d*********e
发帖数: 52 | 1 最近做microarray analysis, 终是发现q-value 很高。请问一下，如何才能降低q-
value？ 或者说，q-value 于那些变量有关？ |
t******g
发帖数: 372 | 2 于你test得到的p的分布有关
整这些correction前提是你的p都很小，0.05切完太多
q都很大说明p其实都不小，越整越难看，切完啥也不剩
建议是改test的种类或者改模型
【在 d*********e 的大作中提到】
: 最近做microarray analysis, 终是发现q-value 很高。请问一下，如何才能降低q-
: value？ 或者说，q-value 于那些变量有关？
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t*d
发帖数: 1290 | 3 那就别用。试试其它的。
【在 d*********e 的大作中提到】
: 最近做microarray analysis, 终是发现q-value 很高。请问一下，如何才能降低q-
: value？ 或者说，q-value 于那些变量有关？
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d*********e
发帖数: 52 | 4 我用的是limma package. 请问还有什么模型可用?
【在 t*d 的大作中提到】
: 那就别用。试试其它的。
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d*********e
发帖数: 52 | 5 p-value 大， 是否说明对照和处理之间差异不明显?
请问都有什么模型或test种类可用?
【在 t******g 的大作中提到】
: 于你test得到的p的分布有关
: 整这些correction前提是你的p都很小，0.05切完太多
: q都很大说明p其实都不小，越整越难看，切完啥也不剩
: 建议是改test的种类或者改模型
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l******u
发帖数: 936 | 6 不明显就是不明显，非要整出个明显，不太好吧。
【在 d*********e 的大作中提到】
: p-value 大， 是否说明对照和处理之间差异不明显?
: 请问都有什么模型或test种类可用?
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d*********e
发帖数: 52 | 7 不能轻易就放弃了吧。 至少要有两种不同的方法试一下吧。
您有何建议?
【在 l******u 的大作中提到】
: 不明显就是不明显，非要整出个明显，不太好吧。
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t*d
发帖数: 1290 | 8 limma 不是还有 其它的 FDR么，还有各种不同的算法。
话说 FDR 的cutoff 一般不用 0.01，0.05 之类的，0.1， 0.2，甚至 0.25 都是可以
说得过去的。
David Altshuler 有时连GWAS 中为矫正的 p = 0.05 都 SNP 都研究一番。
还有些人连 p = 0.5 都东西都不放过。反正最后用其它手段验证，能证出来就好行。
【在 d*********e 的大作中提到】
: 我用的是limma package. 请问还有什么模型可用?
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l**********1
发帖数: 5204 | 9 楼主该向 GWAS 高手 灌水CNS 的那帮人 请教一下喽 |
l**********1
发帖数: 5204 | 10 RE LZ:
Please refer below 2012 article:
Hum Mol Genet. 21: 2111-23.
web link:
HTTP //hmg.oxfordjournals.org/content/early/2012/02/17/hmg.dds021.full.pdf |
d*********e
发帖数: 52 | 11 Google 了一下，发现如下一些方法：
Ordinary t-test
Modified t-statistics
Moderate t-test
Bayesian Methods
Rank-sum statistics
Permutation methods
The significance analysis of microarray (SAM)
但我觉得大同小异。不会有大的变化。如果gene之间差异小，导致p-value偏大，FDR就
会较高。这也许就是事实，也许样品preparation有问题。
【在 t*d 的大作中提到】
: limma 不是还有 其它的 FDR么，还有各种不同的算法。
: 话说 FDR 的cutoff 一般不用 0.01，0.05 之类的，0.1， 0.2，甚至 0.25 都是可以
: 说得过去的。
: David Altshuler 有时连GWAS 中为矫正的 p = 0.05 都 SNP 都研究一番。
: 还有些人连 p = 0.5 都东西都不放过。反正最后用其它手段验证，能证出来就好行。
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