z***d
发帖数: 131 | 1 1.发现Overexpression of 蛋白A会导致gene B表达增高；
2.文献报道蛋白A是一个Non-histone chromatin remodeling protein，它能displace
HADC，从而增加acetyl-H3K9在另两个target genes(C and D)promoter regions处的结
合。
3.另有报道Gene B的表达受HDAC调控。
因此，我的Hypothesis是蛋白A也是通过相似的方式（displace HADC，增加acetyl-
H3K9在genes B promoter regions处的结合)来引起基因B的高表达。
可是今天的Acetyl-H3K9/K14 ChIP结果正好和假设完全相反：在蛋白A高表达的细胞中
，acetyl-H3K9在genes B promoter region和RPL 30 intron 2 (Positive control）
处的结合率显著降低。
疑问：1. 有acetyl-H3K9在promoter region处的结合率下降，但基因表达却开启的例
子吗？
2. 由于蛋白A本身又可以和Histone H1竞争与Linker DNA binding, 有无可能所见到的
acetyl-H3K9在genes B promoter region处的结合率降低是由于高表达的蛋白A本身取
代了endogenous H3 和acetylated-H3?
3. 现只PCR测了genes B promoter的一个region，准备在测5-6个Regions。有无可能在
某个region结合率下降，但在其他几个region增高？
第一次作ChIP assay, 很多东西不懂。望大侠们多多指教，各抒己见。谢谢！
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b**********8
发帖数: 349 | 2 2. 由于蛋白A本身又可以和Histone H1竞争与Linker DNA binding, 有无可能所见到的
acetyl-H3K9在genes B promoter region处的结合率降低是由于高表达的蛋白A本身取
代了endogenous H3 和acetylated-H3?
这个还真有可能。很多蛋白不但调节其他转录因子，他本身也可以作为转录因子直接参
与调控靶基因转录。要不再用A蛋白的抗体做个ChIP试试？另外，你可以做个western看
看pan-acetyl-H3K9的水平有没有降低。
楼下继续。 |
z***d
发帖数: 131 | 3
另外，你可以做个western看
做过Western, pan-acetyl-H3K9没有减低，反而modestly increased.
【在 b**********8 的大作中提到】
: 2. 由于蛋白A本身又可以和Histone H1竞争与Linker DNA binding, 有无可能所见到的
: acetyl-H3K9在genes B promoter region处的结合率降低是由于高表达的蛋白A本身取
: 代了endogenous H3 和acetylated-H3?
: 这个还真有可能。很多蛋白不但调节其他转录因子，他本身也可以作为转录因子直接参
: 与调控靶基因转录。要不再用A蛋白的抗体做个ChIP试试？另外，你可以做个western看
: 看pan-acetyl-H3K9的水平有没有降低。
: 楼下继续。
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q****2
发帖数: 208 | 4 做个H3的chip，可能那个地方是nucleasome free region。 到时候normalize一下，那
个地方估计还是相对高的。 而且对的，多用几对primer 有时候primer的效率影响结果
也很大 |
g*********3
发帖数: 177 | 5 It is highly possible that there is no direct binding between protein A and
gene B sequence. If Protein A regulates another gene C and C regulate B,
ChIP doesn't work...
I don't quite understand what you mean by acetyl-H3K9在另两个target genes(C
and D)promoter regions处的结合。 Do you mean H3K9 acetylation level @ these
two promoters?
displace
【在 z***d 的大作中提到】
: 1.发现Overexpression of 蛋白A会导致gene B表达增高；
: 2.文献报道蛋白A是一个Non-histone chromatin remodeling protein，它能displace
: HADC，从而增加acetyl-H3K9在另两个target genes(C and D)promoter regions处的结
: 合。
: 3.另有报道Gene B的表达受HDAC调控。
: 因此，我的Hypothesis是蛋白A也是通过相似的方式（displace HADC，增加acetyl-
: H3K9在genes B promoter regions处的结合)来引起基因B的高表达。
: 可是今天的Acetyl-H3K9/K14 ChIP结果正好和假设完全相反：在蛋白A高表达的细胞中
: ，acetyl-H3K9在genes B promoter region和RPL 30 intron 2 (Positive control）
: 处的结合率显著降低。
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a****o
发帖数: 1786 | 6 这个是必须的
【在 q****2 的大作中提到】
: 做个H3的chip，可能那个地方是nucleasome free region。 到时候normalize一下，那
: 个地方估计还是相对高的。 而且对的，多用几对primer 有时候primer的效率影响结果
: 也很大
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