g********4
发帖数: 4959 | |
l******u
发帖数: 936 | 2 没有说 P－value 没啥好说的。
【在 g********4 的大作中提到】
: 谢谢！
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g********4
发帖数: 4959 | 3 怎么说？
两个样本之间比较，荧光信号以2为底取对数cutoff以什么值为好？
发信人: lonelyeu (欧鸟), 信区: Biology
标 题: Re: Microarray的cutoff一般设为多少？
发信站: BBS 未名空间站 (Fri May 21 17:47:36 2010, 美东)
没有说 P－value 没啥好说的。 |
t*d
发帖数: 1290 | 4 1
【在 g********4 的大作中提到】
: 怎么说？
: 两个样本之间比较，荧光信号以2为底取对数cutoff以什么值为好？
: 发信人: lonelyeu (欧鸟), 信区: Biology
: 标 题: Re: Microarray的cutoff一般设为多少？
: 发信站: BBS 未名空间站 (Fri May 21 17:47:36 2010, 美东)
: 没有说 P－value 没啥好说的。
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s******a
发帖数: 252 | 5 FDR < 0.05.
fold change could be under 1.5, but you have to be darn sure and have
additional expt supports. |
g********4
发帖数: 4959 | 6 谢谢楼上几位的回答，就是说要参照p-value和FDR，再考虑样品/对照的ratio。是吗？ |
g********4
发帖数: 4959 | 7 p-value和FDR一个符合要求，另一个不符合是怎么考虑取舍？它们应该是相关的吧？ |
g********4
发帖数: 4959 | 8 还有怎么把这些基因直接extract出来，不用弱眼看了？ |
f**r
发帖数: 70 | 9 fdr is an algorithm to calculate the adjusted p-value
controlling for the multiple comparisons (for example
if you used the Affy plus 2 chip you are making 54K
comparisons at once and even if there's no real signal
in your data whatsoever you are bound to get 54K*0.05
= 2700 significant genes if you simply use the p<0.05
cutoff). FDR controls the overall false discovery rate
for you so you should look at the fdr adjusted p-value,
use 0.05, or even 0.1 or 0.2 if you want to be liberal,
as your cu
【在 g********4 的大作中提到】
: p-value和FDR一个符合要求，另一个不符合是怎么考虑取舍？它们应该是相关的吧？
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f**r
发帖数: 70 | 10 sort by p-value and filter by fold change in Excel?
【在 g********4 的大作中提到】
: 还有怎么把这些基因直接extract出来，不用弱眼看了？
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