中有几个异构体？如何确定异构体比
列？谢谢了。 |
|
w********h
发帖数: 12367 | 16 【 以下文字转载自 Science 讨论区,原文如下 】
发信人: jlgll (jlgll), 信区: Science
标 题: 求助PEG 的晶体结构分析
发信站: Unknown Space - 未名空间 (Wed Feb 18 09:04:04 2004) WWW-POST
在约2θ = 19.1º 和 23.3 处,PEG 有两个强峰,找了半天也没有找出来它们该属于
那个晶面,请高人赐教,不胜感激! |
|
s****l
发帖数: 323 | 17 请问专家们，反光子晶体结构（大概１微米大小的碗）的散射是不是和入射光波长有关
？到底影响有多大？比如对紫外和红外，散射程度有多少不同，多谢 |
|
s****l
发帖数: 323 | 18 请问专家们，反光子晶体结构（大概１微米大小的碗）的散射是不是和入射光波长有关
？到底影响有多大？比如对紫外和红外，散射程度有多少不同，多谢 |
|
H********g
发帖数: 43926 | 19 转过来目的不是嘲笑，只是看到错误的信息到处流传，实在忍不住正一下视听：
1） 晶体结构是非常可靠的。虽然理论上的确不是溶液构像，但是跟NMR结构比较的结
果是：实际上差不了多少。对一个学过有机化学的人来说，只要告诉他那些原子模型不
是拿铸铁整体浇筑的，应该就够了。解决晶体结构-溶液结构之间的区别，要靠计算机
模拟，就是前几年得诺奖的。不过这方面还需要大发展才能达到我们想要的水平。
目前理解蛋白质在水溶液里的行为的主要障碍就是在计算模拟方面。在微观世界里真正
的规律是量子规律，在简单系统里还可以模拟模拟，系统稍微复杂一点，就变得极其复
杂。所以虽然PDB里有几十万个蛋白质结构，人们在预测蛋白质行为方面的能力还是很
有限，还远没有达到看到一个蛋白质就可以推测出它的行为的能力。
科学的价值不是集邮，而是通过归纳规律，取得一定的预测能力。这方面结构生物学路
还很长。
2） 晶体结构一般是X-ray轰，X-ray和物质的相互作用没有电子那么厉害，所以辐射损
伤不像电子显微镜那么厉害（当然晶体里分子也多，承受能力高些）。在单分子冰冻电
镜里电子轰击的损伤是个主要制约因素，所以要控制每个分子受到的轰... 阅读全帖 |
|
b*********4
发帖数: 271 | 20 yyG的问题是成就夸大了，解一个晶体结构就嗷嗷叫，我专业原来是是基于晶体结构的
药物设计，这个晶体结构分辨率还是太低了，对于药物设计可能帮助不大，你看看现在
很多晶体结构是1.x 埃，他那个可能对于理解这个蛋白功能有帮助。
最关键的是晶体结构到底是帮助药物设计还是误导，我觉得这是一个最大的问题，就是
说人类还没有很好的理解这个小分子和大分子的结合问题，基于晶体结构的设计差异性
还是不够强，能筛出一大堆的假阳性化合物，意义不大，做出来有效的基本上还是靠蒙
，和晶体结构关系还不是很大。
晶体结构主要是用来验证药物小分子，就是通过其他方法发现药物小分子有效了，我们
再看看他和蛋白如何结合，再参考这个结构基于这个有效的小分子做点优化，你看看这
个晶体结构有点像马后炮，根本起不了主要的作用。
他在方法学上也没有什么惊天的贡献，好像把举重的世界纪录从500磅提高到500.1磅，
就开始嗷嗷叫。
一句话，晶体结构搞出来可能挺麻烦，但是重要性对于药物设计不是很高。
再简单一点，yyg好像奥运会里的举重冠军，中国包揽，但是没人关注，和足球，篮球
，网球的影响力等差太远。 |
|
b*********4
发帖数: 271 | 21 yyG的问题是成就夸大了，解一个晶体结构就嗷嗷叫，我专业原来是是基于晶体结构的
药物设计，这个晶体结构分辨率还是太低了，对于药物设计可能帮助不大，你看看现在
很多晶体结构是1.x 埃，他那个可能对于理解这个蛋白功能有帮助。
最关键的是晶体结构到底是帮助药物设计还是误导，我觉得这是一个最大的问题，就是
说人类还没有很好的理解这个小分子和大分子的结合问题，基于晶体结构的设计差异性
还是不够强，能筛出一大堆的假阳性化合物，意义不大，做出来有效的基本上还是靠蒙
，和晶体结构关系还不是很大。
晶体结构主要是用来验证药物小分子，就是通过其他方法发现药物小分子有效了，我们
再看看他和蛋白如何结合，再参考这个结构基于这个有效的小分子做点优化，你看看这
个晶体结构有点像马后炮，根本起不了主要的作用。
他在方法学上也没有什么惊天的贡献，好像把举重的世界纪录从500磅提高到500.1磅，
就开始嗷嗷叫。
一句话，晶体结构搞出来可能挺麻烦，但是重要性对于药物设计不是很高。
再简单一点，yyg好像奥运会里的举重冠军，中国包揽，但是没人关注，和足球，篮球
，网球的影响力等差太远。 |
|
H********g
发帖数: 43926 | 22 【 以下文字转载自 Military 讨论区 】
发信人: walkingtree (低烈度折腾), 信区: Military
标 题: 门外汉科普蛋白结构，望大牛斧正
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Aug 23 00:01:38 2015, 美东)
俺老实交代，就是看看科普的知识水平，加点自己的思辨。
这个结构决定功能类似经济基础决定上层建筑，一定要这么说也大差不差。虽然dna序
列决定蛋白结构也算是大实话，但即使dna序列全解我们还是不能准确构建蛋白，特别
是功能基团(domain or motif?）。从这个角度看，能直接测量蛋白结构，然后和dna序
列对比，理论上我们可以得到生物的汇编语言。这就可以玩上帝了。
可惜，即使我们知道了全部dna和相当多的蛋白晶体结构，我们还是个屁。
你注意到了么，上句在蛋白结构之间插了个晶体。这就是关键所在了。EM是啥？电子显
微镜呐，拿电子轰击样品，根据反射折射逆向计算样品结构。这不就gamma探伤嘛。我
看难点有两个，一是结构复杂了，逆向计算上就有难度，还有精度问题（测不准原理适
用不？）一个是生物样品的制备，得挨上电子炮的饱和轰炸... 阅读全帖 |
|
w*********e
发帖数: 6093 | 23 俺老实交代，就是看看科普的知识水平，加点自己的思辨。
这个结构决定功能类似经济基础决定上层建筑，一定要这么说也大差不差。虽然dna序
列决定蛋白结构也算是大实话，但即使dna序列全解我们还是不能准确构建蛋白，特别
是功能基团(domain or motif?）。从这个角度看，能直接测量蛋白结构，然后和dna序
列对比，理论上我们可以得到生物的汇编语言。这就可以玩上帝了。
可惜，即使我们知道了全部dna和相当多的蛋白晶体结构，我们还是个屁。
你注意到了么，上句在蛋白结构之间插了个晶体。这就是关键所在了。EM是啥？电子显
微镜呐，拿电子轰击样品，根据反射折射逆向计算样品结构。这不就gamma探伤嘛。我
看难点有两个，一是结构复杂了，逆向计算上就有难度，还有精度问题（测不准原理适
用不？）一个是生物样品的制备，得挨上电子炮的饱和轰炸呐。
一公的工作在原创设计和计算上肯定是没啥贡献的，基本就集中在样品制备上了。这个
如果考虑授奖，可以占多大比例就很难讲了。特别是在技术和先例已经获奖的前提下，
很值得question一下。你有牛逼技术，拿奖没问题。你拿新（改进）技术解决一个问题
，可能也没问题。... 阅读全帖 |
|
e****y
发帖数: 129 | 24 简单说吧，结构对做新药，尤其是discovery阶段的candidate非常有用，做药的都希望
有尽量多的结构信息。但结构即不是必要条件也不是充分条件。至于离最后做出新药还
有十万八千里。说什么解出结构就看到新药的曙光，征服什么什么疾病，那是纯粹胡扯。
就结构本身，当然in vivo的结构是最有用，但是目前没有有效的手段得到对做新药有
用的结构。那么解晶体还是目前最有效的也是最成功的手段。所以一说到解结构，那么
大家首先默认的就是X光衍射解晶体。至于晶体状态和in vivo状态下结构的差异，确实
是个conern，但是在很多晶体结构还渴望不可及的情况下，基本上还不需要太concern
这个问题。其他手段也有NMR，包括这个电镜，有不错的例子，也有他们的优势，但总
体上和晶体结构提供的information差远了。至于这个4.5A的电镜结构，对做药基本上
没用。 |
|
H********g
发帖数: 43926 | 25 那是用最后的结构模型算出来的理论衍射数据跟实际测量的衍射数据比，大概会有20%
的误差。这么大的误差主要两个方面：1） 蛋白质衍射的信号比小分子衍射弱很多，所
以测量过程里系统误差本身就很大（实际上蛋白质衍射数据自己跟自己就可以差5-10%
左右，这还是正常的范围） 2）蛋白质晶体本身比盐晶体复杂很多，它里面很多细节是
很难模拟的，尤其是去从衍射数据倒推的话（衍射光波的强度可以测，但是相差信息丢
失了，只能用不直接的办法猜测，这里面总有误差和错误，【猜相这方面的确可以说是
很art，是错误的主要来源】）。
从实用角度说，这20%的误差主要影响的是：蛋白质分子上的一些精细结构，晶体本身
的一些非理想性质，晶体里液相部分的一些性质（蛋白质晶体里一般30-70%的体积是液
体，就像把球摞在一起，球之间会有很多空隙一样），对蛋白质结构的可靠性并没有多
大影响。
理论上假如一个蛋白质的理论模型完全是跟数据不相干的，算出来的误差应该是百分之
六十三。如果硬把一个错的结构往数据上凑，百分之二十几三十几的误差倒是也能凑出
来。不过有很多手段和迹象可以用来检测这种情况。实际世界里，2A以上的高分辨率的
... 阅读全帖 |
|
s******c
发帖数: 331 | 26 这年头还有人在结构是否是“真实”结构上纠缠？话说整个生物，也很少有人敢说自己
做的东西一定是绝对反应生理条件下的吧？严格说来，就算同一物种，人和人都是不一
样的。
要是较真起来，就算你把protein和cell membrane一起结晶出来，我还是说不可信，我
甚至可以说你把cells单独分离出来做的任何实验跟生理条件下的都不一样，都不可信
。生物是复杂的，没人说自己做的东西一定反应了真实情况（不然整个体外的
biochemistry都是joke），就好像没人会说解的晶体结构一定反应了真实生理条件下的
结构，晶体结构只是一个实验结果，就好像western的结果，IP的结果一样，看的是你
能从这些实验结果中得到什么信息，你不可能从一个实验结果得到所有的信息，所以结
构不是万能的，只是一个晶体结构往往可以提供非常多的相对可信的原子水平的信息，
这是其它多数实验手段不能比拟的。同样晶体结构也不是绝对可靠的，大家都知道大多
数蛋白的构像是dynamic的，晶体结构只是一个静态的东西，或者说一个snapshot，所
以一个结构出来，也要看是不是跟其它实验结果吻合，也要有相关的或后续的实验结果
支... 阅读全帖 |
|
s*********6
发帖数: 1 | 27 厦门大学药学院招聘结构生物学助理教授1名，从事核受体家族蛋白晶体结构、动力学
，以及与小分子配体相互作用的研究。应聘者需具有博士学位；有蛋白质晶体结构测定
的经验，熟悉蛋白结晶，基因克隆、蛋白质表达、纯化和功能研究等生物学技术； 发
表过SCI论文，能够独立开展科研工作。 有关详情请参考http://pharm.xmu.edu.cn/newsdetail.asp?id=3026 。应聘者请将个人简历、研究工作简介和推荐人联系方式发送至[email protected]
/* */，并请在邮件标题中注明结构生物学助理教授，从事核受体家族蛋白晶体结构、动力学，以及与小分子配体相互作用的研究。应聘者需具有博士学位；有蛋白质晶体结构测定的经验，熟悉蛋白结晶，基因克隆、蛋白质表达、纯化和功能研究等生物学技术； 发表过SCI论文，能够独立开展科研工作。 有关详情请参考http://pharm.xmu.edu.cn/newsdetail.asp?id=3026 。应聘者请将个人简历、研究工作简介和推荐人联系方式发送至[email protected]
/* */，并请在邮件标... 阅读全帖 |
|
e****s
发帖数: 1125 | 28 这个Fragment-based的例子举得非常好，当然似乎更多的是应用在NMR结构中。
不知道为什么很多人看不上晶体结构。很多结构工作是非常有挑战的项目。结构的诺贝
尔也拿了不少。记得前几天有人说谢小亮的工作牛，因为难，施一公的工作不行，因为
不难。 这个实在是无知无畏。
做结构的根本是生化，而且是很有意思设计。
比如我就一直很纳闷，当初Koblika 怎么想到把T4 ligase整合到GPCR里面的？听了他
的报告就知道起码一个原因他是要增加蛋白的亲水的性质，而T4 ligase小且非常容易
结晶。同样他用Nano body去稳定GPCR的构想也不是凭空乱试的。
懂行的会知道，很多难结构一方面依靠现在衍射技术的发展，另一方面依靠天才的工程
设计。
晶体怎么会没有用？药物设计我不懂，一个指标说明问题，现在很多大药厂在新建和扩
张结构的组。
晶体对于寻找新的靶点也作用很大。比如很多PAM, NAM的东西。
还有一点，不要老盯着应用。科学不是工程！科学就是回答问题，重要的基础问题回答
了，很多应用问题才有希望。 完全按照应用去引导科学，只会丢了西瓜检了芝麻。
target |
|
d*******g
发帖数: 8992 | 29 电镜和晶体基本上是互补的，大分子能结晶的本来就很少。
甚至可以这么说，晶体结构很少有完整的蛋白结构，多数是截掉哪一部分，或者干脆只
结晶重要的一部分。
你们要是对结构有兴趣，那么试试小分子结晶+大分子电镜这条路。
电镜提供整体的相对低分辨的结构（其实少数已经达到3埃了），晶体学提供某一部分
的原子级分辨率的结构，把精细的定位到相对低一点的结构中。 |
|
w****i
发帖数: 388 | 30 结构是很重要， 但是结构有时候也会biased by the conditions， 并不是总是“真”的。拿到的结构是长晶体的condition造成的artifact的例子并不少见。
而且很多时候晶体结构是用来帮助explain or support other biological data. Without other relevant biological information and data, 晶体结构by itself也就是个beautiful figure. |
|
f***y
发帖数: 4447 | 31 一个颜宁能顶十个千人
http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2017/6/378809.shtm
2017年6月8日，清华大学生命学院、结构生物学高精尖创新中心颜宁研究组在《细胞》
(Cell)杂志在线发表了题为《人源脂类外向转运蛋白ABCA1的结构》（Structure of
the Human Lipid Exporter ABCA1）的研究论文，首次报道了胆固醇逆向运输过程中的
关键蛋白ABCA1近原子分辨率的冷冻电镜结构，为理解其作用机制及相关疾病致病机理
奠定了重要基础。
胆固醇广泛地存在于高等动物的各类组织细胞当中，它不仅是细胞膜、血浆脂蛋白的重
要组成部分，也是包括胆酸、维生素D、类固醇激素在内的许多特殊生物活性分子的前
体化合物。但是，人体内过量的胆固醇积累会促进血管动脉粥样硬化的发生和发展，并
有可能导致严重的心脑血管疾病（如冠心病及中风等）。正因为胆固醇对于人体健康具
有两面性，所以细胞内的胆固醇平衡(cholesterol homeostasis)对于维持人体的健康
是必须的。细胞内的胆固醇平衡涉及一系列受严格调控的过程(图1)，例... 阅读全帖 |
|
g*****p
发帖数: 451 | 32 结构生物学这个名字其实起得并不是那么恰如其分
而且一副让人望而却步的样子
其实这个学科只是解决在高分辨率，通常是指原子分辨率水平
研究生命科学事件而已
主要是微观上的精益求精
这个对于生命科学发展是往“小”的方向走
现在因为技术手段的限制，大部分还是在体外和静态下完成研究而已
做晶体的主要捕捉静态，用劳埃衍射也可以勉强看看动态
NMR看看动态过程没问题
电镜也主要是静态研究了
至于结构生物学中的晶体学，其数据当然也可以伪造，不过还是容易被逮
去年一个阿三就伪造数据被曝光了
至于一些同学说不相信结构生物学的数据，这个一是极端化了，二是了解不够
因为你获得实验结果了以后，会用生物化学和细胞生物学的数据来证实
比如你观察到了相互作用或是推测了功能
做几个实验，发现确实如此，不就结了
就做晶体结构而言，文章确实容易发cns
但是不会有太多人在乎你发的杂志，还是要看工作的开创性、难度和意义
要真稍微区分一下，一公博士后老板算牛人，但是比大头们差一档
一公比他老板差一档,但是工作已经很好了，至少cns发得比谁都多 |
|
c******n
发帖数: 16403 | 33 http://www.s1288.com/ArticleDetail.asp?id=16101收藏矿物晶体危害人的身体健康吗
？（转湖北石）
发布时间：2010-6-7 9:59:28 浏览次数：1115 发布者：望江书石会友(点击访问
作者石馆)
藏矿物晶体危害人的身体健康吗？
我国观赏石收藏事业在走入、融入国际过程中，越来越多的国人和收藏家也加入到矿
物晶体收藏行列中来，并成为他们收藏的新宠儿。但有许多人担心矿物晶体有 “放射性
”危害人的身体健康？可喜的是广大收藏者的环保意识在增强，而另一方面我们对矿物
晶体科学知识普及和有待提高，同时也有消除国内“矿物晶体都有放射性”的误传必要
性。
读者首先要了解和知道的是，矿物晶体是地质作用矿物结晶态的天然元素的化合物或
单质，它们具有均匀相对固定的化学组成和确定晶体结构。矿物晶体的化学成份多种多
样，但不外乎是《化学元素周期表》中总共列有的100多种元素。在这100多种元素中，
只有序列号83铋(Bi)以后的元素原子核具有自发变化的性质，它们的射线以光、波等形
式解放出能量，其释放过程为辐射，并有当量的大... 阅读全帖 |
|
H********g
发帖数: 43926 | 34 主要的区别在于一些柔性强的部分，那些地方经常是在晶体结构里经常看不到的，这是
晶体结构的局限。
不过同一个分子可以有很多不同的结晶方式，一个晶体里看不清的也许在其它晶体形式
里看得到。 |
|
f***y
发帖数: 4447 | 35 解结构被中国白菜化不可逆
http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2016/10/358844.shtm
上海科技大学iHuman研究所的科研团队在人体细胞信号转导研究领域取得重大突破，成
功解析了人源大麻素受体（CB1）的三维精细结构，为高特异性、低副作用的药物设计
开启新篇章。10月21日，该项研究成果发表于国际顶尖学术期刊《细胞》。
据悉，该课题的主要工作——结构生物学研究在上科大完成， iHuman研究所副所长、
教授刘志杰，创始所长、特聘教授Raymond Stevens是论文的共同通讯作者，刘志杰课
题组博士研究生华甜（与中科院生物物理研究所联合培养）是论文第一作者，上科大是
第一完成单位。
人源大麻素受体（CB1）是人类中枢神经系统中表达量最高的G蛋白偶联受体(G GPCR)之
一。大麻作为药物使用已有几千年的历史，前人研究结果显示，CB1是大麻主要有效成
分——四氢大麻酚（THC）的主要作用靶点, 是治疗疼痛、炎症、肥胖症以及药物滥用
的潜在药物靶点。然而，由于长期以来缺乏CB1的结构信息，基于CB1的药物研发并不顺
利，在过去几年... 阅读全帖 |
|
A******3
发帖数: 1 | 36 蛋白结构研发高级工程师（以及结构总监）
岗位职责：
1. 能够独立完成结构类项目或带领一个X-射线结晶学小组；
2. 根据项目要求制定小组工作方案，合理安排工作时间和人员，提高小组工作效率；
3. 与客户保持良好沟通，保证研发项目按时交付。
4. 晶体结构研究的项目管理与新结晶技术的创立。
任职要求：
1.结构生物学专业，硕士、博士及以上学历，或者两年以上结构生物学经验；
2.能独立进行蛋白结晶条件筛选与优化、衍射数据收集、结构解析、结构精修和分析等；
3.具有分子生物学、多系统表达纯化经验者优先；
4.具有在国内知名蛋白质晶体学实验室学习工作者优先；
5.工作认真负责，具由良好的团队合作精神，善于和他人交流。
*另：具体职位与薪资待遇可根据个人经历详细洽谈！
有意者请与 Wang feng联系，email： [email protected]
/* */ |
|
|
x********e
发帖数: 35261 | 38 现在蛋白结构研究的问题主要是静态。研究静态结构用处不大。不管是RNA还是protein
，没有kinetics都是扯淡。
特别是像阿兹海默这种研究misfolding和peptide aggregation的，解个晶体结构能说明
什么呢？蛋白酶晶体结构倒是用处很大。 |
|
f**********r
发帖数: 18251 | 39 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: kinston (stone king), 信区: Biology
标 题: 颜宁会因为Glut1结构获诺贝尔奖？
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Jun 6 11:17:34 2014, 美东)
发信人: yuwong (我为君迷), 信区: TsinghuaCent
标 题: Re: 颜宁研究团队成功背后的故事：有梦想才有辉煌
发信站: 水木社区 (Fri Jun 6 18:55:45 2014), 站内
这到底是哪个级别的工作？诺贝尔奖级别，NCS中比较突出的？
懂行的讲讲
发信人: alightboat (我是笨笨), 信区: TsinghuaCent
标 题: Re: 颜宁研究团队成功背后的故事：有梦想才有辉煌
发信站: 水木社区 (Fri Jun 6 19:23:13 2014), 站内
这个应该可以说是诺奖级的成果了。新闻里说道的给这个成果高度评价的人中，获得
2012年诺贝尔化学奖的克比尔卡，本人就是因为发现肾上腺素受体晶体结构获奖的。
颜宁发现晶体结构的这个葡萄糖转运蛋白涉及的生理过... 阅读全帖 |
|
C****b
发帖数: 90 | 40 每日科学（2010年9月23日）- 艾奥瓦州立大学 Ames实验室Edward Yu领导的一个研究
团队发现：移走细菌体内重金属的泵的的晶体结构使细菌产生抗药性。这项发现刊登在
9月23号的自然杂志。
Yu --艾奥瓦州立大学的化学、物理、天文学、生物化学、生物物理、分子生物学副教
授和美国Ames实验室能量部门得合伙人，说这项发现使研究者对细菌的抗药性有了更好
的了解。这项研究最终会帮助药物设计者对细菌的抗药性研究出新策略。研究者纯化和
结晶了构成大肠杆菌排出泵的细胞膜蛋白以获得这项研究结果。他们准备了一些包含铜
和银重金属毒性的样品和不含这些重金属的样品
研究者采用X射线结晶学比对样品的不同结构，区分样品的差异，阐述从细胞移走重金
属毒性的机制。这篇文章详细的描述了CusA的晶体结构，CusA构成了细菌移出毒性物质
泵的三分之一。Yu认为CusA是一个属于抗小结分裂蛋白超家族的膜内运输器，由1047个
氨基酸构成，贯穿内膜12次,Yu在概述中说，这些泵的作用是识别并将这些毒性物质快
速的排出细菌细胞，所以细菌可以在毒性的极端环境下生存。
美国州立研究院赞助了这项研究，除了Yu，这个 |
|
c*********a
发帖数: 11 | 41 宇宙模型之幻方结构
——描述整个宇宙的一个“简单的理论”
陈振华
第九章/一百章：稳定核素之幻方结构描述
概要：
原子的稳定核素与例2数阵“蓝图”更多的是一致性，成为一种常态；不一致的显然不
符该标准，成为非常态，因而衰变，其能量激荡伴随放射性，成为“放射核素”。
研究者给出的“核素”概念是：核素是指具有特定的原子序数、质量数和核能态，且其
平均寿命长得足以被观测的一类原子，分为稳定核素和放射核素两类。较通俗地说，核
素是指具有一定数目的质子和一定数目的中子的一种原子。
承续第七章的阐述，元素自发性的“数序整合”工程，其目的是按照例2数阵“蓝图”
标准，整合出能在下一个层级的构建工程中能用的结构单位，“能用”的基本前提是要
有相对的稳定性。
数序整合工程过程中，难以实现各个工程单位同步，所以会出现一种情况是一些单位该
用的核素材料或是在寻求中，或是被别的单位抢走了，形成了“半拉子”工程；还有一
种情况是工程本来完成了，但因天然聚合力的影响，贪婪性地增添了多余的核素材料—
—“半拉子”工程的持续施工及多余的核素材料受常态规律干预而调整，表现为衰变，
其能量激荡会伴随放射性——因而有了“... 阅读全帖 |
|
O*******d
发帖数: 20343 | 42 晶体结构非常重要。各种药物的研究，就需要知道目标物的晶体结构。 |
|
c****g
发帖数: 37081 | 43 不是必须的，不知道晶体结构搞出的药一堆，知道晶体结构搞不出还是搞不出。基本上
就是锦上添花，发发paper比实际效果更大。 |
|
g******t
发帖数: 18158 | 44 我是这方面的外行，前两天也在这里提了相同的问题，就算测出了蛋白晶体结构，活的
生物体内蛋白质并不是以结晶状态工作的，那这个测出来的晶体结构有多大的实际意义
呢？内行出来说说看 |
|
k*****n
发帖数: 417 | 45 发信人: yuwong (我为君迷), 信区: TsinghuaCent
标 题: Re: 颜宁研究团队成功背后的故事：有梦想才有辉煌
发信站: 水木社区 (Fri Jun 6 18:55:45 2014), 站内
这到底是哪个级别的工作？诺贝尔奖级别，NCS中比较突出的？
懂行的讲讲
发信人: alightboat (我是笨笨), 信区: TsinghuaCent
标 题: Re: 颜宁研究团队成功背后的故事：有梦想才有辉煌
发信站: 水木社区 (Fri Jun 6 19:23:13 2014), 站内
这个应该可以说是诺奖级的成果了。新闻里说道的给这个成果高度评价的人中，获得
2012年诺贝尔化学奖的克比尔卡，本人就是因为发现肾上腺素受体晶体结构获奖的。
颜宁发现晶体结构的这个葡萄糖转运蛋白涉及的生理过程是人体中非常基本而重要的过
程，研究难度是非常大的，完全可以与肾上腺素受体的这个结果相提并论，甚至更重要
也是可能的。 |
|
a******k
发帖数: 1190 | 46 计算机预测蛋白结构有三个level。
研究最早的是二级结构预测，就是给你一个蛋白序列，找出其中的alpha helix, beta strands
和loop区。最早的一些算法出现在上个世纪70年代。基本的idea很简单，从已有晶体结构中统计
helix, strands和loop区氨基酸的出现概率，然后根据这个进行预测。效果一般。后来出现的一些
基于贝叶斯、神经网络等等的算法考虑到了序列前后的相互影响，结果改善很多。现在二级结构预测
的准确度很高，大概80%左右的样子。说起来，二级结构预测可以算是机器学习在生物学中最早的成
功应用之一。也是bioinformatics最早热起来的方向之一。
三级结构预测就困难很多。从方法上大概可以分成三个类别：ab initio, homology modeling和
threading. ab initio预测基于力场，计算蛋白折叠构象的最小能量状态。大家都知道David
Baker是这方面的代表人物。要注意的是，Baker的ab initio预测可不是一个原子一个原子地搭
建，而是一个片断一个片断的搭建。用的力场也是low resolution的... 阅读全帖 |
|
s****a
发帖数: 238 | 47 我以前呆的组用自由电子激光作PSII，后来毕业了就不知道他们的进展了，现在看起来
cryoEM是不是完胜自由电子激光？别的就算用titan这成本相差也太大了。
中国科学家率先破解光合作用超分子结构之谜
发表时间：2016-05-22 16:00:27
字号：A-AA+
关键字: 光合作用光合作用超分子结构光系统I光系统II中科院生物物理研究所中科院
中科院生物物理所中科院植物所自然杂志科学杂志光合作用超级复合物
新华社北京5月21日消息，光合作用是地球上生命体赖以生存的基础，对它的科学研究
已持续了两百多年，但仍有很多未解之谜。记者21日从中科院获悉，该院生物物理所的
研究团队在光合作用研究中获得重要突破，在国际上率先解析了高等植物（菠菜）光合
作用超级复合物的高分辨率三维结构。该项研究工作发表在最新出版（5月19日）的国
际顶级期刊《自然》上。
20日，柳振峰、李梅、章新政（由左至右）手拿超级膜蛋白复合体的样品合影。因超级
膜蛋白复合体中的叶绿素吸收大部分的红光和紫光，不吸收绿光，该实验室内的灯光全
部为绿色光源以保护叶绿素样品。
据介绍，基于结构的光合作用机理研究具有重要的理... 阅读全帖 |
|
u**********d
发帖数: 573 | 48 大家都在接结构，只是在不同的水平上解而已。晶体结构的人，他们的系统最简单纯粹
，干扰最小，所以相对容易出成果。
解了蛋白结构，我们可以解释它的功能，推测其它蛋白的功能。而另外的人则在了解细
胞内的各种网络，细胞间的协调，器官和系统间的协调。大家的最终目的就是解
生物个体的结构：生老病死，背后的原因是什么？
当然，有了蛋白的结构，我们还可以更有效地改造它，例如突变修饰或者开放小分子激
动剂或者拮抗剂。
同理，我们对各种分子调控网络，细胞，组织，器官，个体的生老病死了解的越多，我
们也就可以改造它们，让它们按我们的意愿发展变化。
这个不是谁看不起谁的问题，而是什么有没有意思的问题。我就觉得接结构太无聊了，
结构试验室的妹纸看去都是五大三粗的，肌肉很强壮，要不怎么扛得动那些大瓶子大转
子？
P.S.：如果地球上所有的生物有一个共同的始祖，都是由同一一个细胞样的东西分裂变
化而来，那么，这个细胞一直活着，我们则会死去。 |
|
H********g
发帖数: 43926 | 49 蛋白质晶体结构里，蛋白质本身的大体结构往往是非常靠谱的。
不靠谱的部分大部分都在细节里，比如一个氨基酸侧链到底在这里还是那里，一个化学
修饰到底是真的存在还是作者的wishful thinking，一个小分子ligand（离子，药物，
糖，脂肪之类的）到底真的是不是存在在结构里（这个方面问题最大，有人估计PDB里
大概50%以上的ligand结构不存在或者构像给搞错了）。这些细节东西非得比较有经验
的人才能看出来，所以不搞这个的人，一个选择是人家咋说你就咋信（A），一个选择
是啥也不信（B）。我个人的建议是对于分辨率在5-2.5A之间的结构，选B，对于1.0-2.
0A之间的结构选A为主。 |
|
f***r
发帖数: 413 | 50 问个杂志的问题，了解的同学请帮个忙，谢谢。
现在手头有9个结构，但是这些结构都是同一个蛋白加不同ligand的。这些结构都在一
片文章里面发表了。
现在通过比较这些结构，发现了一些共同点，值得探讨的。觉得可以发一片小文章的。
但是问题是，这9个结构都是发表过的。不知道什么杂志可以接受单纯的结构分析的文
章。（没有做任何的分子模拟之内的工作）。文章不一定要artical，communication之
类的也可以的了。
请知道的同学帮个忙，谢谢了！ |
|
