g***s
发帖数: 60 | 1 做了一些data，expression array，不知道常规的分析都有哪些？
如何跟已经发表的结果来比较，
有没有比较好的free的网站，或软件，
有没有什么比较好的书推荐？
expression array和其他的array比如说chip-array，protein array
分析手段是不是类似？
请各位多多指教。 |
d******u
发帖数: 178 | 2 常规的分析:
hierarchical clustering
PCA/MDS (Principle Component Analysis/Multi-dimensional Scaling)
class comparison (t-test/SAM)
GSEA
GO enrichment
比较好的free的网站:
NCBI Gene Expression Omnibus (GEO)
http://genechaser.stanford.edu/
软件:
D-Chip
BRB ArrayTools
【在 g***s 的大作中提到】
: 做了一些data，expression array，不知道常规的分析都有哪些？
: 如何跟已经发表的结果来比较，
: 有没有比较好的free的网站，或软件，
: 有没有什么比较好的书推荐？
: expression array和其他的array比如说chip-array，protein array
: 分析手段是不是类似？
: 请各位多多指教。
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g**********t
发帖数: 475 | |
t*d
发帖数: 1290 | 4 用genepattern分析吧。只要把数据弄进去了，随你怎么玩。
【在 g***s 的大作中提到】
: 做了一些data，expression array，不知道常规的分析都有哪些？
: 如何跟已经发表的结果来比较，
: 有没有比较好的free的网站，或软件，
: 有没有什么比较好的书推荐？
: expression array和其他的array比如说chip-array，protein array
: 分析手段是不是类似？
: 请各位多多指教。
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g***s
发帖数: 60 | 5 多谢指点，
有没有什么深入浅出的纸版的书可以推荐。
常规的分析:
hierarchical clustering
PCA/MDS (Principle Component Analysis/Multi-dimensional Scaling)
class comparison (t-test/SAM)
GSEA
GO enrichment
比较好的free的网站:
NCBI Gene Expression Omnibus (GEO)
http://genechaser.stanford.edu/
软件:
D-Chip
BRB ArrayTools
【在 d******u 的大作中提到】
: 常规的分析:
: hierarchical clustering
: PCA/MDS (Principle Component Analysis/Multi-dimensional Scaling)
: class comparison (t-test/SAM)
: GSEA
: GO enrichment
: 比较好的free的网站:
: NCBI Gene Expression Omnibus (GEO)
: http://genechaser.stanford.edu/
: 软件:
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g***s
发帖数: 60 | |
g***s
发帖数: 60 | 7 谢谢，
先去读读看，能不能搞得懂，
年纪大了，老狗学不会新把戏。
用genepattern分析吧。只要把数据弄进去了，随你怎么玩。
【在 t*d 的大作中提到】
: 用genepattern分析吧。只要把数据弄进去了，随你怎么玩。
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