n***g
发帖数: 5027 | 1 先从GEO下载数据？
然后怎么办呢？
O(∩_∩)O谢谢 |
l******u
发帖数: 936 | 2 you should have a very strong background in statistic and know how to use
some special softwares like "SAM" or "R".
【在 n***g 的大作中提到】
: 先从GEO下载数据？
: 然后怎么办呢？
: O(∩_∩)O谢谢
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n***g
发帖数: 5027 | 3 啊？
很难学啊
【在 l******u 的大作中提到】
: you should have a very strong background in statistic and know how to use
: some special softwares like "SAM" or "R".
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d*******e
发帖数: 1649 | 4 不要听人瞎扯。现在microarry的初步分析已经基本上傻瓜化了，只要你会用几个软件
，大部分platform的data都可以处理。不需要任何统计和R的知识。
当然你最好找周围会这个的人问，完全靠自己还是要走一些弯路。
【在 n***g 的大作中提到】
: 先从GEO下载数据？
: 然后怎么办呢？
: O(∩_∩)O谢谢
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m**b
发帖数: 617 | 5 try Genepattern at Broad Institute: www.genepattern.org
【在 n***g 的大作中提到】
: 先从GEO下载数据？
: 然后怎么办呢？
: O(∩_∩)O谢谢
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n***w
发帖数: 2405 | 6 the person in our lab uses genespring and IPA to organize and analyze data.
She also uses many free online tools to help her establish pathways. |
n***g
发帖数: 5027 | 7 这个跟treeview/cluster 比咋样？
那两个似乎很流行啊
【在 m**b 的大作中提到】
: try Genepattern at Broad Institute: www.genepattern.org
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n***g
发帖数: 5027 | 8 厉害
真想好好跟她学学
.
【在 n***w 的大作中提到】
: the person in our lab uses genespring and IPA to organize and analyze data.
: She also uses many free online tools to help her establish pathways.
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m**b
发帖数: 617 | 9 Genepattern has the clustering module in it.
【在 n***g 的大作中提到】
: 这个跟treeview/cluster 比咋样？
: 那两个似乎很流行啊
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g*****y
发帖数: 6325 | 10 principle component analysis. R program can do it for you.
【在 n***g 的大作中提到】
: 先从GEO下载数据？
: 然后怎么办呢？
: O(∩_∩)O谢谢
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b*****e
发帖数: 288 | 11 至于用什么工具，
一看目的，
如果将来打算投各种biology方面的刊物，那只要选几个基因，搞个hypothesis，之后
的重点在拿出关键的生化、遗传方面的证据来。
如果是投各类omics方面的，那就得考虑一些大的范围、统计学、分子进化方面的结果。
如果投bioinformats方面的，得考虑算法以及可靠性的评估。
如果投system biology方面的，还得多方面构建Topology，最好能看见dynamic。
二看行业，
R在一些行业是基本工具。
如果将来打算专业做bioinformatcs的人不会用R，那不跟做生化的不会用centrifuger
一个道理嘛。 |
n***g
发帖数: 5027 | 12 我就是查查资料，看看表达情况就可以了，并不想转行做生物信息了啊，呵呵
果。
centrifuger
【在 b*****e 的大作中提到】
: 至于用什么工具，
: 一看目的，
: 如果将来打算投各种biology方面的刊物，那只要选几个基因，搞个hypothesis，之后
: 的重点在拿出关键的生化、遗传方面的证据来。
: 如果是投各类omics方面的，那就得考虑一些大的范围、统计学、分子进化方面的结果。
: 如果投bioinformats方面的，得考虑算法以及可靠性的评估。
: 如果投system biology方面的，还得多方面构建Topology，最好能看见dynamic。
: 二看行业，
: R在一些行业是基本工具。
: 如果将来打算专业做bioinformatcs的人不会用R，那不跟做生化的不会用centrifuger
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n***g
发帖数: 5027 | 13
~~~~~~~~~~~这是一个软件么？
【在 g*****y 的大作中提到】
: principle component analysis. R program can do it for you.
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n***g
发帖数: 5027 | 14 这个是免费的是吧？
也能图形化吧？
O(∩_∩)O谢谢
【在 m**b 的大作中提到】
: Genepattern has the clustering module in it.
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m**b
发帖数: 617 | 15 yes and yes.
【在 n***g 的大作中提到】
: 这个是免费的是吧？
: 也能图形化吧？
: O(∩_∩)O谢谢
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n***g
发帖数: 5027 | 16 芯片数据里面用的都是位置编码，怎么跟基因对上号啊？
都是这种编码，没有基因名称，该怎么办？
1415670_at
1415671_at
1415672_at
1415673_at
1415674_a_at
O(∩_∩)O谢谢
【在 m**b 的大作中提到】
: yes and yes.
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m**b
发帖数: 617 | 17 That's Affymetrix ID. You can load the data into Genepattern. It will
annotate for you. Seems like you have 0 experience with microarray data. I
suggest you try to go through the tutorial in Genepattern first.
【在 n***g 的大作中提到】
: 芯片数据里面用的都是位置编码，怎么跟基因对上号啊？
: 都是这种编码，没有基因名称，该怎么办？
: 1415670_at
: 1415671_at
: 1415672_at
: 1415673_at
: 1415674_a_at
: O(∩_∩)O谢谢
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n***g
发帖数: 5027 | 18 呵呵，
You are right I have no any experience.
Thanks a lot
I
【在 m**b 的大作中提到】
: That's Affymetrix ID. You can load the data into Genepattern. It will
: annotate for you. Seems like you have 0 experience with microarray data. I
: suggest you try to go through the tutorial in Genepattern first.
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n***g
发帖数: 5027 | 19 这个相对好上手么？
我可是一点经验都没有啊，
O(∩_∩)O谢谢
I
【在 m**b 的大作中提到】
: That's Affymetrix ID. You can load the data into Genepattern. It will
: annotate for you. Seems like you have 0 experience with microarray data. I
: suggest you try to go through the tutorial in Genepattern first.
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s*f
发帖数: 183 | 20 why don't u just read any tutorial first
【在 n***g 的大作中提到】
: 这个相对好上手么？
: 我可是一点经验都没有啊，
: O(∩_∩)O谢谢
:
: I
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T*****n
发帖数: 897 | 21 我用的是Affymatrix 的chip, 所以用Affymatrix GeneChip Command Consol and
Expression Consol software. |
T*****n
发帖数: 897 | 22 另外，一般的microarray facility 一般都有一帮搞bioinformatics的，可以咨询他们。 |
y******e
发帖数: 277 | 23 如果时间紧的话
lz找个有经验的人带下吧
0经验自学起步很慢的，而且容易出错
过几个月等自己是老手了
看最初的分析，不能忍
还是要重新搞一遍
浪费时间
切身体会…… |
b*****l
发帖数: 9499 | 24 要是以前没做过，第一次搞，建议还是不要全靠自己做。找 bioinformatics 的人合作
吧。
不吃透细节的话，所谓那些傻瓜软件，最坑人了。比如一个基本问题：用 RMA 时，如
何决定哪些 samples 可以在一个 batch 处理，哪些不可以？没有任何傻瓜软件会跟你
解释这个问题，而你要是不熟悉其背后的统计模型和你要回答的问题，做出来的结果可
想而知啊。再比如说用 limma 时，设计 contrast group 时要考虑到其对应的
empirical Bayessian model。再比如说用 RVM 时，要评估拟合 inverse gamma
distribution 的好坏。这些关键细节，直接决定分析结果是不是有严重偏差甚至错误。
真正做 bioinformatics 的人，其实也经常用傻瓜软件，但那是建立在对背后的统计模
型相当熟悉，对 microarray 从设计到实验到分析都很清晰的基础上，而且对常见的容
易出问题的地方也很清楚。用同样的工具，跟初学者还是大不一样的。
【在 n***g 的大作中提到】
: 先从GEO下载数据？
: 然后怎么办呢？
: O(∩_∩)O谢谢
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l******u
发帖数: 936 | 25 make sense.
误。
【在 b*****l 的大作中提到】
: 要是以前没做过，第一次搞，建议还是不要全靠自己做。找 bioinformatics 的人合作
: 吧。
: 不吃透细节的话，所谓那些傻瓜软件，最坑人了。比如一个基本问题：用 RMA 时，如
: 何决定哪些 samples 可以在一个 batch 处理，哪些不可以？没有任何傻瓜软件会跟你
: 解释这个问题，而你要是不熟悉其背后的统计模型和你要回答的问题，做出来的结果可
: 想而知啊。再比如说用 limma 时，设计 contrast group 时要考虑到其对应的
: empirical Bayessian model。再比如说用 RVM 时，要评估拟合 inverse gamma
: distribution 的好坏。这些关键细节，直接决定分析结果是不是有严重偏差甚至错误。
: 真正做 bioinformatics 的人，其实也经常用傻瓜软件，但那是建立在对背后的统计模
: 型相当熟悉，对 microarray 从设计到实验到分析都很清晰的基础上，而且对常见的容
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n***g
发帖数: 5027 | 26 这个是免费的么？
【在 T*****n 的大作中提到】
: 我用的是Affymatrix 的chip, 所以用Affymatrix GeneChip Command Consol and
: Expression Consol software.
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d******u
发帖数: 178 | 27 天呀...我都看迷糊了。
我一直用BRB ArrayTools，一个基于R的在EXCEL里面运行的免费软件。当初开始分析
microarray数据就是这么train的，所以也没仔细试过别的软件。不过想得到的分析这
个软件基本上都能做，或者能输出高水平的分析结果再用别的软件深度分析。也试过D-
CHIP，不过后来还是放弃了。GenePattern应该很牛，但还没动力整个去熟悉用法。就
跟相机一样，入了C家的门，要突然换到N家是不容易的。
扯远了。还有个比较牛的功能是，ArrayTools能直接从GEO里面下载数据并生成分析套
装，只需要输入ACCESSION NUMBER几可以了。 |
g**********y
发帖数: 423 | 28 用 RMA 时，如何决定哪些 samples 可以在一个 batch 处理，哪些不可以？
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这个怎么解决啊？？ |
