h*****s
发帖数: 153 | 1 【 以下文字转载自 Chemistry 讨论区 】
发信人: higness (higness), 信区: Chemistry
标 题: Lipidomics 和 metabolomics 是好坑吗？
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Nov 7 03:09:33 2011, 美东)
老板最近很想让我插omics的坑，因为我本科是化学和分子生物双学位。他本人是搞电
化学，MS，计量学的。我有个副导师是数学系的做统计算法,EE信号处理和金融模型研究的，如果走omics的路
的话基本就是分析化学＋数学统计的研究模式。都说生物是火坑，外加老板不是内行，
这条路能走吗？ |
s******y
发帖数: 28562 | 2 从赚钱的角度来讲是一个非常好的坑
研究的，如果走omics的路
【在 h*****s 的大作中提到】
: 【 以下文字转载自 Chemistry 讨论区 】
: 发信人: higness (higness), 信区: Chemistry
: 标 题: Lipidomics 和 metabolomics 是好坑吗？
: 发信站: BBS 未名空间站 (Mon Nov 7 03:09:33 2011, 美东)
: 老板最近很想让我插omics的坑，因为我本科是化学和分子生物双学位。他本人是搞电
: 化学，MS，计量学的。我有个副导师是数学系的做统计算法,EE信号处理和金融模型研究的，如果走omics的路
: 的话基本就是分析化学＋数学统计的研究模式。都说生物是火坑，外加老板不是内行，
: 这条路能走吗？
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a***y
发帖数: 19743 | 3 要做metabolomics必须要有做wet lab的合作者吧
【在 s******y 的大作中提到】
: 从赚钱的角度来讲是一个非常好的坑
:
: 研究的，如果走omics的路
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j****x
发帖数: 1704 | 4 算不上非常好的坑啦，业界工作相对好找而已，当然了，只是相对于大部分纯生物坑而言
人家本来的坑找工作也不难的说
【在 s******y 的大作中提到】
: 从赚钱的角度来讲是一个非常好的坑
:
: 研究的，如果走omics的路
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s******y
发帖数: 28562 | 5 是的，必须有病人的样品源，所以其实也不是谁想做都能做的。
但是真实做起来其实就是各种分析化学手段而已。
【在 a***y 的大作中提到】
: 要做metabolomics必须要有做wet lab的合作者吧
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h*****s
发帖数: 153 | 6
My boss wanna me do some NMR chemometrics research on -omics. Since my co-
supervisor is a mathematics professor and I am really into math and computer
science, I would like to make my project more mathematical. Do you think it
is a good idea for doing that, but the challenging part is I need to design
my project by myself well to combine both and balance both well.
【在 s******y 的大作中提到】
: 是的，必须有病人的样品源，所以其实也不是谁想做都能做的。
: 但是真实做起来其实就是各种分析化学手段而已。
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s******y
发帖数: 28562 | 7 这里有两个问题：
１。你们如何解决样品库的来源？还是你们打算先用某些“训练样品”
来优化你们的算法？
２。我赞成你做更多数学方面的东西，这样你将来不想做生物了也比较容易
抽身而走，但是你可能得找一个得力合作者来给辅助你做生物那方面的东西。
computer
it
design
【在 h*****s 的大作中提到】
:
: My boss wanna me do some NMR chemometrics research on -omics. Since my co-
: supervisor is a mathematics professor and I am really into math and computer
: science, I would like to make my project more mathematical. Do you think it
: is a good idea for doing that, but the challenging part is I need to design
: my project by myself well to combine both and balance both well.
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h**********r
发帖数: 671 | 8 我们也准备做这些。机器也有，都不太会玩儿。我们主要做海藻微生物代谢和lipid的
。有兴趣可以交流交流。我微生物的bench work做得多。互补一下。 |
s******y
发帖数: 28562 | 9 这两个坑好像最近特别的热，但是其实有好多技术问题没有解决，比方说
如何保存病人的样品就是一个大问题。
对于那些测DNA, RNA，还有蛋白的，可以把样品给固定了，但是这些固定
过程很难防止一些小分子的代谢产物的流失和在储存运输的途中的改变。
【在 h**********r 的大作中提到】
: 我们也准备做这些。机器也有，都不太会玩儿。我们主要做海藻微生物代谢和lipid的
: 。有兴趣可以交流交流。我微生物的bench work做得多。互补一下。
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h*****s
发帖数: 153 | 10
My previous boss for my undergraduate project course is a cholesterol person
, it would be easy to get cell samples from his lab to do some lipidomics
analysis. My supervisor has connections with the Cancer research center
affiliated to our uni, some potential collaborations might be involved.
I quite like biology, but the wet experiment is just so tedious for me.
【在 s******y 的大作中提到】
: 这里有两个问题：
: １。你们如何解决样品库的来源？还是你们打算先用某些“训练样品”
: 来优化你们的算法？
: ２。我赞成你做更多数学方面的东西，这样你将来不想做生物了也比较容易
: 抽身而走，但是你可能得找一个得力合作者来给辅助你做生物那方面的东西。
:
: computer
: it
: design
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s******y
发帖数: 28562 | 11 那你尽量留在数学那边好了，wet bench 让其他人去做
person
【在 h*****s 的大作中提到】
:
: My previous boss for my undergraduate project course is a cholesterol person
: , it would be easy to get cell samples from his lab to do some lipidomics
: analysis. My supervisor has connections with the Cancer research center
: affiliated to our uni, some potential collaborations might be involved.
: I quite like biology, but the wet experiment is just so tedious for me.
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C*******e
发帖数: 4348 | 12 并不是只有“病人的样品”才能做-omics的
他们那个主要是开创研究方法
是不是一定要跟疾病挂上钩倒不是很重要
【在 s******y 的大作中提到】
: 这两个坑好像最近特别的热，但是其实有好多技术问题没有解决，比方说
: 如何保存病人的样品就是一个大问题。
: 对于那些测DNA, RNA，还有蛋白的，可以把样品给固定了，但是这些固定
: 过程很难防止一些小分子的代谢产物的流失和在储存运输的途中的改变。
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h**********r
发帖数: 671 | 13 微生物里的做得挺多了。我其实不太关注lipid的代谢，还是想了解一下lipid的代谢和
其他主要代谢的调控。
【在 s******y 的大作中提到】
: 这两个坑好像最近特别的热，但是其实有好多技术问题没有解决，比方说
: 如何保存病人的样品就是一个大问题。
: 对于那些测DNA, RNA，还有蛋白的，可以把样品给固定了，但是这些固定
: 过程很难防止一些小分子的代谢产物的流失和在储存运输的途中的改变。
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t******t
发帖数: 3045 | 14 NMR is a bad keng, statistics and informatics seem good keng
computer
it
design
【在 h*****s 的大作中提到】
:
: My previous boss for my undergraduate project course is a cholesterol person
: , it would be easy to get cell samples from his lab to do some lipidomics
: analysis. My supervisor has connections with the Cancer research center
: affiliated to our uni, some potential collaborations might be involved.
: I quite like biology, but the wet experiment is just so tedious for me.
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h*****s
发帖数: 153 | 15
展开讲讲？现在metabolomics基本上都是用MS做的，NMR很少，所以老板觉得这是个好
的突入口。
【在 t******t 的大作中提到】
: NMR is a bad keng, statistics and informatics seem good keng
:
: computer
: it
: design
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c****g
发帖数: 93 | 16 关注一下，居然是做chol的
person
【在 h*****s 的大作中提到】
:
: 展开讲讲？现在metabolomics基本上都是用MS做的，NMR很少，所以老板觉得这是个好
: 的突入口。
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s******a
发帖数: 252 | 17 NMR has no major future here, not enough throughput & sensitivity.
【在 h*****s 的大作中提到】
:
: 展开讲讲？现在metabolomics基本上都是用MS做的，NMR很少，所以老板觉得这是个好
: 的突入口。
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s******y
发帖数: 28562 | 18 啊？可是代谢物大部分都是小分子，用NMR不是正好么？
质谱敏感是敏感，但是不好定量。
【在 s******a 的大作中提到】
: NMR has no major future here, not enough throughput & sensitivity.
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b*******g
发帖数: 1309 | 19 QQQ MS 是小分子定量的标准方法 gold standard
用NMR 看一个小分子容易，看1000个小分子就不是太容易了
【在 s******y 的大作中提到】
: 啊？可是代谢物大部分都是小分子，用NMR不是正好么？
: 质谱敏感是敏感，但是不好定量。
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s******y
发帖数: 28562 | 20 那倒是。。。如果太多分子混在一起，是不是NMR的谱就没有办法读了？
【在 b*******g 的大作中提到】
: QQQ MS 是小分子定量的标准方法 gold standard
: 用NMR 看一个小分子容易，看1000个小分子就不是太容易了
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K******S
发帖数: 10109 | 21 re,
in addition, IMHO, the major road-block for biology ppl to do lipidomics and
metabolomics is the chemistry knowledge, especially in the late data
analysis stage.
【在 b*******g 的大作中提到】
: QQQ MS 是小分子定量的标准方法 gold standard
: 用NMR 看一个小分子容易，看1000个小分子就不是太容易了
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V***b
发帖数: 3419 | 22 好坑，跳吧。一个基因一个基因敲除的时代过去了，现在热点在于研究细胞动态过程，
代谢物的flux。
研究的，如果走omics的路
【在 h*****s 的大作中提到】
:
: 展开讲讲？现在metabolomics基本上都是用MS做的，NMR很少，所以老板觉得这是个好
: 的突入口。
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z*t
发帖数: 863 | 23 磁场频率达到800M Hz就能分得比较好
但这种机器据说市面上卖几百万美刀
现在常规的是400M Hz
用nmr最爽是可以non-invasive测细胞/组织代谢物，对clinical sample或者rare
sample比较适用。而且如果你找的合适的nmr信号标记细胞，你可以in vivo观测细胞
【在 s******y 的大作中提到】
: 那倒是。。。如果太多分子混在一起，是不是NMR的谱就没有办法读了？
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R****n
发帖数: 708 | 24 well said.
and
【在 K******S 的大作中提到】
: re,
: in addition, IMHO, the major road-block for biology ppl to do lipidomics and
: metabolomics is the chemistry knowledge, especially in the late data
: analysis stage.
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n********k
发帖数: 2818 | 25 there were two science papers, one was on human brain stem cells using
lipids as a stem cell/proliferation marker. I thought it is very cool and
has tremendous potentials but I have no expertise on the subject whatsoever
and cannot really comment on it...
Magnetic Resonance Spectroscopy Identifies Neural Progenitor Cells in the
Live Human Brain
【在 z*t 的大作中提到】
: 磁场频率达到800M Hz就能分得比较好
: 但这种机器据说市面上卖几百万美刀
: 现在常规的是400M Hz
: 用nmr最爽是可以non-invasive测细胞/组织代谢物，对clinical sample或者rare
: sample比较适用。而且如果你找的合适的nmr信号标记细胞，你可以in vivo观测细胞
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h*****s
发帖数: 153 | 26
and
whatsoever
This paper is really cool, what about the other one, can you send me the
linkage? Thanks in advance.
【在 n********k 的大作中提到】
: there were two science papers, one was on human brain stem cells using
: lipids as a stem cell/proliferation marker. I thought it is very cool and
: has tremendous potentials but I have no expertise on the subject whatsoever
: and cannot really comment on it...
: Magnetic Resonance Spectroscopy Identifies Neural Progenitor Cells in the
: Live Human Brain
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h*****s
发帖数: 153 | 27
I think that is where to apply statistical mode to discriminate molecules.
There is a metabolomics group in Imperial College Medicine School, they did
a lot chemometrics and NMR research on metabolomcs, quite famous in our
analytical chemistry filed.
【在 s******y 的大作中提到】
: 那倒是。。。如果太多分子混在一起，是不是NMR的谱就没有办法读了？
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z*t
发帖数: 863 | 28 这姐们在我们隔壁，准备联合几家买800MHz的NMR
从H1谱上来看，她们标记的不应该是脂类，因为化学位移只有1.28ppm，可能是某种烃
类。做有机的高手可以帮忙解读下
and
whatsoever
【在 n********k 的大作中提到】
: there were two science papers, one was on human brain stem cells using
: lipids as a stem cell/proliferation marker. I thought it is very cool and
: has tremendous potentials but I have no expertise on the subject whatsoever
: and cannot really comment on it...
: Magnetic Resonance Spectroscopy Identifies Neural Progenitor Cells in the
: Live Human Brain
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h**********r
发帖数: 671 | 29 在你们隔壁的姐们是做啥的？我也做烃类。
【在 z*t 的大作中提到】
: 这姐们在我们隔壁，准备联合几家买800MHz的NMR
: 从H1谱上来看，她们标记的不应该是脂类，因为化学位移只有1.28ppm，可能是某种烃
: 类。做有机的高手可以帮忙解读下
:
: and
: whatsoever
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g*********3
发帖数: 177 | 30 I don't know too much about the sensitivity of NMR. Actually MS sensity is
not good enough for many projects including mine. I was told the best MS was
around 20 attomolar.
How about NMR?
Another question: I guess for both NMR and MS in Metabolomics, it is not
widely used to characterize all the metabolites information in the sample. (
in contrast to microarray)
I read some paper and they always have a list of candidates to measure.
How long is the list of metabolites now?
Thanks.
【在 z*t 的大作中提到】
: 磁场频率达到800M Hz就能分得比较好
: 但这种机器据说市面上卖几百万美刀
: 现在常规的是400M Hz
: 用nmr最爽是可以non-invasive测细胞/组织代谢物，对clinical sample或者rare
: sample比较适用。而且如果你找的合适的nmr信号标记细胞，你可以in vivo观测细胞
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z*t
发帖数: 863 | 31 neural stem cell
【在 h**********r 的大作中提到】
: 在你们隔壁的姐们是做啥的？我也做烃类。
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z*t
发帖数: 863 | 32 我跟做有机的人聊过，nmr的sensitivity比MS要弱。不过因为是non-invasive的对特定
的实验用很好的用处。
至于代谢物list没有查过，估计在一百个左右的已知代谢物？
还有问题感觉就是定量，看过profiling的data感觉不少fold change并不理想，要在microarray数据里早就剃掉了
was
(
【在 g*********3 的大作中提到】
: I don't know too much about the sensitivity of NMR. Actually MS sensity is
: not good enough for many projects including mine. I was told the best MS was
: around 20 attomolar.
: How about NMR?
: Another question: I guess for both NMR and MS in Metabolomics, it is not
: widely used to characterize all the metabolites information in the sample. (
: in contrast to microarray)
: I read some paper and they always have a list of candidates to measure.
: How long is the list of metabolites now?
: Thanks.
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h*****s
发帖数: 153 | 33
microarray数据里早就剃掉了
MS是很敏感，但是跟NMR相比，他不能给出直观的结构信息。
【在 z*t 的大作中提到】
: 我跟做有机的人聊过，nmr的sensitivity比MS要弱。不过因为是non-invasive的对特定
: 的实验用很好的用处。
: 至于代谢物list没有查过，估计在一百个左右的已知代谢物？
: 还有问题感觉就是定量，看过profiling的data感觉不少fold change并不理想，要在microarray数据里早就剃掉了
:
: was
: (
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f*********e
发帖数: 1144 | 34 my feeling is the other way around, the bottle-neck is lacking of
biochemistry knowledge to interpret hundreds of differential expression
metabolites into a biological sense
A more ambitious idea, we need a great biologist to reconstruct the
disconnected information between proteomics and metabolomics, correlating
alterations occured on signaling pathway and metabolomics pathway
and
【在 K******S 的大作中提到】
: re,
: in addition, IMHO, the major road-block for biology ppl to do lipidomics and
: metabolomics is the chemistry knowledge, especially in the late data
: analysis stage.
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z*t
发帖数: 863 | 35 so how well can you solve the NMR signal?
I'm really interested in how you do the analysis
【在 h*****s 的大作中提到】
:
: microarray数据里早就剃掉了
: MS是很敏感，但是跟NMR相比，他不能给出直观的结构信息。
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n********k
发帖数: 2818 | 36 R u in Baylor or Nysb? Fat acid..any follow up? I like to know more of this
【在 z*t 的大作中提到】
: 这姐们在我们隔壁，准备联合几家买800MHz的NMR
: 从H1谱上来看，她们标记的不应该是脂类，因为化学位移只有1.28ppm，可能是某种烃
: 类。做有机的高手可以帮忙解读下
:
: and
: whatsoever
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n********k
发帖数: 2818 | 37 I forgot the second one, it is a follow up, was with heart or something...
should be among those citing the science
【在 h*****s 的大作中提到】
:
: microarray数据里早就剃掉了
: MS是很敏感，但是跟NMR相比，他不能给出直观的结构信息。
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K******S
发帖数: 10109 | 38 that is the task for informatics. Not a single biologist can accomplish that
.
【在 f*********e 的大作中提到】
: my feeling is the other way around, the bottle-neck is lacking of
: biochemistry knowledge to interpret hundreds of differential expression
: metabolites into a biological sense
: A more ambitious idea, we need a great biologist to reconstruct the
: disconnected information between proteomics and metabolomics, correlating
: alterations occured on signaling pathway and metabolomics pathway
:
: and
|
b*******g
发帖数: 1309 | 39 广告一下吧
我们的database 有超过42000个化合物的数据
The METLIN Metabolite Database is a repository of metabolite information as
well as tandem mass spectrometry data.
METLIN is a metabolite database for metabolomics containing over 42,000
structures
http://metlin.scripps.edu/
microarray数据里早就剃掉了
【在 z*t 的大作中提到】
: 我跟做有机的人聊过，nmr的sensitivity比MS要弱。不过因为是non-invasive的对特定
: 的实验用很好的用处。
: 至于代谢物list没有查过，估计在一百个左右的已知代谢物？
: 还有问题感觉就是定量，看过profiling的data感觉不少fold change并不理想，要在microarray数据里早就剃掉了
:
: was
: (
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b*******g
发帖数: 1309 | 40 MS/MS 信息，跟已知database search 还是可以identify 很多结构的
但是未知的就比较麻烦，要高分辨FTMS，还不一定能行
【在 h*****s 的大作中提到】
:
: microarray数据里早就剃掉了
: MS是很敏感，但是跟NMR相比，他不能给出直观的结构信息。
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b*******g
发帖数: 1309 | 41 same feeling。。。。
【在 f*********e 的大作中提到】
: my feeling is the other way around, the bottle-neck is lacking of
: biochemistry knowledge to interpret hundreds of differential expression
: metabolites into a biological sense
: A more ambitious idea, we need a great biologist to reconstruct the
: disconnected information between proteomics and metabolomics, correlating
: alterations occured on signaling pathway and metabolomics pathway
:
: and
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z*t
发帖数: 863 | 42 做出的数据你们能不能分析？
as
【在 b*******g 的大作中提到】
: 广告一下吧
: 我们的database 有超过42000个化合物的数据
: The METLIN Metabolite Database is a repository of metabolite information as
: well as tandem mass spectrometry data.
: METLIN is a metabolite database for metabolomics containing over 42,000
: structures
: http://metlin.scripps.edu/
:
: microarray数据里早就剃掉了
|
m******i
发帖数: 73 | 43 METLIN里很多不是代谢产物,
有MS/MS的是很小一部分.
Exact mass 也会给出多个可能.
与genonimcs不同, 代谢组学困难在如何鉴别. 我经常检测到几百个有变化的信号,
但最终能鉴别的只是几十个.
变化是很多,但你常常不知道是什么.
information
as
42,000
【在 b*******g 的大作中提到】
: 广告一下吧
: 我们的database 有超过42000个化合物的数据
: The METLIN Metabolite Database is a repository of metabolite information as
: well as tandem mass spectrometry data.
: METLIN is a metabolite database for metabolomics containing over 42,000
: structures
: http://metlin.scripps.edu/
:
: microarray数据里早就剃掉了
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z*t
发帖数: 863 | 44 不能区分的峰可能是什么呢？
代谢物的中间体，byproduct？或者因为细胞内各种结构产生的信号干扰？
或者是新的痕量代谢物？
【在 m******i 的大作中提到】
: METLIN里很多不是代谢产物,
: 有MS/MS的是很小一部分.
: Exact mass 也会给出多个可能.
: 与genonimcs不同, 代谢组学困难在如何鉴别. 我经常检测到几百个有变化的信号,
: 但最终能鉴别的只是几十个.
: 变化是很多,但你常常不知道是什么.
:
: information
: as
: 42,000
|
b*******g
发帖数: 1309 | 45 新的metabolite，或者 数据库里面没有的
关键还是数据库不全。。。
【在 z*t 的大作中提到】
: 不能区分的峰可能是什么呢？
: 代谢物的中间体，byproduct？或者因为细胞内各种结构产生的信号干扰？
: 或者是新的痕量代谢物？
|
b*******g
发帖数: 1309 | 46 这个再广告一下，用我们的软件能够方便很多。。。
XCMS 能够把两组数据中不同的部分挑出来，然后继续手工验证，这个过程很费时间跟
精力
https://xcmsonline.scripps.edu/
【在 z*t 的大作中提到】
: 做出的数据你们能不能分析？
:
: as
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